ついにプロ試験予選当日。予選は５日間で１日１局、３勝したものから一ヶ月後の本戦へ進むことができる。院生のほかに外来の受験者も来ていた。そんな中、外来としてひげ面の椿という男も受験会場に現れる。その風貌や振る舞い、雰囲気にヒカルは完全に呑まれてしまう。ヒカルの初日の対戦相手は、なんとその椿だった！

初戦敗退したヒカルは普段の力を出し切れず、二日目も敗れ、後がなくなった。あと一敗してしまえばプロ試験に進むことはできない。三日目の対戦相手は同じ院生仲間のフク。相性のいいフクと打つことでどうにか弾みをつけたいヒカルの最大の懸念は椿の存在。そんなヒカルが編み出した必勝法は椿に会わないように時間ぎりぎりに行くことだった！はたしてこの戦法でヒカルは連敗脱出できるのか!?

大人相手の対局の経験をさせようと、和谷と伊角はヒカルをとある碁会所へ連れて行く。「折角３人で行くのにただ打つだけじゃ面白くねーな」和谷がとある提案をする。大人相手に３対３の団体戦で勝負をし、ヒカルたちが勝てば席料サービス、負ければ席料＋店の碁石洗いをするというもの。結果はヒカルたちの圧勝。大人たち相手のハンデは２子、そして３子と増えていく。驚くヒカルと伊角に、和谷は、プロ試験を合格するにはこれくらいといきまくのだった！

プロになったアキラは地域の「囲碁まつり」で、都議と秘書ら４人相手の指導碁をすることに。プロ棋士とて客あっての商売、相手に気持ちよく勝たせてあげることがこの場合の最優先事項とアキラは言われる。しかし、見栄っ張りで態度の大きい都議にアキラがとった手とは！？一方、碁会所でもまれるヒカルはある課題に取り組んでいた。それは対局をわざときっちりと「持碁（じご）」(引き分け）にすることだった！

碁会所で腕を磨くヒカル・伊角・和谷。三人は強いと評判の碁会所へ向かう。ヒカルはその碁会所で、ある少年の存在に気がつく。この碁会所に来る直前、彼を見かけていたのだ。その少年－洪秀英（ホンスヨン）は韓国のプロ棋士養成所の研究生だという。同じプロの道を目指すヒカルと洪が真っ向からぶつかり合う！勝者はどちらだ！？

ちょっとしたいざこざから始まった洪秀英との対局。盤上互角の戦いを見せる中、海王中囲碁部顧問の尹（ユン）先生が訪れる。その激しい攻防を見守る尹先生は過去のヒカルの対局を思い出していた。お互い負けられないこの一局、双方厳しい一手の応酬が続く。しかし、ヒカルの打った一手は明らかに失着！誰もがその読み違いに落胆の色を隠せない中、ひとり佐為だけがヒカルの真意を読み取っていた！

ついにプロ試験本戦。これから2ヶ月かけて28名から上位3名が合格となる。受験者はみな緊張した面持ちで試験会場の大広間に集まっていた。予選初日ではガチガチに緊張していたヒカルだったが、碁会所特訓の成果がでたのか、椿に会っても逆にリラックスできるようになっていた。そして、抽選の結果、ヒカルの最初の対局相手は飯島に。それぞれの思いを秘めた受験者達の、プロ試験合格への長い戦いが始まった！

プロ試験本戦も序盤から中盤へ。第６戦を終え、全勝は伊角・和谷・越智・ヒカルの４人。第７戦のヒカルの対局相手は椿。今ではもうすっかり落ち着きをみせたヒカルは、椿とも対等に話をすることができていた。ヒカルはもちろん椿や飯島を始め、受験者は皆それぞれこのプロ試験へ並々ならぬ思いを抱き挑んでいる。そんなプロ試験の真っ最中、去年プロ試験を合格したアキラは指導碁を引き受けた越智の家のドアをたたくのだった。ただただヒカルの実力を知りたいがために！

ヒカルの今日の対局者は伊角。全勝の伊角と一敗のヒカルにとってこの対局は合格への大事な一局であり、ここから上位陣同士の星のつぶしあいが始まってゆくのだ。いくらヒカルがここ数ヶ月で力をつけているとしても院生1位の伊角に自信の揺らぎはなかった。対局が進み、中盤での攻防は伊角優勢。しかし、越智が目にした対局時計は、伊角の持ち時間が半分を切っていることを示していた！

ヒカル対伊角の対局。劣勢の中ヒカルは、伊角の指が一度石から離れたようだと指摘すべきか思い悩む。もし打ち直しをしていれば、その場で伊角は反則負け。そんなヒカルに佐為は、逆転を狙っている手を試したくないのかと問う。だが、ヒカルはどうしても１勝がほしい・・・。その時、伊角がとった行動とは！？

伊角対越智の対局が始まった。ヒカルとの一局以来連敗続きであった伊角だったが、越智との対局ではいつもの彼に戻っていた。伊角の本来の強さに押され気味の越智。伊角は自分の碁が自分を支えているという自信を胸に、完全復活を遂げ勝利を収める。そして、彼はヒカルに「まだプロ試験は終わっていない。まだこれからだ。」と告げるのだった！

プロ試験も終盤に突入した。上位から少し離された受験生も徐々に後がなくなってきつつある。椿もとうとう合格の望みがついえた。予選の時に比べ成長しているヒカルに後を託す椿。一方、アキラの厳しい特訓を受ける受験生トップの越智は、アキラのヒカルへの執着が理解できない。そんな越智にアキラが見せた驚愕の棋譜とは！？

残り２戦となったプロ試験。和谷との対局を控え、佐為と打つヒカル。苦手だった目算やヨセも正確になり、攻守の均衡が取れた碁が打てるようになってきた。穏やかに流れる時間の中、ふと一抹の不安が佐為の心に芽生える。ヒカルといつまでも一緒にいられるのだろうか？そんな佐為の不安をよそにヒカルは和谷の待つ対局場へ向かうのだった！

和谷対ヒカルの一局は続く。その横で本田が片桐に敗れた。これで本田の合格の可能性は消え、ヒカル、和谷、伊角が残り二枠をかけて争うこととなる。白の和谷に対し劣勢に立たされたかに見えるヒカル。しかし、佐為は黒が活き残る手がまだ残されていることに気付いていた。果たしてヒカルはその難しい一本の道にたどり着くことができるのか？

ヒカルの最終戦の相手は既に合格を決めた越智。対局開始前の越智の言葉にヒカルは動揺を隠せない。アキラが越智に碁の指導を授けており、さらにこの対局で越智がヒカルに勝ったときには、越智をライバルとして認めると言ったという。しかし裏を返せば、逆にヒカルが越智を破れば、アキラはヒカルをライバルとして認めるということなのだろうか！？ヒカルは越智の向こうに、まざまざとアキラの視線を感じるのだった。残る合格枠は２つ。院生たちそれぞれの思いをこめていよいよ最終戦が始まった！

ヒカル対越智の対局は両者一歩も引かないギリギリのせめぎ合いが続く。プロ棋士として２０連勝中のアキラもこの一局に注目していた。この対局によって、謎めいているヒカルの実力がわかる！一方、先に対局を終えた４敗の伊角は、ヒカルと和谷の結果待ちに。もしどちらかが負ければプレーオフとなり、伊角の合格の可能性が出てくる。果たしてプロの世界へあがるのは誰だ！？

プロ試験に合格したヒカルと和谷。何も知らないヒカルに和谷は記録係りの仕事について教えようとするが、ヒカルはアキラや塔矢名人などプロ棋士と対局できると浮かれっぱなし。そう、ヒカルはやっとアキラと同じプロの世界に足を踏み入れたのだ。「いつかは対局できる！」ヒカルがそう叫んだ時、佐為の心にある不安が芽生えるのだった。「ヒカルはもう私に打たせてくれる気はないのだろうか？」と・・・。

ついに始まったヒカル対塔矢名人の新初段シリーズ。佐為に１５目の仮のハンデを課すことで、佐為に打たせてやることにしたヒカル。無茶とも思えるハンデのため、まともな打ち回しはできない。一手目から２０分の持ち時間を使うヒカルに周囲は驚きを隠せない。さらに序盤から積極的に戦いを仕掛けに行くヒカル。早々に仕掛けなければ勝機はない。複雑な戦いに誘い込もうとする佐為の思惑に、果たして塔矢名人は！？

ヒカルの新初段戦で塔矢名人と対局することができた佐為。しかし、それは自らにハンデを課した対局であり、望んでいた神の一手を極めるはずの対局とは程遠いものだった。はたして互先での対局は実現するのか？はるかな高みをともに目指す対局は無理なのか？そして、何のために自分は存在しているのか？そう自問する佐為は、千年前全てが始まったあの大君の御前での対局を回想するのだった・・・

囲碁の催し物にやってきたヒカルと佐為。その会場の一角にある販売コーナーで「本カヤ碁盤」と偽られた碁盤が売られていた。販売員とともにプロ棋士の御器曽がその企みに一枚かんでいるらしい。ヒカルと佐為はその碁盤が偽物だと見抜くが、その横には何と本因坊秀策ゆかりの碁盤が！どちらも本物だと言い張る御器曽プロに対し佐為は！？

新入段者の免状授与式に出席したヒカル。合同表彰式の会場には最多勝利者及び最多対局者の倉田や勝率第一位賞、連勝賞の二つを受賞したアキラの姿も。すれ違うアキラは無言のままヒカルの横を通り過ぎた。そのアキラの態度は対戦相手への宣戦布告を意味していた。そう、ヒカルの大手合の組み合わせ表には初戦の相手が「塔矢アキラ」と書かれていたのだ！

ヒカルと佐為は塔矢名人が入院している病院へ向かう。そこには緒方九段らもお見舞いに来ていた。入院期間中、塔矢名人は暇つぶしのためネット碁をするという。そのネット碁という言葉に反応するヒカル。そんなヒカルに対し、不信な目を向ける緒方。緒方の中でひとつの思いが浮かび上がった。ヒカルとｓａｉの関係があるのか？と。

ネット碁界では塔矢行洋参戦の噂で各国の棋士が色めき立っていた。一方、塔矢名人対緒方九段の十段戦第４局は塔矢名人の勝利となり、二勝二敗で最終戦へ。静養中の塔矢名人だが、ｓａｉとの一局を前に気を引き締める。退屈しのぎで始めたネット碁とはいえ、負けられない対局と位置付けた塔矢行洋。sai対塔矢名人の対局はいよいよ明日に！

ついにｓａｉ対塔矢名人のネット碁での対局が始まった。ヒカルは塔矢名人の「負けたら引退する」という言葉に動揺を隠せない。一方、和谷をはじめ、ネット碁に興味を持つ各国アマ棋士達も、この「sai VS toya koyo」の一戦に注目していた。まだ始まったばかりのこの一局だが、佐為と名人、お互いの気迫がぶつかりあう！！

ｓａｉ　ＶＳ　ｔｏｙａ　ｋｏｙｏの緊迫したネット碁対局は進む。その対局を若手研究会のアパートでネット観戦していたアキラはなぜ父がｓａｉと打っているかという疑問を抱いていた。この対局は事前に約束されていたことから、父がｓａｉと会っていたのではという考えに行き着く。そして、ヒカルが病院へ見舞いに来ていたということを思い出し・・・

ｓａｉ　ＶＳ塔矢名人の対局が終わった。ヒカルはその対局の中心に自分がいたことに満足する。しかし、塔矢名人の、負けたら引退するという言葉を思い出したヒカルは、翌日病室を訪ねる。そのとき塔矢名人の口から出たのは、ｓａｉともう一回打たせてほしいという申し出だった。そして、ヒカルと塔矢名人とのやりとりを病室の外で偶然耳にした緒方九段は！？

王座戦一回戦に勝利した倉田は、長野で行われている十段戦第五局、塔矢名人対緒方九段の勝負の行方を気にしていた。棋院で棋譜を見た倉田は、名人の打ち筋の変化に驚く。対局は名人の負けに終わったものの、その若々しい内容は倉田を感嘆させるのに十分だった。一方、名人の敗戦の原因が佐為との対局にあったのではと思うヒカルは、「負けたら引退」という名人の言葉を思い出し悩む。

トップ棋士・塔矢行洋四冠の突然の現役引退に囲碁界は上を下への大騒ぎ。多くの棋士が塔矢元名人を訪ねる。その中には倉田六段の姿もあった。倉田は声をかけてきたアキラに対しヒカルの名を口にする。「進藤は要注意だ！」と。その言葉を聞いたアキラは・・・

祖父の蔵でヒカルは、以前佐為が宿っていた碁盤のしみが薄くなっていることを発見する。そのことを気のせいだと思うヒカルだったが、佐為はそれを自らが消え行く前兆と感じるのだった。翌日ヒカルは、地方での一泊二日の仕事に行く。そこには緒方九段の姿が！ヒカルはｓａｉとの関係を追及されることをおそれるが、酔った緒方にからまれ・・・