Alors que Lelouch et Rivalz sont en moto sur l'autoroute, ils manquent d'être percutés par un camion qui finit sa route dans immeuble en construction. Lelouch se précipite pour porter secours aux occupant. Mais il s'agit de terroristes pourchassés par l'armée pour le vol d'une arme de destruction massive. Et le jeune étudiant se retrouve pris dans une course poursuite sur laquelle il n'a aucune influence...

Usant de son nouveau pouvoir qui lui permet de contrôler les êtres humains, Lelouch s'empare d'un Knightmare de Classe Sutherland et vient en aide aux rebelles en leur transmettant les positions de l'ennemi et les actions à effectuer. Et peu à peu, les rebelles prennent le dessus sur l'armée impériale, totalement impuissante. Mais alors que tout semble jouer, Asplund propose au Prince Clovis d'essayer un nouveau modèle de Knightmare : la Septième Génération, le Lancelot. Piloté par Suzaku, le mecha surclasse à lui seul tous ses opposants...

De retour à l'école, Lelouch comprend pourquoi la jeune fille pilote de Knightmare ne lui était pas inconnue : il s'agit d'une élève de sa classe, Karen Stadtfeld. Seulement celle-ci feint d'une santé fragile et est régulièrement absente. Il décide de la faire parler grâce à son pouvoir, mais peu à peu, il perd le contrôle et découvre qu'il ne peut l'utiliser deux fois de suite sur la même personne. Cependant, les quelques brides d'informations qu'il a laissé filtré ont éveillé les soupçons de Kallen qui se demande s'il ne serait pas la voix qui les a commandé durant la bataille de Shinjuku...

Suzaku va être jugé pour l'assassinat du Prince Clovis. Un procès truqué où il ne pourra se défendre et où il servira d'exemple. Il permettra de plus à la faction des Puristes de faire une avancée ; ceux-ci souhaitent notamment que l'armée de soit accessible qu'aux Britanniens de souche, et non plus aux simples honoraires. Ne souhaitant pas que son ami meure pour un crime qu'il a lui-même commis, Lelouch se fait fabriquer un costume et devient le personnage de Zero, le chef de la rébellion. Mais avant que tous les rebelles le suivent, il va devoir leur démontrer qu'il peut réussir l'impossible...

À sa grande surprise, Lelouch découvre à son retour que C.C. a emménagé chez lui et dit à sa sœur qu'ils allaient se marier. La jeune femme, très désinvolte, ne tient aucun compte des remarques de Lelouch et semble agir à sa guise. Alors qu'il vient juste d'être libéré, faute de preuves dans l'assassinat du Prince Clovis, Suzaku voit tomber une jeune fille depuis une fenêtre du 1er étage. Celle-ci lui annonce qu'elle tente d'échapper à de méchants hommes. Même s'il ne la reconnaît pas, Suzaku sait qu'elle ment mais décide de passer la journée avec elle. En attendant l'arrivée imminente de la Princesse Cornelia Li Britannia, Sir Kewell est chargé de prouver la corruption du plus fidèle serviteur de l'empire, Sir Jeremiah, et de l'éliminer...

Suzaku vient d'arriver dans la nouvelle école de Lelouch. Les autres élèves, au courant de son implication dans l'assassinat de Clovis, le tiennent à l'écart, voire le stigmatisent. Lelouch l'accueille cependant chez lui, à la grande joie de Nunnally. Mais tous deux conviennent qu'il vaudrait mieux éviter de s'afficher ensemble en public, car cela pourrait nuire aux Lamperouge...

Cornelia a décidé de lancer une attaque sur le ghetto de Saitama et de l'annoncer précisément dans les médias. Le but est de faire sortir Zero de sa cachette. Lelouch a bien senti le piège, mais décide tout de même d'y aller, malgré l'interdiction de C.C : toute sa vie il s'est senti mort et inutile, alors qu'aujourd'hui, il a son destin en main...

L'Ordre des Chevaliers Noirs est devenu extrêmement populaire auprès de la population. Cependant, Karen s'interroge sur le sens à donner à leur action. Un autre problème la préoccupe plus : Milly Ashford, en tant que fille du directeur, vient à domicile lui apporter ses bulletins de notes depuis le collège. Elle sait donc qu'elle est à moitié Britannienne et à moitié Eleven, mais aussi maintenant que Karen habite dans la maison de son père et sa belle-mère, où sa mère biologique œuvre en tant que servante...

Lelouch a entendu parlé d'une opération visant les Forces de Libération du Japon, dans les montagnes de Narita. Opération menée par Cornelia. En secret, il se rend sur place en compagnie de ses Chevaliers Noirs et prépare les lieux en vue d'une embuscade...

La contre-attaque des Chevaliers Noirs se déroule comme prévue par Zero et l'armée Britannienne est rapidement mise en mauvaise posture. De plus, les renforts du FLJ menés par Todo arrivent et la victoire semble totale lorsque le Lotus Pourpre pièce le Knightmare de Cornelia. Mais c'est sans compter sur l'envoi du Lancelot...