사쿠라는 츠나데의 얘기를 듣고 자신들이 10조의 지원군으로 나서야한다는 것을 알고 츠나데는 24시간안에 새 술법을 완성하지 못 하면 다른 팀을 보내겠다고 전하라고 말한다. 시카마루는 카카시가 함께 한 경우의 새로운 작전을 세운다. 사쿠라의 말을 전해들은 나루토는 더욱 의지를 불태운다. 환전소로 가는 길에서 놈들의 흔적을 찾지 못한 시카마루 일행은 이노의 이혼술을 이용해 히단과 카쿠즈의 행적을 알아내고 시카마루의 작전대로 공격한다. 히단과 카쿠즈는 기폭찰과 차크라칼을 절묘하게 이용한 시카마루의 작전에 속아 결국 꼼짝없이 그림자흉내 수리검술에 걸려 꼼짝도 못 하게 된다. 시카마루는 작전대로 두 사람을 밀어붙이지만 잘려나갔던 카쿠즈의 칼이 독자적으로 움직여 작전이 어긋나지만 쵸지가 육탄바늘전차로 카쿠즈를 공격한다.

나루토는 더욱 수행에 열을 올리고 야마토는 그런 나루토에게 성질변화의 우열관계에 대해서 설명해준다. 5가지 성질변화는 서로 우열관계로 연결되어 있는데 사스케의 화둔은 나루토의 풍둔보다 우세이지만 치도리와 같은 뇌둔은 풍둔에 열세라는 것. 나루토는 이 말에 자신은 정말 사스케와 상성이 좋았나보다고 말한다. 야마토는 곧 수행이 끝날 거 같다는 나루토에게 조금만 더 시간을 달라며 시험해보고 싶은 것이 있다고 한다. 한편 카카시는 조용히 토둔을 쓰려는 카쿠즈의 등뒤로 접근해 뇌절로 심장을 관통하지만 카쿠즈는 죽지 않고 시카마루도 결국 히단의 그림자흉내술을 풀게 된다. 카쿠즈의 몸에서는 알 수 없는 이상한 가면이 나와서 그 중 하나가 쓰러지고 카카시는 자신의 뇌절로 죽은 것이 그 가면이라는 것을 알게 된다. 카쿠즈는 이내 풍둔까지 쓰고 그런 다음 뇌둔까지 써서 시카마루일행을 공격해온다. 카카시는 성질변화를 세가지나 가진 카쿠즈에게 놀라고 카쿠즈는 다시 화둔으로 공격해온다.

카쿠즈의 몸에서 나온 풍둔과 화둔의 가면이 하나로 합쳐져 화둔으로 공격해오고 카쿠즈는 줄어든 심장은 너의 심장으로 채우겠다고 말한다. 카카시는 몸바꿔치기로 위기를 모면하고 다시 공격하지만 풍둔과 화둔이 합쳐진 술법을 수둔만으로 막지 못 해 고전하다 결국 카쿠즈 본체에 잡히고 카쿠즈는 카카시의 심장을 꺼내가려 한다. 한편 히단은 피를 이용한 술법으로 자신의 심장을 찔러 시카마루를 쓰러트리고 뒤돌아가지만 시카마루는 되살아나서 히단을 공격한다. 시카마루가 미리 챙겨둔 캡슐에 카쿠즈의 피를 담아 그 피를 히단의 무기에 묻혀 저주로 카쿠즈를 공격하게 만든 것. 시카마루의 술법이 약해진 것을 눈치챈 히단은 다시 시카마루를 공격하고 심장을 두 개 잃은 카쿠즈는 다른 심장으로 대체한 후 심장은 됐으니 카카시를 죽이겠다고 나선다. 위기의 순간 나루토 일행이 나타난다.

마침내 카쿠즈는 쓰러지고 아이들은 마을로 돌아온다. 시카마루는 아스마의 묘에서 쿠레나이를 만나 아스마가 늘 자신을 지켜주었다며 아스마의 아이가 태어나면 자신이 그 아이를 지켜주겠노라고 한다. 아버지와 장기를 두던 시카마루는 왕장이란 나뭇잎마을을 짊어진 미래의 아이들이라고 한다. 한편 카쿠즈에게 나선수리검을 쓴 후 나루토의 팔은 큰 상처를 입고 츠나데는 카쿠즈의 검시를 통해 놀라운 사실을 알게 된다. 나선수리검의 공격이 세포 수준까지 공격을 하여 경락계 하나하나가 다 끊어진 상태로 그 여파로 나루토의 팔도 부상을 입은 것. 츠나데는 카카시에게 절대로 나루토가 그 술법을 다시 쓰지 못 하게 해야한다고 한다. 나루토는 자신을 걱정하는 사쿠라에게 사쿠라와 함께 사스케에게 가까워진 기분이 들어서 좋다고 말한다. 한편 오로치마루는 카부토에게 어떤 이를 데려오라고 말하고 카부토는 그 장본인인 구렌을 만나러 간다.

나루토의 말대로 물을 마시고 물대포를 뿜는 연습을 하는 가마타츠, 하지만 수행에는 진전이 없고 결국 나루토가 억지로 코를 막아 물대포를 나오게는 만든다. 우연히 사이를 만난 나루토는 자신만 빼놓고 임무를 간다는 것을 알고 츠나데를 쫓아가 열심히 생각하면 마음이 전해질 거라고 하고 지라이야의 편지를 받은 츠나데는 결국 나루토가 가는 것을 허락한다. 한편 시노는 부화에 성공하지만 벌레의 수가 너무 작아 수를 단숨에 불리겠다며 혼자 떨어진다. 구렌은 린지로부터 카카시일행에 대한 얘기를 듣고 찾아내서 해치우겠다고 한다. 카카시는 불필요한 전투를 막기 위해 박쥐의 냄새를 피해 숲속을 전진한다. 나루토는 빨리 술법을 완성해야한다고 가마키치를 조르고 가마키치의 말대로 가마타츠의 입속에 들어가 수행을 계속하고 유키마루는 나가려는 구렌을 붙잡고 자신의 부적을 지어준다. 한편 숲속을 전진하던 카카시 팀은 마침내 적의 존재를 포착한다.

수행을 하는 나루토는 마침내 진전이 있지만 찾으러 온 사쿠라 손에 이끌려 마을을 떠난다. 한편 불시에 습격해온 린지 일행, 고즈가 먼저 카카시를 공격하고 남은 히나타와 키바는 키기리의 연막 때문에 앞도 안 보이고 후각까지 쓸 수 없게 된다. 키바가 자리를 피하고 히나타가 유권으로 누라리를 공격하지만 누라리에게는 먹혀들지 않는다. 카카시는 고즈의 엄청난 힘에 다소 고전하고 히나타가 위험한 것을 안 키바는 아통아로 공기를 날려버림으로써 시각과 후각을 되찾고 부상당한 히나타를 도우러 간다. 린지와 다른 부하들은 둘을 공격하려는 하지만 벌레들을 몰고 나타난 시노 때문에 후퇴하고 카카시도 뒤이어 나타난다. 모든 것을 지켜보고 있던 구렌은 자신이 나서서 싸울 것을 결심한다.

지원군은 서둘러 현장으로 향한다. 한편 사쿠라는 나루토가 없어졌다는 것을 알게 되고 카카시와 야마토는 나루토를 찾아나선다. 구렌은 나루토가 정찰하러 온 것으로 생각하고 공격하고 나루토는 구렌에게 유키마루를 데려가겠다며 구렌을 찾아 나타난 유키마루에게 오로치마루는 나쁜 놈이며 부하인 구렌 또한 제대로 된 인간일 리가 없다며 같이 가자고 하지만 유키마루는 구렌이 자신이 돌아갈 곳이라며 자신을 지켜준다고 한다. 때마침 나타난 카카시와 야마토 구렌은 사라지고 나루토는 크게 야단을 맞는다. 카카시는 유키마루가 미수를 제어하는 힘이 있으며 오로치마루가 인주력으로 만들 것이라 말하고 나루토는 절대로 그렇게 하게 두지 않겠다며 다짐한다. 그리고 돌아온 나루토 앞에 반가운 지원군이 기다린다.

3미를 봉인하러 아이들과 달려온 시즈네는 카카시로부터 유키마루 얘기를 듣고 놀란다. 한편 자신을 의심하는 고즈에게 린지는 고향에 두고온 동생 때문에 돈이 필요하다고 말한다. 카부토는 자신이 돌아갈 곳은 구렌 곁이라는 유키마루에게 손찌검을 하고 구렌은 유키마루를 감싸고 돈다. 한편 원래 카부토의 지시로 잠입해있던 린지는 자신에게 일을 맡겨달라고 위협하고 카부토는 이를 받아들인다. 시즈네는 츠나데의 지시를 전달한다. 3미를 봉인하고 유키마루를 보호하는 것으로 히나타 이노 사쿠라와 함께 자신이 3미 봉인을 맡겠다고 한다.카카시는 팀을 둘로 나뉘어 시노 나루토 사이와 자신이 한 팀으로 정둔술사를 맡고 나머지는 야마토와 함께 봉인팀을 지키는 역할을 맡기로 한다.

구렌을 놓친 카카시팀은 구렌을 다시 찾기 위해 분주하고 나뭇잎의 3미 봉인술을 본 카부토는 유키마루에게 약을 먹이고 3미를 조종하게 만들려 하지만 구렌이 한번만 더 기회를 달라고 매달린다. 구렌의 카부토의 작전대로 봉인팀을 공격하고 리와 텐텐이 이를 막는다. 3미를 찾은 봉인팀은 그물을 내려 자물쇠를 채우는 데까지 성공하지만 린지가 기습공격을 하고 때마침 나타난 나루토가 이를 막는다. 유키마루를 걱정하는 구렌은 몸을 날려 봉인을 막는데 성공하고 3미는 엄청난 힘으로 또 다시 큰 파도를 일으킨다. 모두 물에 휩쓸려 쓰러진 후 3미는 구렌에게 다가가고 구렌을 걱정한 유키마루는 엄청난 힘을 발휘하여 3미를 조종하려 한다.

유키마루는 큰 상처를 입고 의식을 차리지 못 하고 3미를 제어하는 능력도 잃어버린 상태다. 나루토는 그런 유키마루를 보면 구렌의 죽음이 자기 탓이라며 힘들어하고 츠나데는 보고를 듣고 교대할 닌자를 보내고 귀환명령을 내린다. 그날 밤 오래 전 자신을 살려준 구렌을 구하려는 고즈의 힘이 구렌을 깨우고 유키마루는 구렌을 찾아 나간다. 유키마루를 찾아나선 나루토는 유키마루의 수정이 멀쩡한 것을 보고 구렌이 무사하며 둘이 만났다는 것을 알게 된다. 다음날 아침 암부가 도착하고 나루토 일행은 마을로 향하고 토비의 안내를 받아 호수로 온 데이다라는 3미를 유인하고 결국 3미는 두 사람의 손에 잡힌다. 한편 오로치마루의 몸은 한계에 다다르지만 사스케의 몸을 차지할 생각에 기뻐한다. 나루토는 유키마루에 대해 묻는 사쿠라에게 계속 생각하면 마음이 전해질 거라면 사스케가 돌아올 곳이 없어지지 않도록 계속 생각하자고 말한다.

이타치와 키사메는 페인으로부터 오로치마루의 죽음과 그것이 사스케의 짓이며 사스케가 동료들을 모아 이동중이라는 얘기를 듣는다. 한편 사스케는 스이게츠 등과 함께 우치하 일족이 이용하던 무기상에게 가서 무기를 조달한다. 지라이야는 오랜만에 만난 나루토와 라면을 먹으며 회포를 풀고 카카시등은 사스케를 데려오기 위해 이타치를 찾아야한다며 기존의 7조에 시노 히나타 야마토 키바를 더한 팀을 짜서 사스케를 데려오기 위해 이타치를 찾아 비를 맞으며 마을을 나선다. 한편 데이다라는 사스케와 구미를 자신의 손으로 잡겠다며 토비를 데리고 길을 나선다.

사스케와 이타치를 찾아나선 나루토 일행, 카카시는 냄새를 추적할 닌자견을 붙여주고 사스케와 이타치를 찾기 위한 작전을 지시한다. 한편 사스케 일행도 뿔뿔이 흩어져서 이타치를 찾기 위해 나선다. 스이게츠는 카쿠즈의 장부담당을 찾아내서 정보를 캐내고 쥬고는 동물들에게 정보를 부탁한다. 사스케와 떨어지지 않으려던 카린을 마을을 둘러보고 그러던 중 사쿠라가 함께 있던 닌자견이 사스케의 냄새를 맡지만 결국 놓치고 만다. 한편 나루토와 야마토 앞에는 카부토가 나타난다. 오로치마루가 죽은 뒤 정체성의 혼란에 빠져있다 나루토처럼 극복해보겠다며 오로치마루의 시체 일부를 몸에 심은 카부토는 자신을 일깨워줘서 고맙다며 나루토에게 아카츠키에 대한 수집한 정보를 주고 간다. 한편 나루토와 사스케를 노리던 데이다라는 사스케를를 발견하고 토비를 데리고 신나게 날아가서 사스케와 마주한다.

선술을 쓰며 공격하는 지라이야, 하지만 세명의 상대는 보지도 않고 공격을 피하고 모든 술법을 흡수하는등 공격이 통하지 않는다. 후카사쿠는 세명이 눈을 함께 공유해서 공격을 피한다는 것을 눈치채고 지라이야는 일단 자리를 피한다. 그리고 세명이 영상을 공유하는 이상 따로 따로 공격해야한다고 결정하고 각자 다른 술법을 쓰는 셋의 시선을 뺏고 환술로 잡아서 모두 숨통을 끊어놓는다. 하지만 페인을 처치했다고 생각하고 빠져나가는 지라이야를 기습하는 페인, 그리고 조금 전에 죽였던 세 명의 페인까지 다시 살아나 여섯 명의 사람이 나타나 페인육도 등장이라며 페인은 자신들 6명을 모두 일컫는 말이라고 한다. 그리고 지라이야는 그들 중 한명을 보고 놀라는데...

츠쿠요미를 쓴 이타치는 만화경 사륜안을 가진 자신에게 사스케는 절대 이길 수 없다며 환술 속에서 사스케의 한쪽 눈을 빼앗고 다른 눈까지 빼앗으려 한다. 하지만 꼼짝도 못 할 거라고 예상했던 사스케는 다시 일어난다. 이타치의 츠쿠요미를 깨트린 것. 그리고 환상을 현실을 만들 거라는 사스케의 말에 이타치는 그 말을 되돌려주겠다고 말한다. 츠쿠요미가 깨어져 환술전을 포기하고 싸움을 벌이는 두 사람, 이타치가 사스케에게 밀리는듯하는 순간 이타치는 흑염 아마테라스로 공격한다. 눈에 보이는 모든 것을 불태워버리는 아마테라스, 결국 사스케도 쓰러지고 모든 것이 끝나고 이타치가 사스케의 눈을 빼앗으려 달아나는 순간 사스케가 사라진다. 오로치마루 식의 바꿔치기술을 써서 빠져나간 것. 이타치도 지치고 사스케는 차크라를 거의 다 써버린 상태, 하지만 자신만만하게 이타치를 죽이겠노라 선언한다.

이타치가 일족을 배신하고 2중스파이로 활동했다는 마다라 말을 믿을 수 없는 사스케, 하지만 마다라는 참혹한 전쟁을 겪은 이타치가 평화주의자였다고 한다. 그리고 마을은 이타치에게 평화를 위해서 우치하 일족을 몰살할 것을 명령하고 이타치는 우치하일족의 쿠데타로 벌어질 수 있는 전쟁을 염려해 그 임무를 맡았던 것. 그리고 나뭇잎마을과 우치하를 노리던 마다라를 찾아와서 일족에 대한 복수를 도와줄테니 마을에 손을 대지 말라고 조건을 제시한다. 하지만 차마 사스케를 죽이지 못 한 이타치는 사스케가 강해질 수 있도록 일부러 자신에 대한 복수를 목표로 가지게 만들고 3대 호카게에게 사스케를 부탁하고 떠난다. 그리고 마을을 떠나 아카츠키에 들어가서 아카츠키를 감시하며 후에 사스케 손에 배신자로 죽어 사스케를 마을의 영웅으로 만들려 한 것. 사스케는 죽기 전 어릴 때 다정했던 형의 모습으로 웃으며 용서해라는 말을 하던 이타치를 떠올리고 나뭇잎마을을 부수리라 결심한다.

마을의 책임자는 호타루를 데려가지만 그 곳에는 이미 아카보시 도적단 일행이 기다리고 있었다. 호타루 때문에 피해를 입을까 두려워해서 호타루를 넘겼던 것. 호타루는 속임수를 써서 숲으로 달아나지만 도적단과 마주치고 필사적으로 저항하지만 잡히고 만다. 그 때 죽은 줄 알았던 우타카타가 나타나 호타루를 구해서 달아난다. 한편 나루토와 뒤따라온 야마토와 사이는 호타루가 위험하다는 사실을 알고 급하게 호타루를 찾아나서고 야마토는 츠치구모 일족이 보호할 힘이 없다면 밀약의 뜻에 따라 자신들이 호타루를 지켜야한다고 말한다. 구하려던 게 아니라며 끝까지 호타루에게 진심을 보이지 않는 우타카타, 하지만 호타루는 금지된 술법으로 첫 스승이었던 할아버지의 뜻을 이어 일족을 부흥시킬 거라며 자신의 몸에 있는 무언가를 우타카타에게 보여준다. 놀라는 우타카타 앞에 안개마을의 탈주닌자인 우타카타를 뒤쫓던 추적닌자들이 나타나 호타루를 인질로 잡아 우타카타를 구속하려 하지만 나루토가 나타나 두 사람을 구한다.

마을로 돌아온 나루토는 이타치가 사스케가 마을을 공격하면 어떻게 할 너냐고 물었던 얘기와 이타치가 자신을 죽이지 않고 오히려 힘을 빌려준 사실에 대해서 골똘히 생각한다. 한편 이타치의 죽음으로 복수심에 불타는 사스케는 나뭇잎마을을 혼자서 다 쓸어버리겠다고 마다라에게 공언하고 팔미를 잡아 마다라에게 넘기며 상처를 치료하고 나뭇잎으로 가겠다고 한다. 한편 나루토를 찾아온 후카사쿠는 나루토에게 비마을에 잠입했다가 페인의 손에 쓰러진 지라이야의 죽음을 알리고 사람들에게 자신의 등에 새겨진 지라이야의 메시지를 보여준다. 큰 충격을 받은 나루토는 왜 지라이야에게 그렇게 무모한 짓을 시켰냐고 츠나데를 비난하고 지라이야와의 옛 추억을 되새기며 슬픔에 휩싸인다.

낙심한 나루토는 방을 떠나고 후카사쿠는 페인 육도 중 한명의 시체와 산채로 잡아온 비마을 닌자를 내놓는다. 츠나데는 검시를 지시하고 후카사쿠는 묘목산으로 돌아간다. 지라이야의 죽음에 충격을 받은 나루토는 너무나 슬퍼하고 라면을 사준다는 이루카의 말도 거절한다. 츠나데는 시카마루에게 암호 해독업무를 맡긴다. 한밤중에 나온 나루토는 이루카를 만나고 이루카는 나루토에게 지라이야가 얼마나 나루토를 아끼고 자랑스러워했는지를 말해주면 위로해준다. 암호해독부에서 지라이야가 남긴 암호가 나뭇잎의 암호가 아니며 암호를 풀려면 이 암호에 사용된 열쇠를 알아야하며 그 열쇠는 지라이야를 잘 아는 사람이라야 알 수 있을 거라는 말에 시카마루는 카카시 츠나데를 거쳐 나루토를 만나러 간다. 침울한 나루토를 데리고 쿠레나이를 만나러 간 시카마루는 나루토에게 더 이상 어린아이로 있을 수 없지 않냐며 이제 자신들이 받는 게 아니라 주는 입장이 되어야한다고 말한다.

나루토는 후카사쿠와 선술 수행에 열심이지만 생각처럼 쉽게 되지 않고 후카사쿠는 그런 나루토를 데리고 바위에 올라가 석판에 앉아 움직이지 않으며 자연과 조화가 되는 법을 가르친다. 어려워하던 나루토도 지라이야가 같은 수행을 했다는 말에 마음을 다잡고 수행에 집중한다. 후카사쿠도 놀랄만큼 수행에 열심인 나루토는 큰 향상을 보이고 후카사쿠에게 개구리대련까지 배운다. 한편 킬러 비를 잡고 돌아온 사스케일행, 사스케는 미수가 없이도 괜찮다며 자신있어한다. 한편 사스케일행을 뒤쫓은 제이는 위치를 확인하고 연락을 하려 하지만 들켜서 목숨을 잃고 만다. 동생의 납치 소식에 화가 난 라이카게는 상대가 나뭇잎 마을 출신이란 말에 더욱 화가 나고 다섯 카게 수뢰회담을 준비하라고 명령한다. 설상가상 제이로부터 소식이 끊어지고 라이카게는 킬러 비를 구하기 위해 쿨한 사무이에 지나치게 생각이 많고 복잡한 오모이와 단순한 카루이로 이루어진 사무이소대를 소집한다.

카카시와 페인은 싸움을 벌이고 쵸자팀과 쵸지가 카카시 지원에 나선다. 또 한 명의 페인까지 싸움에 합세하여 카카시는 수세에 몰리고 위기의 순간을 맡지만 미리 그림자분신을 내세웠던 덕에 위기를 모면한다. 쵸지 일행이 나타나 싸움에 합류하지만 물체를 자기 쪽으로 마음대로 끌어당기며 또한 모든 인술을 튕겨내는 페인의 능력 때문에 상대하기가 쉽지 않다. 쵸자팀 대원은 모두 쓰러지고 카카시는 술법을 쓰고 다음 술법으로 넘어갈 때 약간의 간격이 생기는 것을 파악하고 쵸지와 쵸자와 함께 협공을 펼치지만 완전히 해치웠다고 생각한 또 한 명의 페인 때문에 실패하고 쵸자는 쓰러지고 만다. 카카시는 지금까지 알아낸 정보를 츠나데에 전해줄 것을 쵸지에게 부탁하고 목숨을 걸고 쵸지를 무사히 보내기 위해 남아있는 모든 차크라를 써서 사륜안을 쓰다 결국 숨을 거둔다. 쵸지는 츠나데에게 페인의 능력에 대해 알리고 츠나데는 아직 쵸자는 살아있다고 알리고 카카시의 죽음에 슬퍼한다.

히나타가 쓰러지는 것을 본 나루토는 분노하고 그 큰 분노 때문에 구미화하기 시작한다. 나루토는 구미화를 막기 위한 봉인으로 걸고 있던 목걸이마저 부셔버리고 급격하게 구미화한다. 페인은 그런 나루토에 맞서 싸우지만 구미의 힘 때문에 쉽지가 않다. 어느덧 나루토의 몸에 구미의 꼬리가 6개가 나오고 마을 밖에서 임무 수행중이던 야마토는 이 사실을 알고 급히 마을로 향한다. 나가토는 엄청난 힘으로 지폭천성을 펼쳐서 나루토가 있는 땅까지 포함해서 커다란 달을 만들어 하늘에 띄워 나루토를 격리시킨다. 한편 히나타마저 잃고 괴로워하며 해답을 알려달라는 나루토에게 구미는 괴로운 것을 없앶주겠다며 유혹하고 나루토는 구미의 꾀임에 넘어가 구미를 봉인시킨 부적을 떼려고 한다. 그 순간 나루토의 손을 잡고 말리는 한 사람, 그것은 바로 4대 호카게, 미나토였다.

나가토는 자신이 할 수 있는 최소한의 속죄라며 마지막 힘을 짜내어 마을 사람들을 살려내고 나루토에게 뒷일을 부탁한다. 아버지 사쿠모를 만나서 예전에는 분하고 힘들었지만 지금은 아버지를 이해하며 자랑스럽다는 말을 건넨 카카시도 다시 살아난다. 코난은 나루토에게 자신에게는 야히코와 나가토가 전부였다며 아카츠키를 나올 것이며 두 사람의 꿈이 너에게 맡겨졌다면 자신도 비마을도 나루토를 믿고 두 사람의 꿈을 쫓아가겠다며 두 사람의 시신을 가지고 떠난다. 힘든 몸으로 마을로 향해가던 나루토 앞에 카카시가 나타나 나루토를 업고 마을로 향하고 마을에서는 모든 사람들이 달려나와 기쁘게 나루토를 반긴다. 구미가 봉인되어 있다는 이유로 사람들에게 냉대를 받던 나루토, 하지만 어떤 상황에서도 포기하지 않고 변함없는 닌자의 길을 보여주며 그 동안 열심히 노력하며 쌓아온 일들을 보고 사람들도 나루토를 인정하고 있었던 것. 이루카는 4대 호카게가 마을 사람들이 나루토를 영웅으로 봐주기를 바라며 숨을 거두었다고 했던 말을 떠올리며 지금 자신의 눈앞에 영웅이 있다고 한다.

닌자들은 마을의 부흥작업을 위해 분담하여 일을 시작한다. 야마토의 목둔둔갑술(木遁忍術)로 공터에 건물을 짓지만, 재생하기까지는 아직 멀게만 느껴졌다. 그런 중, 나루토와 사쿠라는 그리운 인물을 만나게 된다. 그는 파도의 나라에서 만났던 목수, 타즈나와 이나리였다. 둘은 다른 친한 목수들과 함께, 나뭇잎 마을의 부흥을 위해서, 찾아왔다고 했다. 재회를 기뻐하는 나루토 무리들은 파도의 나라의 임무 직후에 일어났던 사건을 떠올린다.

중급닌자 시험 본선이 한창일 무렵, 나루토에게 패배한 네지는 의무실에서 상처를 치료하고 있었다. 걱정된 텐텐이 병문안을 간 그 때- 구렁이로부터 나뭇잎 마을이 붕괴되는 사건이 일어났다. 마을이 혼란에 빠지자, 객석에서 달려오는 네지와 텐텐은 상처 투성이로 쓰러진 휴우가의 장로를 발견한다. 장로는 시합관전으로 왔던 구름 마을의 닌자 두명에게 의해 히나타가 납치 되었다는 것을 말하고, 네지에게 백안의 탈환을 명한다. 텐텐과 키바와 아카마루가 임무에 가담하고, 기본 소대에서의 A랭크 임무가 시작 된다.

구름마을의 카루이, 오모이에게 사스케와 관련한 정보를 전달하라고 재촉 당하는 나루토. 두 사람이 스승을 생각하는 마음이 가득해, 한번은 정보를 전달 하였지만, 역시 동료를 내모는 일은 할 수 없다고 생각해 단념한다. 그 대신, 직성이 풀릴 때까지 때리라며 자청해서 말한 나루토를 항해, 사정없이 주먹으로 때리는 카루이. 저항없이 맞고 있는 나루토를 발견한 사이의 가슴 속에 있는 것은… 한편, 호카게가 된 단조는 5카게 회담에 출석하기 위해, 뿌리의 사람 중으로부터 농간의 호위를 부른다.

가아라, 테마리, 칸쿠로, 다루이에 의해 총공격을 ‘스사노오(須佐能乎)’로 막고, 후로아를 파괴하는 사스케. 감지능력을 가진 카린을 데리고 단조가 있는 회장을 향했지만, 공격의 혼란으로, 단조 일행은 회장으로부터 모습이 사라졌다. 바로 뒤쫓아 가는 사스케였지만, 미즈카게가 그 앞을 가로 막았다. 미즈카게와 츠치카게 두 사람 앞에서, 사스케는 새로운 싸움에 돌입한다.

중계 회담에서 닌자 연합군을 승인하는 다섯 나라의 수뇌들. 카케들은 각각의 마을로 귀환하자마자 전쟁 준비에 돌입한다. 그리고 가아라는 다섯 카케들을 소집하여 지금까지의 경위를 설명한다. 아주 쉽게 다섯 카케회담에 잠입한 아카츠키의 힘과, 단조의 죽음을 보고받고 전율하는 닌자들. 가아라는 마다라가 가지고 있는 야망을 말해주고, 이 싸움에서 이기지 않으면 세계는 끝난다고 알린다. 비슷한 시각, 나뭇잎 마을에 도착하는 나루도와 동료들. 그리고 마중 나온 시카마루에게 동료들을 모아달라고 부탁한다.

어느 항구에 도착한 나루토는 여자만 있는 닌자 마을인 나데시코 마을의 차기 이장 시즈카와 그 수행원인 토키와와 만난다. 두 사람의 이야기를 들어보면 지라이야의 제자를 찾고 있다고 하는데. 나데시코 마을에서는 이장 될 쿠노이치가 자신과 싸워 이긴 남자를 사위로 맞이하는 풍습이 있고, 수십 년 전에는 지라이야가 선대 이장의 사위 후보 이였던 적도 있었다. 하지만 그때는 대결은 승부가 나지 않았고 둘은 이 승부를 자신들의 제자에게 맡겼다. 스승들이 마음대로 정한 룰에 의해 시즈카와 싸울 것을 강요 받는 나루토. 하지만 서로의 마음을 무시한 사위 선정 방식에 납득이 가지 않고.......

물의 나라 영내의 작은 섬에서 최후의 보급을 한 나루토들. 그 무렵 바위에 은신한 아카츠치와 쿠로츠치는 미즈카게 앞으로 된 서한을 지니고 츠치카게의 사자로서 같은 섬에 와 있었다. 하지만 거기에 갑자기 안개분신의 닌자들이 습격해온다. 지나가던 나루토, 마중 나온 쵸주로가 도움을 주지만 동료 중 한 명이 중상을 입고 만다. 이 습격을 꾸민 것은 안개의 상급닌자 간류. 간류는 요스가고개의 비극이라 불리는 어떤 사건의 생존자였다…

영화, ROAD TO NINJA의 공개에 앞서 극장판과 연동한 기획!!

갑자기 공중에서 나타나 떨어지는 사쿠라. 우연히 그것을 목격하고 도와주지만, 숲에 떨어진 충격으로 사쿠라는 기억을 잃고 만다. 마을에 관한 일도 나루토도 잊어버렸지만 어렴풋한 이미지만은 가지고 있는 듯 하다. 사쿠라가 기억상실이라는 사실을 들은 마을 친구들은 그 희미한 기억에 의지하여 사쿠라의 기억을 되찾기 위해 일치단결하지만…?

나뭇잎 마을 암부 출신 우즈키 유가오와 죽은 중급 닌자 시험 시험관 겟코 하야테는 예전부터 연인 사이였다. 유가오는 완전히 암부를 그만두고, 지금은 의료 닌자들이 분주하게 돌고 있는 의료 부대 텐트에서 도움을 주고 있다. 한편, 카부토 쪽에서는 예토전생의 술법으로 하야테가 다시 살아나고 있었다. 하야테가 다시 살아나는 것을 알 길이 없는 유가오. 그리고 시체를 빼앗도록 카부토에게 명령을 받은 하야테는, 유가오가 있는 것을 모르고 의료부대 텐트 쪽으로 출격한다.

생각지도 못한 하야테와의 재회에 당황한 유가오. 하지만 적의 정보를 누구보다도 잘 알고 있다며 무정하게 하야테를 쫓아가라고 명령한다. 쫓아가면서도 뇌리에 두 사람이 지냈던 추억이 떠오르는 가운데, 드디어 하야테와 대면한다. 카부토의 예토전생으로 조종당하고 싶지 않은 의지와는 다르게 연합 닌자들에게 달려드는 하야테는 유가오에게 자신을 베라고 부탁하지만, 과거에 하야테가 죽은 이후로 유가오는 칼을 들 수 없게 되었다.

극장판 로드 투 닌자의 전날 밤에 일어난 이야기를 애니화! 가면 쓴 남자 마다라가 새로운 닌자 기술 한정 츠쿠요미 상대를 나루토로 지명했을 때 즈음...

나뭇잎마을에서는 각 반 임무를 수행하고 녹초가 되어 있었다. 한편, 임무가 없었던 나루토는 휴일을 혼자 쓸쓸히 보내야 했는데… 쓸쓸해 보이는 나루토를 목격한 리는 모두에게 나루토도 함께 목욕탕에 가자고 설득한다. 목욕탕에서 재충전하고 있던 중, 갑자기 여탕 지붕이 무너졌다!

마다라의 힘은 상상을 초월했다. 많은 닌자들은 쓰러뜨리고, 오오노키도 중상을 입었다. 나루토도 차크라를 다 써 혼자서는 힘든 상황이다. 닌자들은 전의를 잃어버리지만, 오오노키는 포기하지 않고 평화를 얻기 위해 일어선다! 나루토와 가아라도 그 모습에 힘을 내어 일어서지만, 마다라는 가차없이 냉철하게 공격해 온다. 이제 절체절명――그 때, 츠나데와 이라카게가 질풍처럼 나타나 마침내 현재 5카게 전원이 하나의 전장에 집결한다!!

사미에게 먹힌 나루토는 정신 세계에서 사미와 대면하고, 쇠사슬 봉인을 풀어주겠다고 약속한다. 그러나 인주력을 믿을 수 없다는 사미의 말을 들었던 구미는 과거에 자신도 무리하게 나루토에게 봉인 된 것이 생각나 증오감을 품었던 과거를 돌아보는데…

하지만 그것은 동시에 구미가 나루토와 함께 했던 기억들. 지금까지 나루토가 어떻게 지냈는지, 어떻게 싸웠는지, 행동한 모든 것을 본 구미. 지금 사미를 구해주려는 나루토의 행동을 보고 구미는 무엇을 생각하고 있는 것일까?

마다라와의 사투가 계속되는 5카게들은, 그 압도적인 파워에 고전하면서도 힘을 합쳐 마다라를 봉인으로 몰아 넣는다. 그러나 마다라는 산정도로 거대한 ‘완성체 스나노오”를 발동하여, 5카게들을 절망으로 몰아 넣는다. 반면, 카부토에게 이자나미로 움직일 수 없게 한 것이 성공한 이타치는 예토전생을 푸는 인을 발동시킨다. 그것은 동시에 예토전생 몸으로 있는 이타치 자신이 사라지는 것을 의미하고, 사스케와의 이별 앞에 이타치는 진실과 자신의 생각을 말하기 시작한다.

미나토 덕분에 나루토와 닌자 연합군은 십미의 회심의 공격을 피할 수 있었다. 그리고 속속 도착한 역대 호카게들은 봉인술로 십미의 손발을 완전히 묶어버리는데... 거기에 당도한 지원군은 역대 호카게들에 그치지 않았다.

역대 호카게들의 결계와 속박으로 십미는 옴싹달싹 못하게 된다. 그 틈을 노려 닌자연합군은 십미 본체를 향해 돌진하는데… 십미가 풀어놓은 분열체들과 싸우는 중에 사쿠라는 차크라가 모두 차서 괴력을 발휘하게 된다.

나루토 일행은 선인술로 오비토를 상대하려 하지만 십미의 힘은 호락호락하지 않았다. 그리고 십미는 최종형태로 변화하여 주변에서 차크라를 모조리 빼앗는데… 그 실체는 인간에게 차크라를 빼앗긴 고대의 신수였다.

나루토와 닌자연합군은 오비토를 십미와 분리하고 미수들을 구하는데 성공한다. 그리고 카카시는 친구로서 오비토의 마지막을 자기 손으로 끝맺으려 하는데… 카카시의 비수가 오비토의 심장을 꿰뚫으려는 찰나, 미나토가 이를 제지한다.

휴가의 후계자로서 어렸을 때부터 매일 매일 고된 수련을 계속하는 히나타. 다섯 살 어린 동생 하나비는 그런 언니를 항상 동경해 왔다. 하지만 히나타의 재능은 기대에 미치지 못했고 오히려 하나비가 더욱 뛰어났는데...

휴가를 짊어지게 된 하나비는 더욱 강해져야 한다는 조바심에 시달린다. 하지만 후계자 자리를 박탈당한 언니 히나타는 줄곧 묵묵히 노력하고 있었는데… 하나비는 언니가 왜 그토록 노력할 수 있는지 이해하기 어려웠다.

사쿠라는 연이은 싸움으로 지쳐서 사막을 걷던 중에 쓰러지고 만다. 그런데 깨어나고 나니 이노와 쵸지가 조그마한 인형과 대치하고 있는데... 상대방 조의 꼭두각시 인형을 다루는 닌자는 매우 까다로운 상대였다.

이노의 분전으로 쵸지는 꼭두각시에서 해방되고, 가까스로 적을 쫓아내는 데 성공한다. 하지만 사쿠라는 아무것도 하지 못하고 둘에게 의지만 하는 자기 모습이 너무 초라했는데... 연전으로 기진맥진해진 이노와 쵸지. 그리고 또다시 시작된 적의 공격에 사쿠라는...

사문을 개방한 가이의 연격은 마다라조차 놀랄 만한 위력을 갖고 있었다. 그리고 동료들은 죽음을 각오하고 싸우는 가이를 지원하는데 온 힘을 쏟는다. 한편 나루토는 자기 의식세계 속에서 의외의 인물과 만나는데...

나루토는 코노하마루의 성화에 못이겨 나선환을 가르쳐 주기로 한다. 하지만 막상 나루토가 가르쳐 준 것은 알쏭달쏭하고 추상적인 한마디 표현 뿐이었는데... 그럼에도 코노하마루는 자기 나름대로 의미를 깨닫고 수련에 몰두한다.

나루토와 코노하마루의 경쟁은 서로에게 더욱 자극제가 된다. 그런데 그 가운데 아스마가 아카츠키에게 살해당했다는 비보가 전해지고... 복수를 결심한 나루토와 코노하마루는 더욱 수련에 매진한다.

무한 츠쿠요미에 걸려서 정신을 잃은 후, 텐텐이 깨어난 곳은 나뭇잎 마을의 자기 방. 잠시 혼란스럽기는 했지만 이상해진 동료들을 보고 텐텐은 이것이 환술이라는 걸 깨닫는다. 그리고 원래 세계로 돌아가기 위해 환술을 깰 방법을 찾는데...

이 세계의 동료들은 자기들을 멀리하는 텐텐의 태도에 걱정이 태산이었다. 한편 텐텐은 어떤 행상인으로부터 비 마을에 환술에 정통한 닌자가 있다는 이야기를 듣고... 고민 끝에 나뭇잎 마을을 떠나 비 마을로 가기로 결심하지만, 이것은 누군가의 함정이었다.

카린은 매일 늘어만 가는 이빨자국, 엄마처럼 죽지 않을까 하는 공포에 지옥같은 삶을 보내고 있다. 그러던 어느 날, 오로치마루를 만나면서 한줄기 희망을 얻게 되는데... 오로치마루의 부하가 된 카린은 이전에 자기 목숨을 구해준 사스케와도 다시 마주치게 된다.

나루토와 네지는 가면남을 따라가 과거 나뭇잎 마을의 한 장면을 보게 된다. 거기에 비친 죽은 아버지의 마지막 모습은 네지의 마음을 흔들어 놓는데... 가면남은 동요하는 네지에게 나뭇잎 마을을 바꾸어놓자는 이야기를 꺼낸다.

미나토는 무사히 돌아온 각 조의 명령위반을 불문에 부치기로 한다. 한편 사스케는 더욱 강한 힘을 손에 넣기 위해 새로운 술법 수련에 들어가고... 그 외의 하급 닌자들도 나루토에게 자극을 받아서 더욱 수련에 정진하기로 한다.

사스케는 나루토가 자기를 넘어섰을지도 모른다는 불안감에 휩싸인다. 그 불안감은 증오와 분노로 변하고, 수련을 위해 마을을 떠나게 된다. 한편 이에 자극받은 나루토도 지라이야와 함께 수련의 길을 떠나는데...

경무부대의 과잉 단속에 마을에서는 불만의 목소리가 높아진다. 그리고 그 중심에는 부대장으로 임명된 사스케와 젊은 부대원들이 있었다. 한편 수행에서 돌아온 나루토는 곧바로 사스케와 대립하게 되는데...

가까스로 사스케를 구출하여 함께 돌아온 사쿠라와 오비토. 이에 위기감을 느낀 카구야는 나루토와 사스케를 향해 필살의 화살을 날리고... 온몸을 짓누르는 초중력 공간에서 카카시와 오비토가 둘을 지키기 위해 그 앞을 막아선다.

오비토는 몸을 던져 나루토와 사스케, 그리고 카카시를 지켜낸다. 그리고 온몸이 점점 재가 되어 무너져가기 시작하는데... 최후의 순간, 오비토가 나루토에게 남긴 마지막 한 마디는 나루토의 투지를 다시금 불태우게 하는데 충분했다.

다시 사륜안을 얻은 카카시는 카구야와의 싸움에 뛰어든다. 그리고 제7조와 싸우며 위기감을 느낀 카구야는 결국 혈계망라 팽창구도옥을 꺼내드는데... 이를 막을 방법은 지금 당장 카구야를 봉인하는 것 뿐이었다.

사스케는 유일한 친구 나루토를 없애고 혼자가 되겠다고 선언한다. 모든 인연을 끊고 이 세계를 뒤에서 조종하는 진정한 호카게가 되겠다면서... 하지만 나루토는 친구의 우정을 절대 포기할 수 없다면서 거기에 맞선다.

나루토와 사스케, 둘의 숙명이라고도 할 수 있는 싸움은 승패가 쉽게 갈리지 않았다. 둘은 만신창이가 되어가며 마지막 힘까지 짜내어 싸우고 또 싸우는데... 결국 서로에게 일격을 날릴 힘밖에는 남지 않게 된다.