Déchue de son rang au sein du clan Hyûga et remplacée par sa cadette, Hinata saura dépasser ses faiblesses et s’accomplir, en marchant sur les traces de Naruto.

Avant d'être enfermée dans le cocon de l'Arbre Sacré, Karin se remémore la période de son enfance, et les moments qu’elle a passés aux côtés d’Orochimaru et de Sasuke.

Sasuke et Sakura rejoignent leurs compagnons mais la marionnettiste Sasori apparaît et leurs bloque le chemin pour rentrer chez eux. Sasuke veut abattre les marionnettes et se précipiter pour faire son rapport au quatrième Hokage, mais Shikamaru et les autres ninjas insistent pour rester et sauver leurs maîtres.

Voir Hinata presque mourir déclenche la colère de Naruto. Il se transforme alors en démon à neuf queues. Le pouvoir de Naruto est énorme, mais Pain libère son jutsu pour le sceller. La haine consume Naruto quand il tente de briser le sceau. Avec Naruto incapable de contrôler calmement son pouvoir, le village se dirige progressivement vers la destruction.

Avant de leur révéler son plan, le Sage des Six Chemins souhaite leur raconter son histoire personnelle. Cette dernière débute quelques temps après sa victoire contre sa mère Kaguya. Hagoromo décide de partir en voyage pour deux raisons : trouver une place pour les 9 Bijû qu'il a extraits de Jûbi et réparer les dommages effectués lors de son matricide.

Le combat final de l'équipe 7 contre Kaguya est sur le point de s'achever. Aidés par Kakashi au Sharigan et Sakura, ils parviennent à la sceller. Kakashi se souvient alors avec nostalgie des premiers instants avec ses élèves.