לאחר שסם משנה את תפריט מזנון בית הספר לצמחוני וגורמת לשאר התלמידים, ולטקר במיוחד, מפח-נפש, יוצאת משער הרפאים רוח מזנונאית בית הספר וזורעת הרס. בינתיים, ג'ק משוכנע שג'ז היא רוח רפאים.

פאולינה, מושא האהבה של דני, מחליטה לצאת עם דני כדי לגרום לסם, שאותה היא חושבת בטעות לחברתו של דני, לקנא. דני נותן לפאולינה תכשיט מבלי לדעת שבתוכו יש רוח רפאים שגורמת לעונד התכשיט להפוך לדרקון.

סקלקר, צייד רוחות מעולם הרפאים, מנסה להוסיף את דני לאוסף הרוחות שלו. כשסם מציעה לדני לשפר את ציוניו באמצעות עבודה על גורילה נדירה, סקלקר מאתר את דני ומנסה לצוד אותו.

לאחר שדש מוקסם מג'ז, דני מוצא את עצמו בחבורת המקובלים של בית הספר. כשהוא נדרש להתלבש לפי האופנה האחרונה, הוא מחליט למכור את ציוד המעבדה הישן כדי להרוויח כסף.

הארונית החדשה של דני רדופה על ידי רוחות של סידני, תלמיד לא-מקובל משנות החמישים. לאחר שדני מחליט להתנקם בדש על מעשי ההתעללות שלו ומשתמש בכוחות העל. סידני נשבע לנקם בדני בשם כל אלו שסובללים התעללות.

דזירה, רוח רפאים עתיקה, מגשימה את משאלות כל מי שחפץ בכך במחיר כבד. דני יכול לעצור אותה באמצעות כוח -על חדש שרכש. קנאתו של טקר בדני גורמת לו לבקש שיהיה בעל כוחות על.

ג'ק לוקח את כל משפחתו למדינת וויסקונסין לפגישת מחזור של חברו מהמכללה, שנערכת על ידי ידידו הותיק, ולאד. כשדני מנסה להגן על אביו מפני רוחות רפאים שמנסות לפגוע בו, הוא מגלה שהרוחות נשלחו על ידי ולאד.

דני חושש שהוריו מתכוונים להתגרש ובטעות מעיף את מתנת יום הנישואין של ג'ק אל עולם הרפאים. הוא נחוש להביא אותה חזרה אך הוא נתפס ונכלא על ידי ווקר, מעין שריף מקומי.

לקראת אסיפה להרמת המורל בבית הספר מגוייסת יועצת פסיכולוגית כדי לעזור ללנסר. היועצת החדשה מצליחה לגרום לרוב התלמידים דיכאון. למעשה זו רוח רפאים שניזונה מסבל ואומללות כדי להישאר צעירה לנצח.

כלב רפאים מתחבר לדני, אך דני לא יכול להתשלט עליו. הכלב, עם דני שמנסה לעצור אותו, פורץ למתקן שמאובטח על ידי אביה של ולרי, דיימון. דיימון מפוטר מעבודתו, דבר המוביל לקריסתה הכלכלית של משפחתו.

אמבר מקליין היא כוכבת פופ גדולה שכולם מעריצים, עד שדני, סם וטקר מגלים מה היא באמת.

טכניקוס - רוח רשע, מוצא עניין במשחק של דני וטקר ומחליט להיכנס לתוכו. דני נכשל במבחן בכיתה, ומקבל מלנסר הזדמנות שנייה להיבחן וללמוד עוד דבר.

לנסר תופס את דני ודש לפני קטטה ומאתגר אותם: מי שיקשט את בית טאונסנד הנטוש טוב יותר לא יקבל ריתוק. בנוסף לזה הבנים מחליטים להוסיף למטלה של לנסר התערבות קטנה.

ג'וני וקיטי מנסים לצאת מאזור הרפאים אבל קיטי נתקעת מאחור. ג'וני מנסה למצוא לה גוף חלופי מתאים להשתלט עליו ומוצא את ג'ז, אחותו של דני, כאופציה מתאימה.

ווקר מנסה לתפוס את דני פנטום בעזרת רוח בעל יכולות מיוחדות, אך עד מהרה דני מתיידד איתו ופונה לנסות לעצור את ווקר.

דני הופך לרוח ונלחם בצל של ג'וני. פאולינה מבחינה בו, ומרגע זה היחס של כולם כלפיו משתנה מקצה לקצה.

מדי מתגעגעת לזמן איכות עם דני, לכן הם יוצאים לסוף שבוע של אם ובן, אבל הדברים מסתבכים כשהם מגלים מחזר יישן של מדי במקום לא צפוי.

כל התלמידים מקבלים שק קמח המייצג תינוק, כדי להבין מה זו אחריות משותפת. טקר וסם מסתדרים טוב בהתחלה ואילו דני וולרי ממש לא.

ילד הרוח מוצא פרס של מיליון דולר. ג'ק מנסה לתפוס את הרוח אך נכשל, ודני לעומת זאת מצליח גם ברגעים הקשים להתגאות באביו.

קרקס גותיקה מגיע אל העיר וסם נרגשת לצפות בו. היא מגלה שהיא מכירה את אחד המשתתפים ושיש סוד מאחורי אותו פריק שואו.

סם מבקשת שלא היתה פוגשת את דני, ודזירה רוח המשאלות מגשימה את המשאלה.

יתושי רוחות תוקפים את הילדים בתיכון אמי, ומאז כל הנעקצים מפתחים תסמיני רוחות. דני וטקר הולכים לבית החולים הסגור, כדי לבדוק מה קורה לחברתם סם ולכל השאר הילדים.

כל המבוגרים בעיר מתמכרים ללהיט ברדיו ונוסעים לשיט פתאומי, שמתגלה כשיט שנשלט על ידי רוחות השולטים בהם בעזרת מוזיקה.

ולד זומם מזימה חדשה. הוא משחרר את מלך הרוחות מאזור הרפאים ובורח עם הטבעת שלו. דני מנסה לעצור את הפלישה של המלך ומשתף פעולה עם ולד וולרי אבל בכל זאת העניינים מסתבכים.

דני, טאקר וסם פוגשים בדן פנטום, צורתו העתידית והמרשעת של דני ומנסים להבין מה גרם לדני להשתנות כל כך בעתיד?

לדני נמאס שחיי הלוחמה שלו ברוחות מתנגשים תמיד עם חייו האישיים. הוא מחליט שיש מספיק גם לדני וגם לדני פנטום.

ג'ז והוריו של דני משוכנעים שהוא השתגע בגלל כל נושא הרוחות. ג'ז מחליטה שהגיע הזמן לצאת לטיול משפחתי שיאפשר לדני להירגע.

דני מתוסכל מבואו של חג המולד והולך לאזור הרפאים להוציא את תסכולו. בטעות הוא משמיד ספר של רוח רפאים אחר. כאשר הוא לא מתחרט על כך הרוח מעניש אותו ומתחיל לכתוב עליו שיר מיוחד.

ג'ז נחושה בדעתה לעזור לדני להלחם ברוחות, אך בכל פעם שהיא מתערבת, היא מפריעה. כשדני צועק עליה שלא תתערב, היא מחליטה לברוח מהבית וללכת לגור אצל דוד ולאד.

טכנוס מחליט לחבר בין דני לוואלרי, כדי להסיח את דעתם מתוכניותיו להשתלט על המחשב המרכזי בחלל ודרכו לשלוט בכל המחשבים בעולם.

דני וטאקר אינם בכושר גופני טוב והמורה להתעמלות מטילה על סאם ודאש להיות המאמנים האישיים שלהם לקראת מבחן הכושר שיקבע את הציון הסופי שלהם. דני בטוח שבזכות כוחות העל שלו אין לו מה לדאוג.

רוח שמסווה עצמה כאישה בשם דורה מטינגלי מארגנת תחרות יופי לבנות העשרה בתיכון קספר. סאם מכריזה שהיא מתנגדת לתחרויות כאלה, אך מצטרפת בכל זאת. כשהיא מגלה שדורה היא רוח, היא מנסה להזהיר את דני.

טאקר פולי מחליט להציג את מועמדותו ליו"ר מועצת התלמידים ולהתמודד מול שחקן הפוטבול הפופולארי, דאש. בין לבין, מבקרים התלמידים בתערוכה המוצגת במוזיאון המקומי, שם הם פוגשים את חפציו של המלך המצרי "שיממון".

בעוד הוריו של דני עושים לו בושות לפני חבריו, מופיע לפתע חבר שלהם מימי המכללה. מסתבר שהוא לקה באקנה-חוצני קטלני. כדי לגרום לדני למצוא תרופה למצבו, מדביק ולאד באקנה את חבריו של דני, סאם וטאקר.

ולאד פלאזמיוס הידוע לשמצה יוצר משובטים שאינם מושלמים ושהופכים תוך זמן קצר לעיסה זרחנית דביקה. אחת המשובטים היא בת, העתק כמעט מדויק של דני ושמה דניאל. היא מעמידה פני בת דודה רחוקה של דני.

לשכונה מגיע בחור חדש - סטודנט זר מהונגריה בשם גרגור, המחזר בלהט אחרי סאם. דני, שמתחיל לחוש קנאה קלה, בטוח שגרגור משתף פעולה עם הבחורים בלבן. טאקר מתנדב לעזור לו לגלות את ההונאה.

דני נאלץ להתמודד עם יצור בשם "תפלצת", אשר מאיים על דני וחבריו באמצעות "כפפת המציאות". הכפפה מופעלת ע"י אבני חן צבעוניות שאם מקישים עליהן בסדר מסוים המציאות כולה עלולה להשתנות.

הבנייה בפארק אמיטי מעצבנת את הרוחות הירוקות והן משתלטות על העיר והופכות את רוב התושבים לצמחים – מלבד סם. בינתיים דני נאבק במקרה קשה של הצטננות אך לומד על כוח חדש שמאפשר לו לחזור לתפקידו.

דני וחבריו תועים בעולם הרוחות ומגיעים לאזור מושלג, בו נמצאים יצורים ששומרים על מפת האין סוף. כשהמפה נופלת לידיו של ולאד, הם רודפים אחריו בעולם הרוחות על מנת להחזירה.

אחרי ריב עם החברים שלהן, קיטי, אמבר מקליין וספקטרה מתאחדות כדי להיפטר מכל הגברים באמיטי פארק. עם דני מחוץ לעיר במסע דייג עם אביו, ג'אז, סם ומדי חייבות לעבוד יחד כדי להיפטר משלוש הרוחות.

פארק אמיטי נמצא בעיצומה של בצורת, וראש העיר ולאד משחרר את וורטקס, רוח רפאים של מזג האוויר. אבל כאשר ולאד בוגד בוורטקס, רוח הרפאים מעוררת סערה שמאיימת להטביע את העיר!

אמורפו, רוח רפאים עם היכולת לשנות צורה, מתחזה לאנשים ומכניסה אותם לצרות. כשהוא מתחזה לדני, שניהם חייבים ללמוד את מחיר התהילה כאשר מכשיר הפנטון קוטע חלק מהכוחות שלהם.

אחרי שהבחורים הלבנים קונים את הפנטון, דני ומשפחת פנטון עוברים לאחוזה השכנה לביתו של ולאד. סאם וטאק מגלים שהלבנים רוצים להרוס את כל אזור הרוחות וחוששים שגם עולמם יכחד בשל כך.

דני וולאד מתחילים במלחמת מתיחות, המסתיימת בכך שוולאד מחליט לרוץ לראשות העיר ומשתלט על מוחות הבוחרים. לאחר בחירתו הוא מחל למרר את חייו של דני.

אחת הרוחות החלשות באזור הרוחות תוקפת בעזרת "קופסה קטלנית", אבל מובס במהרה על ידי דני. לאחר מכן הוא מתכנן להשתמש ב-"קופסת פנדורה" ולנצל את הכוחות ההרסניים ביותר כדי לתקוף את פארק אמיתי.

נוקטורנה, הרוח של החלומות מרדים את כולם על מנת לשאוב כוח מחלומותיהם. סאם ודני נתקעים בתוך חלום של הם יותר מאשר חברים. למרות הכל, דני חייב להביס את נורטורנו, שנראה בלתי מנוצח, דרך עולם החלומות.

הכיתה של דני הולכת לקמפינג עם מר לאנסר ומרת טסלאף. הם מגיעים למקום נטוש שנראה רדוף. לפתע מגיעות רוחות לאזור, כמה תלמידים נבדים וטיול הקמפינג עולה על שרטון. מזל שדני באזור ומתגייס להצלת הכיתה.

דניאל פנטום חוזרת לפארק אמיטי ומחפשת אחר בן דודה, דני, שהוא היחידי שיוכל לעזור לה במלחמה נגד הרוחות. בינתיים ולאד עוקב אחריה ומתכנן לחטוף אותה בעזרת ולארי - על מנת שיוכל למשוך את דני למלכודת.

דני נפטר מכוחותיו לאחר שג'ק מפרק את פורטל פנטון לצורך שדרוג תוכנה. עם זאת, אסטרואיד מאיים על כדור הארץ, וולאד לא מצליח לעצור זאת. כעת, העולם מסתמך על דני חסר אונים!