Während Kabuto und Tobi ihre wiederbelebten Shinobi und Zetsu versammeln, hält Gaara eine mitreißende Ansprache in Kumogakure. Er berichtet über die einstige Feindschaft mit Naruto und wie aus dieser Freundschaft wurde. Zudem erklärt er, dass sie alle unter den Akatsuki leiden müssen und diese nun auch Naruto verfolgen.

Zur Unterstützung der Shinobi erscheint Muta Aburames. Er beschützt seine Mitstreiter indem er seine Insekten einsetzt. Diese schickt er ebenfalls los, damit diese dem Hauptquartier die neuesten Erkenntnisse übermitteln. Ebenfalls trifft Kankuro mit seiner Division ein. Schon kurze Zeit darauf, bemerkt ein Mitglied die Störung ihrer Sensor Fähigkeiten.

Während des Kampfes wird sich Sasori über seinen unsterblichen Körper bewusst. Daraufhin setzt Sasori Shin ein, um Kankuros Skorpionpuppe zu besiegen. Wie Omoi erfährt, ist Shins Bauch voll mit Deidaras Ton. Omoi versucht Shin zu stoppen, jedoch geht die Attacke daneben und Deidara lässt Shin explodieren.

Noch immer scheitert Naruto am Versuch sich in Kyuubi zu verwandeln. Schnell erkennt Killer B das wahre Problem Narutos: Der Shinobi kann das Bijuu Dama nicht verwenden. Erst als er Narutos Rasengan im Kyuubi-Chakra-Modus anschaut, wird ihm bewusst, dass dies eine Art kleines Bijuu Dama ist. Inzwischen wird Kabuto Yakushi von Tobi gedrängt, Anko zu töten.

Durch einen Bericht vom Hauptquartiert erfährt Mifune, dass sich die feindlichen Truppen im Untergrund befinden. Sofort befiehlt er seiner Division ebenfalls in den Untergrund zu gehen und die Anderen zu unterstützen.

In Folge des Ausbruchs von Suigetsu Hoozuki und Juugo aus dem Gefängnis, berichtet Suigetsu über die sieben Shinobi-Schwertkämpfer aus Kirigakure. Diese kämpfen unterdessen gegen die dritte Division. Kakashi, der sich unter den Mitgliedern der dritten Division befindet, entwickelt einen Plan, welcher die Unterstützung dreier Shinobi erfordert.

Während der Kampfhandlungen gegen die Shinobi-Allianz der fünf großen Shinobi-Mächte beschwört Kabuto den Sandaime Raikage, den Nidaime Mizukage und den Yondaime Kazekage. Auf dem Schlachtfeld der vierten Division erklärt er ihnen, dass sie in vollem Bewusstsein ihre eigenen Leute töten werden.

Der Ninja-Weltkrieg ist ausgebrochen und die Fürsten der verschiedenen Reiche, die sich zu einer Allianz zusammengeschlossen haben, müssen sich vor den Gegnern verstecken, was ihnen nicht leicht fällt, zumal die Bedingungen ihrer unwürdig sind. Unterdessen werden in der Ninja-Allianz Strategien ausgedacht, wie man den drohenden Angriff der übermächtigen Feinde abwehren kann …

Kinkaku und Ginkaku versuchen, den Kampf gegen Darui und seine Gefährten mit neuen Mitteln zu entscheiden, indem sie die Ninja-Instrumente aus dem Schatz von Rikudo Sennin anwenden. Mit ihnen kann man die Seele der Worte beeinflussen, ja sogar zerstören …

Kinkaku treibt sein Unwesen in Gestalt des Neunschwänzigen und Darui steht vor einem Rätsel, wie er ihn überwältigen kann. In der Zentrale werden unter Führung von Shikaku Strategien entwickelt. Demnach gibt es ein fünftes Schatz-Instrument, das noch wirkungsvoller ist, als die Kürbisflasche. Es ist ein Bernsteingefäß, das die Fähigkeit hat, jemanden einzusaugen, sobald er etwas spricht.

Sakura fällt im wahrsten Sinne des Wortes vom Himmel und wird von Ino, die den Vorfall mitbekommen hat, ins Dorf gebracht. Tsunade stellt keine inneren Verletzungen, aber einen deutlichen Gedächtnisverlust fest. Alle Freunde und Bekannten machen sich nun Gedanken, wie sie dazu beitragen können, dass bei Sakura die Erinnerungen wiederkommen.

Hanzo, bekannt als Shinobi mit dem Salamander und Mifune, das Oberhaupt der Samurais, treffen wieder einmal im Kampf aufeinander. Das hatte es schon gegeben und damals konnte Hanzo seinen Gegner besiegen. Aber Mifune, der sich als Samurai der Harmonie verpflichtet hat, setzt alles daran, dieses Mal das Blatt zu wenden, obwohl Hanzo anfangs sogar Gift anwendet.

Ino, Shikamaru und Choji treffen Asuma, ihren wiederbelebten Lehrer vom Team 10 wieder. Der hat natürlich Interesse daran, wie sich seine Schüler im Laufe der Zeit weiterentwickelt haben. Also fordert er sie zu einem „künstlichen" Duell heraus. Aber Choji hat Probleme damit, seinen Sensei wie im Ernstfall anzugreifen und vielleicht sogar dabei zu verletzen.

Die Frage ist weiterhin, was passieren muss, damit Choji seine Angst vor dem Kampf verliert. Vielleicht hilft es ja, dass er an die Bedeutung des Piercings in seinem Ohr erinnert wird. Als Ge-Nin wurden ihm von seinem Vater Ohrstecker verliehen, weil er später das 16. Oberhaupt des Akamichi Clans werden soll. Und die werden einem Gelübde zufolge jeweils an die nächste Generation weitergegeben.

Naruto fragt sich nach wie vor, warum so viele Wachen um ihn herum sind. Als dann auch noch Iruka, sein erster Sensei, in dem Versteck auftaucht, ist die Verwunderung komplett. Der soll ihn nämlich im Auftrag von Tsunade beschützen. Aber Iruka ist dafür, Naruto die Wahrheit zu sagen, warum er versteckt gehalten wird.

Naruto und Killerbeat können aus dem Inselversteck entkommen, während der Krieg an Härte immer mehr zunimmt. Madara hat sich eingeschaltet, nachdem es ihm gelungen ist, die Ninja-Instrumente zu rauben. Und damit auch das Bernstein-Gefäß, in dem Kinkaku und Ginkaku mit ihrem Chakra versiegelt sind.

Naruto hat den eisernen Willen, den Krieg zu beenden, obwohl er von allen Seiten davor gewarnt wird. Vor allem davor, dass er den Hass anderer auf sich nehmen möchte. Nun meldet sich sogar der Neunschwänzige zu Wort und erinnert Naruto daran, dass er nicht einmal Sasuke helfen konnte, der so voller Hass war.

In der Sanitätseinheit werden plötzlich Ärzte ermordet. Aber alle Versuche, den Täter zu finden, scheitern vorerst. Auch Neji beteiligt sich an der Suche, obwohl er im Moment das Byakugan nicht einsetzen kann. Sakura gelingt es durch Zufall, Licht in das Dunkel zu bringen. Als Neji wieder einmal zu ihr kommt, um sich behandeln zu lassen, stellt sie fest, dass es der Falsche ist.

Um die Lücke im Bannkreis der alliierten Truppen zu finden, begeben sich Shino, Kiba und Hinata in eine Höhle, in der sie es mit den weißen Zetsus zu tun bekommen. Schnell sind sie sich sicher, dass dies der Ort ist, über den sich der Feind bei den eigenen Truppen eingeschlichen hat. Doch bevor ein Versiegelungsteam ihn versiegeln kann, kommt es zu einer großen Explosion.

Deidara fristet immer noch sein Dasein in seinem versiegelten Gefängnis, und fühlt sich dem Gespött seiner Gegner ausgesetzt. Das macht ihm sehr zu schaffen, denn er möchte doch unbedingt seine Super-Extrem-Kunst verwirklichen. Besonders schlimm wird es für ihn, als Kurotsuchi auftaucht, die Enkelin des Tsuchikage aus Iwa-Gakure.

Ebisu sieht sich in der Pflicht die Dorfbewohner Konohas vor Banden zu warnen, die die Abwesenheit der Krieger ausnutzen könnten, um sie zu überfallen. Für die Mütter des Dorfes ist das allerdings viel Lärm um nichts, denn es wäre nicht das erste Mal, dass Banden versuchen, zu plündern, und bisher haben die Frauen sie noch immer in die Flucht schlagen können.

Tsunade und der Raikage finden Naruto und Killerbeat. Sie wollen Naruto um jeden Preis aufhalten, um zu verhindern, dass er in die Hände des Feindes gerät, was das Ende der Welt bedeuten würde. Der Raikage ist sogar bereit Naruto zu töten, wenn es nötig sein sollte, doch Killerbeat stellt sich zwischen die beiden und bietet dem Raikage an, lieber ihn statt Naruto zu töten.

Der Raikage versucht Tsunade zu überreden, Naruto mit aller Macht davon abzuhalten, in den Krieg zu ziehen, aber Tsunade möchte es zulassen, weil sie weiß, dass in Naruto diese ungeheure Kraft steckt. Sie hat in Killerbeat einen Verbündeten. Er selbst hat in sich nicht nur die Kraft des Achtschwänzigen, sondern auch eine Art Sonne, die ihm zusätzliche Energie gibt.

Kakashi und seine Einheit geraten in einen Hinterhalt. Mit der Guerilla-Taktik überfallen die von Akatsuki mit Edo Tensei wiedererweckten Kämpfer einzelne Teams, um dann wieder in den Bäumen zu verschwinden. Kakashi befiehlt seinen Ninjas zusammenzubleiben, aber um den Angreifern wirklich etwas entgegensetzen zu können, ist etwas anderes von Nöten …

Pakura, eine Shinobi, die das das Shakuton beherrscht, ein Hitze entwickelndes Jutsu, wird zur Heldin von Suna-Gakure, weil sie eine Verschwörung von Seiten Iwa-Gakures verhindert hat. Als nun mit Kiri-Gakure bestehende Unstimmigkeiten nicht beseitigt werden können, wird sie von den Dorfältesten dort hingeschickt, und plötzlich hinterhältig ermordet.

Nachdem der Raikage und Tsunade Naruto haben ziehen lassen, erinnern sie sich daran, wie sie sich kennenlernten: Tsunade suchte nach einer Unterkunft mit einem Casino, um ihrer Spielsucht nachzugehen und ihren Kummer mit Sake zu ertränken. Der Raikage suchte das gleiche Dorf auf, um den schwer unter einem Insekten-Geschwür leidenden Karai von dem Ninja-Arzt Amai behandeln zu lassen.

Der Raikage ist mit dem verletzten Karai und dem Ninja-Arzt Amai bei Tsunade, damit diese Karai helfen kann. Er hat ein Geschwür im Körper, welches aus einem explosiven Insekt besteht, das immer größer wird. Tsunade erklärt sich bereit, es zu entfernen. Alles wird vorbereitet, aber im letzten Moment erteilt Tsunade Shizune den Auftrag, die Operation zu übernehmen.

Kakashi, der seiner Truppe immer wieder sagt, dass man nie allein einem Gegner gegenübertreten soll, ist eben in einer solchen Situation. Da kommt ihm Guy plötzlich zu Hilfe und möchte die Angelegenheit selbst klären, gegen den Befehl von Kakashi. Dabei kommt heraus, dass es während einer Mission auf der Akademie zu einem ähnlichen Vorfall kam …

Kakashi und Guy erfahren, dass eine Einheit nach heftigen Verlusten Unterstützung braucht. Es haben nach mehreren Kämpfen nur Omoi, Yurui , Nurui und ein paar andere überlebt und sie haben es als Gegnerin mit der wiedergeborenen Ameyuri Ringo zu tun, die zu den Sieben Shinobi Schwertkämpfern gehörte und mit ihrem ersten Jutsu gleich Yurui ausschaltet.

Kabuto und seine skrupellosen Mitstreiter überfallen das Dorf Tonika, in dem Gerüchten zu Folge geheime Schätze versteckt gehalten werden. Außerdem liegt das Dorf an einem See, dessen besonderes Wasser Kabuto für seine Experimente nutzen möchte, um Edo Tensei zu verbessern.

Naruto und Sakura treffen im Dorf Tonika auf Dokku, die einzigen Überlebenden nach einem Überfall, und fünf Kinder, die Dokku retten konnte. Plötzlich laufen alle vor ihnen weg. Schuld ist das Abzeichen auf Narutos Stirnband – es trugen die Angreifer, die fast das ganze Dorf ausrotteten.

Naruto geht es schlecht und er weiß selbst nicht warum. Trotzdem bringt er den Waisenkindern aus Tonika ein richtiges Training, Naruto-like, bei. Die Kinder vermissen ihre Eltern sehr, doch Dokku und Shiseru kümmern sich gut um sie.

Kabuto hat es geschafft, den Neunschwänzigen in Naruto, und sogar selbst Naruto zu klonen, um damit noch mehr Unruhe zu stiften. Alles wird zerstört, die Dorfbewohner geraten in Panik. Beim Versuch, Naruto zu retten, wird Dokku, der fünf Waisenkinder gerettet hatte, zusammen mit Naruto von Kabuto festgesetzt. Dokku ist tatsächlich der echte, was man von Naruto nicht sagen kann.

Die Waisenkinder suchen Dokku, um ihn zu befreien, werden aber von Kabuto entdeckt. Reo bietet ihm die 2 Klänge an, die er extra zum Tausch gegen die Freilassung Dokkus mitgebracht hat. Als Disonasu davon erfährt, wähnt er sich am Ziel. Er nimmt Reo die Klänge ab, und versucht, das Saezuri in Gang zu setzen, aber Kakashi kann es rechtzeitig verhindern. Auch die anderen können nicht helfen.

Naruto kämpft unter dem Loch gegen Kabutos Klon-Neunschwänzigenn. Im Kampf verliert er immer mehr die Kontrolle über sich selbst und richtet sich schließlich gegen seine Freunde. Währenddessen versuchen Dokku und Shiseru, mit Hilfe des „Saezuri" den Speer des Himmels" zu deaktivieren. Doch Kabutos Klon-Neunschwänziger wütet weiter und zerstört den Felsen unter Shiserus Füßen.