Conan, Ran und Kogoro gehen in einem beliebten Restaurant essen. Das Nebenzimmer haben drei Mitarbeiter der Universität gemietet, von welchen kurze Zeit später einer ermordet wird!

Die Detective Boys und Conan werden von Professor Agasa in die Villa seines verstorbenen Onkels eingeladen, wo angeblich ein Schatz versteckt sein soll. Neben den Hinweisen des Professors finden die Jungs auch mysteriöse Symbol-Codes im Haus. Die Suche nach der Lösung beginnt!

Conan und die Detective Boys versuchen immer noch, das Rätsel um die mysteriösen, unschlüssigen Zeichen zu lösen. Hierbei müssen alle akribisch mitarbeiten, um kein Detail bei der Suche zu übersehen. Als sie sich langsam einen Reim auf die Zeichen machen können, finden sie etwas Dramatisches...

Die Detective Boys, Conan und andere Kinder machen sich auf den Weg zu einem Lehrgang. Dort wird die Kunst des Puppenspiels durch den Drehbuchautor Hajime Kaifu erprobt. Schon zu Beginn ist nicht alles friedlich, und es wird viel Kritik an den Fähigkeiten der anderen geübt. Als Conan dann aber hellviolette Augen sieht, die deren Unterkunft zu beobachten scheinen, ziehen alle wieder an einem Strang, um zu ermitteln.

Heiji erhält wird dazu aufgerufen zum Haus der Familie Takeda zu fahren. Auf dem Weg dorthin verläuft er sich gemeinsam mit Kazuha. Der US-amerikanische Junge Robert Taylor scheint vom gleichen Schicksal geplagt zu sein. In einem Auto kommen ihnen Kogoro, Ran und Conan mit Yuzo Takeda, dem Sohn der Familie, entgegen. Auch sie sind auf dem Weg zu dem Haus, um eine angeblich existierende Spinnenkönigin von schlimmen Taten abzuhalten.

Kazuha bleibt zunächst verschwunden. Das Hausmädchen Miyuki erzählt dass der Amerikaner Robert vor drei Jahren in die zu Tode gekommene Misa verliebt war. In letzter Sekunde können Heiji und Conan verhindern, dass Kazuha vom Spinnenmörder getötet wird. Doch der Mörder kann fliehen...

Heiji und Conan klären das Geheimnis des Spinnenhauses auf. Die Morde wurden keineswegs von der Spinnenkönigin begangen!

Kogoro wurde zu einer Show ins Aquarium von Beika eingeladen und nimmt Ran und Conan mit. Zuvor treffen sie den Star der Show, Michiko Osawa. Hinter der Bühne werden sie Zeuge davon, wie sich Michiko ihrer Kollegin Yuriko gegenüber hochnäsig verhält. Während der Show kommt es dann zur Katastrophe...

Kogoro wird von seinem Arzt Dr. Araide zum Abendessen eingeladen. Dort wird ihm klar, dass die Familie Araide alles andere als glücklich zu sein scheint...

Conan stellt fest, dass alle für die Zeit des Stromausfalls ein Alibi haben - außer Yoko!

Conan, Ran und Kogoro sind mit Sonoko in den Vergnügungspark Tropical Land gefahren, um dort Schlittschuh zu laufen. Am Abend findet ein Feuerwerk statt. Als Sonoko auf Toilette geht, findet sie das Mitglied eines Tontaubenschießclubs tot vor.

Während Conan schon den Mörder ermittelt hat, beschuldigt Kogoro Kunitomo Oda, den Mord begangen zu haben. Aber Conan greift ein und kann beweisen, dass tatsächlich jemand anderes die schreckliche Tat verübt hat!

Ran entdeckt in der Zeitung einen Wettbewerb, bei dem der Gewinner eine Schiffsreise zu den Delfinen von Ogasawara ergattern kann. Gemeinsam mit Kogoro und Conan geht sie an Bord des riesigen Schiffes, das mit nur zehn Passagieren ablegt. An Bord befindet sich auch Kogoros ehemaliger Chef, Polizeiinspektor Samezaki, sowie Heiji Hattori, ein Schülerdetektiv aus Osaka. Es stellt sich heraus, dass ein lang gesuchter Verbrecher an Bord sein soll und prompt wird auch jemand umgebracht!

Der Schauspieler Komiyama wird tot in seiner Umkleidekabine gefunden. Drei Kollegen gestehen den Mord, denn alle drei haben ihm kurz zuvor - jeder für sich - eine Vase über den Schädel gezogen. Irgendetwas stimmt hier nicht!

Auf dem Heimweg von der Schule entdecken Ai und Conan den Porsche der Männer in Schwarz. Conan zögert nicht lange und stattet ihn mit einer Wanze aus!

Conan findet heraus, dass Pisco einer von sieben Verdächtigen sein muss, welche allesamt berühmte Persönlichkeiten sind. Als er und Ai den Saal verlassen, werden sie in der Reportermenge getrennt und Ai wird entführt.

Sherry kann durch den Kamin auf das Dach fliehen, wird dort allerdings bereits von Gin und Vodka erwartet und angeschossen. Bevor sie sie jedoch ganz erschießen, eilt ihr Conan zu Hilfe, und Sherry kann in den Kamin zurückflüchten. Doch im Weinkeller wartet Pisco schon auf sie...

Conan ermittelt bei einem augenscheinlichen Unfall. Er hat bald einen ganz anderen Verdacht!

Kogoro wird vom Musikproduzenten Kana gebeten, an einer Dinnerparty zu Ehren des Stars Gerald Tenma teilzunehmen. Seit einiger Zeit bekommt Kanas Frau Misaki merkwürdige Anrufe, sowie Blumen und Drohbriefe. Während die Dinnerparty im vollen Gange ist, wird Misaki überfallen - und kurze Zeit später ist Tenma tot...

Conan findet heraus, dass Tenmas Mörder ihn nicht eigenhändig umgebracht, sondern ihm eine Falle gestellt hatte. Das Schwert, das ihn durchbohrte, war am Kronleuchter befestigt gewesen und ist dann senkrecht auf ihn herabgefallen. Wer ist der Täter?

Auf der Straße fallen den Detective Boys ein Ring und zwei S-Haken vor die Füße. Beim Zusammensetzen erkennen sie, dass es sich um einen SOS-Notruf handelt. Werden sie dem Sender dieser Botschaft zu Hilfe eilen können?

In einem Kaufhaus vertreiben sich die Detective Boys die Zeit. Sie sammeln Kassenbons, um zu sehen, was die Leute so eingekauft haben. Einige Bons machen die Detective Boys stutzig, denn es wurde auch Gift beschafft. Sie befürchten das Schlimmste und begeben sich auf die Suche nach dem Kunden!

Kogoro, Ran und Conan wurden von der ehemaligen Sängerin Beniko Suo eingeladen, an einer Wohltätigkeitsveranstaltung zugunsten von Kindern teilzunehmen. Alle Teilnehmer sowie Kogoro haben im Vorfeld seltsame Drohbriefe erhalten - von der "Stimme der grausamen Masken". Mitten in der Nacht klingelt bei Kogoro das Telefon und eine verzerrte Stimme kündigt einen Mord an. Kurz darauf wird Frau Suo getötet. Da ihr Schlafzimmer nur über den Westflügel zu erreichen ist, gehen die Polizei und Conan davon aus, dass der Mörder unter den fünf Personen sein muss, die im Westflügel untergebracht waren. Kann Conan den Täter ausfindig machen?

Etsuko Furukawa, die Chefin einer Fernsehproduktionsfirma, engagiert Kogoro, um ihre Mutter zu beschützen, die drei Tage zuvor angegriffen wurde. Im Haus der Furukawas treffen Kogoro, Ran und Conan auf Etsukos jüngeren Bruder Koji. Es kommt zu diversen Sticheleien und Streitigkeiten zwischen den Geschwistern. Kurz darauf wird Frau Furukawa ermordet...

Conan, Ran und Onkel Kogoro fahren fürs Wochenende aufs Land. Neben ihnen wohnt das Team einer Krimiserie mitsamt des Stars Sunaoka. Später am Abend stellt sich heraus, dass Sunaoka mit fast allen zerstritten ist und er droht, aus der Serie auszusteigen. Das würde die Anderen den Job kosten... Wenig später wird Sunaoka dann tot in seinem Zimmer gefunden.

Alle Indizien deuten darauf hin, dass der Schauspieler Kazuyoshi Sunaoka von einem Schützen außerhalb des Waldgasthofs umgebracht wurde. Doch Conan findet Beweise, die ihn dem wahren Täter auf die Spur bringen!

Die Detective Boys fahren mit Ai und Professor Agasa zum Campen. Beim Holzsammeln im Wald entdecken sie den Eingang einer Tropfsteinhöhle, welche sie auch gleich erkunden. Kann das gut gehen?

Die Verbrecher sind Conans Freunden dicht auf den Fersen, doch sie sollen nicht die einzigen bleiben die ihm mit einer Pistole drohen!

Die Tatsache, dass Ran Conans Blutgruppe kennt, macht ihn stutzig. Er ist sich sicher, dass sie dann auch weiß, wer er in Wahrheit ist...

Während Rans Theaterstück ist ein Mord passiert. Es gibt vier ehemalige Absolventen der Schule und eine Schülerin als Verdächtige. Zunächst sieht es noch so aus, als hätte der Arzt Kamata wegen seiner unerfüllten Liebe zu der Schülerin Ayako Selbstmord begangen. Doch dann kommt alles anders!

Shinichi möchte Ran endlich seine wahre Identität gestehen. Für dieses Unterfangen braucht er die nötige Ruhe. Er geht mit ihr essen. Auch im Restaurant fällt es ihm schwer, sich zu offenbaren. Doch dann, kurz bevor er sich endlich dazu durchgerungen hat, geschieht ein Mord!

Während Ran im Restaurant sitzt und auf Shinichi wartet, löst dieser mal wieder einen Fall. Der Chef einer Spiele-Firma ist ermordet worden. Unter Verdacht steht einer seiner Angestellten, der ein Verhältnis mit seiner Tochter hat.