Max è scappata da Manticore insieme ad altri bambini geneticamente modificati. Adesso vive sotto copertura a Seattle e lavora come pony express, anche se spesso usa il suo lavoro come copertura per effettuare ricognizioni per i furti che mette a punto. Durante uno di questi colpi fa la conoscenza di Logan Cale, un ragazzo ricco che ha una doppia identità, quella di Solo Occhi, un giornalista ribelle e idealista che trasmette i suoi bollettini nel cyber spazio. Max chiede il suo aiuto per ritrovare i suoi fratelli sparsi nel mondo e per sfuggire alla cattura di Lydecker, l'uomo responsabile del progetto Manticore.

Max e Logan stringono un patto di reciproco aiuto: lei gli presta una mano all'occorrenza, per aiutare i casi di Solo Occhi, mentre lui sfrutta la sua rete di connessioni per trovare informazioni sui suoi fratelli e sulla donna che l'ha aiutata durante la fuga da Manticore: Hannah. Logan riesce a rintracciarla e Max si reca in visita per ringraziarla del suo aiuto e per chiederle informazioni su sua madre. Purtroppo Hannah è costretta a informare Lydecker, ma Max riesce a sfuggirgli ancora una volta. Nel frattempo la bella X5 è afflitta da uno degli effetti collaterali del cocktail genetico usato per crearla: tre volte l'anno Max va in calore e adesso ha puntato gli occhi su Eric.

Le convulsioni di Max, dovute alla mancanza di serotonina, peggiorano e i suoi amici scambiano le pillole di Triptofano (un aminoacido) per droga. Convinti di agire per il meglio si sbarazzano della 'roba' buttandola nel water, lasciando Max in serio pericolo di vita. L'unica soluzione è introdursi illegalmente in una clinica, ma viene colta sul fatto e arrestata.

Max e Logan aiutano una ragazza a ritrovare suo padre scomparso, un giornalista che Logan considera come un maestro. Nel frattempo Sketchy è nei guai con degli allibratori e chiede aiuto a Max e Original Cindy.

Max scopre sul giornale un annuncio personale contenente il suo codice a barre e capisce che c'è qualcuno che sa della sua vera identità e potrebbe essere a conoscenza del fato dei suoi fratelli e sorelle. L'ex moglie di Logan si fa viva e Max sospetta che stia nascondendo qualcosa. Herbal viene licenziato dalla Jam Pony per le sue credenze religiose e Original Cindy organizza uno sciopero insieme a Kendra per protestare contro il licenziamento del loro amico.

Max partecipa a una conferenza sull'ingegneria genetica e si trova seduta a fianco di Lydecker. Un gruppo di terroristi penetra all'interno dell'edificio e prende il pubblico in ostaggio. Logan e Max cercano di salvare gli ostaggi senza svelare le loro vere identità.

Zack torna in città e avvisa Max che Lydecker ha rapito Brin, una delle loro sorelle. Decidono di rapire Lydecker per costringerlo a rivelare dove si trova Brin, ma scoprono che non è lui l'artefice del rapimento. A questo punto i ragazzi non hanno altra scelta che unirsi al loro più grande nemico per trovare e salvare la sorella perduta.

Lydecker usa la polizia di Seattle per tappezzare la città con manifesti di Max, accusandola dell'omicidio di Vogelsang. Zack prega Max di lasciare la città con lui per la sua stessa sicurezza e Logan organizza il loro viaggio procurandogli un rifugio fuori città. Nel frattempo Normal va alla polizia e lascia la Jam Pony nelle mani di Sketchy.

Stanca dell'attitudine 'professionale' di Logan verso la loro relazione, Max rifiuta di aiutarlo con il suo ultimo caso, che riguarda un trafficante di farmaci. Logan prosegue con le indagini e finisce nei guai e Max si fa passare per Solo Occhi per salvargli la vita.

Logan chiede a Max di proteggere un testimone federale in possesso di informazioni vitali sulla corruzione che ha infettato la città. Purtroppo Max scopre che l'uomo è una faccia nota e che le persone che lo vogliono morto hanno dei piani anche per lei.

Normal viene rapito da una banda di ladri di opere d'arte e si rende conto che la Jam Pony è stata usata per trasportare quadri rubati. Nel frattempo Logan invita Max a un matrimonio della sua famiglia. Max ha problemi ha trovare un vestito adatto, e decide di prenderne uno in 'prestito' da una boutique prestigiosa. Durante la serata, Max viene a sapere del rapimento di Normal e chiede aiuto a Logan per salvare il suo capo.

i 'Rossi', condannati a morte che grazie a un impianto sul collo diventano superpotenti, riescono a rintracciare Max dopo che lei perde il suo cercapersone. Prendono in ostaggio Original Cindy e tendono una trappola per Max, la quale decide di farsi impiantare lo stesso congegno per avere un vantaggio sui rapitori. Una volta liberata Cindy, Max comincia ad avere le convulsioni e Logan deve eliminare il chip dalla base del collo prima che sia troppo tardi. Una volta tornati nell'appartamento di Logan, Max racconta tutta la verità a Original Cindy.

Zack viene catturato da Lydecker e torturato per avere informazioni sugli altri X5. Grazie ad un aiuto inaspettato, riesce a scappare e a mettersi in contatto con Max, senza sapere che in realtà la sua fuga è stata orchestrata a arte per seguire le sue mosse.

Max scopre che Logan si è affidato a un chirurgo che opera in segreto per dei trattamenti sperimentali sulle sue gambe. Il dottore non è altri che uno degli scienziati sul libro paga di Manticore. Nel frattempo Original Cindy decide di ritornare alla Jam Pony.

Max accompagna Logan in un viaggio fuori città per incontrare lo sceriffo di un piccolo paese. La gente del posto non è molto accogliente nei loro confronti e Max comincia a stare male per via delle sue convulsioni. Durante il soggiorno fanno amicizia con uno strano ragazzino.

Diamond, l'ex ragazza di Original Cindy, ritorna in città per riaccendere la fiamma della passione con la sua ex. Contemporaneamente, Max scopre che la sua identità è stata scoperta e viene attaccata da un gruppo di sconosciuti.

Logan informa Max che è stato rinvenuto il corpo di un X5 all'obitorio. Grazie ai suoi contatti riesce a organizzare un incontro per Max che identifica il barcode con quello di Ben, ma il corpo non è il suo. Anche Lydecker è sulle sue tracce e Max deve trovare suo fratello prima che venga catturato dai mastini di Manticore e prima che commetta l'ennesimo omicidio.

Logan e Max hanno a che fare con una sorta di giustiziere, un crociato della giustizia un po' sbroccato che sembra essere responsabile di una serie di esecuzioni. Una volta conosciuto il misterioso 'supereroe', Phil, si rendono conto che in realtà non è l'autore degli omicidi e che il vero artefice è lo zio di Logan, un uomo ricco e potente.

Tinga, una X5 scappata insieme a Max da Manticore, torna in città per salvare la sua famiglia, tenuta d'occhio da Lydecker. Zack e Max accorrono in suo aiuto e si trovano ad affrontare Brin, ri-programmata dopo mesi di torture, a essere un soldato perfetto. Tinga si sacrifica per salvare suo marito e suo figlio e viene portata in un laboratorio segreto da Madame X, di cui Lydecker non è al corrente.

Max è di nuovo in calore e cerca di tenersi alla larga dalle tentazioni prima di combinare guai, purtroppo è anche l'anniversario del giorno in cui ha conosciuto Logan, il quale vuole festeggiare con una romantica cenetta. Riuscirà Max a controllarsi?

Max viene catturata mentre tiene tra le braccia il corpo di Tinga, usato come cavia durante esperimenti in un laboratorio segreto di Madame X. Lydecker si libera delle guardie e porta Max in un albergo e la ammanetta al letto, poi si siede vicino a lei su una sedia e si ubriaca, per cercare il coraggio di ucciderla prima che Madame X la catturi per i suoi esperimenti. Zack e Logan decidono di attaccare Manticore per salvare Max e vengono raggiunti da Syl e Krit, altri due X5. Max riesce a convincere Lydecker a non ucciderla e ad aiutarla a distruggere Manticore una volta e per sempre. Una volta messi al corrente gli altri del piano, entrano in azione, ma la missione fallisce e Max viene uccisa...

Dopo mesi di prigionia e tortura a Manticore, Max finge di essere stata piegata, solo per mettere in pratica il suo piano di fuga. Zack non è morto, ma tenuto in vita artificialmente per effettuare degli esperimenti su di lui. Grazie all'aiuto di Joshua, un incrocio tra uomo e cane, Max riesce a fuggire ma in realtà è solo un piano di Madame X per eliminare il nemico numero uno di Manticore: Solo Occhi.

Manticore, o quello che ne resta, mette in atto un segnale satellitare per raggruppare i soldati dispersi per poi massacrarli all'arrivo nella zona prestabilita. Max, aiutato di malavoglia da Alec, si occupa di un gruppo di transgenici che non sanno cosa fare di loro stessi. Purtroppo viene catturata e tocca agli X6 e ad Alec trarla in salvo da Ames White, l'uomo incaricato di sterminare la progenie 'X' e tutti i transgenici che erano tenuti rinchiusi nei sotterranei. Tuttavia White non è quello che sembra essere, ma qualcosa di ancora più pericoloso.

Max e Logan sono alla ricerca di Joshua che sta vagando le strade di Seattle in cerca di 'Padre', l'uomo che lo ha creato. Nel frattempo, Alec usa i suoi poteri per guadagnarsi da vivere con degli incontri di lotta clandestini ma viene catturato da White che lo costringe a uccidere tre transgenici in cambio della sua vita. Per salvarlo, Max è costretta a rinunciare a una probabile cura per il virus.

Max e Logan devono mettere da parte i loro problemi d'amore per indagare su una possibile arma biologica messa a punto per uccidere tutti i transgenici.

Durane la notte di Halloween, Max si ritrova in un mondo surreale dove i 'freaks' scappati da Manticore possono camminare tranquillamente per strada senza destare i sospetti di nessuno. Dopo aver accettato un appuntamento con un collega di lavoro, si ritrova coinvolta in una grottesca caccia al tesoro dove il premio è in realtà il corpo di un transgenico la cui testa, parlante, è rimasta nelle sue mani e in quelle di Joshua.

Max è seccata dalla presenza di Alec alla Jam Pony, dove è diventato il cocco di Normal. Inoltre è preoccupata dal comportamento di Joshua che è decisamente strano. La polizia sta dando la caccia a un uomo-bestia accusato di aver aggredito un poliziotto, il quale ha dato una completa descrizione della 'creatura'. Logan e Alec cercano di trovare Joshua, convinti che sia lui il colpevole, solo per essere intrappolati nelle fogne da qualcos'altro...

Max scopre che Zack è scappato da Manticore e che gli sono stati impiantati una serie di organi cibernetici per sostituire quelli che hanno prelevato. Parte del suo cervello è stato danneggiato e quindi non riesce a riconoscere Max immediatamente. Dopo averlo salvato dai suoi 'padroni', una gang di trafficanti, Max cerca di aiutare suo fratello a rifarsi una vita. Tuttavia, come sottolinea Alec, i sentimenti di Zack per Max sono tutt'altro che fraterni e la sua gelosia nei confronti di Logan attiva un programma per assassinare Solo Occhi che Manticore gli ha installato durante i mesi di prigionia.

Alec e Max organizzano un piano per salvare una transgenica acquatica da un locale dove è tenuta prigioniera come fiera da esposizione. Mentre stanno per mettere in pratica il loro piano, il compagno della 'sirena' crea un pasticcio cercando di salvare la sua amata. La ragazza viene rapita da White e preparata per essere spedita in qualche oscuro laboratorio.

Logan si sta occupando di un caso di rapimento che coinvolge un bambino e scopre che il padre della vittima è nientemeno che Ames White, ma la moglie ha agito alle sue spalle contattando Solo Occhi. Max è restia ad aiutare White, ma Logan riesce a farle capire che il bambino non ha niente a che fare col padre. Nel frattempo Joshua scopre un prorompente amore per la pittura che Alec mette subito a buon frutto. Purtroppo le ricerche di Max sul virus finiscono nell'opera n° 2 di Joshua.

Il gruppo militante di cui fa parte Ahsa viene arrestato e Max è convinta che sia opera di un transgenico creato per le operazioni strategiche militari. In realtà Brain sta cercando di aiutare Max ed è convinto che a tradire Asha sia stato in realtà una spia all'interno del gruppo.

Alec è tormentato dai fantasmi del suo passato come operativo di Manticore. A confonderlo ulteriormente arrivano una serie di telefonate anonime dove c'è soltanto della musica suonata al pianoforte. Max scopre che Alec è nei guai e che c'è qualcuno che è in cerca di vendetta.

Max e Logan scoprono una cura per il retrovirus, ma purtroppo dura soltanto 24 ore. I due innamorati organizzano una serata romantica tutta per loro che però è guastata dall'arrivo di Joshua che informa Max di una 'creatura' di Manticore che sta facendo vittime tra la popolazione.

Max viene ferita da un colpo di arma da fuoco e ricoverata in ospedale. Le cose sembrano andare per il meglio, grazie all'intervento del dottore amico di Logan, sfortunatamente un campione del sangue di Max sfugge al suo controllo e il CDC (centro per il controllo delle malattie) interviene in massa per studiare il suo 'caso'. L'ospedale viene posto sotto quarantena e Logan cerca di guidare Max durante la sua fuga aiutandola con indicazioni dall'esterno, prima che White arrivi sul posto.

Alec è impegnato con i suoi soliti traffici e chiede a Joshua di consegnare i pacchi al posto suo. Nel frattempo Max se la deve vedere con un X5 intenzionato a costruirsi un suo esercito privato, procurandosi adepti facendogli bere il suo sangue.

Una transgenica potenziata con poteri ipnotici prende di mira Logan, Max e Alec per attuare il suo piano che prevede una grossa vincita di denaro e la fuga con il suo uomo, che tra le altre cose è un contabile della mafia.

Max e Logan riescono a rintracciare Ray, il figlio di White, in una piccola città dove la Setta di Ames ha una scuola privata. In realtà all'interno del collegio, il bambino sta per prendere parte a una cerimonia di iniziazione che potrebbe costargli la vita. Mentre cerca di salvarlo, Max viene sottoposta alla stessa prova per sbaglio, ma su di lei non ha alcun effetto. Nel frattempo Alec e Original Cindy cercano di sabotare il lavoro di Sketchy che è stato assunto come reporter per una rivista scandalistica che si occupa dei 'freaks' di Manticore.

Un incidente tra Max e Logan rischia di uccidere quest'ultimo. Max chiede ad Alec di donare il suo sangue per l'uomo che ama, ma purtroppo Alec viene arrestato mentre si trova sulla strada per l'ospedale. Accusato di un omicidio irrisolto, viene riconosciuto in un confronto visivo da un testimone, ma in realtà il vero assassino è Ben, il clone ucciso da Max l'anno precedente. Joshua fa la conoscenza di una vicina di casa non vedente e la invita a cena a casa sua. Max decide che la sua relazione con Logan è troppo pericolosa per lui e gli dice addio per sempre.

Max è costretta a rivolgersi a Logan per aiuto quando Joshua e la sua amica non vedente rimangono intrappolati nelle fogne a causa di un gruppo di vandali. La polizia accorre sul posto, convinta che Joshua abbia rapito la donna e si prepara a una vera e propria caccia. Nel frattempo White continua a informare la stampa, scatenando il panico tra la popolazione. Max e Alec riescono a portare Joshua in salvo, ma la sua amica viene uccisa da Ames per fomentare l'odio del pubblico.

Max cerca di mantenere la calma mentre il suo mondo le trema sotto i piedi: Normal e Sketchy sono impegnati in una propaganda anti-trasgenici, la nostalgia di Logan si fa sempre più pesante, inoltre lui è convinto che abbia una storia con Alec, Joshua, ancora amareggiato per la sua amica, decide di lasciare la casa e andare a vivere a Terminal City, la zona della città dove si stanno radunando tutti i transgenici. Nel frattempo White, in cerca di Max, trova Sam, il suo clone e rapisce la sua famiglia per costringerla a catturare Max. Solo Occhi viene scoperto e Logan è costretto ad abbandonare il suo appartamento.

Max comincia a mostrare degli strani segni sul corpo che potrebbero essere un linguaggio antico. Logan si è trasferito nella casa abbandonata da Joshua e cerca di rimettere insieme il bollettino di Solo Occhi. Max e Alec si sono uniti agli altri transgenici a Terminal City e organizzano raid di salvataggio quando la polizia da la caccia a qualche 'freak'. Alec viene a sapere della bugia che Max ha raccontato a Logan su di loro, ma capisce le motivazioni della sua amica e decide di coprirla.

Una situazione imprevista costringe Alec, Joshua e altri transgenici a rifugiarsi alla Jam Pony e prendere in ostaggio le persone che si trovano all'interno. Max riesce a entrare e cerca di organizzare una difesa. White tenta di scatenare un bagno di sangue per istigare ulteriormente l'odio del popolo. Alla fine, Max e gli altri, compreso Logan, si rifugiano a Terminal City dove issano la bandiera dipinta da Joshua, dichiarando che non intendono più fuggire e nascondersi nell'ombra.