검은 조직이 국회의원에 출마하려는 군인 출신 정치인의 암살 계획을 코난과 FBI가 저지하는 에피소드. 요코(오소라)가 소개해 준 아나운서 미즈나시 레나(손예나)의 사건 의뢰로 코난이 껌에 붙어 둔 도청장치가 레나(손예나)의 구두에 붙은 것이 사건의 시작이다. 후반부에 코난과 FBI가 검은 조직을 쫓는 도중에 레나(손예나)가 교통사고로 중태에 빠지게 된다. 또한 도청장치가 진에 의해 발각되어 코고로(유명한)가 위험에 처한다.

란(미란)에게 러브레터가 온 가운데, 우연히 집에 누군가 들어온 흔적을 발견한 학교 선배를 만나는 에피소드. 학교 선배와 옛 첫사랑과의 사건의 연관성을 소노코(보라)가 마취총 없이도 코난과 흡사하게 추리한다.

아이(장미)와 비슷한 성향을 가진 4학년 여학생을 소년(어린이) 탐정단이 찾아 다니는 에피소드. 검은 조직의 소행일지도 몰라 아이(장미)는 코난의 모자를 빌려 쓰고, 여학생의 임시 담임에 대해 수상하게 생각한다.

편의점에서의 증언과 유미(김유미) 순경을 통해 여학생이 왜 수상한 행동을 보였고 어디에 있는지 밝혀내는 에피소드. 코난이 4학년 여학생의 임시담임에 대한 의심을 거둔다. 에필로그에 코난이 조는 중 란(미란)이 코고로(유명한)에게 새로 전학 온 남학생이 레나(손예나)와 닮았다고 얘기한다.

의뢰인의 실종된 여자 친구가 의뢰인과 처음 만났던 장소에 있던 밀폐된 의뢰인 자동차 속에서 숨진 채 발견되는 에피소드. 코고로(유명한)에게 관심이 많은 레나(손예나)를 닯은 전학생이 사무소를 찾아온다.

의뢰인의 여자 친구가 자살한 것이 아니라 어떤 방식으로 살해됐고 밀실 위장이 됐는지 밝히는 에피소드. 에이스케(문재수)가 코난에 대해 미심쩍게 생각한다.

사토(오지인)와 다카기(신형선), 유미(김유미), 치바(이 형사)가 참석한 미팅에 함께 한 여성의 사촌 동생이 며칠 전 만난 수상한 사람에게 납치되는 에피소드.

사촌 동생이 범인에게서 돌아온 가운데 낌새를 눈치 챈 다카기(신형선)가 범인 집으로 난입해 자살 기도한 범인을 구하는 에피소드.

범인이 유명 작가를 살해하고 그 범행을 작가와 분쟁이 있던 작가의 아들에게 떠넘기려는 것을 밝혀내는 에피소드.

범인이 시어머니를 살해한 후 이웃집 개에게 죄를 뒤집어 씌우려 한 것을 이웃집 개의 친구 개가 진상을 규명하는 증거를 찾아낸 에피소드.

소년 탐정단(어린이 탐정단)에게 취재를 하려 했던 자유기고가(프리랜서 기자)가 살해당하는 에피소드. 아이(장미)가 같이 동행한 코바야시(김은주) 담임 선생님이 쳐다보는 것에 대해 검은 조직과 연관성을 감안해 코난에게 조심스럽게 행동할 것을 당부한다.

자동 응답기 기록에 담긴 전철 소리 및 응답 내용, 그리고 사건 당일 꽃가루 알러지를 통해 범인이 어떤 식으로 자동 응답기를 통해 날짜를 조작해서 범행을 은폐하려 한 것을 밝혀내는 에피소드. 담임 선생님을 의식해 코난이 소년(어린이) 탐정단에게 배역을 조직하여 함께 사건을 해결한 것처럼 만든다.

4년 전 신이치(남도일)와 약속을 했던 연예인이 행방불명된 이웃 할머니를 찾기 위해 신이치(남도일)의 집을 방문하는 에피소드.

1층 카페의 점원에게 단골인 남자 아이가 이상한 문자를 보낸 진상을 밝히는 에피소드. 문자 내용을 통하여 남자아이가 어디있는지 밝혀낸다.

3년 전 죽은 줄 알았던 미스테리 동호회 친구가 보낸 소설 원고처럼 옛 동호회 동기들이 죽거나 살해 위협을 받는 것에 대한 진상을 규명하는 에피소드.

가면 야이바(사나이) 촬영 리허설 중 독단으로 자동차 스턴트 연기를 하다 추락사한 스턴트맨이 사고사가 아닌 살해 당했음을 밝히는 에피소드.

범인이 어떤 방법으로 피해자의 입을 벌리게 해서 총을 발사해 살해한 다음 알리바이를 조작해 3시에 방문할 피해자의 친구를 범인으로 몰려는 계획을 밝히는 에피소드.

아이(장미)를 제외한 소년(어린이) 탐정단이 철골이 떨어져서 피하는 통에 기억상실 증세와 다리를 다친 남성의 가방에서 자살 도구가 나오자 그와 관련된 진실을 파헤치는 에피소드.

소년(어린이) 탐정단과 아가사(브라운)가 조개를 잡던 곳에서 함께 조개를 잡던 대학생들 중 우울한 모습을 보인 대학생이 차 안에서 숨진 채 발견되는 에피소드. 쥬고(천범기)를 코난을 제외한 소년(어린이) 탐정단이 처음 접하고 형과 말투와 성격이 다름에 경악한다.

소년(어린이) 탐정단이 피해자가 청산가리 음독 자살이 아닌 페트병과 의상을 이용한 살인이었음을 밝히는 에피소드.

코고로(유명한)가 의뢰인의 딸이 의뢰인에게 실수로 보낸 일본어를 영어, 기호 등으로 변형한 문자 메시지를 에리(노애리)가 잠시동안 맡겨놓은 고양이로 하여금 해결하는 에피소드.

못으로 막아놓은 창문 틈 사이로 귀신이 다니고 사람이 목 매달려 죽었다던 별장에서 에이스케(문재수)가 창문 틈 사이의 뭔가를 보고 그 곳에 투숙하던 여자 뮤지션이 그 이야기처럼 목이 매달려 죽은 채 발견되는 에피소드.

범인이 어떤 방식으로 살해하고 밀실을 만들었는지 집 구조를 통해 밝혀내는 에피소드. 에이스케(문재수)가 뒤에서 코난을 주시하므로 야마무라(정영일)에게 코고로(유명한)가 문자를 보낸 것처럼 만들어 해결하도록 했다.

코고로(유명한)와 만담대회를 함께 한 만담 달인이 흉기에 찔려 병원에 실러간 가운데 달인과 관련된 파문된 제자와 달인이 도와주는 여자 식당 주인이 서로 범인이라고 얘기하는 에피소드. 달인이 화이트보드에 왼손으로 쓴 가나를 다른 형식으로 읽어서 범인을 유추한다.

결혼식의 신랑, 신부가 반년 전 강도사건의 범인이 결혼식장에 올 거라 생각해 경찰에게 도움을 요청하고 당사자와 닮은 다카기(신형선)와 미야모토 유미(김유미)가 신랑, 신부로 변장하고 그 진상을 밝혀내는 에피소드.

코고로(유명한)와 란(미란), 코난이 살인 위협을 받는 유명 마술사를 보호하려다 마술사가 수조탈출마술 도중 익사하면서 실패하게 되는 에피소드.

범인이 과연 누구이며 어떻게 마술 장치를 이용하여 마술사를 살해했는지 밝히는 에피소드.

오페라의 유령을 고안한 일본 연극 극단에게 오페라의 유령과 유사한 사건들이 터지고, 무대 담당자가 살해되면서 극단장이 누명을 쓰게 되는 에피소드. 협박장의 암호가 사누키 암호를 이용하였다.

시사회 대기 중 소년(어린이) 탐정단의 사진을 찍었던 사람이 옛 애인의 죽음과 관련된 친구가 살해한 것처럼 꾸미기 위해 자살하려는 계획을 막는 에피소드.

어떤 작가가 자신 대신 글을 쓰다시피 한 자신의 제자를 죽이고 완전범죄처럼 꾸미고 집을 나간 후, 그 집에 소년(어린이) 탐정단이 가지고 놀던 야구공이 제자의 집에 들어가 그 제자의 시체를 발견하고, 서랍장의 책과 장난감 등이 뒤집혀 있는 모습을 발견하는 에피소드.

범인이 어떤 이유로 책과 장난감을 뒤집었는지 밝히는 에피소드. 코난이 탐정단 아이들에게 역할을 배분해서 사건 해결을 유도한다.

코난이 신이치(남도일) 시절 자주 읽었던 추리 소설의 노작가가 신간 출간을 앞두고 살해되자 진상을 밝히는 에피소드. 초밥과 생강절임이 사건 해결의 단서가 된다.

드라마의 영향으로 빨간 손수건이 많이 달린 산에 놀러온 코난.란(미란).소노코(보라) 일행이 드라마 방송 AD라 소개한 사람의 시체를 발견하는 에피소드.

빨간 손수건의 정체를 알아차리고 범인을 밝혀내는 에피소드. 마지막에 범인의 패거리들이 몰려와 란(미란).코난.소노코(보라)가 위기에 처하나, 마지막에 쿄고쿠 마코토(오경구)가 출연하는 통에 범인 패거리들을 일망타진한다.

깐깐한 바른생활 사나이가 자신의 은사를 죽음으로 몰고간 여인을 살해한 사실을 코난 일행이 밝혀내는 에피소드.