Margarita es trasladada con el resto de las mujeres secuestradas para ser vendidas como esclavas. En un arranque de coraje, se enfrenta a sus captores para tratar de escapar. Su atrevimiento llama aún más la atención del comprador, que la reclama para el harén.

Desesperados, Águila Roja y Satur siguen la pista de Margarita hasta dar con una sociedad secreta que se dedica a la trata de esclavas. Juan, por su parte, utiliza sus contactos en la corte para encontrar a su prometida. Infiltrándose en una reunión de ese grupo clandestino conseguirán averiguar el destino de las mujeres secuestradas.

En Palacio, Irene descubrirá de la mano de Martín la belleza del mundo exterior. Sin embargo, deseará no haber atravesado aquellos los muros al descubrir que el jardinero no es el joven encantador que creía conocer. Mientras, el Comisario empieza a comprender las ventajas, que según la Marquesa, le reportaría un casamiento con la sobrina del Cardenal.

Gonzalo busca respuestas sobre sus orígenes tras descubrir que el Comisario es su hermano. Agustín, que trata de proteger al Águila ocultándole la verdad, le conducirá hasta la tumba de su verdadera madre donde Gonzalo descubrirá un secreto que dejó antes de morir. Cripri es detenido y sometido a tortura. El posadero confiesa que quien disparó contra el Comisario fue un niño y no un hombre. Alonso, descubierto y perseguido, es ayudado a escapar por Margarita. Margarita confiesa a Catalina que Juan le ha pedido que se case con ella. Las dos viven emocionadas estos momentos sin saber que el médico esconde una gran sorpresa.

Gonzalo, con la ayuda de Satur, busca el rastro de su verdadera familia en el orfelinato de la villa. Alguien intenta evitar que profundice en la investigación incendiando el hospicio. Aún así, Águila Roja descubrirá una pista sobre su pasado: un medallón que cita su madre en una carta. Margarita va a ser presentada ante la alta sociedad y tendrá que enfrentarse a los padres de Juan, que se oponen a la boda por su condición de plebeya. Mientras, el Cardenal Mendoza ayudado por el Comisario, crea un impuesto extraordinario para recaudar el dinero que necesita en su pretendido ascenso al Papado. La brutal subida de impuestos provoca revueltas entre los campesinos. Martín (Roger Berruezo), sobrino de Catalina, que será uno de los cabecillas. La Marquesa, interesada en la influencia social de Irene, tratará de que la joven se enamore del Comisario.

Águila trata de localizar el medallón de su madre, cuando se topa con un recuerdo de la infancia al reconocer el lugar donde pasó su niñez. Alonso sospecha que Gonzalo es el Águila Roja. Empeñado en desenmascarar a su padre, el niño pone en peligro su vida.

Un brote de viruela en el prostíbulo se extiende por la villa. Estuarda se ha contagiado y deja a Gabi al cuidado de Satur. El niño desprecia a su padre a pesar de los desvelos de éste por hacerle feliz.

En palacio, la Marquesa se siente indispuesta. Su preocupación aumenta cuando sospecha que son síntomas de embarazo. Desesperada ante la negativa de Juan a practicarle un aborto, buscará otras alternativas.

Nuño dirige terribles insultos a Estuarda, la madre de Gabi. El hijo de la prostituta reta al hijo de la Marquesa a batirse en duelo. Pero será Alonso, consciente de que Gabi no sabe utilizar la espada, quien acuda a la cita.

Cipri cree sufrir alucinaciones al ver a su mujer mientras todos piensan que está trastornado. Inés, coaccionada por el Cardenal, tendrá que seguir a sus órdenes para conseguir información privilegiada del Rey.

El Cardenal y Águila Roja persiguen el mismo objetivo: encontrar un medallón, clave para conocer el origen verdadero de Gonzalo. .

En Palacio se prepara una importante reunión: la Marquesa y el Cardenal van a recibir la visita del Inquisidor General. Sin embargo, la recepción se complica cuando alguien trata de envenenar al alto cargo del Santo Oficio. El Comisario se pone al servicio de Lucrecia para descubrir al culpable.

Águila y Satur descubren que las tumbas están siendo profanadas. Lo que parece una venta de los objetos robados a los cadáveres, podría esconder un negocio mucho más oscuro. El mismo Satur caerá en manos de estos peligrosos ladrones de cuerpos.

Águila se interna en un monasterio buscando las claves de su verdadero origen. Al llegar a la biblioteca, un monje le informa de que el orfebre que diseñó el medallón de su madre se encuentra recluido en un peligroso manicomio.

Para llegar al manicomio y hablar con el orfebre que diseñó el medallón, Águila Roja tiene que atravesar un bosque maldito en el que suceden misteriosas desapariciones. Satur deberá superar sus miedos para poder ayudar a su amo.

La muerte de un sacerdote a manos de un morisco pone en alerta al Comisario y sus hombres. Águila Roja investiga por qué han vuelto los infieles. Satur se comporta de forma extraña y confiesa a su amo secretos de su pasado.

En la corte, el Rey obliga a la Marquesa a contraer matrimonio con su Válido. Lucrecia descubre que su futuro esposo no es el hombre que aparenta ser. Margarita acompaña a Juan para que su Majestad la conozca y reciben una impactante noticia: Juan debe prestar servicio al ejército en la guerra con Portugal.

El Orfebre ha conseguido el medallón y contacta con Mendoza para vendérselo, pero el Cardenal no está dispuesto a pagar.

Una nueva obra de teatro llega a la villa. Satur intenta conseguir un papel para ganarse la admiración de su hijo. Durante la representación el Comisario es secuestrado por unos bandoleros y Águila Roja tendrá que tomar una difícil decisión: salvar a su hermano o dejarle morir.

El Cardenal Mendoza sigue cobrando impuestos injustamente, por lo que Águila Roja intercepta el cofre de la recaudación y devuelve el dinero al pueblo.

En Palacio, la Marquesa está desesperada. Nuño ha sufrido una caída y puede quedar paralítico.

Margarita da un paso más en su relación con Juan: teme que su prometido no regrese de la guerra y decide pasar la noche con él.

Las investigaciones de Águila Roja le llevan a descubrir a un chico que podría ser su hermano desaparecido. Al mismo tiempo tendrá que intervenir, junto con Satur, cuando empiezan a aparecer cadáveres en el bosque.

El Comisario es agredido en los Jardines de palacio. La Marquesa está preocupada por Hernán y le exige que refuerce la seguridad.

Margarita, conmovida por la difícil situación económica de Estuarda, le regala su anillo de compromiso para que pueda comer. Cuando Estuarda intenta vender la joya es detenida, acusada de ladrona.

El Orfebre ha conseguido las dos partes del medallón y conoce el terrible secreto que oculta. Su paciencia se agota y está dispuesto a matar a Irene. El Comisario y Águila Roja deberán darse prisa si quieren encontrar a la joven con vida.

La situación de Estuarda no mejora. Satur le quiere ayudar y acepta todo tipo de trabajos denigrantes. Desesperado, decide participar en una carrera de burros para conseguir el dinero del premio para Estuarda y su hijo.

Margarita, que echa de menos a Juan, ayuda a Cipri a organizar una recolecta para mandar provisiones al frente.

El batallón de Juan es capturado por los portugueses. El enemigo reclama al rey español un rescate para liberar a los prisioneros de guerra. El envío del dinero es asaltado por lo que el destino de Juan y sus hombres pende de un hilo.

Gracias a una carta que le escribió Agustín antes de morir, Águila Roja encuentra una pista más sobre sus orígenes: el escudo de la familia de su madre. Satur pide ayuda a Gonzalo al verse involucrado en un asesinato.

El Comisario chantajea al Cardenal Mendoza y consigue la mano de Irene. Cuando la Marquesa recibe la noticia oculta sus sentimientos y finge indiferencia.

Satur se dirige al sur en busca de Estuarda y Gabi, pero un compañero de viaje inesperado hará que cambie de rumbo. Los hombres de Juan siguen presos. El enemigo comienza a realizar ejecuciones. Águila roja tiene que decidir si interviene en una misión suicida. La boda entre el comisario e Irene es inminente. En palacio, la marquesa organiza los preparativos del enlace, pero en secreto intentara impedirlo. Margarita cree que ha perdido definitivamente a Juan.

Se acerca la noche de bodas de Irene y crece el temor de que el Comisario descubra que la joven no es virgen. Además, las tensiones con la Marquesa aumentan, ya que el Cardenal quiere que el nuevo matrimonio se hospede en palacio. Mientras tanto, Gonzalo sigue la pista de un libro que puede ayudarle a desvelar el secreto de su familia, pero tendrá que prescindir de la ayuda de Satur, que ha decidido partir hacia las Américas en busca de Gabi y Estuarda. Por su parte, Juan recibe por fin el permiso del Rey para casarse, pero el marido de Margarita, al que todos daban por muerto, ha regresado y no está dispuesto a dejarla escapar.

La Marquesa recibe la visita inesperada de su cuñado, el Conde de Lizana, que afecta profundamente a los ocupantes de palacio: Nuño deberá ingresar en un seminario para cumplir la última voluntad de su padre, y el Comisario terminará retando a duelo al Conde, a pesar de que éste posee la fama de ser un combatiente sin igual. El Cardenal continúa su juego y entrega al Rey el medallón, pero no el cuadro que contenía. El monarca no se quedará de brazos cruzados y pondrá en marcha un plan para vengarse de Mendoza. Juan intenta por todos los medios que Víctor deje libre a Margarita. La tensión entre ellos es cada vez mayor. La propia Margarita está dispuesta a ir con él para evitar más problemas, pero las intenciones de su marido parecen cada vez más oscuras.

Mientras Águila Roja sigue investigando sobre sus orígenes, la Villa se ve azotada por una serie de asesinatos. Varias mujeres aparecen desangradas por una extraña herida en el cuello. Margarita se convierte en el blanco de este siniestro asesino, mientras que Sátur desconfía de su amigo Cipri cuando todos los indicios apuntan al posadero como posible autor de la muerte de una prostituta. Mientras tanto, la Marquesa de Santillana se enfrenta al hecho de que su cuñado, el conde de Lizana, quiere despojarla de todas sus posesiones para cedérselas a Nuño cuando éste alcance la mayoría de edad.

Águila Roja descubre el paradero del último Montignac vivo en España. Al mismo tiempo, una plaga de langostas asola los campos. La Villa se enfrenta a un grave problema ya que los campesinos, desesperados por el hambre, acuden en masa a la ciudad.

La superstición causa estragos en la Villa cuando al anuncio de un eclipse solar se une un fenómeno extraño: la imagen de la Virgen de la Verdad llora sangre. Algunos fieles comienzan a hablar de una profecía que advierte del fin del mundo. Poco a poco el miedo se va apoderando de las calles. El Comisario tiene problemas para controlar los disturbios. Águila Roja tendrá que ayudar a su hermano. Pese a las reticencias de Gonzalo, Juan decide adelantar su boda con Margarita para casarse al día siguiente. Sátur y Alonso planean salvarse ocultándose en un antiguo refugio. Al mismo tiempo, el palacio de la Marquesa es asaltado justo cuando recibe una visita muy especial: la del monarca francés, Luis XIV.

Los problemas aumentan a medida que se acerca el fin del mundo. Margarita y Alonso continúan encerrados en el refugio subterráneo. Sátur, que es el úniconico que sabe dónde están, sufre un accidente y no puede ayudar a Águila Roja a encontrar a su familia. El pánico supersticioso sigue causando desmanes, y el Comisario pide ayuda al Rey para controlar al pueblo, pero el monarca se niega a que el Ejército intervenga. Juan, decepcionado porque Margarita no ha ido a la boda, visita a Eugenia, una íntima amiga de la infancia. Entretanto, los campesinos de las tierras de la Marquesa, que han tomado el palacio, se divierten sometiendo a las mujeres a juegos macabros.

El descubrimiento de unas antiguas notas entre la madre de Gonzalo y Agustín conducen a Águila Roja y a Sátur hasta un misterioso Castillo. El guardia que violó a Catalina vuelve a las andadas. Cipri piensa en un primer momento que ella está siendo infiel a Floro, pero pronto descubre la verdad e intenta ayudarla. Juan está dispuesto a aclarar a Eugenia que todo fue un error, pero sufre un inesperado encuentro con los padres de ella. En palacio, la visita de Rembrandt provoca emociones encontradas: la Marquesa está entusiasmada con que el pintor la haya elegido como modelo, pero a Nuño le avergüenza que vaya a verse un cuadro de su madre desnuda. Un inesperado giro de acontecimientos hará que Lucrecia se obsesione con su aspecto físico.

La muerte se ha cebado con los campesinos de Valderrobledo y se llevará también a los habitantes de la Villa si Águila Roja no lo remedia. Sátur recibe un duro golpe al enterarse de que Estuarda y su hijo Gabi lo han estado engañando durante mucho tiempo. Irene acude a confesarse sin sospechar que no es un sacerdote quien escucha sus pecados. Los secretos de la joven serán desvelados, desencadenando trágicos acontecimientos. La Marquesa organiza un fastuoso baile en palacio. Durante el transcurso del mismo, el Cardenal Mendoza y el Comisario llevan a cabo un oscuro plan para ganarse el favor del nuncio papal. Mientras, la situación de Juan se complica, ya que Eugenia conoce a Margarita y le pide a ésta que le haga el vestido de novia.

El famoso pirata Richard Blake ha sido apresado después de muchos años asolando galeones españoles. El Rey prepara una ejecución ejemplar. Sin embargo el Cardenal Mendoza y el Comisario tienen otros planes para el reo. Mientras, los hombres del Comisario persiguen a Martín por toda la villa.

La Marquesa y el Comisario están desesperados. Nuño ha sido acusado de violar a la joven Beatriz y permanece encerrado a la espera de su ejecución. Por su parte, Águila Roja intentará conseguir pruebas para demostrar la inocencia de Nuño. Águila es picado por una serpiente venenosa.

El heredero al trono, Felipe Próspero, está gravemente enfermo y los médicos poco pueden hacer ya por él. El Rey, sumido en una profunda desazón, acepta la propuesta del Cardenal Mendoza de recurrir a las oraciones de una famosa abadesa, la madre Isabel, para conseguir la salvación del niño.

Tras la muerte del heredero al trono, el rey pide a Dios que la reina dé a luz un varón, está dispuesto a renunciar a la guerra con Portugal si escucha su plegaria. El Cardenal Mendoza urde un plan para asegurarse de que la reina tenga un niño. En palacio, La Madre Isabel descubre que la Marquesa le robo las cartas cifradas y ahora la vida de Lucrecia corre peligro. La Marquesa pide ayuda al Comisario, pero éste cree que ha perdido la razón al acusar a una religiosa de intentar matarla. La insistencia de la Marquesa hará que Hernán intervenga entre las dos mujeres dejando a Lucrecia a merced de su enemigo.

La historia de amor que empieza entre Cipri y Catalina se ve truncada por la inesperada aparición de Inés. Águila Roja intentará descubrir porque desapareció la mujer del posadero todo este tiempo.

Los hombres del Comisario detienen a todo aquel que tenga síntomas de la peste para frenar la propagación de la enfermedad. Sátur se ha contagiado y Águila Roja cuidará de su fiel escudero hasta el final.

El barco dónde viajaba el pirata Richard Blake ha naufragado. El destino de su mujer, Mariana, está en manos del Cardenal y del Comisario. Mariana no ha confesado dónde está el tesoro de su marido y van a someterla a una vida de vejaciones hasta que acceda a colaborar. Sin que nadie lo sepa, la Marquesa descubre dónde tienen encerrada a Mariana y hace un trato con ella. Los padres de Juan han vuelto a la villa. El compromiso oficial con Eugenia es inminente y Juan tiene que tomar una dura decisión: elegir a Margarita o a Eugenia como su futura esposa

El Comisario da salida al convoy que se dirige a Mongolia ignorando que es la Marquesa y no Marina la que va encerrada en uno de los baúles. Por el camino, Lucrecia se enfrenta sin éxito a sus captores. Mientras, en palacio, Irene intenta ocultar su embarazo.

El Cardenal Mendoza lleva mucho tiempo investigando un asunto clave para su ascenso al Papado: dónde se esconde el Santo Grial. Al caer en su poder la espada de un templario que custodió el Cáliz Sagrado, llega a la conclusión de que éste se esconde en la villa.

Por su parte, Gonzalo y Satur descubren que Juan está prometido al mismo tiempo con Eugenia y con Margarita. El médico, que reconoce su error al ser descubierto, no puede demorar más su decisión y se dispone a romper el compromiso con una de las dos mujeres.

Empiezan a desaparecer niños de varios orfanatos de la villa. Los hombres del Cardenal se encargan de secuestrarlos para darles un destino cruel. Águila Roja y Sátur deberán averiguar qué ha sido de ellos.

Mientras, El Comisario descubre que la que viajaba en el baúl robado no era Mariana, sino Lucrecia. Catalina escucha la conversación y se entera de que la Marquesa está en el baúl que ella enterró con Cipri. Ha pasado demasiado tiempo y Catalina da a su señora por muerta. Gonzalo informa a su familia de que Mariana se va a quedar a vivir con ellos una temporada. Alonso está convencido de que esa mujer es la amante de su padre y no oculta su enfado ante la noticia. Por su parte, Margarita no puede evitar sentir celos.

Águila Roja y Satur investigan la desaparición de varias mujeres embarazadas. Tras salvar de la ejecución al marido de una de ellas, éste les cuenta que su esposa estaba poseída y que se la ha llevado el demonio. Satur, aterrorizado, quiere dejar el caso.

En casa de Gonzalo, la presencia de Mariana sigue causando problemas. Mariana (Mónica Cruz) y Margarita están condenadas a entenderse ya que tienen que compartir la alcoba. El hecho de que la pirata duerma completamente desnuda agrava la situación.

Mientras, Nuño, dirigido y animado por el Comisario, asiste a una recepción con el Rey antes de su ingreso en el Ejército. Lucrecia se enfrenta mal al hecho de que su hijo ya es un hombre y debe partir de su lado. El temor a quedarse sola le lleva a visitar un sucio fumadero en el que comienza a consumir opio.

Un grupo de indígenas, acusados de rebelión, son llevados a la villa para ser ajusticiados ante el Rey. Felipe IV perdona la vida de una joven indígena, fascinado por su belleza, y pide a la Marquesa que la aloje en su palacio.

Un joven profesor de esgrima llega al palacio de la Marquesa ofreciendo sus servicios. Lucrecia lo contratará para que instruya a Nuño, sin saber que la llegada de ese joven desencadenará una serie de acontecimientos que harán que su vida cambie para siempre.

Mateo, un viejo amigo de Sátur, llega a la villa buscando fortuna. La suerte parece no estar de su lado ya que, sin saberlo, se entromete en una de las misiones de los hombres del Comisario. Por otro lado, Águila Roja se enfrenta a un peligroso enemigo del pasado, que regresa buscando venganza. En el Palacio Real, Felipe IV negocia el futuro enlace de la infanta Margarita, con el emperador Leopoldo I. El Rey propone a la Marquesa que acompañe a su hija en el viaje a Viena. Lucrecia va más allá y decide abandonar para siempre la villa para vivir en la corte imperial. Nuño y Catalina irán con ella. Mientras, el Cardenal Mendoza ejecuta un arriesgado plan para robar las Arcas Reales, en el que involucra al Comisario.

Sátur despierta encadenado en una angosta habitación. Aturdido, no sabe que le he pasado. Pronto descubrirá que ha sido secuestrado por alguien muy cercano a él que pretende perjudicar a Águila Roja.

Águila Roja y Sátur investigan el asesinato de unos monjes escribanos. La masacre está relacionada con la existencia de unos textos que podrían hacer tambalear los cimientos de la jerarquía eclesiástica.

Águila Roja se reencuentra inesperadamente con un antiguo amor de juventud. Los recuerdos del pasado afloran descubriendo la etapa que vivió nuestro héroe en China.

El Cardenal Mendoza y el Comisario funden el oro robado al rey y lo convierten en vasijas recubiertas de arcilla. Una vez finalizado el trabajo, asesinan en el bosque a los hombres encargados de realizarlo. Águila Roja encuentra los cadáveres y comienza a investigar.

Mientras, Alonso y su amigo Gabi deciden enrolarse como grumetes en una importante expedición con la que España planea ganar la guerra a Portugal. Los niños planean marcharse en busca de aventuras a espaldas de sus padres. Gonzalo y Satur ignoran que los chavales van hacia una muerte segura.

Los celos de la Marquesa desencadenan acontecimientos inesperados cuyas consecuencias afectan gravemente al Comisario, que es relevado de su cargo. Varios hombres que fueron víctimas de sus injusticias aprovecharán la situación para vengarse de él. Águila Roja deberá intervenir para salvar nuevamente a su hermano. Sátur comienza a acostumbrarse a su nueva y acomodada vida al servicio del Duque de Alba, interpretado por Álvaro de Luna. Pero su situación se complica cuando éste le confía un delicado secreto militar. La conciencia del antiguo escudero de Águila Roja se remueve al conocer las decisiones de los nobles españoles. Mientras, Alonso y su amigo Gabi deciden enrolarse como grumetes en una importante expedición con la que España planea ganar la guerra a Portugal. Los niños planean marcharse en busca de aventuras a espaldas de sus padres. Gonzalo y Sátur ignoran que los chavales van hacia una muerte segura.

Todo el mundo se prepara para la celebración de la fiesta de la cosecha. Sin embargo, Águila Roja y Sátur tienen motivos para estar preocupados. Han encontrado cerca de donde se celebrará la fiesta un cadáver violentamente despedazado.