Une Eurasienne nommée Suou observe une pluie de météorites avec son frère jumeau Shion et leur père, mais les choses tournent mal lorsqu'un météore s'écrase sur leur emplacement.

Kirihara a longtemps cherché la véritable identité de BK201, et ce qu'elle découvre de son passé est choquant, mais la destruction imminente de Tokyo est la priorité des esprits qui s'affrontent dans cette bataille finale.

Hei et Suo tentent de fuir la Russie, mais leurs efforts sont entravés par des contractants et des soldats armés. Alors que le nombre de morts augmente, Suo subit une métamorphose choquante.

Au Japon, Suo commence à perfectionner ses aptitudes au combat sous les yeux de Hei et July. Pendant ce temps, Kirihara, toujours intrigué par la disparition de BK-201, fait la connaissance des agents de la Section 3.

Après que la Section 3 a poussé Suo et Hei plus profondément sous terre, BK-201 doit refaire surface pour voler un objet connu sous le nom d'Izanami. La mission pourrait se compliquer : l'agent chargé de garder l'objet n'est autre que Kirihara.

Hei apprend la vérité sur le mystérieux Izanami. Si BK-201 veut atteindre l'objet avant qu'il ne soit détruit, il devra vaincre Genma et empêcher Suo d'appuyer sur la gâchette.

Suo et July se retrouvent dans une situation dangereuse à cause d'un prétendu allié qui les a doublés. Plus tard, lorsque le jeune couple est enlevé par un contractant particulièrement sinistre, BK-201 doit passer à l'action.

À bord d'un train qui roule à vive allure, l'équipe de Hei tombe dans une embuscade tendue par les autorités russes. Au cours de la bataille qui s'ensuit, Suo et Tanya se souviennent des moments qu'ils ont partagés dans le passé en tant qu'amis - et s'affrontent violemment dans le présent en tant que contractants.

Tokyo est verrouillée alors que le chaos suit Amber et les membres d'Evening Primrose. Le Faucheur noir connaît la destruction qui peut être déclenchée si Amber n'est pas arrêtée - et il est prêt à risquer la colère de sa propre équipe pour la contrecarrer.

Suo rencontre une personne qu'elle croyait morte et apprend la vérité sur les mystères de son passé. Malheureusement, la rencontre est interrompue lorsque plusieurs entrepreneurs lancent une attaque.

Les prophéties s'accomplissent et Suo doit faire face à son destin. Même si ses souvenirs s'effacent sous la lune brillante, l'espoir demeure - et une nouvelle ère commence.