Aku, zły zmiennokształtny demon, niszczy królestwo młodego księcia, a jego rodzice wysyłają go na wygnanie. Po latach intensywnego treningu i otrzymaniu mistycznego miecza i szat samuraja, książę powraca chcąc uwolnić swój lud od sługusów Aku. Pokonuje on Aku w walce, ale przed ostatecznym uderzeniem, ten rzuca zaklęcie, które wysyła go w przyszłość.

Samuraj zostaje pogrążony w dystopijnym świecie rządzonym przez Aku, przyjmując imię „Jack”. Po walce w nocnym klubie zostaje zatrudniony przez grupę psich górników, aby chronić ich przed siłami Aku.

Uzbrojony w różne bronie i pułapki, Jack w pojedynkę pokonuje żukoboty Aku. Następnie przysięga walczyć z uciskiem demona, dopóki nie będzie mógł powrócić do przeszłości.

Jack nawiązuje kontakt z plemieniem stworzeń, które wykorzystują swoją technologię, by ujarzmić grupę dzikich bestii zwanych „Woolies”. Jack ma przeczucie, że coś tu jest nie tak, coś czego nie widać na pierwszy rzut oka.

Samuraj Jack zaprzyjaźnia się z kolonią naukowców budujących statek kosmiczny, aby uciec od tyranicznych rządów Aku. Jack zgadza się pomóc im w ucieczce, walcząc z blokadą, która orbituje wokół planety, w zamian za podróż w czasie do domu.

Utalentowany wojownik o imieniu Ikra dołącza do Jacka, gdyż szuka magicznego klejnotu, który mógłby odesłać go z powrotem do jego czasów. Jednak prawdziwe motywy Ikry mogą zniweczyć poszukiwania Jacka.

Jack dowiaduje się o potężnej studni życzeń, która może przenieść go z powrotem do przeszłości, ale musi znaleźć sposób na pokonanie trzech śmiercionośnych łuczników, którzy ją chronią.

Rozgniewany niepowodzeniami łowców nagród i najemników w pokonaniu Jacka, Aku wykorzystuje wewnętrzną ciemność samuraja, aby stworzyć lustrzane odbicie, którego jedynym celem jest zniszczenie go.

Kiedy Jack słyszy opowieści o rasie płazów żyjącej w podwodnym mieście Okeanos, która posiada wehikuł czasu, wyrusza do miasta i jest witany przez jego Tricerakiny, jednak nie jest przygotowany na straszną niespodziankę.

Wezwany przez tajemniczy głos dobiegający z pobliskiego wulkanu, Jack pokonuje wiele przeszkód i pułapek, aby znaleźć króla Wikingów przekształconego w gigantyczną figurę skalną przez Aku, który nalega, aby Jack zabił go w bitwie, aby mógł dotrzeć do Walhalli.

Przekraczając pozornie niekończący się most, Jack spotyka Szkota: silnego, choć impulsywnego, stereotypowego szkockiego wojownika, który również dzierży zaklęty miecz. Ich kłótnia przeradza się w walkę, która powoduje, że oboje spadają z mostu. Po uświadomieniu sobie, że Aku wyznaczył za nich nagrody, łączą siły, aby uciec.

Jack łączy siły z kilkoma gangsterami, aby zbliżyć się do Aku. Jedynym sposobem na to jest zdobycie mistycznego klejnotu strzeżonego przez trzy żywiołaki.

Chcąc osłabić popularność Jacka wśród swoich poddanych, Aku gromadzi dzieci z całego świata w swoim pałacu i opowiada im serię „bajek”, z których wszystkie przedstawiają go jako bohatera, a Jacka jako złoczyńcę.

Po tym, jak brak umiejętności skakania powoduje, że Jack traci szansę na powrót do domu, pomaga on pokojowemu plemieniu małpo podobnych stworzeń, z atakami większego, rywalizującego plemienia. W zamian za pomoc ludzki przywódca plemienia uczy go, jak wysoko skakać.

Trzy opowiadania: 1) Jack vs robak: Jack konfrontuje się z dwugłowym wężem, który spełni jego życzenie, jeśli odpowie na jego pytania; 2) Zjadacze Metalu: Jack konfrontuje się z rodziną, która żywi się metalem i chce zjeść miecz Jacka; 3) Jack, Gargulec i Wróżka: Jack próbuje uratować spełniającą życzenia wróżkę przed gargulcem, aby mogła spełnić jego życzenie powrotu do domu.

Jack zostaje schwytany i zabrany do „Kopuły Zagłady”, gdzie jest zmuszony do walki jako gladiator przeciwko mistrzom Kopuły

Szkot potrzebuje pomocy Jacka, by uratować porwaną żonę. Ale ta kobieta nie jest, aż tak bezbronna, jak przedstawia ją Szkot.

Podczas badania zniszczeń kilku rozproszonych wiosek Jack dowiaduje się, że odpowiedzialne za to są nowe „ultra-boty” Aku. Nie mogąc ich zniszczyć, otrzymuje pomoc z nieoczekiwanego źródła: ich twórcy.

Po natknięciu się na ruiny rodzinnej posiadłości Jack przypomina sobie niektóre wspomnienia z dzieciństwa.

Jack szuka prawdy, wspinając się na „Górę Fatum” z trzema mnichami.

Wioskę opanowuje smród dochodzący z Iglicy. Jack bada Iglicę i znajduje tam smoka z ciężką niestrawnością.

Aku rzuca wyzwanie Imakandi - uważanym za największych łowców we wszechświecie - by schwytali ostateczną zdobycz: Jacka.

Aku wysyła swojego sługę Demongo demona, który chwyta i zniewala dusze wojowników, aby pokonał Jacka.

Jack musi ścigać tajemniczego złodzieja, który ukradł mu ubranie podczas kąpieli, ale sprawy komplikują się, gdy jego pościg prowadzi go do innego świata, którego mieszkańcy mogą patrzeć na jego nagość.

Wspinając się na górę, Jack spotyka ukrytą społeczność wojowników, którzy od pięciu pokoleń walczą z armią robotów, oferuje on pomoc w zakończeniu walki.

Kiedy gang motocyklistów-robotów niszczy sandały Jackowi, szuka on zemsty, ale zdaje sobie sprawę, że nie może tego zrobić bez odpowiedniego obuwia.

Jack wpada na starego czarodzieja, który zamienia go w kurczaka – którego nikt nie może zrozumieć. Zostaje schwytany i zabrany na walkę ze zwierzętami, w której musi pokonać robota-żuka i węża. Jack wygrywa, ale musi potem walczyć z pająkopodobnym stworzeniem, gigantycznym robakiem oraz szczuropodobnym mechanicznym „Kończycielem”. Serie wygranych Jacka czyni jego nowego właściciela bogatym człowiekiem, ale kiedy wychodzi kupić przyzwoite ubrania, wpada na tego samego czarodzieja, który rzuca na nich zaklęcie – powodując, że Jack staje się człowiekiem, a jego były właściciel kurczakiem.

Aku postanawia raz na zawsze zrobić coś z Samurajem i zwabia go na cmentarz. Następnie zostają wypuszczane hordy nieumarłych, a jednemu ze stworzeń udaje się posiąść miecz Jacka i dostarczyć go Aku. Uzbrojony w miecz i własne zmiennokształtne moce, Aku prowadzi obdartego Jacka, a następnie łapie go i próbuje zabić jego własnym mieczem… jednak broni nie może wykorzystać do krzywdzenia niewinnych. Miecz nie jest w stanie skrzywdzić, Jacka, który odzyskuje broń i odpędza Aku.

Jack przyjeżdża do tawerny i zapoznaje się z jej płaczącym właścicielem. Potem atakują go ciemne postacie, ale Jack odkrywa, że są nastolatkami, które są pod wpływem muzycznego zaklęcia. Powalając jednego i podążając za nim w przebraniu, Jack znajduje imprezę i DJ'a grającego złowieszczą muzykę. DJ zauważa Jacka i dochodzi do bójki. Jack prowadzi walkę w stronę DJ-a, który jest mu prawie równy. Kiedy samuraj zyskuje przewagę, DJ zakłada strój bojowy, ale Jack w ostatniej chwili odzyskuje utracony miecz i triumfuje, uwalniając nastolatków spod wpływu zaklęcia.

Podczas podróży pociągiem w stylu dzikiego zachodu, Jack jest śledzony przez łowcę nagród, Ezechiel Klencha. Udaje mu się go pokonać, ale nieświadomie pada ofiarą byłej żony Ezechiela, Józefiny.

W przeszłości, podczas swoich dni szkolenia w Egipcie jako chłopiec, samuraj zawędrował do świątyni i zobaczył część starożytnej przepowiedni dotyczącej Seta. W dzisiejszych czasach, gdy podróżuje do Egiptu, Aku odkrywa trzech starożytnych sługusów Seta i każe im zabić Jacka w zamian za ich uwolnienie. Trzy stworzenia, uzbrojone w mistyczną broń, okazują się przeważającymi przeciwnikiem dla Jacka, jednak on pamięta przepowiednię. Rozwiązując serię zagadek, Jack składa trzy części skarabeusza i przyzywa starożytnego boga, aby zniszczył złowrogie stworzenia.

W celu dostania się do wrót czasu, Jack musi minąć jezioro, które wsysa każdego na samo dno, kto próbuje je przekroczyć. Miejscowi przywołują starożytne stworzenie, które może chodzić po dnie, jednocześnie jest wystarczająco wysokie, aby być nad wodą. Wodny stwór prowadzi Jacka do innych stworzeń: pełzającego stwora, który pomaga Jackowi przejść przez górę, i latającego stwora, który zabiera go do portalu. Następnie Jack musi zmierzyć się ze strażnikiem, potężnym wojownikiem z nieograniczonym arsenałem broni i niesamowitą siłą, który mówi, że przejść przez portal może tylko jeden człowiek - ten który go pokona. Ostatecznie Jack zostaje pokonany, a Strażnik odsyła z powrotem. Na tle portalu zostaje ukazany wojownik (który wygląda jak starsza wersja Jacka). W czasie, gdy Strażnik, mówił, że Jack nie może użyć portalu, miał na myśli - że nie jest jeszcze gotowy.

Przemierzając pustynię w poszukiwaniu Kryształu Caliostro, Jack natrafia na oazę. Nieświadomie natrafia na nadmiernie przyjazne stworzenie, które zaczyna podążać za Jackiem, będąc balastem podczas jego misji. Po tym, jak stworzenie zjada kryształ, Jack jest bardzo zdenerwowany, z samego rana stworzenie odkrywa, że samuraj je porzucił. Jack w międzyczasie wpada na kilka wrednych robotów, które są dla niego zbyt mocnymi przeciwnikami. Słysząc krzyki bólu Jacka, a następnie widząc go nieprzytomnego, stwór wpada w szał i przemienia się w swoją okrutną formę, by pokonać roboty. Jack budzi się i zastanawia się, co stało się z robotami.

Jack znajduje bagno, na którym na jego wezwanie odpowiada wredny pustelnik. Pustelnik opowiada Jackowi o tytanie Kronosie i jego mocach panowania nad czasem i przestrzenią, które teraz są zamknięte w trzech częściach rynsztunku wysadzanych kamieniami mocy. Zdobycie reliktów wiąże się z pokonaniem trzech pułapek: hełm jest ukryty w pułapce wodnej, pierwsza rękawica w pułapce wulkanicznego powietrza, a druga w kopule soczewkowej. Jackowi udaje się pokonać wszystkie trzy pułapki, a pustelnik ożywia zbroje.

When Jack enters a spooky, old mansion and gets locked inside, he catches sight of a figure and sets after it to find out what is going on. As Jack is led further and further in, he discovers that the house and its inhabitants have an evil plan that involves…him.

Jack falls into a hidden temple sanctuary to find monks trained like him in the style of the Ancient Master. The Ancient Master's Son then tells Jack of a portal to send him home, but in order to use it, his new friends must be sacrificed.

Jack is carefully making his way through a labyrinth to reach a mysterious box - the problem is, so are two thieves.

Aku sends a Ninja to destroy Jack who is busily helping a port town in distress.

Jack enters a village to discover that he is their Chosen One meant to embody the Robo-Samurai and destroy the Mondo-bot that has come to destroy them.

Jack is approached by a cool Samurai-punk who wants to battle with Jack in order to prove that he is the best.

When ancient gods try to destroy a powerful evil, they send one piece of the beast hurtling through space. This piece lands on earth, spreading its evil through the land. When it encroaches on an Emperor's empire, he takes it upon himself to destroy the evil, but ends up unleashing the evil that is Aku.

Jack has lost all memory of who he is and it's up to the Scotsman to put the pieces of the puzzle together to save the samurai.

When Aku catches a cold and sneezes on Jack, Jack becomes infected with Aku’s badness which begins to take over his entire body.

When Aku raises the bounty on Jack, the best bounty hunters in the world gather to capture him.

Jack helps save a Prince and Princess whose ship has been shot down to Earth by Aku.

Tired of all the bounty hunters and robots failing, Aku fights Jack, mano y mano.

As Jack goes through fall, winter, spring and summer, he must battle the perils that each season brings.

Aku forces an old, ace robot assassin out of retirement to eliminate the ultimate mark - Jack.

Young Jack is brought to Africa for part of his training, but when his tribe is abducted, he must learn how to use their unique sword-like weapon – and fast!

Jack finds a baby and the two travel together as Jack tries to return the boy to his mother.

It's been 50 years since we last saw Samurai Jack and time has not been kind to him. Aku has destroyed every time portal and Jack has stopped aging, a side effect of time travel. It seems he is cursed to just roam the land for all eternity. His past haunts him as well as a cult of assasins dedicated to killing him for Aku's glory.

Jack's will to survive is pushed to its absolute limits after a deadly, unseen foe launches a relentless surprise attack.

Samurai Jack is gravely injured, but still decides to face one of the deadliest foes he's ever faced, Assassins from the Cult of Aku.

Samurai Jack partners with a deadly assassin in order to escape a gargantuan creature that has swallowed them whole.

Samurai Jack fights to save a group of enslaved people from being harvested as the power source for a monstrous Mega-Robot.

Ashi's search for Samurai Jack helps her to see his effect on the world after encountering numerous people and places where he has changed things for the better

Jack and Ashi overcome a series of dangerous physical and spiritual tests in order to recover Jack's sword.

The burgeoning relationship between Jack and Ashi takes a turn after they are hunted by one of the galaxy's deadliest creatures.

Samurai Jack's worst fear is realized when he faces off against Aku; the demon makes a shocking discovery about Ashi that puts her in grave danger.

The fate of the entire universe hangs in the balance as Samurai Jack faces Aku.