Il team di Atlantide scopre un mondo abitato da una società pre-tecnologica che i Wraith hanno lasciato stranamente illeso. La squadra comincia delle trattative con la popolazione locale per avere un rifugio sicuro quando i Wraith arriveranno per sferrare il loro attacco.

Ad Atlantide viene scoperta una donna in sospensione animata. Una volta che l'anziana signora viene riportata in vita, la squadra scopre con stupore che si tratta della Dottoressa Weir, la quale ha viaggiato nel passato per raggiungere gli Antichi 10.000 anni prima.

La squadra scopre che sul pianeta Dagan si trova un ZPM, modulo energetico vitale per dare energia agli scudi che proteggono la città di Atlantide. Tuttavia la presenza di una misteriosa 'Fratellanza' e i loro contatti con i Genii, mettono in pericolo la squadra.

Cogliendo l'opportunità di poter inviare una breve trasmissione di dati alla Terra, i membri della spedizione registrano video messaggi per i loro cari. Nel frattempo Sheppard e Teyla partono per una missione di ricognizione per scoprire qualcosa di più sulla flotta di Alveari che si dirige verso Atlantide.

Dalla Terra arrivano rinforzi per aiutare gli abitanti di Atlantide e i militari prendono controllo della città per prepararsi al conflitto imminente con i Wraith. Purtroppo la difesa subisce duri attacchi dai nemici e Elizabeth chiede un colloquio con il leader degli Genii per ottenere due testate nucleari da usare con i puddle jumper contro le navi Alveari.

La Daedalus, la nuova astronave da battaglia terrestre, arriva in soccorso di Atlantide al comando del Colonnello Caldwell. L'intervento fortuito della nave riesce a mettere in salvo Sheppard, partito per una missione suicida allo scopo di distruggere le navi Alveari dei Wraith. Dalla Via Lattea è arrivato anche un nuovo ZPM che McKay mette in funzione per attivare gli scudi della città. Nel frattempo Ford viene recuperato dalle acque che circondano Atlantide, ma il tenente non è più quello di prima...

Grazie al nuovo ZPM i membri della spedizione possono collegarsi allo Stargate Terrestre e dopo un aggiornamento all'SGC sono in viaggio verso Atlantide a bordo della Daedalus.

Sheppard e la squadra cercano di localizzare il Tenente Ford su un pianeta disabitato, ma durante le ricerche Teyla e John vengono catturati da un uomo che i Wraith usano come preda durante battute di caccia. Nel frattempo McKay s'imbatte in Ford che continua a mostrare segni di squilibrio.

McKay e il Tenente Laura Cadman vengono catturati dal raggio di una navetta Wraith, fortunatamente la squadra di Sheppard riesce ad abbatterlo. Purtroppo, in seguito ai danni subiti, è rimasta energia soltanto per rimaterializzare una sola persona.

Il puddle jumper comandato da Sheppard precipita su un pianeta; in cerca di aiuto, la squadra si imbatte in un gruppo di persone che li attaccano senza chiedere spiegazioni.

Ronon Dex accompagna Teyla in uno dei suoi viaggi commerciali e scopre che una piccola parte dei cittadini di Sateda, il suo pianeta d'origine, è sopravvissuta all'attacco dei Wraith, compreso il suo ex comandante. Nel frattempo McKay rischia di compromettere la sicurezza di Atlantide mentre studia uno generatore di energia costruito dagli Antichi.

Dopo essere stato infettato da un retrovirus, il corpo di Sheppard comincia a subire una mutazione genetica. Beckett e gli altri cercano di trovare una cura prima che sia troppo tardi e che John perda completamente il controllo di sé stesso.