L'ancienne amie d'un petit garçon est devenue l'idole d'une île : considérée comme la déesse de la vie, elle semble avoir le pouvoir de vieillir et de rajeunir tous les jours, et de guérir les maladies de chacun.

Ginko arrive dans un village où, étrangement, chaque catastrophe naturelle laissant désemparés les villages voisins mène à une récolte exceptionnelle. Parallèlement, un villageois meurt à chaque fois que cela arrive.

Un garçon vient de perdre sa mère en forêt, et est recueilli par Nui, une Mushishi à qui il manque un œil et qui a les cheveux blancs à cause des mushi vivant dans le lac avoisinant.

Ginko retrouve une fille qui a été happée par le ciel lorsqu'elle a voulu attraper une étoile. Lorsqu'elle revient, elle devient chaque fois plus légère, et n'arrive plus à rester sur terre.

Une femme nommée Aki a découvert une tache verte sur sa robe de mariée. Un an plus tard, elle a donné naissance à un garçon qui, devenu adulte, porte les mêmes marques sur son corps. Il s'avère qu'à l'origine, le garçon n'est pas né en tant qu'humain, mais sous la forme d'un blob vert informe, qui s'est ensuite transformé en humain. Son mari demande l'aide de Ginko, mais il est incapable de sauver son fils car c'est l'œuvre d'un "Watahaki".

Taku est un jeune garçon qui s'est toujours demandé qui étaient les gens qui passaient toujours dans les montagnes pendant la saison des pluies. Un jour, il rencontre un garçon nommé Isaza, alors qu'il pêche du poisson. Il semble que Taku ne soit pas le seul à pouvoir voir le Komiyaku dans les montagnes, mais Isaza semble en savoir beaucoup plus que lui sur la montagne.