Un grand combat s'engage entre Gaara et Deidara, un membre de l'Akatsuki qui maitrise l'argile. Pendant ce temps, Naruto et Sakura parviennent à duper Kakashi et à lui prendre les clochettes.

Les équipes Kakashi et Gaï sont en route pour retrouver Gaara.

Le combat entre Sasori et le duo Chiyo/Sakura commence. Chiyo prend le contrôle des mouvements de Sakura en utilisant ses talents de marionnettiste pour combattre Sasori. Ce dernier, également marionnettiste, utilise sa marionnette favorite, Hiruko pour riposter.

Le combat de l'équipe de Gaï touche à sa fin.

Les tensions montent dans la nouvelle équipe Yamato. Sakura piège Saï pour le frapper. Yamato se voit contraint d'utiliser une technique rare, le Mokuton.

Saï débute sa mission secrète. Il entre en contact avec Orochimaru qui accepte de l'emmener à son repaire.

L'équipe Yamato retrouve enfin Sasuke qui est bien déterminé à rester avec Orochimaru pour accomplir sa vengeance. Il tient tête à l'équipe au complet et maîtrise Kyûbi grâce à son Sharingan.

L'équipe Kakashi est séparée et ses membres affrontent séparément les présumés pilleurs de tombe qui sont en réalité à la recherche de Sora. Saï et Sakura arrivent finalement à se retrouver et Naruto affronte une femme capable de manipuler les 5 éléments.

Naruto trouve le point faible de Fuka et la vainc. Le limelight est neutralisé.

Hidan et Kakuzu sont repérés. Le corps de Chiriku est échangé contre une forte somme par Kakuzu, trésorier de l'organisation.

Kakuzu révèle qu'il a la capacité de durcir son corps. Kakashi arrive à le surprendre en lui transperçant le cœur avec un Chidori. Cependant, Kakuzu n'est pas mort pour autant car il possède plusieurs cœurs.

Kakashi et l'équipe 8 attendent l'analyse du cristal provenant du jutsu de leur ennemi jusqu'ici inconnu. Alors que Tsunade ordonne à Yamato, Saï et Sakura de venir en aide à Kakashi, Yûkimaru, un jeune garçon utilisé par Orochimaru tombe malade du fait de l'ingestion de pilules données par Kabuto pour éveiller son pouvoir.

Une altercation entre Naruto et Guren a lieu mais elle est stoppée par Gozu, Kakashi et Yamato. D'autre part, le plan de scellage de Sanbi prend forme avec l'arrivée de Shizune, Tenten, Lee et Ino.

Katsuyu est invoquée pour venir en aide au groupe de scellage. Kakashi, Yamato et Shino éliminent leurs adversaires tandis que Guren avoue la dure vérité à Yûkimaru.

Après avoir appris que son ami Kimimaro, le seul pouvant le contenir durant ses crises, est mort pour Sasuke, Jûgo accepte de suivre ce dernier et ses compagnons. Sasuke lui promet de l'aider à maîtriser ses pulsions et de le rendre libre. Sasuke annonce à son équipe son but : tuer Itachi. Il nomme le groupe Hebi (qui signifie serpent). Pendant ce temps, Naruto et Sakura font pression pour partir à la recherche d'Itachi afin de retrouver la trace de Sasuke.

Konoha poursuit toujours Sasuke et son groupe. Pendant que Naruto discute avec Itachi, Jiraya annonce à Tsunade qu'il a débusqué le leader de l'Akatuski et qu'il compte le capturer. Après quelques souvenirs nostalgiques et quelques verres, Jiraya finit par aller en direction d'Ame, le village caché de la Pluie, où le leader de l'Akatsuki se cache.

Zetsu qui a regardé le combat décide d’aller observer celui entre Sasuke et Itachi tandis que Pain se prépare à aller chercher Naruto. Pendant ce temps, Sasuke et ses trois compagnons se dirigent vers le repaire des Uchiwa, mais Kisame leur barre la route et leur annonce qu’Itachi préfère rencontrer son frère en tête-à-tête. Sasuke va seul à la rencontre d’Itachi ; pour faire passer le temps, Suigetsu affronte Kisame. Alors que Naruto et ses amis sont retenus par Madara, la confrontation entre les deux frères débute.

Sasuke et son groupe Taka rejoignent l'Akatsuki et Madara leur demande de capturer Hachibi. Peu après, ils affrontent Killer Bee.

Naruto et Utakata arrivent sur les lieux du rituel. Shiranami leur explique qu'il compte dominer le monde grâce à la technique interdite, qui consiste à accumuler le chakra de l'atmosphère pour provoquer une énorme explosion ; il compte conserver et utiliser Hotaru en tant qu’« outil » pour cela. Pendant ce temps, le reste de l'équipe 7 poursuit son combat contre les bandits et les villageois. Naruto et Utakata, utilisant la puissance de leurs bijū, se libèrent de la technique de sceau que Shiranami a utilisé pour les contrôler et attaquent ce dernier, qui déclenche la technique interdite.

Homaru et Koharu s'opposent au retour de Naruto et essuient la colère de Tsunade. Peu après, cette dernière invoque Katsuyu afin de soigner les blessés, tandis que Danzô tue le crapaud messager censé prévenir Naruto. Pendant ce temps, Kakashi s'interpose pour protéger Iruka d'une attaque de Tendô…

Naruto apprend que le quatrième Hokage est son père et est très ému de le rencontrer, bien que plein de rancœur envers lui pour le fait de lui avoir imposé Kyûbi. Minato explique à son fils qu'il a scellé le démon en lui car il savait qu’il serait capable de maîtriser ce pouvoir. Il lui raconte également que Tobi était à l'origine de l'attaque du village par Kyûbi seize ans auparavant et qu’il devait protéger durablement Konoha du démon avant de mourir. Après avoir réparé le sceau, Minato confie à Naruto qu'il a confiance en lui. Grâce à cette déclaration, Naruto reprend courage et refoule Kyûbi, repassant en « mode ermite ». Naruto reprend alors le combat contre Tendô, parvenant à localiser Nagato grâce aux récepteurs de chakra utilisés par son adversaire ; puis il parvient à se défaire du dernier corps de Pain avec « l’Orbe Tourbillonnant ».

Zetsu apprend la défaite de Pain et part en informer Madara. Iruka Umino se retrouve face à l'Académie ninja en ruines. Il se remémore alors l’époque où il a commencé à enseigner. Un jour, le 3e Hokage lui force la main pour prendre en charge Naruto Uzumaki, le réceptacle du démon Kyûbi responsable de la mort des parents d’Iruka.

Condor, l'autruche précédemment capturée par l'équipe 7, se remémore sa capture avec trois autres animaux par Kotetsu, Rock Lee et Shino et Naruto dans la « zone 0 » de la Forêt de la Mort devenue réserve naturelle interdite. Localisant l’autruche, Shino tente de la capturer mais ses insectes se font dévorer par des plantes carnivores ; l’autruche s’enfuit poursuivie par Rock Lee qui est attaqué par un kangourou boxeur, tandis que l’autruche fait demi-tour et attaque Naruto et Kotetsu en utilisant le taijutsu. Les ninjas se replient en constatant l’intelligence et la technique des animaux qui de surcroît parlent. Condor les attaque avec deux nouveaux compagnons : un fourmilier et le bébé du kangourou boxant de sa poche, formant les « quatre ninjas animaux ». Izumo arrive en renfort, et les ninjas parviennent à prendre le dessus sur les animaux, Condor étant vaincu par le combo d’Izumo et Kotetsu.

Madara envoie Sasuke et Karin dans une dimension, puis explique aux kage son projet « Œil de la Lune » consistant à prendre le contrôle du monde ninja en faisant revivre un monstre antique, Jûbi, pour en devenir le jinchūriki et tenir tout le monde sous l’emprise d’un genjutsu ultime se reflétant sur la Lune. Les kage refusant de lui livrer Hachibi et Kyûbi, il leur déclare alors la 4e grande guerre ninja. Les kage décident donc de former une alliance entre les cinq grands pays et le Pays du Fer, et de placer Naruto et Killer Bee dans un endroit où ils seront en sécurité face aux menaces d’Akatsuki. Le Raikage décide d'aller à la rescousse de Killer Bee, après l'aveu de Tobi sur l'échec de sa capture. Après la défection de Danzô, Kakashi est retenu Hokage intérimaire par Gaara. Pendant ce temps, Sakura escortée de Kiba, Lee et Saï retrouve Naruto pour lui parler.

Sakura déclare à Sasuke qu'elle regrette de ne pas l'avoir suivi 3 ans auparavant le jour ou il a rejoint Orochimaru, elle se montre déterminée à le suivre bien que ce dernier lui annonce de détruire Konoha et lui demande de tuer Karin elle-même afin de lui montrer sa loyauté. Comprenant qu’elle cherche à le piéger, il l’attaque et s’apprête à la tuer, mais en est empêché par Kakashi qui a retrouvé leur piste. Ce dernier tente une dernière fois de convaincre Sasuke de renoncer à sa vengeance, mais celui-ci se moque de lui d'une manière diabolique, lui demandant de ramener Itachi, ses parents et son clan, puis lui annonce qu’il a hâte de le tuer. Tandis que Sakura, chargée par Kakashi de soigner Karin, est complètement bouleversée par la nouvelle attitude de Sasuke, le combat est imminent entre le maître et son ancien élève… Ce dernier tient tête à Kakashi qui est bien décidé à éliminer son ancien élève. Alors que Sasuke commence à perdre la vue en voulant trop renforcer son Susanô, Sakura en profite pour retenter sa chance de le tuer. Mais au dernier moment, elle ne se résout pas à lui porter le coup. Sasuke tente alors de la tuer en se servant du kunaï empoisonné de Sakura. Cette dernière est sauvée in extremis par Naruto ayant retrouvé leur trace.

Le Raikage convoque une réunion des chefs de l’alliance ; les autres annoncent à Tsunade qu’ils ont décidé de cacher Naruto et Killer Bee durant la guerre afin que Madara ne s’empare pas d’eux : ils seront cachés sur une île appartenant à Kumo.

Naruto, Gaï, Aoba et Yamato font escale dans un port pour se réapprovisionner en nourriture avant d’emprunter le « Passage du silence », un chenal où il n’y a ni vent, ni poissons, ni oiseaux, qu’il faut suivre avec le courant. Naruto, parti faire ses emplettes, perd le contrôle de son cheval et fonce dans un marchand ; il s’excuse, et le marchand, après avoir appris qu’ils sont de Konoha, en partance pour le Pays de la Foudre, lui propose un champignon du nom de « moisignon », censé proliférer rapidement au cas où la nourriture vient à manquer. Les ninjas repartent, mais dès qu’ils arrivent dans l’humidité du passage, le champignon se propage sous forme colorée et apparemment toxique sur la nourriture et l’eau, et rend Yamato malade en aspirant son chakra mokuton… Sans eau et nourriture, Naruto et Gaï décident de manger les champignons qui se révèlent délicieux, mais finissent par les rendre violets et fous ; ils combattent sur le bateau jusqu’à se porter des coups qui leur font vomir le poison. Finalement, Naruto a l’idée d’invoquer Gamatatsu et de lui demander d’apporter de la nourriture à base d’insectes du Mont Myôboku. Quelques jours plus tard, le marchand, qui s’avère être un pirate, aborde leur navire avec ses compagnons, les pensant morts, mais ils se font capturer et renvoyer dans le passage en sens inverse avec de l’eau et un moisignon.

Ino discute avec Shikamaru et Chôji de la dispute qu'elle a eu avec son père, lorsqu'ils entendent des enfants se disputer, prêts à se battre. Après les avoir arrêtés, ils sont surpris par Kôsuke, le plus vieux genin de Konoha et se souviennent alors du jour où ils l'ont sauvé lors d’une mission ; Kôsuke avait alors dit que c’était la seconde fois qu’il était sauvé par le trio Ino-Shika-Chô ; il leur explique pourquoi. Lors de l’examen chūnin et de l’attaque de Konoha orchestrée par Orochimaru, il raconte le combat du trio formé par leurs pères respectifs, défendant le village : alors que Kôsuke se jetait seul face à une trentaine d’adversaires de Suna, ils se sont interposés et les ont tous défaits. Lorsque Kôsuke les quitte, ils ironisent sur leur ancien niveau et sont décidés à surpasser leurs pères.

Naruto dit adieu à sa mère et sort de sa méditation. Il fait comprendre à Killer Bee ce qui s’est passé, et explique à Yamato qu’il a réussi à séparer le chakra de Kyûbi, tout en lui faisant une démonstration. Sous l’influence du chakra du démon, il ressent dans l’épée Samehada que porte Bee la présence de Kisame. Ce dernier fait son apparition, explique qu’ils ont tué un clone fait par Zetsu et s’enfuit, malgré un coup très rapide que Naruto parvient à lui porter, se coinçant la cheville dans le mur. À la cascade de la vérité, Gaï est mis au défi de rencontrer son double ; au moment où ce dernier s’apprête à sortir de la cascade après s’être moqué de sa volonté de rester jeune, Kisame surgit et prend un coup d’épaule de Gaï. Killer Bee arrive et se laisse inconsciemment aspirer son chakra par Samehada, tandis que Kisame en profite pour reprendre des forces. Invoquant un requin d’eau, il s’enfuit à nouveau, suivi de près par Gaï qui a ouvert la 6e porte céleste et est projeté par Killer Bee. Arrivé aux abords de l’île, le membre d’Akatsuki donne un parchemin rempli de renseignements à un requin, au moment où Gaï arrive. Le combat s’engage, Kisame invoquant une myriade de requins, que Gaï détruit avec sa technique du « Paon matinal ». Plongeant dans l’eau pour détruire le reste des requins, Gaï ouvre la 7e porte, et lance sa technique du « Tigre du midi », tandis que Kisame lance sa plus puissante technique, le « Grand requin élémentaire aqueux », censé absorber le chakra de la technique adverse pour se renforcer. Mais le requin géant n’absorbe pas la technique de Gaï que Kisame prend de plein fouet ; tous les requins, dont celui portant le parchemin sont détruits par l’onde de choc.

Suite de la rétrospective, 2e épreuve de l’examen chūnin, rencontre avec Orochimaru et les genin du Pays de la Pluie ; Sasuke prend conscience des progrès et du potentiel de Naruto, et décide de s’entraîner avec Kakashi ; ils arrivent au cours de la 3e épreuve, pour le combat entre Sasuke et Gaara, Naruto ayant déjà gagné le sien.

Naruto s’habitue au mode du chakra de Kyûbi ; Killer Bee tente de lui apprendre la technique de la « bombe bijū », mais Kyûbi refuse de coopérer pour le laisser prendre sa forme. Hachibi explique à Naruto les risques qu’il court à utiliser le chakra de son démon, surtout si celui-ci lui est hostile. Ils s’aperçoivent que l’« Orbe tourbillonnant » est une technique directement inspirée de la « bombe bijū », que Naruto s’efforce alors de produire sous sa forme humaine.

Madara, ne faisant pas confiance à Kabuto lui demande de lui montrer comment fonctionne la technique de la « Réincarnation des âmes ». Kabuto accepte et lui fait une démonstration avec Fû et Torune, prisonniers de Madara. La démonstration faite, ce dernier demande comment arrêter cette technique décrite comme invincible par Kabuto.

Au quartier général de l’Alliance Ninja, Ao transmet aux Kage le rapport de Muta. La division de Kitsuchi est immédiatement contactée pour débusquer l’ennemi avec des techniques Doton.

Au quartier général de l'Alliance Ninja, le Raikage explique à Tsunade l’histoire des frères Kinkaku et Ginkaku. Sur le champ de bataille, Darui est secondé par Samui et Atsui. Kinkaku et Ginkaku dégainent quatre des cinq outils précieux du Sage : la « corde de la clarté », l'« épée des sept étoiles », la « gourde pourpre », permettant de sceller une personne lorsqu’elle prononce le mot qu’elle a le plus souvent utilisé dans sa vie et l’« éventail de feuilles de palme » permettant d’utiliser les cinq types de chakra. Atsui et Samui se font rapidement piéger et sceller dans la gourde pourpre. Après quelques échanges de coups, Darui se retrouve en mauvaise posture et sur le point de se faire aspirer, mais parvient au dernier moment à changer son mot tabou, « naze », en « désolé ». Il parvient à se saisir des outils et à les utiliser contre Ginkaku, qui se fait aspirer après avoir prononcé « Kinkaku » ; ce dernier, furieux, revêt le manteau de Kyûbi à six queues.

Chôji s’apprête à frapper Asuma, mais ses souvenirs ressurgissent, et il arrête son poing au dernier moment. Voyant qu’il a perdu toute volonté de combattre, Shikamaru fait une diversion, et Ino prend le contrôle de son corps pour contrer l’attaque d’Asuma, tandis que Shikamaru utilise sa technique des ombres sur Ino pour protéger ses arrières alors qu’elle est inconsciente. Chôza intervient pour les protéger tous les trois un bref moment. Shikamaru se fâche contre Chôji en lui disant qu’ils ne sont plus des enfants à protéger, et que s’il ne se reprend pas, Asuma pourrait tuer son propre enfant. Son père lui rappelle qu’il est le seizième chef du Clan Akimichi, et Ino lui rappelle la symbolique des boucles d’oreilles, faisant d’eux des adultes et ninjas à part entière. En repensant à son serment prêté lors de son passage à l’état d’adulte, Chôji se reprend et développe ses ailes de chakra sans prendre de pilule spéciale. Avec leur formation Ino-Shika-Chô, ils immobilisent Asuma qui leur fait ses compliments, avant que l’unité de scellement ne s’occupe de lui. Ils remercient Asuma de les avoir rendus si forts. Chôji décide de prendre les devants pour terminer la bataille et déploie ses ailes à nouveau.

Au village de Konoha, rares sont les hommes qui ne sont pas partis pour la guerre. Ebisu tente de convaincre les femmes et les anciens de créer une milice populaire pour protéger le village d’éventuels attaquants, mais personne ne le prend au sérieux, tous les pillards ayant été facilement vaincus lors des guerres précédents. Alors qu’il est devant le mur des Hokage, Konohamaru voir arriver plusieurs de ses amis et une vieille femme prétendant que divers dangers arrivent de l’est et de l’ouest ; il essaie d’alerter le village, mais ni Ebisu, ni les femmes ne le croient face au caractère insolite des menaces (une ayant vu des géants, un autre un grand feu, un troisième des ninjas pouvant faire des « Orbes tourbillonnants » avec les pieds, et la vieille femme, un démon à queues ours). Il essaie alors de convaincre les autres enfants, mais seuls Moegi et Udon le suivent. Dans la forêt à l’est, ils tombent sur un cirque itinérant avec un clown sur un ballon, des acrobates, un cracheur de feu et un ours et comprennent leur erreur. Alors qu’il est en rage de s’être couvert de ridicule, des sumos géants attaquent du côté ouest de la ville ; les mères du village se dressent devant eux pour protéger les enfants et les rossent. Alors qu’ils se replient, Konohamaru se met devant eux et les envoie valser avec un « Orbe tourbillonnant », avant d’être porté en triomphe par les autres enfants.

Kakashi annonce sur le champ de bataille la victoire de Saï sur un des ninjas épéistes pour remonter le moral des troupes. Entendant un appel à l’aide, il se précipite et trouve Kushimaru Kuriarare et Jinpachi Munashi en train de s’amuser à massacrer des ninjas de l’Alliance. Voyant une jeune ninja de Kumo inconsciente, Ran, il engage le combat contre eux et est mis en difficulté car ils attaquent chacun sans se préoccuper de blesser l’autre, entrant en compétition pour être celui qui récupèrera le « Hachoir de Kiri » des mains de Kakashi. Gaï Maito arrive en soutien, et gourmande Kakashi pour avoir été combattre seul deux ninjas épéistes ; ils font reprendre conscience à Ran et l’envoient hors du champ de bataille, avant de reprendre le combat avec Kushimaru et Jinpachi. Surpris par une attaque, Gaï est piégé par les deux épéistes, et sauvé par Kakashi, mais ce dernier perd momentanément la vision. Face à la situation, ils se souvient d’une mission ensemble avec Lin, lorsqu’ils étaient jeunes, et durant laquelle ils s’étaient retrouvés dans une situation désespérée face à des ninjas d’Iwa et s’étaient mutuellement sauvés, prenant leur force dans la volonté de sauver leurs amis. Ils retournent à l’attaque, Kakashi utilisant sa connaissance de Gaï à travers leurs défis pour connaître sa position et celle de leurs adversaires, tandis que les deux épéistes se gênent mutuellement. Au moment ou Jinpachi s’apprête à faire exploser toute la zone avec son épée, les renforts arrivent amenés par Ran avec l’unité de confinement, et les deux épéistes sont immobilisés par un membre du Clan Nara et scellés, tandis que Kakashi retrouve la vision.

Naruto tente de se libérer de l’étreinte de Nagato sans succès ; Killer Bee vient à son secours mais se fait coincer par les bras mécaniques de Shuradô que Nagato fait sortir de lui. Alors que la situation est critique pour eux deux, Itachi vient les sauver en les prenant sous la protection de son « Susanô » et en envoyant des kunai dans les yeux des invocations de Nagato pour limiter le champ de vision du Rinnegan. Pour essayer de les emprisonner tous les trois, Kabuto fait utiliser à Nagato la « Naissance de l'astre divin ». Itachi analyse l’attaque et demande à ses compagnons de lancer vers le noyau d’attraction leur plus puissante technique. Une fois celui-ci détruit par l’« Orbe Shuriken » de Naruto, la « Bombe bijû » de Bee et le « Le magatama de Yasaka » d’Itachi, ce dernier scelle Nagato avec l’épée de Totsuka. Avant de disparaître, Nagato demande à Naruto de rattraper son échec et la mauvaise voie qu’il a pris.

Naruto est furieux contre l’utilisation de la « Réincarnation des âmes » forçant à se battre contre des personnes chères ; Itachi déclare qu’il va s’occuper de Kabuto. Naruto lui demande de le laisser s’occuper de tout et tente de créer un clone, mais se trouve à court de chakra. Itachi le sermonne en lui rappelant qu’il est arrivé à ce niveau de puissance grâce à ses amis, et que s’il persiste à vouloir tout gérer lui-même, il deviendra arrogant et prendra le même chemin que Madara Uchiwa. Naruto se souvient des paroles d’Iruka et se range au conseil d’Itachi. Ce dernier brûle le corbeau portant l’œil de Shisui Uchiwa ne pouvant plus resservir avant dix ans, et dit à Naruto qu’il porte en héritage la volonté de Shisui de protéger le village. Alors que Naruto lui dit qu’il pourrait convaincre lui-même Sasuke maintenant, Itachi décline en disant qu’il a échoué en voulant tout gérer lui-même, et qu’il fait maintenant confiance à Naruto pour s’occuper de Sasuke.

Puisqu’elle connaît l’adversaire à affronter, Yûgao reçoit l’ordre de partir rattraper Hayate en compagnie de Sakura et deux autres ninjas, Yokaze et Iô ; durant le trajet, elle se souvient de son entraînement avec son fiancé. Ils rattrapent les trois voleurs et scellent les compagnons de Hayate, mais Iô, puis Yokaze, sont blessés en voulant protéger Yûgao, qui fuit le combat. Hayate s’enfuit avec le parchemin, tandis que Sakura et Yûgao doivent soigner les blessés ; cette dernière s’en veut de n’avoir pu se battre et d’avoir ainsi provoqué leurs blessures, et veut abandonner la poursuite, expliquant à Sakura qu’elle ne peut plus tenir un sabre depuis la mort de Hayate à cause des souvenirs que ça lui inspire. Sakura la réconforte en lui expliquant qu’elle non plus n’a pas été capable d’affronter Sasuke, et part à la poursuite de Hayate en lui confiant les blessés, mais Yokaze lui rappelle les suppliques de Hayate pour qu’elle l’arrête et lui tend un sabre. Yûgao finit par saisir l’arme et rattrape Sakura en difficulté face aux techniques de camouflages de Hayate ; tandis que Sakura part chercher de nouveaux spécialistes en sceaux, Yûgao affronte son bien-aimé qui finit par s’empaler lui-même sur le sabre de son opposante, tout en l’épargnant, résistant aux ordres de Kabuto grâce à la promesse mutuelle qu’ils s’étaient faite sous la lune de toujours se protéger l’un l’autre et de faire passer leur amour avant tout. Hayate fait ses adieux à Yûgao avant de tomber au sol et d’être scellé à son tour…

Motoi rejoint Killer Bee mais Kabuto ressuscite Fukai, l'hôte précédent d'Hachibi. Il se transforme en Hachibi et utilise l'orbe du démon, il élimine les Zetsus blancs et l'épée Samehada protège Bee et Motoi. Bee se transforme en Hachibi et combat Fukai. Fukai se souvient qu'Orochimaru lui avait donné de la drogue. Fukai disparait et lui dit qu'il doit mettre fin à la guerre.

Naruto se remémore l’évolution de sa relation avec Kyûbi et son combat contre lui.

Kabuto dévoile enfin l'ensemble de ses capacités, principalement volées à d'autres shinobi. Les deux frères vont-ils réussir à vaincre la soif de pouvoir absolu de Kabuto ?

Les destins de Kakashi, Obito, Nagato mais aussi de Danzô semblent s'être croisés déjà depuis plusieurs années auparavant. Leurs pouvoirs se révèlent alors que Madara tisse une toile toujours plus complexe et dangereuse.

Kinoe refuse d'utiliser de Yukimi comme appât et se fait donc poursuivre par Kakashi. Les deux nijas vont-ils pouvoir trouver un terrain d'entente ? Yukimi va-t-elle survivre ?

Ayant pris le dessus sur Obito, Kakashi l’épargne et tente de le raisonner. Mais son ancien compagnon va lui faire de terribles révélations !

Obito est devenu le Réceptacle de Jûbi et déploie une puissance inouïe. Mais sa conscience semble sur le point de sombrer...

Réincarné dans sa chair et son sang, Madara recouvre ses facultés d’antan et pousse Naruto et les Bijûs dans leurs derniers retranchements... Pire, voilà que Zetsu lui apporte un Rinnegan. Plus rien n’empêchera Madara d’invoquer le démon Hérésiarque et de reprendre sa quête de domination.

Shikamaru et son équipe sont à portée du château de Fushu, où Gengo est censé se trouver. Mais ils sont incapables d'obtenir beaucoup d'informations sur cet homme. Apprenant que Gengo fera une apparition publique, Shikamaru et ses compagnons s'infiltrent sur la place, où ils voient Sai retenu captif.