Das Team Yamato erreicht den Feuertempel, und Naruto muss feststellen, dass Soras Verhalten ihm gegenüber immer provozierender wird. Nun ist Naruto kein Kind von Traurigkeit und will beweisen, dass auch er in der Lage ist, „auszuteilen." Es kommt zu verschiedenen Auseinandersetzungen, in denen es ihm gelingt, sich Respekt zu verschaffen.

Asuma begreift langsam, dass die vier Leichen von Kitane, Seito, Too und Nauma gestohlen wurden, um sie mit dem Jutsu der Wiedererweckung zurück zu holen, damit sie den vor Jahren gescheiterten Putsch nun endlich zum Erfolg führen können. Die Vier hören nur auf die Befehle desjenigen, der sie „erweckt" hat, doch bisher weiß niemand, um wen es sich handelt.

Sakura ist beflügelt von der Idee, Naruto mit ein paar Nahrungspillen beim Training zu unterstützen und so stellt sie welche her. Unterwegs trifft sie Iruka, mit dem sie ein bisschen über alte Zeiten spricht und als er andeutet, dass er die Klassenclowns immer am niedlichsten fand, ist sie ein bisschen beleidigt. Derweil trainiert Naruto wie ein Verrückter die Chakra-Manipulation …

Kakashi ist mit Team 10, also Asumas Team, unterwegs, um die die Beiden von Akatsuki aufzuspüren. Tsunade würde ihnen gern Verstärkung nachschicken, doch sie weiß nicht wen. Eigentlich würde es sich anbieten, Naruto zu schicken, doch der hat die Chakra-Manipulation immer noch nicht drauf. Tsunade entscheidet, ihm noch 24 Stunden zu geben …

Während Orochimaru weiter seine finsteren Pläne verfolgt, versucht Jiraiya Naruto beizubringen, dass er mit seinem vertrauten Geist praktisch „synchron" sein muss, indem er dessen Gefühle nachvollzieht und so mit ihm im Gleichklang ist. Jiraiya ruft die Kröte Gamariki herbei, die Naruto mit der „Liebespeitsche" zum Training bringen will, doch die Beiden haben sich nur in der Wolle.

Guren hat den Kampf gegen die Riesenschildkröte, die der Dreischwänzige Bijuu-Geist ist, verloren und ist von der großen Welle an Land gespült worden. Gozu macht sich auf die Suche nach ihr und auch Naruto, der das Geschehen aus einiger Entfernung beobachtet hat, scheint von dem mächtigen Chakra des Bijuu-Geistes etwas abbekommen zu haben.

Auch Deidaras C4-Bomben konnten gegen Sasuke nichts bewirken. Deidara wird anschließend immer wütender, denn jeder verachtet seine Kunst. Deidara ist gezwungen, zu seinem letzten Mittel zu greifen. Er öffnet den Mund an seinem Herzen und füttert ihn mit dem explosiven Lehm. Dadurch wird Deidara selbst zu einer Bombe, welche in einem Radius von 10 Kilometern alles vernichten wird.

Weiterhin muss sich Jiraiya einen Kampf gegen seinen ehemaligen Schüler Nagato stellen. Im Verlauf der Auseinandersetzung erscheinen zwei weitere Körper von Pain. Alle drei Gegner sind im Besitz des Rinnegans. Einen der Rivalen kann Jiraiya schnell bewusstlos schlagen. Um die anderen Zwei besiegen zu können, setzt er das Goemon ein.

Nachdem Tsunade und Kakashi, den von Jiraiya hinterlassen Code nicht entschlüsseln konnten, bittet Shikamaru Naruto um dessen Unterstützung. Schon kurz darauf kann Naruto dem Entschlüsselungsteam einen Tipp geben. Wie sich herausstellt, sind die Zahlen aus der Botschaft, Seiten aus Jiraiyas Buch zuzuordnen.

Während der Kämpfe in Konoha beobachtet Konohamaru Pain, wie dieser einen Shinobi tötet. Daraufhin macht Pain Konohamaru hinter einer Wand ausfindig. Kurz bevor Pain ihn angreifen will, kann Ebisu ein Ablenkungsmanöver starten, um so Konohamaru die Chance zur Flucht zu geben. Jedoch ist Pain sehr mächtig und Ebisu steht kurz vor einer Niederlage.

Nachdem Naruto auffällig geniest hat, erinnert sich Sakura an eine vergangene Epidemie zurück. In jenen Tagen kam der Verdacht auf, dass das Chakra-Virus im Dorf Einzug gefunden hätte. Durch diesen Virus, können Shinobi nicht mehr ihr Jutsu anwenden und somit auch ihre Kräfte im Kampf nicht mehr einsetzen. Auch Tsunade glaubt an einen Ausbruch der Krankheit und lässt das Dorf evakuieren …

Vor langer Zeit hatte Guy seinen Schüler als Belohnung zum Essen eingeladen. Im Verlauf des Abends schauten beide etwas zu tief ins Glas. Dementsprechend können sich Schüler sowie Sensei am nächsten Tag an nichts mehr erinnern. Um seinem Schüler aus dem Weg zu gehen und ihn somit von den Taten der Feier abzulenken, lässt sich Sensei Guy allerhand sinnlose Übungen einfallen.

Guy schwelgt in Erinnerungen. Er denkt an die Ausbildung von Tenten, Neji und Lee zurück. Damals wollte er die Ziele jedes Einzelnen wissen. Daraufhin berichtete Tenten, sie möchte wie Tsunade werden. Auch Lee hat ein großes Ziel: Der junge Shinobi will unbedingt ein großer Ninja werden, auch ohne die Anwendung von Gen- sowie Nin-Jutsu.

Noch immer spricht Naruto im Unterbewusstsein mit seiner Mutter Kushina Uzumaki. Nachdem sie die Geschichte über das Kennenlernen mit Narutos Vater erzählt hat, möchte Naruto noch wissen, was vor 16 Jahren, am Tag seiner Geburt passierte. Erst jetzt erfährt Naruto die wahre Geschichte über seine Eltern.

Der Ninja-Weltkrieg ist ausgebrochen und die Fürsten der verschiedenen Reiche, die sich zu einer Allianz zusammengeschlossen haben, müssen sich vor den Gegnern verstecken, was ihnen nicht leicht fällt, zumal die Bedingungen ihrer unwürdig sind. Unterdessen werden in der Ninja-Allianz Strategien ausgedacht, wie man den drohenden Angriff der übermächtigen Feinde abwehren kann …

Hanzo, bekannt als Shinobi mit dem Salamander und Mifune, das Oberhaupt der Samurais, treffen wieder einmal im Kampf aufeinander. Das hatte es schon gegeben und damals konnte Hanzo seinen Gegner besiegen. Aber Mifune, der sich als Samurai der Harmonie verpflichtet hat, setzt alles daran, dieses Mal das Blatt zu wenden, obwohl Hanzo anfangs sogar Gift anwendet.

Naruto fragt sich nach wie vor, warum so viele Wachen um ihn herum sind. Als dann auch noch Iruka, sein erster Sensei, in dem Versteck auftaucht, ist die Verwunderung komplett. Der soll ihn nämlich im Auftrag von Tsunade beschützen. Aber Iruka ist dafür, Naruto die Wahrheit zu sagen, warum er versteckt gehalten wird.

In der Sanitätseinheit werden plötzlich Ärzte ermordet. Aber alle Versuche, den Täter zu finden, scheitern vorerst. Auch Neji beteiligt sich an der Suche, obwohl er im Moment das Byakugan nicht einsetzen kann. Sakura gelingt es durch Zufall, Licht in das Dunkel zu bringen. Als Neji wieder einmal zu ihr kommt, um sich behandeln zu lassen, stellt sie fest, dass es der Falsche ist.

Tsunade und der Raikage finden Naruto und Killerbeat. Sie wollen Naruto um jeden Preis aufhalten, um zu verhindern, dass er in die Hände des Feindes gerät, was das Ende der Welt bedeuten würde. Der Raikage ist sogar bereit Naruto zu töten, wenn es nötig sein sollte, doch Killerbeat stellt sich zwischen die beiden und bietet dem Raikage an, lieber ihn statt Naruto zu töten.

Gaara und Oonoki stehen den durch Edo Tensei wiederbelebten Kage gegenüber. Auch Rasa, der Vater von Gaara, welcher ihn einst umzubringen versuchte, ist unter ihnen. Für ihn war sein Sohn wertlos, da es Gaara als Kind nicht gelang, Shukaku zu kontrollieren und Gaara nur zu diesem einen Zweck geboren wurde.

Yota scheint im Moment an mehreren Stellen gleichzeitig zu sein, aber welcher ist nun der echte? Und warum ist Yota überhaupt hergekommen? Gibt er Naruto und seinen Freunden die Schuld an seinem Tod? Damals hatten sie Yota befreit, als er gefangen gehalten wurde, und in Schwierigkeiten war. Auf der Flucht mussten sie einen Fluss durchqueren, bei dem Yota fast ertrunken wäre.

Die Hoffnung, der Krieg würde langsam in die entscheidende Phase gehen und bald beendet sein, scheint wohl nicht so schnell in Erfüllung zu gehen. Obwohl die Shinobi-Allianz immer mehr Gegner ausschalten kann, kommen immer mehr durch Edo Tensei wiederbelebte, als brandgefährlich eingestufte alte Kämpfer nach, wie Kisame, der mit seinem Schwert Samehada schon viel Unheil angerichtet hat.

Itachi und Sasuke stehen weiterhin von Angesicht zu Angesicht mit Kabuto. Er möchte Sasuke auf seine Seite ziehen, indem versucht ihm klarzumachen, wie ähnlich sie eigentlich sind. Und auch in Itachis Leben sieht Kabuto eine Menge Parallelen zu seinem eigenen. Beide waren Spione für Konoha, beide opferten sich für ihr Dorf und wurden zum Dank verachtet und beschimpft.

Es ist geschafft. Das Edo Tensei wurde gelöst. Die Zentrale und alle Kämpfer auf den Schlachtfeldern rätseln, wie es dazu kam, schließlich wurde Kabuto offiziell noch nicht gefunden. Das denken sie zumindest, denn sie wissen nicht, dass Sasuke ihn in seinem Versteck aufgesucht, ihn mit seinem Bruder Itachi bekämpft und schließlich besiegt hat.

Obito trauert um seine geliebte Rin. Er möchte in die Traumwelt flüchten, von der Madara gesprochen hat, in der selbst die Toten noch leben. Deshalb kehrt er zu Madara zurück. Yahiko und Nagato wollen den Krieg mit Toleranz und Frieden bekämpfen und mit Worten statt mit Waffen. Sie werden von Kyusuke und dessen Anhängern angegriffen, die versuchen wollen, das Dorf zu plündern.

Danzo erfährt von einem Untergebenen, dass Hiruzen mit den ANBU dem flüchtigen Orochimaru auf der Spur ist und schickt daraufhin Kinoe los, um Orochimaru an einem Treffpunkt seiner Einheit abzufangen und zu warnen. Orochimaru wiederum trifft Kakashi und es kommt zu einem Kampf, bei dem beide verwundet werden, aber nicht schwer, sodass Orochimaru flüchten kann.

Durch die ANBU wird Kakashi immer verschlossener. Guy macht sich Sorgen um seinen Freund und versucht ebenfalls – als Kakashis Partner – der ANBU beizutreten, wird jedoch abgewiesen, da er zu wenig Finsternis in sich trägt. Dennoch erhält die ANBU durch Danz einen Neuzugang: Itachi.

Naruto, Kakashi und Guy versuchen nach wie vor, das Problem Madara zu lösen. Aber das ist nicht einfach. Im Gegenteil, zu Kakashis Erstaunen taucht jetzt auch noch Obito an der Seite Madaras auf. Sofort werden Erinnerungen an die Zeit mit Rin wach, vor allem an deren Tod. Obito scheint Kakashi mit dieser Geschichte in der Hand zu haben. Es wird häufiger zum Thema.

Hashirama und Madara sind erwachsen geworden und inzwischen Anführer in ihren Clans. Trotz der früheren Feindschaft treffen sie sich wieder und erinnern sich an die Zeiten, als sie über ihre Pläne sprachen, eine Siedlung zu bauen, und was mittlerweile aus ihrem Traum geworden ist.

Während der Kampf gegen den Jubi immer noch in vollem Gange ist, taucht plötzlich Sasuke auf und schließt sich dem Kampf an. In der Zwischenzeit startet der Jubi einen weiteren gewaltigen Angriff. Den Hokage der vergangenen Generationen gelingt es allerdings den Bannkreis aufrecht zu erhalten und die Attacke abzuwehren.

Shikamaru liegt im Sterben, da er kaum noch Energie hat. Die meisten Ninja sind auf dem Rückzug, als Orochimaru auftaucht. Hashirama fragt sich, wieso die Knospe noch nicht aufgegangen ist und erfährt, dass der Baum das Chakra der letzten Bijus benötigt, ansonsten dauert es noch. In der Zeit will Madara mit Obito tauschen.

Auch Gaara und die Biju wollen gegen Madara helfen. Son Goku fragt Gaara, ob er ebenfalls ein Freund Narutos ist. So erzählt Gaara, was Naruto für ihn bedeutet. Wie sie sich getroffen haben, wie Naruto ihn besiegt hat und wie sich Gaara veränderte. Naruto wurde zu Gaaras Freund. Zu seinem ersten Freund.

Während Hanabi hart trainiert, um ihrer neuen Stellung gerecht zu werden, wird Hinata bei der Chunin-Prüfung schwer verletzt. Hinatas Worte über Naruto, Nejis Niederlage und seine Versöhnung mit ihrer Schwester bringen Hanabis Haltung zum Schicksal langsam ins Wanken. Die Zeit vergeht und während Hanabis Fortschritte stagnieren, wird Hinata immer stärker.

Nachdem Matsuri Neji und seinem Team erzählt hat, in welcher Gefahr sich Gaara befindet, eilen sie ihm zur Hilfe. Am Ort des Geschehens angekommen, müssen sie feststellen, dass Hoichi nicht nur versucht, an Gaaras Biju zu kommen, sondern dass er das gleiche auch bei Fu versucht.

Konohamaru bittet Naruto, der in das Dorf zurückgekehrt ist, ihm eine neue Technik zu zeigen. Der junge Sarutobi versucht indes, die Rotation zu meistern.

(* Filler-Folge gemäß animefillerlist.com)

Das Tsukoyomi ist nun aktiviert und alle Ninjas festgesetzt. Yamato, der in Gurugurus Körper gefangen war, wird befreit.

(* Filler-Folge gemäß animefillerlist.com)

Die Anführer der Konoha-Einheit wurden von Akatsuki entführt. Die Genin befinden sich allein auf feindlichem Gebiet und werden angegriffen.

(* Filler-Folge gemäß animefillerlist.com)

Pain, der neue Anführer der Akatsuki, giert nach Rache und greift Konoha an. Kann Naruto ihn mit seinen Sen-Jutsu aufhalten?

(* Filler-Folge gemäß animefillerlist.com)

Naruto steht in Nagatos Bann. Vor Wut bittet er den Fuchs, ihm Kräfte zu verleihen. Doch Kushina versucht, ihn zur Vernunft zu bringen.

(* Filler-Folge gemäß animefillerlist.com)

Itachi ist der kriminellen Vereinigung Akatsuki beigetreten. Kann er – umgeben von blutrünstigen Mördern – seinen Werten treu bleiben?

Der Geist des Eremiten Rikudo kehrt zu seinen Wurzeln und dem Ursprung des Ninshuu zurück. Ein wichtiges, bisher unbekanntes Kapitel der Geschichte wird offenbart.

(* Filler-Folge gemäß animefillerlist.com)

Angesichts Kaguyas unermesslicher Macht ist Kakashi bereit, das ultimative Opfer zu bringen. Doch sein alter Weggefährte Obito kann ihn erneut überraschen.