Killer Bee désire s'initier à l'enka avec Sabu, un chanteur d'enka, laissant croire à son frère qu'il a été capturé, pour s'enfuir du village en toute tranquillité. Pendant ce temps, Sasuke parvient à leur échapper grâce au Susanô en faisant effondrer la salle, et suit Karin qui a repéré Danzô dans la salle du conseil. Ce dernier profite de la confusion pour s’échapper, poursuivi de Ao, tandis que Sasuke doit affronter la Mizukage. Affaibli par son combat précédent, il ne peut résister à ses techniques de corrosion qui érodent son Susanô, mais Zetsu vient à son secours en neutralisant son adversaire et en lui fournissant du chakra. Sasuke se heurte alors au Tsuchikage et est sauvé par Madara.

Grâce à une illusion du « Kaléidoscope hypnotique du Sharingan », Sasuke piège Danzô en lui faisant croire qu’Izanagi est toujours active et le transperce une fraction de seconde après la fin de la technique. Karin soigne Sasuke ; Danzô, refusant la défaite, prend Karin en otage, mais Sasuke les transperce tous les deux. À l’article de la mort, Danzô voit défiler le moment où son rival Hiruzen Sarutobi est devenu Hokage et où il a décidé de fonder la Racine pour protéger Konoha dans le secret. Dans un dernier geste pour protéger Konoha, il active sa dernière technique pour tenter de sceller Sasuke et Madara.

Sasuke déclare à Naruto qu’il n’a que deux choix : le tuer et devenir un héros ou se faire tuer et devenir un perdant, mais aucune de ces deux options ne convient à Naruto. Zetsu blanc et Madara interviennent et interrompent le combat. Naruto réalise enfin qu'il est le seul à devoir éliminer Sasuke, quitte à mourir avec lui, s'il veut sauver Konoha. Sasuke accepte de prendre Naruto pour cible principale. Sakura, surprise par la détermination de Naruto, se reproche d'être la même personne que trois ans auparavant, et ne peut faire qu'une seule chose : croire en ses compagnons. Sasuke part alors avec Madara et souhaite se faire greffer les yeux d'Itachi afin d'augmenter sa puissance pour « écraser » Naruto. Après le départ de Sasuke, Naruto s'évanouit soudainement à cause du kunaï empoisonné par Sakura récupéré par Sasuke puis Kakashi décide d'emmener Karin au village.

Shikamaru est angoissé à l’idée de devoir commander des troupes durant la guerre, un mauvais jugement de sa part pouvant mettre ses amis en danger. Son père le fait envoyer en mission avec Tenten sur une île où Naruto et ses amis vont passer. Ils embarquent avec eux, mais soudain, des pièges se déclenchent : un brouillard se répand, la boussole se dérègle et des rochers apparaissent hors de l'eau. Gaï parvient à les briser, mais surgit un rocher plus gros, dont ils se détournent grâce à Yamato ; ils arrivent enfin sur un tourbillon, neutralisé par un « Orbe tourbillonnant géant » de Naruto. Lorsque les événements se répètent deux fois, et qu’ils arrivent une quatrième fois sur les rochers, tous ont épuisé leur chakra ; Shikamaru analyse la situation et comprend que ces événements ne sont pas naturels : quelqu’un cherche à les faire tourner en rond et couler. À l’arrivée sur le tourbillon, il fait cacher par Tenten le bateau dans un parchemin et ils restent à la surface de la mer. Les habitants de l’île arrêtent alors les pièges et viennent chercher leur butin, mais Tenten, faisant reparaître le bateau, les fait chavirer, et ils reprennent leur route. Lorsque Naruto dit à Shikamaru que son intelligence a été utile pour les sauver, ce dernier voit fondre ses angoisses.

Kiba rêve de son enfance, losqu’avec Shikamaru, Chôji et deux autres élèves de leur classe, ils pariaient des bonbons à la course et qu’il gagnait toujours. Pour une des courses, Naruto les rejoint et arrive bon dernier ; Kiba lui dit qu’il pourra le défier à nouveau quand il aura battu son record. Lorsque Kiba se réveille, sa mère lui rappelle qu'il doit se préparer à la guerre et lui fait comprendre qu'il ne progresse pas comparé à Naruto ; il décide donc de s'entraîner avec Akamaru. Kakashi le surprends lors de son entraînement, et Kiba le supplie de l’entraîner ; Kakashi laisse l'escouade des « crocs traqueurs » se charger de son entraînement. Kiba tente à plusieurs reprises de dérober un parchemin au chien sans succès, car il fonce tête baissé et tombe systématiquement dans les pièges de la meute de Kakashi. Kiba renonce et s’en va. Akamaru l’entraîne à l’arbre où étaient gravés ses records à la course et il remarque que Naruto y a marqué son nom ; il voit alors Hinata qui s’entraîne non loin ; elle lui explique qu’à force de persévérance et d’entraînement, Naruto a fini par réussir à battre son record. Kiba change alors d’état d’esprit et décide de retourner affronter Pakkun et sa meute, et de ne plus jamais abandonner. Il parvient finalement à lui dérober le parchemin, et établit un nouveau record de course pour montrer qu’il ne se laissera plus distancer par Naruto.

Naruto, Killer Bee, Yamato, Aoba et Motoï subissent l’onde de choc de la technique de Gaï. Ce dernier a terrassé Kisame et lui explique que sa technique est du taijutsu pur, avant de l’assommer. De retour sur l’île, Yamato coince Kisame dans un carcan et Aoba explore ses souvenirs pour tenter d’obtenir des informations sur Akatsuki. Il voit comment le ninja de Kiri a dû tuer des camarades par ordre de son supérieur Fuguki Suikazan, afin de ne pas laisser des renseignements tomber aux mains de l’ennemi, puis comment Kisame a assassiné Fuguki sur ordre du 4e Mizukage Yagura, récupérant ainsi son épée Samehada. Alors que Aoba s’apprête à voir le visage de Madara Uchiwa quand ce dernier se révèle à Kisame, manipulant Yagura, pour lui proposer de travailler pour lui, Kisame se mord la langue pour reprendre conscience, se libère du carcan, s’entoure d’une bulle d’eau et y invoque des requins qui le dévorent. Avant de mourir, Kisame repense aux paroles d’Itachi, son camarade au sein d’Akatsuki, à propos de ceux qui ont dû tuer leurs camarades, ne sachant plus quelle est leur identité. En voulant voir le contenu du parchemin que Kisame s’apprêtait à transmettre, Gaï déclenche un piège qui bloque tous les ninjas présents dans des bulles d’eau avec des requins, pendant qu’un autre requin s’enfuit avec les informations.