El equipo Kakashi se encuentra con Itachi y Kakashi advierte a todos que no miren a su Sharingan. Por su parte, Gai y su equipo comienzan a luchar contra Kisame y este no tarda en atrapar a Neji, Lee y Tenten en una prisión de agua.

Una vez completados los preparativos, Kakashi revela su Sharingan Mangekyo, un poderoso jutsu que transporta todo lo que el ojo puede ver a otra dimensión. Naruto aprovecha que Deidara baja la guardia para rescatar finalmente a Gaara.

El capítulo empieza cuando Orochimaru, Kabuto y Sai llegan a la habitación en que esta Sasuke y este comienza a hablarle sobre Naruto por lo cual Sasuke se enfurece y realiza un genjutsu sobre sai induciendole miedo ante lo cual hasta el propio Sai se sorprende, luego Kabuto lo encierra y Naruto, Yamato y Sakura logran infiltrase y se dirigen hacia donde esta Sai. Pero en ese momento Kabuto se da cuenta que ha dejado un sobre en la habitación de Sai y vuelve al mismo tiempo que el equipo de Yamato se acerca.

El Equipo Kakashi se encuentra reunido, mientras Yamato les explica que Sora tomará el lugar de Sai mientras éste se recupera, Naruto y Sora entrenan con Asuma, Asuma les dice que deberán enfocar el elemento viento en el objetivo, después del entrenamiento Asuma los invita a comer ramen, ahí, Asuma le dice a Sora que se quede con él, se van a una tienda, Sora se da cuenta que Asuma le había regalado sus garras reparadas, después Sora se dirige al pueblo , en eso hace su aparición Furiido, tras una pequeña discusión con éste, Furiido le dice, que Asuma fue uno de los que mató a su padre, Kazuma, Furiido desaparece, mientras esto ocurría Tsunade se entera de que Danzō ha desaparecido, cuando Naruto se encuentra con Sora, éste está confundido por lo que Furiido le dijo, y muestra un poder escondido bastante superior a lo normal.

Kakuzu ataca a Shikamaru para que Hidan pueda escapar comienza la mejor parte cuando Asuma ataca a Hidan pero Kakuzu no lo ayuda por petición de el inmortal, Hidan crea una táctica para poder hacer su Ritual Jashin al igual Shikamaru recuerda que cuando jugaban con Asuma Shougi el odiba usar tácticas de sacrificio lo cual en ese momento intenta, en una distracción Asuma es perforado por la hoz de Hidan y este comienza su ritual pero Asuma usa su explosión para evitarlo.

Un ANBU, antes de morir, le envía un mensaje a Tsunade en el cual le señala donde está posiblemente el escondite de Orochimaru. Tsunade reúne un grupo conformado por Kakashi, Hinata, Shino, Kiba y Akamaru para investigar el lugar. Mientras tanto, Jiraiya le propone a Naruto que vuelva a entrenar con él, pero después de que se recupere.

Guren logra encerrar al equipo de búsqueda en una bóveda de cristal. Luego con la ayuda de unas copias ataca y logra capturar a Hinata como rehén en su técnica de cristal. Mientras tanto el equipo de refuerzo llega a la bóveda creada por Guren, sin medios para atravesarla, Naruto decide utilizar su nueva técnica con Gamatatsu.

Kabuto explica que él mató a Rinji, y que Orochimaru quiere al Sanbi para prepararse para la guerra próxima. Él revive el cadáver de Rinji, el cual usa para atacar a Guren y a Yūkimaru. Guren logra aguantar cristalizándose ella misma con Rinji. La profunda pena de Yūkimaru hace que él use su poder en el Sanbi, rompiendo el Jutsu del equipo de sellado. Naruto usa su Jutsu de clones para atacar al Sanbi, forzándolo debajo del agua y parando su rabia. Naruto va a donde se encuentra Yūkimaru y le dice que ellos se irán a casa juntos.

Deidara explota llevando consigo en la explosión a Sasuke y problabemente a Tobi, los ninjas cercanos se percatan de la explosión y quien lo habría provocado, surgiendo preocupación por el equipo de Sasuke. Suigetsu llega al lugar de la explosión pero ve que Sasuke a sobrevivido usando a Manda como "escudo" que muere maldiciendo al Uchiha. La búsqueda para encontrar a Sasuke continua; Tobi aún vivo, se revela como Uchiha Madara, ante Pain y su compañera.

Ukataka está de acuerdo de mantenerse con El Equipo de Naruto y unos Ninjas Cazadores hasta que Hotaru esté seguro. Después de seguir un buen rato Hotaru cae. Naruto va por las plantas y más tarde descubre la causa del dolor de Hotaru dándose cuenta que es una técnica prohibida puesta por su clan.

Naruto en el entrenamiento con los sapos, sube hasta unas montañas con picos filosos para ver si puede concentrar su energía, cayendo muchas, la persistencia del genin hace que llegue al modo Sennin. Un ninja de la nube quiere mandar un mensaje a la Hokage, pero Karin detecta al intruso, sus compañeros en el camino lo encuentran muerto. Naruto sigue progresando ahora enfrentándose en el entrenamiento a Fukasaku.

Naruto busca al enemigo, Shima llega diciéndoles que el lugar donde están es Konoha. Tsunade se da cuenta que la aldea ha sido devastada por el Shinra Tensei de Pain, los aldeanos y shinobis sufrieron heridas después del ataque. Los caminos de Pain se levantan y de la habilidad de Jigokudō lanza al fenecido cuerpo muerto por Kakashi, que sale reconstruido y nuevo del portal, ahora los cinco se van a donde Pain. Cara a cara los 6 caminos de Pain contra Naruto, Shuradō se lanza contra Tsunade pero es destruido de un golpe por Naruto. Ahora Naruto puede enfrentarse a Pain, siendo la primera en atacar, Chikushōdō, con una técnica de invocación, logrando detenerlo del cuerno y lanzándolo, pero ella invoca dos nuevas bestias que ahora son detenidas por Fukasaku y Shima. Naruto sigue delante y con sus clones de sombra hace dos gigantes Rasengan-Senpō: Ōdama Rasengan-, Bunta, Ken y Hiro ayudan a destruir a las tres bestias invocadas, Naruto ha tumbado a Gakidō. Pain ve el modo ermitaño de Naruto y le habla que Jiraiya fue su maestro; ante eso Naruto realiza el Fūton: Rasen Shuriken lanzándolo hacia Pain.