经过三年时间佐助升为了木叶警务部队的副队长。但是，因为警务部队的胡乱作为引起了村里人的不满，对宇智波一族的印象也逐渐恶化。此时同自来也外出修行的鸣人回到了村子里。刚一回到村子，在街上碰面的鸣人和佐助的气氛就十分险恶，二人想通过交手检验修行成果的状态一触即发。这时，某人出面阻止了二人，这人正是木叶上层管理者之一的团藏。

幼年时曾经历忍界大战的鼬，是个有着生人勿近异样气场的孩子。平时经常会思索“生命到底是什么”像大人一样。进入忍者学校学习充分发挥了鼬那与众不同的才能。对于已经开始同富岳和止水修行的鼬来说学校里课业太过不足，等他注意到时已经变为“优等生”成了学校里的风云人物。但是因为不满他出风头，高年级学生找上了鼬，进而演变成了争斗。

带土与小樱合力，进入异空间并成功找到了佐助。带土和鸣人说好必定会把佐助带回来，此时他想起了同琳的约定却没能履行，想起这么多年自己的苟延残喘，心中不知重复了多少遍的悔恨再次浮上心头，带土失去力量昏了过去。另一方面，鸣人同辉夜之间展开了殊死搏斗。在一旁观战的卡卡西，就连插手的机会都找不到，只能站在原地叹息自己的无力。

以袭击木叶村的起爆人类为起因的事件。独自开始调查的佐助经历重重危险，终于找到了真相。「起爆人类」「血龙眼」「地狱谷」「血之池一族」，还有宇智波一族...以这些为起点，导出了事件的全貌！？最终解开了全部谜团！！