L'équipe Asuma se met en route, et lors de la visite du Temple détruit, Asuma apprend que l'Akatsuki s'est mise en route vers un point d'échange.

Un ANBU envoie une lettre concernant la découverte d'un repaire d'Orochimaru.

L'équipe de Yamato part à la recherche de Kakashi, Kiba, Hinata et Shino. Mais ces derniers ont été emprisonnés par un jutsu de Guren. Naruto invoque Gamakichi et Gamatatsu et tente de briser le dôme de cristal.

Guren et Rinji réussissent à empêcher Konoha de sceller Sanbi.

Pendant que Naruto affronte Kabuto, Guren protège Yûkimaru du Rinji « zombie » invoqué par Kabuto. Guren se cristallise avec Rinji et ils tombent tous les deux dans le lac. Yûkimaru cède à la colère, et Kabuto s'enfuit. Naruto affronte Sanbi avec ses clones puis avec Gamakichi et Gamatatsu. Naruto et ses compagnons emportent ensuite Yûkimaru avec eux vers Konoha. Ce dernier repart ensuite avec Guren qui a survécu.

Après avoir remarqué l'explosion, Suigetsu invoque Manda. Il découvre ensuite que Sasuke s'était servi de lui pour échapper à l'explosion. Incapable de survivre, Manda meurt de ses blessures et Zetsu informe les membres restants de la mort de Sasuke, Deidara et Tobi. Naruto et les autres se rendent au cratère, et en utilisant les compétences de Kiba, ils commencent à traquer les odeurs de Sasuke. Ailleurs, le chef de l'Akatsuki, Pain et sa partenaire, Konan, reçoivent l'ordre de capturer Kyûbi par un homme mystérieux.

Jiraya arrive à Ame et décide d'enlever deux ninjas pour avoir des renseignements sur Pain.

Sasuke parvient à briser le genjutsu en combinant son Sharingan à la puissance du sceau maudit d’Orochimaru ; les deux frères commencent alors un duel de ninjutsu. Pour surpasser la boule de feu de Sasuke, Itachi utilise la « Lumière céleste ».

L'histoire se passe la veille de la dernière étape de l'examen chūnin. Ce jour-là, Naruto, Sakura, Shikamaru, Ino et Chôji partent à la quête de l'héritage du 4e Hokage. En suivant les instructions du parchemin, les deux équipes traversent différentes étapes, imaginées par Gaï. Mais à la dernière étape, des ninjas d'Ame, eux aussi à la quête de l'héritage du 4e Hokage, piègent ceux de Konoha. Sasuke arrive et les élimine avec sa toute nouvelle technique « Les Mille oiseaux », enseignée par Kakashi.

Pendant que le village se reconstruit, Naruto et Sakura reçoivent la visite de Tazuna et d'Inari, devenu charpentier. Naruto se remémore alors son retour au Pays des Vagues ; ayant oublié chez Tazuna un ticket gratuit pour manger chez Ichiraku, il retourne le chercher sur un coup de tête, poursuivi par Sasuke qui a pour mission de le ramener. Inari ayant trouvé le ticket part de son côté à la recherche de Naruto mais se fait agresser par d’autres enfants dont Akane jaloux de son succès ; ils se font alors enlever par les anciens hommes de main de Gâto, menés par Zôri et Waraji qui veulent reprendre le contrôle du Pays des Vagues. Naruto et Sasuke partent à la recherche d’Inari qui parvient à s’évader poursuivi par les bandits. Inari fait diversion pour permettre à ses camarades de s’enfuir. Acculé à une falaise, il saute dans l’eau et se remémore quand son père adoptif lui a appris à nager. Naruto sort Inari de l’eau et engage le combat contre les bandits, rejoint par Sasuke, puis par les villageois qui les livrent aux autorités. Akane et ses amis sont devenus charpentiers comme Inari et sont tous venus aider à Konoha.

Après le départ de Sasuke, Naruto part en voyage avec Jiraya afin de devenir plus fort que son ami. Sasuke possédant le sharingan, Jiraya lui propose alors un entraînement pour contrer le genjutsu. Pour ce faire, il invoque Gamariki qui place Naruto sous le contrôle d’un genjutsu ; en essayant de perturber le chakra dans son corps, Naruto expulse du chakra et projette Gamariki au loin. Naruto s’entraîne alors à contrôler son chakra sur l’eau et finit par parvenir à l’équilibre. Pour compléter son entraînement, Jiraya l’emmène alors dans une zone près d’un village où des champs d’énergie environnants simulent le genjutsu et font se perdre les voyageurs, mais ils retrouvent le village sous le joug d’une bande de bandits spécialistes en genjustu venus s’approprier la puissance énergétique du lieu pour améliorer leurs techniques en maintenant les femmes et les enfants en otage. Naruto prend l’apparence d’un jeune garçon du village et fait mine d’amener Jiraya prisonnier au chef de la bande…

Trois ninjas de Kumo arrivent à Konoha pour demander l’autorisation de prendre Sasuke en chasse ; Danzô leur donne l’autorisation… Apprenant que Sasuke va être pourchassé, Naruto et Sakura demandent à Saï des informations sur Danzô mais ce dernier ne peut pas leur en parler à cause d’un sceau sur sa langue qui l’immobiliserait s'il venait à parler de la Racine. Entendant le nom de Sasuke, Omoï et Karui attaquent et interrogent Naruto, Sakura et Saï pour leur extorquer des renseignements sur Sasuke ; les informant que Sasuke a capturé leur maître Killer Bee. Pendant ce temps, l’équipe Taka est arrêtée par Madara en cours de route vers Konoha ; ce dernier informe Taka de la défaite de Pain et que Danzô, le responsable du destin d’Itachi, a été élu Hokage, les kage vont délibérer au « Conseil des cinq kage » à propos des attaques de l’Akatsuki…

Naruto explique aux autres jeunes ninjas de Konoha sa décision de combattre Sasuke. Neji, Kiba et Shikamaru lui reprochent de couvrir ce dernier et de ne pas avoir profité de l'occasion de son état de faiblesse pour le tuer, mais Naruto déclare que son niveau actuel ne lui permettait pas de battre Sasuke : qu'il doit encore s'entraîner pour y arriver. Alors que Kakashi allait être nommé Hokage, Tsunade se réveille de son coma.