2100年、“月”。天箕博士の一人娘、クラウは12歳の誕生日に父の勤める研究所に訪れる。しかし、実験中に現れたリナクスの光の粒がクラウの身体に衝突し、彼女の身体は粉々に分解し、一瞬にして再構成されてしまう。そして10年後、クラウはリナクスの能力を生かし、エージェントとしては有名な存在となっていた。

眠っているクラウの体の中から光が溢れ、少女が現れた。それは10年前の事故の時から体内で眠っていた対のリナクスだった。クラウは少女に「クリスマス」という名前をつけ、奇妙な共同生活を始める。クリスマスのために、今後は危険な仕事は引き受けないと決めたクラウは、金持ちのボディーガードをつとめることになり…。

危険な仕事を避けていたクラウだったが、貨物船衝突事故により取り残されたパイロットを救出する仕事を引き受ける。一方、クラウ達のマンションに盗聴器をしかけた男「ダグ」がいた。クラウはリナクスの力を使い無事仕事を成功させるが、テレビの臨時ニュースに姿が映ってしまう。クラウの行動を監視していたGPOは…。

レーゲルはGPOの特殊部隊によって消滅させられた。その衝撃からヴィントは人間の記憶を取り戻し、弟を失った悲しみから月のGPO本部にいる才藤の元へ復讐に向かう。その怒りを感じたクラウ達はヴィントを止めるために後を追う。一方GPO本部では辞職していたはずの王が才藤の前に現れ、逮捕することを告げるが…。

クラウとクリスマスはヴィントから溢れ出て街中に広がっていくリナクスを吸収した。疲労からついにクラウはクリスマスを残しリナクスの世界に戻ってしまう。それから10年後、クリスマスはフランクの元で静かに暮らしていた。ある日、小さなレストランで働くクリスマスの所にテッドを連れたダグがやってくる。