Naruto scopre di essere rimasto l'unico Genin della sua fascia d'età. Kakashi ripropone a Naruto e Sakura la sfida dei campanelli. Nel frattempo, al Villaggio della Sabbia, dove Gaara è diventato il nuovo Kazekage, arrivano due membri di Alba: Deidara e Sasori.

Il Team Kakashi arriva giusto in tempo per salvare Kankuro: Sakura, utilizzando le tecniche insegnate da Tsunade, riesce a estrarre il veleno dagli organi di Kankuro e a creare tre dosi di antidoto contro il veleno. Quando Kankuro riprende conoscenza, consegna a Kakashi un pezzo di tessuto del vestito di Sasori dando modo a Kakashi di far annusare il frammento di tessuto ai suoi cani, i quali si mettono immediatamente alla ricerca di Sasori.

Ogni membro del Team Gai deve affrontare una propria copia, con le stesse caratteristiche sia fisiche che tecniche; quindi, non è loro possibile correre in aiuto del Team Kakashi che deve, a sua volta, dividersi. Naruto e Kakashi inseguono Deidara, scappato con il cadavere di Gaara, mentre Chiyo e Sakura restano a fronteggiare Sasori, il quale si toglie il manto scoprendo la sua vera forma, una marionetta a forma di scorpione.

La battaglia fra Sakura, la vecchia Chiyo e Sasori è iniziata. Sasori attacca le due ninja con del fuoco e poi con dell'acqua. Successivamente, Sasori ferisce nuovamente Sakura con la sua coda, ma l'antidoto è ancora attivo e la ragazza non viene avvelenata. Sakura riesce a colpire e a distruggere Sasori, ma il suo cuore non è stato eliminato e riesce a ricomporre il proprio corpo. A questo punto, Chiyo decide di utilizzare le sue dieci marionette. Sasori ribatte sfoderando cento marionette. Mentre Chiyo tiene impegnate le marionette del nipote, Sakura attacca Sasori bloccandone il corpo. Chiyo viene colpita da una marionetta nemica. Sakura nota che Sasori ha impiantato il proprio cuore all'interno del corpo di una delle marionette accanto a Chiyo e sta cercando di ucciderla. Sakura si getta contro Sasori ricevendo il colpo in pieno petto.

Sakura osserva Sai disegnare e si accorge che possiede un vero talento artistico. Parlando con lui, la ragazza scopre anche che il ninja non ha mai dato un titolo alle sue opere. Naruto e Sakura iniziano a comprendere il motivo per cui Sai possiede un carattere così particolare. La squadra si rimette in cammino. Yamato è molto cauto circa eventuali trappole poste sul percorso e, per questo motivo, decide di lasciare la strada principale ed attraversare la foresta. Accampandosi per la notte, Yamato crea una casa di legno utilizzando l'Arte del legno. All'interno, il team si riunisce per riflettere sulle differenti tattiche da utilizzare durante la cattura della spia.

Naruto, Sakura e Yamato partono all'inseguimento di Sai. Kabuto piazza una trappola per tentare di depistare la copia di Yamato. Quest'ultima, però, si accorge dell'inganno e avverte il gruppo che si era fermato per permettere a Sakura di riposarsi e di curare le ferite inferte dal chakra della Volpe. Durante la sosta, Yamato prende in disparte Naruto e gli confessa che è stato lui a ferirla.

Sasuke rivela di essere disposto a tutto pur di vendicarsi, anche a sacrificarsi a Orochimaru più volte. Ormai seccato, tenta di utilizzare una nuova tecnica per sconfiggere il team di Naruto, ma viene fermato da Orochimaru e Kabuto che vedono nella Foglia un alleato per la lotta contro Alba e, così, i tre se ne vanno lasciando Naruto deluso. Una volta tornati al villaggio, Yamato mette al corrente Tsunade dei piani di Danzo e Sai chiede a quest'ultimo di poter rimanere nel Team Kakashi.

Furido taunts Sora until Sora unleashes his true powers, before informing Sora that he is planning to use the four corpses to save the Land of Fire. Naruto continues his fight with F?ka and learns that she can use all five elements. F?ka manages to kiss Naruto and begins draining his chakra. Realizing that Naruto is in trouble from extra-sensory perception, Sora rushes to rescue him. Sakura, Sai and Yamato arrive to help but are trapped by Fudo and Fuen. F?ka drains Naruto's chakra until she begins drawing on the Nine-tails's, which is too unnatural for her to successfully absorb. The enemy team retreats when Chiriku brings reinforcements.

The struggle between Naruto and Sora continues. Asuma and Kazuma fight. Sai arrives, having snuck out of hospital, and binds Kazuma with an ink snake. Kazuma breaks out of Sai's jutsu and charges Asuma, but is killed. Naruto eventually reaches Sora, who manages to release the Nine Tails's chakra. Sora then leaves the village to travel the world. Asuma and Shikamaru play shogi and discuss who the king of Konoha is. Elsewhere, two Akatsuki members, Hidan and Kakuzu, appear chasing the Two Tails Jinchūriki.

Nonostante sia stato colpito in pieno, Hidan non sembra affatto soffrire, ma è Asuma stesso a accusare il colpo: Hidan è in grado di "condividere" il dolore con l'avversario (a condizione che abbia bevuto il suo sangue e sia dentro il cerchio). Shikamaru riesce, comunque, a intrappolarlo con le sue tecniche permettendo, così, al suo maestro di decapitarlo mentre Kakuzu continua a osservare tranquillo il combattimento.

Naruto attacca Kakuzu con il Rasenshuriken, ma fallisce. Intanto, Shikamaru seppellisce vivo Hidan nonostante le minacce di quest'ultimo e lascia sorpresi Sai e Sakura al loro arrivo. Naruto decide di riprovarci (dicendo che non crescerà mai finché non ci riuscirà) e, questa volta, riesce a colpire in pieno Kakuzu con la sua nuova tecnica. Kakashi commenta di non essere riuscito a contare il numero di colpi ricevuti dal membro dell'Organizzazione Alba che cade a terra sconfitto.

While Naruto continues his training with Gamakichi and Gamatatsu, Yamato, Sakura, and Sai prepare to leave and back-up Kakashi's group. As Guren and her gang prepares to intercept Kakashi's group, Yukimaru grows concerned for her safety and gives her a charm in hope of a safe return.

The sealing unit prepares the sealing barrier and the other two teams go into battle with Guren and her henchmen. Kakashi, Naruto and Sai stall Guren and Gozu while Shino prepares to go against Guren's crystal style. Meanwhile, Lee goes against Guren's other henchmen and gets trapped in their smokescreen. Can Lee find a way to defeat them?

Mentre Sasuke arriva al covo degli Uchiha, Itachi ricorda la sua infanzia insieme al fratello, gli assassinii compiuti subito dopo essersi unito agli ANBU. Quando Sasuke giunge sul posto, dichiara che i suoi occhi gli hanno mostrato la morte del fratello ed inizia a battersi col suo avversario. Sasuke viene tratto in inganno dalle illusioni del fratello mentre questi gli confessa che, quando ha sterminato il loro clan, ha collaborato con Madara Uchiha, cofondatore del Villaggio della Foglia nonché primo ninja ad avere risvegliato lo Sharingan ipnotico.

Sasuke affronta Killer Bee e viene ferito dalle sue spade. Dopo che Karin lo ha guarito, l'intera Squadra Falco attacca la forza portante che decide, allora, di ricorrere al potere dell'Ottocode. Dopo essere stato nuovamente battuto, Sasuke viene curato, ma, questa volta, da Jugo che, così, ringiovanisce. Sasuke usa l'Amaterasu sul suo avversario sconfiggendolo. Intanto, due ninja della Nuvola, che stavano osservando lo scontro, riconoscono lo stemma degli Uchiha sulle vesti di Sasuke e decidono di avvertire il fratello maggiore della forza portante dell'Ottocode, il Raikage.

During the two-and-a-half-year time period in which Naruto was training under Jiraiya, the latter decided that it was time for Naruto to learn how to repel genjutsu. During this training session, the two traveled to a village which Jiraiya had previously been associated with, but they discovered that something dark was amidst.

Le rivelazioni di Tobi e Zetsu spronano Sasuke a porsi come obiettivo l'assassinio di Danzo durante il summit. Al Villaggio della Foglia, Karui, preoccupata per il suo maestro, interroga Naruto nel tentativo di avere notizie su Sasuke, ma Naruto si rifiuta di aiutarla. Adirata, Karui attacca Naruto, che decide di non reagire, colpendolo diverse volte, ma alla fine viene fermata da Sai. Naruto informa Kakashi e Yamato di voler chiedere al Raikage di riconsiderare la sua condanna nei confronti di Sasuke. I due Jonin, dopo un'iniziale riluttanza, si convincono quando Naruto racconta loro del suo incontro con Minato, che ha ripristinato la forza del sigillo e aiutato Naruto a sopprimere il Kyuubi. Yamato e Kakashi si decidono allora ad accompagnarlo al luogo dove si svolgerà il summit.

Darui manages to seal away Ginkaku. Fueled by the rage of losing his brother, Kinkaku transforms into a monster that resembles a jinchuriki’s Tailed Beast State.

Danzo deliberately misleads Hanzo, telling him that the Akatsuki are attempting to sabotage the peace talks between the Hidden Rain and Stone. Believing his story, Hanzo sets up a trap to crush the Akatsuki for the sake of his people.

In seguito all'incidente con la bestia a nove code, molti membri del Consiglio della Foglia sospettano che dietro questa tragedia ci sia il clan Uchiha. Gli Uchiha vengono quindi posti sotto sorveglianza 24 ore su 24 dall'ANBU, il che provoca ulteriori tensioni.

Madara and Hashirama eventually become the leaders of their respective clans.

Obito has gained complete control over his power as the Ten Tails Jinchuriki. His powerful, cold-blooded attacks force Naruto and his friends into a corner.

Naruto's power of persuasion moves Obito's heart. Due to the influence of the Ten Tails, visions of himself and Rin from the past appear in the inner realm and play havoc with Obito’s emotions.

The genin are unable to figure out the answer and start to panic.

An ancient ruin in Demon Desert comes crumbling down during the battle for the scrolls.

Madara has transformed into the Jinchuriki of the Ten Tails and appears before Kakashi. Kakashi and the others combine their powers to attack, but they are no match for Madara..

Madara activates the Infinite Tsukuyomi, and anyone exposed to the light of the full moon--including shinobi and ordinary citizens--loses consciousness. Once ensnared, there is no escape from the Infinite Tsukuyomi. Will mankind be destined to live in a dreamworld forever?