El equipo Yamato se dirigen a un único lugar donde pueden salir los ladrondes de tumbas, cuando llegan, se encuentran las cuatro tumbas dirgiendose hacia una montaña, El equipo Yamato las sigue, con Naruto y Sora por delante, dejando a el Monje solo por si hay una emergencia. Cuando Naruto y Sora los alcanzan, las tumbas desaparecen entre la tierra, Uno de los Ninjas que hizo la técnica se queda con las tumbas, y los otros tres hacen un Jutsu con el cual hace que entre montañas el equipo Yamato se disperse, y así, comienzan las peleas.

Ya separado el equipo de Yamato se enfrentan cada uno, con los tres ladrones de las tumbas.Yamato se enfreta al primero y lo engaña, haciéndole creer que quedó vencido y escapa para buscar a los demás;Sora deja atrás a Sakura y ella se encuentra en una de las trampas de los ladrones y es atacada por una araña gigante que luego es derrotada por Sai, quedando herido en su brazo. Naruto se enfrenta a la otra integrante de los ladrones de tumbas (con la habilidad de manejar los chakras de fuego, agua, rayo, tierra y viento) ella intenta besarlo pero era un kage bunshin cosa que la hace amargar y le ataca fuertemente dejando malherido de gravedad a Naruto.

Un ANBU, antes de morir, le envía un mensaje a Tsunade en el cual le señala donde está posiblemente el escondite de Orochimaru. Tsunade reúne un grupo conformado por Kakashi, Hinata, Shino, Kiba y Akamaru para investigar el lugar. Mientras tanto, Jiraiya le propone a Naruto que vuelva a entrenar con él, pero después de que se recupere.

Guren logra encerrar al equipo de búsqueda en una bóveda de cristal. Luego con la ayuda de unas copias ataca y logra capturar a Hinata como rehén en su técnica de cristal. Mientras tanto el equipo de refuerzo llega a la bóveda creada por Guren, sin medios para atravesarla, Naruto decide utilizar su nueva técnica con Gamatatsu.

Dentro de la Poderosa Niebla, los ninjas de Konoha gestionan una cita con Naruto. Los ninjas refuerzan la guardia cuando se dan cuenta de que la niebla causa ilusiones. Naruto y sus amigos descubren que su enemigo es el poderoso Sanbi, ante esto, Kakashi decide pedir ayuda a la Aldea de Konoha.

Los refuerzos de Konoha llegan al equipo de Naruto quien traen consigo una nueva misión: sellar al Sanbi para que no caiga en las manos equivocadas y llevarse a Yūkimaru quien posee un poder extraño que se vincula con el poderoso Sanbi.

Hinata, Sakura y las demás, logran formar el sello, mientras un miembro de Akatsuki las espía, los insectos de Shino están listos, y ahora son invulnerables al ataque de Guren, mientras Lee, Ten Ten y Kiba con Akamaru logran vencer fácilmente a los esclavos de Orochimaru.

El Equipo de sellado se dispone a contener el tres colas otra vez, y decide a Sai tomar Yukimaru en algún sitio la caja fuerte, pero él es atacado por los hombres de Kabuto. Rinji los encuentra, pero ellos deciden no trabajar para Orochimaru más. Ellos de repente comienzan a sufrir efectos secundarios de sus poderes, y Rinji les da un antídoto después de la fabricación de ellos promete no traicionarlo. El Equipo de Sellado es atacado por los hombres de Rinji, pero es defendido por Kakashi, Yamato y Shino. Rinji hace a Yukimaru comer más píldoras para controlar al Sanbi.

El Equipo de sellado sigue sellando al Sanbi con la ayuda de Katsuyu mientras que Kakashi, Yamato y Shino derrotan a los hombres de Rinji y se disponen a encontrar a Yūkimaru. Mientras tanto, Naruto y Guren encuentran a Rinji con Yūkimaru, y Rinji le revela que Guren fue la que mató a su madre. Yūkimaru perdona a Guren, sin embargo Rinji trata de atacarla, pero es parado por Naruto. Entonces se revela que Rinji es Kabuto disfrazado, quien amenaza con matar a Naruto si él se mete en su camino.

Kabuto explica que él mató a Rinji, y que Orochimaru quiere al Sanbi para prepararse para la guerra próxima. Él revive el cadáver de Rinji, el cual usa para atacar a Guren y a Yūkimaru. Guren logra aguantar cristalizándose ella misma con Rinji. La profunda pena de Yūkimaru hace que él use su poder en el Sanbi, rompiendo el Jutsu del equipo de sellado. Naruto usa su Jutsu de clones para atacar al Sanbi, forzándolo debajo del agua y parando su rabia. Naruto va a donde se encuentra Yūkimaru y le dice que ellos se irán a casa juntos.

Gozu rescata Guren y Yūkimaru, que ha perdido su capacidad de controlar el tres colas,. Tsunade ordena a los equipos volver a Konoha para reagruparse debido a sus heridas y porque Orochimaru no es capaz de controlar la bestia, y envía ANBUs para mantener el lago. Tobi y Deidara vuelven al lago, y después Deidara mata a los miembros de ANBU, los dos Akatsuki capturan fácilmente al Sanbi.

Hace más de diez años, durante la Tercera Gran Guerra Ninja, el futuro Cuarto Hokage, Minato Namikaze, asigna Kakashi Hatake, Obito Uchiha, y Rin, ninja médico, la misión de destruir el Puente de Kannabi. Antes de partir, Kakashi revela su nuevo Jutsu: Chidori, técnica incompleta según las observaciones de Minato. Esa noche, Minato explica a Obito el motivo del suicidio del padre de Kakashi. Al día siguiente, Minato se marcha y Rin más tarde es secuestrada. Kakashi rechaza salvarla, pero Obito no hace caso de él y se marcha solo.

Obito encuentra a Rin, pero es atacado por un Ninja de la Aldea Oculta de la Piedra. Kakashi llega y pierde su ojo izquierdo al salvar a Obito. Para ayudar a Kakashi, Obito es capaz de despertar su Sharingan. Entre ambos rescatan Rin, pero la cueva en la que se encuentran se derrumba sobre ellos y el lado derecho del cuerpo de Obito es aplastado. Obito decide donar su ojo de Sharingan izquierdo a Kakashi y le pide proteger Rin. Kakashi entonces protege Rin de los ninjas enemigos antes de perder la conciencia. Más tarde son salvados por Minato quien les ayuda a completar su misión y destruir el Puente de Kannabi.

Sigue la intensa batalla entre Deidara y Sasuke, un genjustu realizado por el Uchiha lo salva de la explosión del Garuda C4, Sasuke realiza su Chidori con sus sello maldito nivel 2, pero se da cuenta que es un clon de arcilla, Deidara ha atrapado al Uchiha, pero Sasuke se da cuenta que con su espada y el jutsu eléctrico (Chidori) puede repeler los ataques de las bombas de arcilla, Deidara no puede contra Sasuke, dando a conocer un secreto, una cuarta boca en su pecho, comiendo la arcilla restante desata una gran explosión.

Jiraiya era un niño genin su maestro era Hiruzen Sarutobi, el tercer Hokage y tenía como compañeros a Tsunade y Orochimaru; era un aprendiz muy desordenado y muy inquieto (igual que Naruto).Una de esas aventuras al joven genin quiere utilizar un jutus de telestransportación, lográndolo y llegando a un mundo gobernado por sapos. Jiraiya es entrenado por ellos. Transcurre el tiempo un adulto Jiraiya tiene que vivir una nueva guerra ninja, teniendo que regresar a Konoha, va a luchar junto con sus antiguos camaradas.

Hanzö en medio de la batalla nombra a los tres nijas "Los Sannin Legendarios", un nombre puesto desde esa guerra.Abatidos por la lluvia los tres ninjas se regocijan en un lugar seco llegando tres niños que piden comida, después que se les da, estos siguen a los Sannin, Orochimaru determina matar a los huérfanos pero Jiraiya pide encargarse de ellos. Viviendo juntos con Konan, Yahiko y Nagato, un día son atacados por un ninja pero Yahiko es salvado por Nagato, el Sannin ve en sus ojos el Rin'negan. Enseñándoles todas su técnicas después de tres años tiene que retirarse ante la tristeza de sus aprendices.

Jiraiya se da cuenta que uno de los Pain es Yahiko, el Sannin logra atrapar a uno en una barrera y con un Rasengan tirarlo al ácido gástrico, este le lanza un arma perforándole el lado derecho de su pecho, recuerda que al Pain que asesinó es un ninja con quien lucho en el pasado. El Sannin de nuevo a la superficie tiene que lidiar su lucha contra los 5 restantes, uno de ellos cogiendo fuertemente su garganta y siendo rematado por los 5 demás. Jiraiya agonizando recuerda entre tristezas y como Minato lo eligió como el padrino de su hijo, recordando al padre de Naruto y al mismo Naruto. En lo último de su vida escribe un mensaje en números, pero uno de los Pain se percata lanzando su mano como explosivo; en recuerdos Jiraiya se hunde más y más en el agua, pensando como se llamaría su libro.

El grupo de Konoha regresa ante la fallida búsqueda de encontrar a Uchiha Sasuke, y ahora la nueva misión de Naruto es ser el protector del clan Tsuchigomo, quien tiene un pacto con el Tercer Hokage.

La historia se da cuando se desarrollaba los exámenes para Chūnin, un día antes de realizarse las peleas finales. Naruto desea buscar el legado del Cuarto Hokage los cual se les unirá más de sus amigos.

Siguiendo las instrucciones del pergamino, el equipo 7 y 10 se unen en la búsqueda, pasando por diferente pruebas en el camino, todo ideado por Guy.

Tsunade se encuentra en un estado de coma por el uso excesivo de chakra para proteger a los aldeanos, y por lo tanto se celebró un consejo para elegir a un Hokage interno; Danzo es elegido por el Señor de la Tierra del Fuego. En cuanto a Naruto y Sakura, Kakashi recuerda el momento en el que el Tercer Hokage pidió que se hiciera cargo del equipo 7.

La historia se basa en el entrenamiento de Naruto con Jiraiya, su maestro le decide enseñar como defenderse de los Genjutsu.

Naruto y Jiraiya se han decidido para liberar el pueblo de la regla de Kandachi contra la voluntad de Tanishi. Ellos pronto enfrentan a Kandachi y su invocación el rey concha. Ninguna técnica de Naruto funciona, porque el Rey Concha lo protege su cáscara. Mientras tanto Tanishi tiene tanto miedo que le pide a Kandachi que deje a su madre y los aldeanos, pero Kandachi amenaza con matarlos. Naruto y Jiraiya liberan a los aldeanos que cuelgan encima del agua y Jiraiya se marcha para tomarlos para apuntalar con la ayuda de Tanishi. Naruto lucha contra Kandachi aun cuando él siga hacerse golpeado abajo por el Rey Concha. Jiraiya pronto se une a la lucha y tanto Jiraiya como Naruto son atrapados por La Prisión de Niebla mística, pero pronto Tanishi usa la Bombas de chile para liberarlos. Al final, Naruto derrota al Rey Concha con el Odama Rasengan.

Naruto ayuda a un joven llamado Yusuke para atrapar aún pez espada que resulta ser una invocación de la guerra pasada, que asesinó a su padre; con la ayuda de Naruto, Yusuke logra atraparlo.

Tsunade nombra a Shikamaru Líder de la Cuarta División, lo que hace que se preocupe por si es lo bastante apto para hacerlo, así que su padre le aconseja ir con Naruto para se pruebe a si mismo. Shikamaru, junto con Tenten, llegan a una isla donde el barco de Naruto iba a tocar puerto, pero cuando tratan de salir de la isla, Shikamaru se da cuenta de que están en un Genjutsu que los hace andar en círculos por la isla; Pero gracias a la inteligencia y astucia de Shikamaru, logran derrotar a los habitantes causantes de la ilusión y Shikamaru entiende y, finalmente se siente listo para aceptar su cargo.

Konohamaru se prepara para la cuarta guerra ninja y hace todo lo posible, retando a Temari, lo cual recuerda la batalla contra Pain.

En una reunión de Kakashi con Tsunade, llega una tortuga de ayuda de parte de Guy, mientras él recuerda su rivalidad con Kakashi cuando eran más jóvenes y las interminables batallas que tuvieron, antes Yamato había contado que había un ninja que copiaba la apariencia sino también su chakra.

Naruto vuelve a la 'Cascada de la Verdad' donde vuelve para enfrentarse al "Naruto Oscuro" lo cual con las pasadas vivencias de él en Konoha y de como lo odiaban, lo puede superar ya que mucha gente ahora confía en él, así y después de abrazar a su lado maligno este desaparece y así el odio que tenía. Ahora, Killer Bee decide enseñar a Naruto como dominar al Kyūbi llevándolo a un templo (en un lugar muy obvio) donde ahora debe entrenar; así los dos Jinchūrikis se preparan. Naruto entra a su conciencia y abre el sello y con eso libera al Kyūbi iniciando una batalla contra este.

Naruto, motivado por su madre, logra vencer al Kyūbi con ataques derivados del Rasengan, al vencerlo Naruto toma una forma diferente y logra sellarlo de nuevo lo cual el Bijū reconoce como el Rikudō Sennin. Después del sellado Kushina le cuenta a su hijo que ella fue la anterior Jinchūriki del Kyubi y le cuenta la historia de hace 16 años, el momento en que nació Naruto, y el hombre enmascarado que quería el control del Kyūbi.

Naruto nace y todos se ponen contentos pero entonces aparece el ninja enmascarado quien asesina ala esposa de Sarutobi y a Taji, secuestra a Naruto, el ninja dice que se aleje de Kushina, Minato logra rescatarlo mientras Kushina queda a la merced del ninja malvado quien la lleva lejos para extraerle el Kyubi, después de controlarlo se dirigen a destruir Konoha, Minato llega a tiempo para salvarla y llevarla junto a Naruto, el cuarto Hokage se prepara para pelear, mientras el ninja invoca al Kyūbi en medio de la aldea, el Bijū causa un gran caos por lo que todos los shinobis de Konoha se preparan para pelear incluido el Tercer Hokage. Minato llega para luchar contra el ninja al cual le logra quitar el control del Kyūbi.

Minato debe enfrentar ahora al Kyūbi llevándolo fuera de la aldea, donde ha quedado casi sin Chakra, la decisión de él es sellar a la enorme bestia en Naruto con el "Sellado de ocho trigramas" invocando previamente a Shiki Fūjin; Minato extrae la mitad del Chakra del Kyūbi haciendo que se reduzca en tamaño, el Kyūbi al ver que volvería a ser sellado intenta lastimar a Naruto pero Minato y Kushina se interpusieron en el ataque siendo atravesados por una de sus garras. Padre y madre se despiden de su hijo diciéndole lo mucho que lo quieren y dándole algunos consejos para su vida futura, entonces Minato logra su cometido. En el presente Kushina piensa en la "carga" que ha tenido que soportar su hijo a lo largo de su vida, lo cual este responde que está feliz de que ellos hayan sido sus padres.

Narra los momentos de Naruto en la academia y los alborotos que causaba en la aldea. También la conformación con sus compañeros Sasuke y Sakura en el equipo 7 y su primera misión de rango A.

El equipo 7 vuelve a Konoha pero entonces se anuncian los exámenes Chunnin y se reúnen los nueve novatos y los Gennin de otras naciones. Las pruebas del examen han comenzado: la prueba escrita y la décima pregunta, la búsqueda del pergamino en el bosque de la muerte donde pelean con Orochimaru y el equipo del sonido, los combates por muerte súbita y las rondas finales.

Sasuke pelea contra Gaara, pero este se va transformando en el Shukaku y Sasuke queda sin energías pero Naruto entra en acción y derrota al ninja rival; su orgullo y odio se acrecienta cuando confronta a Sasuke cuando va en busca de Naruto junto con Kisame. Los cuatro del Sonido hacen su aparición y tratan de convencer a Sasuke de ir con ellos, Sasuke acepta debido a que Naruto se ha hecho más fuerte.

Los espadachines de la niebla atacan nuevamente siendo Akebino Jinin su oponente usuario de la espada Kabutowari, ahora Kakashi, Lee y Sai deben enfrentarlo y sellarlo, pero Sai aun no ha dominado su técnica de sellado que le enseño Danzō, pero con ayuda de Lee logra dominarla y sellar al espadachín.

Karai, un ninja acompañante del Raikage: A, ha sido herido por un bicho explosivo y Amai escucha que Tsunade está cerca así que van en su ayuda para salvar al subordinado del Raikage cuando la encuentran, Amai le dice que su Ninjutsu medico es débil. Pero Tsunade y el Raikage deberán hacer una competencia de fuerza donde le raikage resulta vencedor.

El Raikage cuenta como fueron atacados por el grupo Nokizaru mientras que Tsunade analiza lo que paso, lo cual deben curar a Karai, Tsunade prepara todo para salvarle la vida peo antes de que empiece pide a Shizune que lo cure pues no ha superado su fobia a la sangre y dice al Raikage que ella también ha perdido a personas importantes en su vida, Shizune logra extraer el bicho y salvarlo.

El segundo mizukage usa su jutsu en Onoki pero resulto ser un clon de arena creado por Gaara justo después de que el Tsuchikage venciera a Oohamaguri, los shinobis tratan de sellarlo pero no pueden. Entonces Gaara utiliza el Sabaku Sotaisō pero el Kage usa la técnica Joki Boi la cual uso con Mū en el pasado. De repente empieza a caer granizo y aparece un clon del mizukage, Ōnoki explica todo acerca de esta técnica y empiezan a buscar al Kage cuando Gaara lo encuentra usa su jutsu de sellado pero el clon lo libera y ataca a Gaara explotando nuevamente, de repente deja de llover y empieza la verdadera batalla, el clon ataca con todo entonces es atrapado con arena del campo donde están y cuando explota solo libera vapor, entonces el clon se ha convertido en oro, ya que Gaara mezclo el jutsu de su padre con su arena para hacerlo más pesado y así derrotarlo. Mientras que Mu se levanta de los escombros y se muestra que sellaron a una división que el hizo cuando Naruto lo ataco. Mientras que Gaara sella al Mizukage, mientras que todas la divisiones están alertas por los Zetzuz blancos que se siguen haciendo pasar por shinobis de la alianza.

Naruto choca su cabeza contra la de Tobi sin hacerle ningún daño, inmediatamente los Jinchūrikis entran en acción empezando con Rōshi y Yagura quienes usan el Elemento Lava: Corriente de Rocas Ardientes y el Elemento Agua: Jutsu del Espejo de Agua contra Killer B y Naruto los cuales tienen que alejarse, pero de repente observan unas burbujas que empiezan a caer y una de estas toca a Naruto en su hombro a lo que se percata de que se trata de Utakata, por lo que entablan una conversación en sus subconcientes y este le confiesa que el fue emboscado por Pain y los demás caminos en el bosque en rumbo a Kirigakure. Allí Utakata libera el poder de su Bijū por lo que Pain y sus caminos trabajan en conjunto y logran vencerlo, pero además agrega que él encontró un nuevo rumbo poco antes de su batalla junto con Hotaru su discípula. Naruto al escuchar lo sucedido comenta que las personas que controlan a Akatsuki también quieren dominar el mundo, Utakata le da las gracias a Naruto por haberlo escuchado.Regresando a la pelea Utakata usa su jutsu Elemento Agua: Jutsu de Burbujas y las hace explotar luego Fu usa su Jutsu Secreto: Ocultación en el Polvo de Escamas para cegar temporalmente a Naruto y B para que Yugito y Han hagan sus movimientos pero termina sin éxito. Naruto exige a Tobi por qué se hizo llamar a sí mismo Madara Uchiha a lo que este responde que el no es nadie, así Naruto responde que le arrancará la máscara, a lo que Tobi dice que deberán trabajar muy duro para averiguarlo, de repente los Jinchūrikis empiezan a materializar una cola de sus antiguas Bestias con Cola.

Después del final de la Tercera Gran Guerra Ninja, Leaf Village se divide sobre quién debería convertirse en el próximo Hokage.

Kakashi se convierte en parte de ANBU Black Ops, un equipo de élite de shinobi que están bajo el mando directo del Cuarto Hokage, Minato Namikaze.

En la Fundación, Kakashi conoce a un chico que usa Wood Style, un jutsu que solo el Primer Hokage Hashirama era capaz de usar. Kakashi va a la biblioteca del Tercer Hokage Hiruzen para buscar respuestas y descubre registros sobre las células de Hashirama.

Madara ataca a Naruto el Hachibi y Gui logrando hacerles daño, mientras que Kakashi intenta saber porque Obito coopera con Madara, donde este recuerda cuando libero a Kurama en Konoha. Naruto libera todo su poder contra Madara pero es retenido ya que el Uchiha libera un dragón de madera que lo envuelve a él y al Hachibi, por otra parte Kakashi débil es golpeado y enviado a la dimensión por el Kamui de Obito donde apenas logra regresar, Naruto al ver la situación de su sensei logra hacer un clon y salvarlo mientras que Gui realiza el Horitura contra Madara que libero a Susanō y liberarse el y el Hachibi, el clon de Naruto logra darle Chakra a Kakashi y al ser enviado por el Kamui logra golpear a Obito varias veces y volver sin problemas, en ese momento la barrera que protege al Mazō empieza a agrietarse por lo que Naruto y el Hachibi crean una Bijūdama gigantesca que logra llevarse al mazō una gran distancia y explotar, pero cuando parece que lo logran, la figura del Jūbi aparece indicando que ha resucitado.

Naruto le dice a Obito que ya no debe tratar de huir de su pasado, ya que finalmente no logró deshacerse de sus recuerdos. Naruto además comenta que él es como Obito, ya que tuvieron muchas cosas en común: No tuvieron padres, tenían el mismo sueño de ser Hokage y tuvieron que esforzarse al máximo para salir adelante. En ese momento, Obito empieza a recordar sus días en la academia y de como siempre quiso superar a Kakashi en todo sentido y en donde, con el apoyo de Rin, logró convertirse en un Gennin. Poco después, Minato se hace cargo del grupo, teniendo él que lidiar con Kakashi, que sigue el código ninja, y Obito, que siempre llega tarde para las misiones. Finalmente, Naruto espera la verdadera respuesta de Obito.

Obito sigue recordando su pasado, en donde Minato los recomienda para realizar el examen Chunnin, tras decidir hacerlo, Obito, Kakashiy Rin deben superar la primera prueba que es el examen escrito, donde tras no saber ninguna respuesta, Obito recibe ayuda de Rin, así logra aprobar, ahora deberán luchar en grupo en el bosque de la muerte y así pasar a la siguiente ronda, Obito quien llega en el último momento se prepara para el combate donde es vencido por Guy, sin embargo Obito sigue entrenando sin cesar, hasta la tercera fase del examen donde nuevamente es vencido, tras verse frustrado observa como Rin le da ánimos a Kakashi. Tras terminar el examen Kakashi se convierte en Chunnin, Obito quien se marcha recibe ánimos de Rin puesto que ella lo está observando, es así como al siguiente año Obito logra ascender a Chunnin, pero se entera que Kakashi ahora es Jonnin, después de ello, Minato los somete a un entrenamiento muy real donde Obito es herido por una shuriken en su mano izquierda, tras fingir que esta bien, Rin le dice que no debe ocultarse puesto que ella los está observando. De vuelta en el presente, Naruto le dice que fueron esos lazos con sus amigos lo que le permitió no dejarse consumir por el Jūbi, es entonces cuando Naruto le dice que no debe seguir ocultándose.

Tsunade pretende organizar nuevamente los exámenes Chunnin en Konoha después de dos años, pero Gaara propone realizarlos en la Aldea de la Arena y además, hacerse conocer como el nuevo Kazekage. Pero, la verdadera intención de los exámenes es saber como responderá Akatsuki, ya que Gaara es un Jinchūriki. Los dos kages, Tsunade y Gaara, llegan a un acuerdo para que una prueba del examen se haga en cada aldea. Tras tener todo preparado, Tsunade hace una invitación a las cinco grandes naciones para saber como responderán, pero las aldeas de la Nube, la Roca y la niebla no aceptan la invitación. Ahora, Kakashi deberá llevar la invitación del examen a la Aldea de la Lluvia donde, además deberá obtener información sobre dicha aldea.

Kakashi logra entregarle en persona a Hanzō la invitación a los exámenes Chunnin, poco después Konan le informa a Pain del examen donde este pretende obtener información de los Jinchūriki con los gennin que enviaran al examen. En la Aldea Oculta de la Cascada Fū la Jinchūriki del Chōmei pretende participar en el examen donde el líder de esa aldea al final accede. En Konoha el equipo de asuma presenta un problema ya que Shikamaru ya es Chunnin y hace falta un integrante para participar, por lo que Ino intenta convencer a Sakura para completar el equipo, pero esta se niega ya que podría ser una molestia, poco más tarde Sakura atiende a un ninja el cual está mal herido donde con mucho esfuerzo logra salvarlo, Sakura finalmente accede participar en el examen, mientras que los participantes de las demás aldeas empiezan a llegar a Konoha.

Hōichi un ninja budista aprendiz de Bunpuku, crea una gigantesca tormenta de arena la cual hace que la segunda fase del examen Chunnin sea temporalmente aplazada, el fin de dicha tormenta es lograr que Gaara salga a la batalla. En el cuartel general Temari y Kanguro deciden ir al desierto y ayudar a los equipos que están en problemas, tras ver el esfuerzo de los shinobis de la arena Gaara decide salir a ayudar a los participantes, el equipo de Fū también se refugia de la tormenta pero la Jinchūriki decide ayudar a los demás competidores, en ese momento se encuentra con Gaara y este reconoce el valor de Fū quien le recuerda a Naruto.

Guy, Kurenai y Asuma se dirigen al cuartel con el fin de entregarle un pergamino especial a Gaara pero no les es permitido dárselo personalmente, en ese momento la tormenta de arena los alcanza lo que obliga a los ninjas de Konoha a refugiarse, Kanguro y Temari siguen en su labor de ayudar a los participantes en peligro. Gaara quien también está ayudando se topa con Hōichi el causante de la tormenta, al notar que Gaara es un Jinchūriki este realiza una técnica de sellado donde una cadena que sale del pecho de Hōichi atrapa a Gaara y empieza a extraer al Shukaku, pero el Bijū al verse en problemas lanza una señal de ayuda a Fū quien rápidamente se percata y sale en su ayuda, tras llegar a donde se encuentra Gaara, Fū también es atrapada por la técnica de sellado.

El equipo de Neji se topa con Matsuri quien les pide ayuda para salvar a Gaara, tras aceptar la petición de ayuda, Neji usa su Byakugan donde divisa a Gaara y Fū los cuales están en peligro, tras dirigirse a su rescate, el equipo de Fū también esta en su rescate por lo que ambos equipos deciden unirse. Mientras tanto Gaara le alega a Fū por haber venido, en su respuesta Fū dice que no podía abandonar a un amigo, tras eso la Jinchūriki del Chōmei, crea un capullo de chakra, el cual impide que Hōichi siga absorbiendo a los Bijūs, tras eso, Fū alega que solo resta esperar a que los rescaten, pero Gaara alega que nadie vendrá puesto que el enemigo es de Sunagakure, poco después Neji y compañía llegan al rescate, pero Hōichi logra crear una barrera que lo protege de los ataques, Neji logra entrar en el capullo y tras analizar la situación, logra cortar el flujo de chakra de las cadenas, inmediatamente estas se desprenden y salen de control, Hōichi que se percata de los sucedido ahora es atacado por su propia técnica y queda inmovilizado. Gaara y Fū que ahora están libres le dan las gracias y le piden ser sus amigos.

Una vez que Gaara y Fū son salvados la segunda fase del examen continua, los equipos empiezan a llegar a la torre, Gaara quien entabla una conversación con Fugi y le comenta sus sentimientos acerca de lo que es Hokage y lo que lo que es ser un amigo. En otro lugar el equipo de Matsuri se encuentra con Shira y sus compañeros, Matsuri propone un enfrentamiento por el pergamino, pero Shira se niega ya que son de la misma aldea, pero Matsuri decidida a probarse a si misma logra convencer a Shira, donde finalmente deciden luchar, tras ser un encuentro parejo al final Shira logra ganar el encuentro. Una vez que todos regresan a sus aldeas, la decisión de ser aprobados o no dependerá de los kages de cada aldea, en el caso de Konoha Tsunade decidirá quienes serán Chunnin, pero en el caso de Neji por solicitud de Gaara es ascendido a Jounnin. Fū al regresar a su aldea se topa con Hidan y Kakuzu donde posiblemente la capturaron, el equipo de Amegakure vuelve con información tal como lo solicitó Konan, poco después Ajisai muere en su primera misión como Chunnin.

Tsunade es alcanzada por el Tsukuyomi infinito, y en él recibe un relato de Jiraiya llamado Las crónicas ninja de Jiraiya, en el que relata la historia de Naruto, donde sus padres Minato y Kuchina están vivos y Minato sigue siendo el cuarto Hokage. Naruto es temido por ser el jinchuriki del Kyubi, pero a la vez, es tratado de una manera distinta por ser el hijo del Hokage. Un genin vuelve medio muerto a la aldea a causa de un ataque de desconocidos, donde todos los Jounin terminaron desaparecidos excepto el. Para que Naruto pueda controlar de una vez el poder del Kyubi, es enviado a una misión sumamente difícil para rescatar a los shinobis desaparecidos, junto con el equipo 7, 8, 9 y 10.

El genin revela a Minato que habían mariposas, junto a Tsunade deducen que son mariposas shinobi. Naruto y los otros equipos son enviados al lugar donde desaparecieron los jounin y cuando llegan, Kakashi, Gai, Kurenai y Asuma desaparecen al ser tragados por la tierra. Neji descubre que la tierra, antes de secuestrar a Gai, emanó una presencia de chakra por el suelo. En ese momento, el equipo 7 es atacado por un miembro de Akatsuki, siendo Hidan, quien atrapó a Naruto en su jutsu de maldición. Por otra parte, el equipo 10 es atacado por Yahiko, Nagato y Konan.

Yahiko presenta a sus compañeros como el equipo Jiraiya y atacan al equipo 10 llevándolos en batalla hasta una aldea cercana. Mientras, Naruto escapa del jutsu de maldición y logra reducir a Hidan, pero Kakuzu aparece con el cuerpo de Kakashi dejando escapar a Hidan del equipo 7. Shikamaru decide seguir a unos niños hasta una casa, donde también se encontraba Yahiko y mientras Shikamaru se disponía a preguntarle a los niños por los miembros de Akatsuki, Nagato desprende su ira al recordar la muerte de sus padres al ver la banda protectora de Konoha en la frente de Chouji, creando una gran explosión y provocando que los niños cayeran por un agujero creado por el poder de Nagato. Yahiko, Nagato y Konan entran por el agujero para rescatar a los niños, pero Shikamaru ordena a sus compañeros quedarse.

Yahiko, Nagato y Konan llegaron a un acantilado en lo más profundo del agujero, donde fueron atacados por dos monstruos marinos, logrando rescatar a los niños. Sin embargo, los monstruos marinos comenzaron a atacar al equipo Jiraiya, pero oportunamente Shikamaru llega al lugar salvándolos, gracias a la madre de los niños que nombró a Mashirama, llevándolos a un pasadizo secreto al lugar donde se encontraban los niños. Mientras el equipo 7, 8 y 9 se dirigen a la aldea llamados por la explosión. Pero al llegar, se encuentran con una esfera negra donde estaban los jounin secuestrados, Kakashi y los demás. Naruto decide no obedecer a Sasuke y entra a la esfera negra siendo acompañado por Neji, llevándolos a otra dimensión, donde aparece un enmascarado que es portador del Byakugan.

Luego de rescatar a los niños, el equipo 10 y el equipo Jiraiya toman caminos distintos y Shikamaru se une a Kiba dejando a Shikamaru como líder, quien decide avisar al cuarto Hokage sobre la situación y reencontrarse con los otros equipo para rescatar a los sensei. Mientras en la otra dimensión, el hombre enmascarado le muestra a Naruto y Neji la última decisión de su padre Hizachi por decidir salvar la aldea y al clan, acusando a Konoha de un sistema que no va a cambiar a pesar de ir pasando de generación tras generación, y al no haber ningún cambio decide atacar a Konoha e insta a Neji acompañarlo. Por otra parte Jiraiya llega al escondite de Orochimaru.

Jiraiya llega al escondite de Orochimaru, quien lo encuentra en un cuarto observando un frasco. Naruto en inmovilizado por el enmascarado, y Neji lo acompaña para saber qué planea. El equipo Jiraiya aparece ante el enmascarado, y le dicen que un trío de shinobis de Konoha les ayudaron a salvar a unos niños, nombrándolos como los shinobis que cambiarían el mundo, el enmascarado se retira y lleva a Neji donde Sasuke y Sakura, quienes son atacados por Sasori para comprobar el carácter de ellos. Naruto al no poder hacer nada le pide poder al Kyubi, pero éste le explica que es imposible ya que no podría controlarlo, pidiéndole la llave del sello de las ocho trigramas para liberárlo. En ese momento, Jiraiya aparece en la dimensión en la que se encuentra Naruto para rescatarlo.

Sasuke es envenenado por Sasori, pero Sakura logra quitarle el veneno con el ninjutsu médico. Sasori libera las cien marionetas para impedir que Sasuke y Sakura vayan a Konoha, e informar al cuarto Hokage de lo sucedido. El enmascarado le explica a Neji que esto es una prueba, y que para exponer su punto los Genin tienen dos opciones, o ir a Konoha a informar y seguir con las leyes, o abandonar la misión e ir a rescatar a sus compañeros. Pronto, Shikamaru y los demás alcanzan a Sasuke y Sakura, y les pide apoyo para rescatar a los líderes, pero Sasuke está decidido en seguir la misión e ir a Konoha. Por otra parte, Jiraiya libera los puntos de shakra de Naruto e intenta que libere el poder del Kyubi, abriendo el sello de las ocho trigramas. Sin embargo, Naruto libera las cuatro colas.

Jiraiya intenta detener a Naruto, pero termina con sus costillas rotas. Sasuke ataca a las cien marionetas de Sasori el solo pero es derrotado, Rock Lee ayuda a Sasuke y pronto todos lo apoyan. Naruto presencia que Sakura y los demás no pueden mas con las decenas de marionetas, por lo que logra controlar el poder del Kyubi volviendo en si, volviendo al campo de batalla, donde Naruto realiza una gran cantidad de clones de sombra y todos con un Rasengan, destruyendo todas las marionetas de un golpe. Sin embargo, Sasori coge la marioneta del tercer Kazekage y escapa, por lo que Naruto y Shikamaru convencen a Sasuke de romper las reglas para salvar a Kakashi y los demás. A vista de Neji y el enmascarado, Neji le dice a este que ya está aclarado su punto, y le pide que libere a Kakashi y los demás llamándolo padre (Hizashi Hyūga).

Hizashi le dice a Sasori, Kakuzu e Hidan que se marchen, pero al equipo Jiraiya les pide un último trabajo. Pronto, el equipo Jiraiya llega donde Naruto, y les dice donde encontrar a Kakashi. Al llegar guiados a una casa, logran liberar a Kakashi, Gai, Kurenai y Asuma, e Hizashi aparece para explicar lo sucedido. Hizashi les cuenta que Orochimaru lo revivió con el Edo Tensei, y al quedar a solas para hablar con Neji, logra liberarse del Edo Tensei. Una vez acabado, Yahiko ve a Nagato con el oso de peluche de los niño que salvaron de los monstruos marinos y decide ir a la aldea a devolverlo. En ese momento, una gran explosión desde el centro de la aldea, provoca la muerte de Yahiko cayendo el oso de peluche en los pies de Nagato, desatando su ira.

Sasori revela a Hidan que el experimento de Hizashi de hace tres años antes perjudicó a Akatsuki, el cual no los llevó a nada. Aun así, tras el desafortunado accidente que provocó Deidara con una de sus bombas, la cual acabó con la vida de Yahiko y la destrucción de la aldea donde se encontraba el equipo Jiraiya, logró ser aprovechada para culpar al Hokage Minato, dando este suceso el nacimiento de Pain, quien planea atacar Konoha. Por otra parte, Naruto aún continúa la persecución a Sasuke, y Raíz tratando de detenerlos a como de lugar. Rock Lee y TenTen detienen a dos de ellos para que los demás logren alcanzar a Sasuke.

Naruto, Shikamaru, Tenten, Neji y Rock Lee, vuelven a Konoha encontrándose con la aldea en suspensión por el Chin Chibaku Tensei de Pain. Sakura y Hinata se encontraban fuera de la aldea cuando ocurrió todo, Sakura cura a Naruto de las heridas causadas por su pelea con Sasuke. Una vez recuperado, Naruto entra en el modo ermitaño y derrota a cinco de los caminos de Pain, el último con la apariencia de Yahiko atraviesa las manos de Naruto pero es atacado por Hinata, quien es atravesada también. Naruto al ver gravemente herida a Hinata, libera fácilmente seis colas pero es atrapado en un Chibaku Tensei.

Akatsuki inicia un ataque a las cinco grandes naciones, por lo que estas se unen para contrarrestarlos. Naruto y sus compañeros deciden ir tras Sasuke para instarlo a volver, pero Sasuke traiciona a Akatsuki por tener distinto modo de pensar y tras una aparición de Itachi. Sasori utiliza el edo tensei utilizando cientos de marionetas, pero con la presencia de los shinobis de las grandes naciones, Itachi y el equipo Jiraiya, logran derrotar a Sasori y los demás miembros de Akatsuki. Tras haberlos derrotado a todos, Naruto insta a Sasuke a volver a Konoha, pero Sasuke continúa con la idea de gobernar como los Uchiha.