Gaara wird von den Dorfbewohnern von Suna-Gakure inzwischen anerkannt. Ja, man sieht ihn dort mittlerweile sogar als große Stütze, nicht mehr als Sonderling. Seine Auseinandersetzungen mit Deidara verlaufen allerdings nicht immer gleich erfolgreich, auch wenn er mit seinem speziellen Sand, seiner „Absoluten Verteidigung," gewisse Vorteile zu haben scheint.

Nachdem Lee herausgefunden hat, dass sie stärker sein müssen, als ihre Doppelgänger, gibt das Team von Guy noch mal alles und es gelingt ihnen, die Doppelgänger zu besiegen. Kakashi und Naruto verfolgen nach wie vor Deidara, und Kakashi ist entschlossen, sein neues Sharingan einzusetzen, obwohl er es noch nicht vollkommen im Griff hat.

Sora ersetzt erstmal Sai, der verletzt ist, und wird so Mitglied des „Teams Kakashi". Das bedeutet, dass Yamato mit einigen grundlegenden Trainingseinheiten neu anfangen will, weil Sora die ja nicht kennen kann, aber Asuma rät ihm ab.

Asuma, Shikamaru, Izumo und Kotetsu haben die beiden Akatsuki-Leute vor dem Schwarzmarkt gestellt. Kakuzu hält sich aus dem Kampf heraus und schickt Hidan vor, denn der gilt immerhin als unsterblich – was Asuma und Shikamaru vor nicht unerhebliche Probleme stellt.

Tsunade erhält die Nachricht, dass ein ANBU vermutlich das Versteck von Orochimaru entdeckt hat. Er konnte ihr noch kurz vor seinem Tod eine Karte mit einer ungefähren Ortsangabe schicken und so entschließt Tsunade sich, ein Such-Team zusammenzustellen, das das Versteck lokalisieren soll. Da sich dort vermutlich auch Sasuke aufhält, will Kakashi diese Mission vor Naruto geheimhalten …

Tsunade lässt das Insekt, das Kakashi ihr per Boten geschickt hat, im Labor untersuchen. Es ist in einen Kristall eingeschlossen und ihre schlimmsten Befürchtungen scheinen sich zu bewahrheiten. Sie hat immer mal wieder Gerüchte gehört, dass es jemanden gibt, der ein Nin-Jutsu beherrscht, mit dem er alles in seiner Umgebung in Kristall verwandeln kann.

Shizune, Ino, Hinata und Sakura versuchen nach wie vor, die Versiegelungsbarriere aufrecht zu erhalten, denn der Sanbi befindet sich inzwischen fast genau darunter. Es muss ihnen nur noch gelingen, im richtigen Moment die Versiegelung hinzubekommen, dann wäre es geschafft. Zu ihrer Unterstützung sind TenTen und Lee als Wachen vor Ort.

Nurari, Kiho und Kigiri holen zu einem letzten Schlag aus, indem sie sich zusammentun und als ein großes Monster gegen Shino und Co antreten. Naruto und Guren treffen auf Rinji, doch es stellt sich heraus, dass es sich in Wahrheit um Kabuto handelt, als er seine Maske abnimmt.

Sowohl die Ninja aus Konoha, als auch die Akatsuki konnten die von Deidara verursachte Explosion sehen. Im Anschluss kann Karin das Chakra von Sasuke nicht mehr wahrnehmen und glaubt deswegen er ist ein Opfer der Explosion geworden. Doch Sasuke konnte mit seinem Sharingan Manda unter seine Kontrolle bringen, sich in dessen Bauch verstecken und mit einem Jutsu in eine andere Dimension verschwinden.

Naruto stellt sich den angreifenden Ninja aus Kirigakure entgegen. Obwohl sie Hotaru in ihre Gewalt bringen wollen, ist ihr eigentliches Ziel Utakata. Dabei soll Hotaru nur ein Druckmittel sein, damit Utakata sie nach Kirigakure begleitet. Tsurugi, ein Oi-Nin erscheint und möchte statt zu kämpfen Verhandlungen mit den Shinobi aus Konoha anstoßen.

Obwohl es im Training mit Fukasaku für Naruto immer wieder Rückschläge gibt, trainiert dieser mit voller Begeisterung weiter. Dieser Übereifer überrascht selbst Fukasaku. Zudem sieht er viele Parallelen zu seinem früheren Schüler Jiraiya. Jedoch konnte Naruto, im Vergleich zu seinem ehemaligen Sensei, die Senjutsukontrolle schneller erlernen.

Pain schwebt über Konohagakure und aktiviert das Shinra Tensei. Dadurch zerstört er das ganze Dorf mitsamt seinen Bewohnern. Kurz nach der Explosion erscheint Naruto gemeinsam mit Fukasaku, Gamabunta, Gamaken, Gamakichi und Gamahiro. Erst nach einiger Zeit erkennen sie, dass der Krater, in welchem sie sich befinden, einst Konohagakure war.

Gemeinsam mit Sakura und Team 10 ist Naruto auf der Suche nach dem „Vermächtnis des vierten Hokage". Dieses Relikt, so lautet es, soll seinem Finder große Macht verleihen. Was die jungen Ninja allerdings nicht wissen, die Geschichte wurde von Maito Guy erfunden, welcher den jungen Ninja eine Lektion erteilen möchte.