Los ninjas reunidos empiezan a tener discusiones sin sentido entre ellos porque son de clanes distintos los cuales en el pasado pelearon y muchos de ellos están a punto de pelear. Al ver lo que pasa, Gaara pronuncia un discurso: les menciona que en las guerras anteriores, hechas para el beneficio de los países y de las aldeas, los shinobis se han odiado y lastimado, que de ese odio nació él como representación del odio y del poder, un Jinchūriki, pero que un ninja de Konoha lo salvó, y que entre todos no hay enemigos, solo shinobis, y que para proteger a su amigo necesita de su ayuda. Todas las miradas cambian y las discusiones acaban. Todos los shinobis se enfocan en derrotar a Akatsuki y ganar la guerra.

La guerra ha iniciado y La División de Ataque Sorpresa se mueve en territorio enemigo, Anko es derrotada por Kabuto. Kankurō hace recordar a su equipo que se debe sellar al enemigo para poder vencerlos. Deidara y Sasori que están cerca y dan el primer ataque siendo repelidos por los jutsu de Doton. Los rivales encaran sus poderes y también vuelven a ver rostros familiares como Kankurō a Sasori y Sai ante Shin.

Kankurō muestra la marioneta de Sasori, siguiendo con la lucha entre los dos bandos, ahora que ha aparecido Shin, se revela que fue "hermano" de Sai, cuando este se entrenaba en la Raíz, por lo cual Shin dice que no hay intenciones de pelear y se desvanece. El ataque de la marionetas de Kankurō aprisiona a Deidara y Sasori, lo cual antes que Deidara utilice su técnica es neutralizada por una espada con Raiton. Kankurō le habla a Sasori sobre la verdadera alma de un marionetista reside en sus creaciones, ante esto Sasori también es derrotado.

El Jinchūriki de ocho colas explica sobre los límites del Modo Bijū y también acerca del Bijū Dama, lo cual el ninja de Konoha está motivado por saber.

La división de Kakashi se encuentra con viejos conocidos, Zabuza y Haku interviene como en el país de las olas es atravesado por el Raikiri del ninja de Konoha, lo que este recuerda las palabras de Naruto y como , los shinobis recuerdan la batalla que tuvieron en el País de las Olas cuando Tazuna terminaba el puente, donde ganó el ninja de Konoha. Los dos resucitados por el Edo Tensei explotan su máximo poder y atacan a sus rivales ayudados por otros dos ninjas, Gari y Pakura, la pelea ahora se complica por la niebla liberada por Zabuza y ante eso Kabuto invoca mediante Gari y Paku a los siete espadachines de Kirigakure en medio de la división de Kakashi.

Los espadachines atacan a la división comandada por Kakashi. Suigetsu sale de su prisión y también libera a Jūgo, quien le explica quienes eran los siete espadachines de Kirigakure. Los espadachines invocan sus armas y empieza una masacre en la división. Kakashi tiene una idea como sellar a Zabuza y pide ayuda a Maki, cuando Kakashi trata de atacar a Zabuza, pero Haku interviene como en el país de las olas es atravesado por el Raikiri del ninja de Konoha, lo que este recuerda las palabras de Naruto y como fue que Zabuza perdió esa vez. Ya con ánimos de no perder Kakashi ayudado de su división logran sellar a Haku y Zabuza.

Cuatro Kages han sido resucitados por el Edo Tensei de Kabuto el segundo Tsuchikage, el tercer Raikage, el cuarto Kazekage y el segundo Mizukage lo cual Gaara puede ver con su ojo secreto a los rivales, mientras que en las costas en la división de Darui hay gente revivida con el justu al igual que Zetsu blancos. Los Kages ven eso como una fuerte confrontación, pero Shikaku da algunos detalles y estrategias de como las divisiones pueden formar "cadenas" ayudándose unas a otras para facilitar la victoria enemiga; no obstante el Tsuchikage hace mención que su predecesor y maestro tiene un Kekkei Genkai especial.

Los señores feudales son llevados por seguridad por la Mizukage, mientras la división de Darui se prepara han aparecido muchas caras conocidas se reencuentran en batalla; la futura contienda del escuadrón de Darui resalta ya que los hermanos Ginkaku y Kinkaku han aparecido junto con Asuma, Dan y Hizashi y el miembro de Akatsuki Kakuzu junto con los Zetsus Blancos.

Los hermanos Ginkaku y Kinkaku sacan las armas del Rikudō Sennin para pelear ante Darui, entre ellas el Benihisago y el Kōkinjō (cadena dorada en el brazo) lo cual usa la Maldición "Shichiseiken" contra Atsui y Samui, lo cual si repiten "esa" palabra que más repiten ellos, serán absorbidos hacía la calabaza, lo cual llega a lograrse con los dos ninjas, mientras que el Raikage explica a Tsunade la historia de los hermanos. Darui recuerda las palabras del Raikage que los ninjas no son simple herramientas, ante eso es absorbido ya que su palabra tabú era "Lento" (en un juego de palabras), pero en el acto el cambia esa palabra por "Perdón", lo cual hace que no sea absorbido robando las dos armas a los hermanos, utilizándola en contra de Ginkaku que es absorbido, haciendo que Kinkaku se enfurezca y se transforme como el Kyūbi.

Darui se enfrenta a Kinkaku transformado, mientras en el cuartel general es informado el Raikage de la situación el cual decide enviar el Kohaku no Jōhei mediante la teletransportación de Mabui para sellar al ninja. Con la ayuda de su escuadrón y del nuevo Ino-Shika-Cho, Darui logra por completo sellar a Kinkaku, no obstante la pelea para ellos empieza cruzándose con un antiguo enemigo, Kakuzu quien esta con Dan y su antiguo sensei: Asuma. todos se preparan para pelear.

Sakura ha sufrido una caída e Ino la auxilia y la lleva a la aldea cuando Sakura despierta no recuerda absolutamente nada a excepción de un collar de cerezo. Ino pide ayuda a los once de Konoha para tratar de que se recupere Sakura se acuerda de ellos en cierta medida: a Kiba como un amante de los gatos, a Shino como amante de las plantas pero no de sus insectos, Hinata se viste de forma indecente y una personalidad rebelde, Rock Lee y Neji son atados a un poste para no asustar a Sakura y Shikamaru y Chōji como niños pequeños, Sakura al ver a sus padres comienza a llorar al final ella se desvanece diciéndole a Ino que no es la Sakura que conoce

Hanzō se encuentra con Mifune y empieza la lucha entre dos antiguos enemigos, Hanzō recuerda como fue su muerte ante Pain y la batalla que tuvo hace mucho tiempo contra el samurai la cual venció y salvó la vida de Mifune en la pelea. Hanzō pierde y se da cuenta que aunque sea inmortal nunca cambiaría el mundo hacía la paz, suicidándose al estilo samurai con un Seppuku para luego ser sellado.

El equipo Ino-Chika-cho se encuentran con Kakuzu el cual los felicita por haber derrotado a Ginkaku y Kinkaku, mientras que Darui sigue derrotando a los Zetsus entonces Asuma se encuentra con sus alumnos, lo cual la batalla será inevitable. Los jóvenes empiezan a recordar el pasado, Asuma inicia el ataque pero el problema en los jóvenes shinobis es Chōji que no desea atacarlo recordando como su sensei lo instruía para convertirse en Chunnin.

Choji detiene su ataque y recuerda los momentos más relevantes de su vida, desde su niñez hasta el campo de batalla, lo cual tiene un juramento no solo con su clan sino con su amigos. Esos recuerdos hace que Choji use el Baika no Jutsu sin píldoras revelando unas alas más grandes e inicia el ataque con la formación Ino - Shika - Chō logrando vencer a Asuma, lo cual con tristeza lo agradecen y se despiden de él, nuevamente.

Naruto sigue entrenando con Bee pero siente el Chakra del Kyūbi, al preguntar y observar que no le daban respuestas decide irse, pero es bloqueado por ninjas que no lo dejan hacer su propósito. Iruka le habla a Naruto que la guerra se ha desatado y si fue alejado es para que no interviniese pues la guerra es para protegerlos, pero igual el genin se va. En el camino saca de su bandana una carta de Iruka en la cual debe regresar con vida. Killer Bee sale también e Iruka le dice que lo proteja lo cual va detrás de Naruto, pero para salir de la isla deben destruir una serie de barreras muy poderosas pero ambos se transforman en Modo Bijū y logran escapar y dirigirse al campo de batalla.

Naruto y Killer Bee salen de la barrera, Zetsu encuentra a los señores feudales pero es interceptado por la Mizukage entonces se genera una batalla, en ese momento Zetsu siente el Chakra del Kyūbi y el Hachibi por lo cual le informa a Madara quien se dispone a participar también en la guerra, mientras que la primera división de Darui logran atrapar a Dan, Kakuzu y logran derrotar a todos los Zetsus blancos cuando parece que la victoria es de la alianza aparece Madara el cual invoca al Gedo Mazo. Chōji y su padre tratan de detenerlo pero no pueden el Gedo Mazo libera su poder acabando con todo, entonces Madara se dispone a tomar el Benihisago y el Kohaku no Jōhei donde los hermanos Ginkaku y Kinkaku están sellados pero Shikamaru trata de detenerlo sin éxito. Por la noche toda la alianza tendrá que estar alerta por los Zetsus blancos que se han infiltrado

Naruto y Killer Bee se dirigen al campo de batalla, entonces el Kyūbi empieza una charla con Naruto donde ambos recuerdan cosas del pasado, el Kyūbi le dice que no puede borrar el odio de todas la personas y más en tiempos de guerra pero Naruto está decidido a acabar con la guerra ya que no es el mismo de antes y dice que le gustaría acabar con el odio que hay en el Kyūbi.

Neji llega al centro medico agotado el cual es atendido por Sakura, pero entonces empiezan a asesinar a los ninjas médicos, el caos se apodera de todos y todos empiezan a sospechar ya que no se sabe quien es el infiltrado, mientras siguen los asesinatos, Neji llega donde esta Sakura y tras hablar por un rato Sakura lo golpea resultando ser un que dreno el Chakra de Neji en la batalla, ya sabiendo esto le informan a la base la situación pero también en otros lugares se reporta lo mismo, lo cual hace que Shikaku piense de una forma rápida y calmada de resolver el problema.

Hinata, Kiba y Shino entran a una cueva y se encuentran con unos Zetsu blancos los cuales le tienden una trampa con explosivos. Sabiendo que la especialidad que tiene Zetsu de copiar la imagen del rival absorbiendo el Chakra; hace que cree un dilema entre los shinobis pero Shino logra descubrir al Zetzu y acabarlo.

Deidara sale de su encierro en una de las marionetas de Kankurō, lo cual también es avisado que Sasuke no ha muerto. El Akatsuki muerto tiene que librar una batalla contra los nijas aliados. Deidara hace frente a ellos, explotando, pero se da cuenta que no puede morir, y que va contra su "estética" viendo a Sasuke en el río logra seguirlo pero se trataba de Kurotsushi quien le tendió una trampa y lograr encerrarlo nuevamente.

En Konoha todas las madres se reúnen con Koharu Utatane, Homura Mitokado y Ebisu, donde discuten la posibilidad de ser atacados por asaltantes. Konohamaru se entera por sus amigos que van a ser atacados por unos ninjas gigantes que en realidad son Sumos los cuales al intentar invadir la aldea son vencidos por las madres y el rasengan de Konohamaru.

Naruto y Killer Bee se encuentran con Tsunade y el Raikage, que no desean que sigan avanzando hacía la guerra pues esta se inició para protegerlos, entonces se inicia una contienda entre Naruto y el Raikage, donde interviene Killer Bee. Con su intervención le hace recordar cuando formaron el equipo más fuerte juntos hace mucho tiempo y aquella pelea que tuvieron contra Minato en la cual supero la velocidad del Raikage y este le dice que el también tenía sus responsabilidades como Hokage.

Naruto ataca al Raikage pero este lo esquiva con facilidad Tsunade decide apoyar a Naruto y confiar en el, el Raikage le pide una explicación a Tsunade por estar del lado de Naruto con lo cual Tsunade responde que Naruto será el salvador del mundo, Killer Bee le dice que su fuerza brilla como el sol, lo cual el Raikage le pregunta a Naruto cuales son sus dos soles, respondiendo que son sus dos padres. Para comprobar la convicción en el ninja de Konoha el Raikage lo ataca con su máxima velocidad pero Naruto logra antes de ser golpeado poder esquivar el ataque, justo como su padre en aquella batalla, el Raikage deja ira a Naruto y Killer Bee a la batalla, ya amaneciendo se muestra a Madara sobre el Gedo Mazo junto con los seis Jinchūrikis resucitados diciendo que son lo nuevos seis caminos del dolor, cada uno de ellos con un Sharingan y un Rinnegan en cada ojo listos para la guerra.

Los espadachines de la niebla atacan nuevamente siendo Akebino Jinin su oponente usuario de la espada Kabutowari, ahora Kakashi, Lee y Sai deben enfrentarlo y sellarlo, pero Sai aun no ha dominado su técnica de sellado que le enseño Danzō, pero con ayuda de Lee logra dominarla y sellar al espadachín.

Sunagakure celebre su victoria sobre al aldea de la Piedra y toman a Pakura como su héroe. Maki, una shinobi de la arena la alaba por su desempeño, entre tanto la aldea desea hacer una alianza con los de la Niebla y sugieren a Pakura para que resuelva el problema así que envían a Pkura para que haga las pases pero en el camino es asesinada. Ahora en la Guerra Ninja, Maki y el usuario de Shokuton se enfrentan, donde la shinobi revivida por el Edo Tensei culpa a su aldea por su muerte.

Karai, un ninja acompañante del Raikage: A, ha sido herido por un bicho explosivo y Amai escucha que Tsunade está cerca así que van en su ayuda para salvar al subordinado del Raikage cuando la encuentran, Amai le dice que su Ninjutsu medico es débil. Pero Tsunade y el Raikage deberán hacer una competencia de fuerza donde le raikage resulta vencedor.

El Raikage cuenta como fueron atacados por el grupo Nokizaru mientras que Tsunade analiza lo que paso, lo cual deben curar a Karai, Tsunade prepara todo para salvarle la vida peo antes de que empiece pide a Shizune que lo cure pues no ha superado su fobia a la sangre y dice al Raikage que ella también ha perdido a personas importantes en su vida, Shizune logra extraer el bicho y salvarlo.

Kakashi se encuentra en un árbol y llega un Shinobi y le da información sobre los Siete Espadachines de la Niebla. En ese momento Kakashi se prepara para pelear contra el Jinpachi y Kushimaru en lo que aparece Guy. Comienza la batalla, Jimpachi y Kushimaru usan el poder de sus armas para acabar con Kakashi y Guy. Kakashi en ese momento recuerda una misión del pasado que tuvo con Rin y Guy, de nuevo en la batalla los dos shinobis de Konoha trabajan juntos para vencer a los espadachines.

Unas explosiones se oyen en el bosque se trata de la espadachín de la neblina Ameyuri Ringo portadora de las espadas eléctricas de corte perfecto quien lucha contra la división de Omoi y sus compañeros quienes huyen de la espadachín mientras que Kakashi y Guy están en camino para ayudar en su batalla, pero Omoi la vence al llevarla a una trampa que le tendieron sobre unas arenas movedizas.

Tsunade envía al equipo Kakashi a una aldea cerca del país del fuego donde se encuentra el "Agujero". La misión en averiguar las causas de porque todos sus habitantes han sido asesinados y desaparecido un tesoro. El equipo se encuentra con Kabuto, quien realiza el Edo Tensei para invocar a los miembros de Akatsuki y otros shinobis, pudiendo solamente controlar a Hidan y Deidara. Comienza la batalla.

Kabuto se retira de la batalla, Kabuto y Shin investigan más acerca del "Agujero" y les explican sus orígenes, mientras Naruto y Sakura se encuentran con Dokku y los pequeños los cuales se reúnen con Sisseru. Kabuto trata de perfeccionar el Edo Tensei mientras charla con alguien a través de un pergamino.

Naruto se siente enfermo, los niños quieren que el los entrene, mientras que Kabuto está realizando el Edo Tensei, Miina le dice a Naruto que se vaya pues al verlo observa algo extraño en el. Más tarde, el líder del pueblo Tonika llega pidiéndole el tesoro a Dokku que le dejo a guardar pero Miina se percata de que no es su abuelo, luego aparece Kabuto e invoca a unos Shinobis de Konoha, se libra una batalla pero Naruto esta débil para pelear el cual escupe unas serpientes pequeñas que se transformarían en un tipo de Kyūbi de cuatro colas el cual Kabuto trata de tomar el control pero no puede. El clon del Kyūbi se dispone a atacar a todos.

El clon del Kyūbi, lo cual ha Naruto ha expulsado, intenta atacar a los que presentes, llegando el resto de los ninjas de Konoha uniéndose a la pelea. Este clon roba el chakra de Naruto lo cual incrementa su fuerza y tamaño considerablemente dañando a la villa Hachō. Dokku salva a Naruto antes de ser pisoteado por la enorme bestia, lo cual Kabuto invoca a una enorme serpiente tragando a los dos. En la aldea a salvo Shiseru recuerda una conversación con Dokku, lo cual eran los pro y contra de adoptar a los huérfanos. Dokku le pregunta a Naruto, la razón por la cual quiere poder y ser más fuerte, lo cual en Genin recuerda a sus amigos, apareciendo en escena Disonasu con ello la muestra de su traición enseñando un pergamino con la palabra Saezuri.

Disonasu hace saber sus planes de destruir a la aldea, mientras Minna y los demás se van al "Agujero" a dar los barrotes siendo interceptados por Kabuto, lo cual Disonasu teniendo esos barrotes convoca lo que el sería "el poder".Tarareando la música, Saezeru se activa elevando el lugar, mientras los ninjas de Konoha pelean con los revividos y Naruto con el clon del Kyūbi logrando vencer en primera instancia y arrojándolo donde Saezeru se ha elevado. El gran obelisco que se ha formado lanza un rayo potente formando una gran nube roja, mientras Naruto intercepta a Disonasu, ve que el clon se ha transformado en una criatura parecida a la Hidra.

Naruto se enfrenta al clon del Kyūbi ahora transformado, este con una de sus colas golpea a Disonasu matándolo, Naruto no parece tener posibilidades de ganar entonces el clon lo atrapa y de su boca dispara un rayo el cual lo atraviesa, mientras que Kakashi observa lo que pasa, el Kyūbi al ver lo que pasa decide prestarle más poder a Naruto, trasnformandose en el mismo Kyūbi bajo su control, Naruto sigue luchando mientras que Dokku y Shiseru deciden acabar con Saezeru entonces se despiden de los niños, Naruto pierde el control del poder del Kyūbi y se empieza a transformar, Yamato al ver lo que pasa aprisiona a Naruto por un poco tiempo, mientras que el clon sigue destruyendo todo, Shiseru cae por un precipicio pero Dokku la atrapa, en una charla ambos dan a conocer sus sentimientos, mientras que Miina le dice a Naruto que tome el control entonces este toma otra apariencia (igual a la que obtuvo después de vencer al Kyūbi) y salva a Shiseru mientras que Dokku pone el último "sonido", Naruto por fin vence al clon con un Rasengan, en los créditos finales se observa que Saezeru se detiene, Kabuto se marcha y Dokku y Shiseru se reencuentran.