Sasuke et son groupe Taka sont en difficulté face à Killer Bee. Après avoir manqué de mourir 2 fois, Sasuke est sauvé par ses camarades. Killer Bee prend la forme de Hachibi. Sasuke déclenche Amaterasu qui vient à bout du démon à 8 queues. Ils emportent alors le corps de Killer Bee inconscient.

Quatre bandits attaquent le mont Katsuragi abritant Hotaru, l'héritière d'une technique interdite créée par son grand-père Enno Gyoja, son serviteur, et Utakata, un vagabond ayant sauvé la jeune fille par le passé et utilisant des techniques à base de bulles de savon. Un ancien accord secret entre Konoha et le village de Hotaru pousse Tsunade à donner l'ordre à l'équipe 7, menée par Yamato, de partir en direction du mont Katsuragi afin d'aider les assiégés. Ils n'y trouvent que le serviteur dans un mauvais état d'avoir couvert la fuite des deux jeunes gens. L'équipe 7 rattrape les fuyards dans le but de les escorter jusqu'au village caché de Hotaru, mais Naruto attaque Utakata, pensant que ce dernier voulait du mal à Hotaru. Après la dissipation du malentendu, Utakata laisse la jeune fille aux mains des ninjas de Konoha et s'envole dans une bulle de savon.

Naruto se fait piéger par les bandits et Shiranami. Ce dernier part à la rencontre de Hotaru et l'attire dans un piège. Utakata libère Naruto et ils suivent la trace des bandits jusqu'au village de Tsuchigumo. Les villageois sont tous sous l'emprise d'une technique de sceau de Shiranami et les attaquent. Saï les retrouve, et le reste de l'équipe 7 intervient. Tandis qu'ils s'occupent des villageois et des bandits, Naruto et Utakata partent sauver Hotaru, prisonnière du rituel qu'a débuté Shiranami pour extraire la technique interdite : il est à la recherche de celle-ci depuis qu'il a tué son père dans l'espoir de la récupérer.

Naruto et Utakata survivent à l'explosion et mettent en fuite Shiranami. Naruto poursuit ce dernier et le neutralise avec l’« Orbe tourbillonnant ». Pendant ce temps, la technique interdite devient incontrôlable et Hotaru s'apprête à faire exploser tout le village et les alentours. Utakata perçoit l'importance qu'il a pour Hotaru et accepte de devenir son maître ; grâce à la puissance de Rokubi, il parvient à absorber l'explosion : la technique interdite est détruite. Le village reconnaissant accepte la jeune fille, et l'équipe 7 rentre à Konoha sa mission accomplie. Pour leur demander l'autorisation de former Hotaru, Utakata recherche les oinin de Kiri, mais ne retrouve qu'un masque ensanglanté. Pain survient et le capture sous un éboulement… Utakata envoie des bulles vers Hotaru en signe d'adieu.

Tendô discute avec Tsunade. Pendant ce temps, Ningendô arrache l'âme de Shizune et découvre que Naruto se trouve au Mont Myôboku. Tendô fait alors exploser Konoha avec la puissance maximale de sa technique de répulsion. Naruto revient au village en mode ermite accompagné des crapauds Fukasaku, Shima, Gamabunta, Gamahiro, Gamaken et Gamakichi.

Alors que Tendô allait emmener Naruto avec lui, Hinata décide d'intervenir pour sauver Naruto. Elle déclare son admiration et ses sentiments pour Naruto puis se lance dans le combat, mais Tendô la repousse avec la Répulsion Céleste et la poignarde sous les yeux de Naruto qui est alors submergé par le chakra de Kyûbi.

Jiraya décide de rester pour former ces trois orphelins… Après le départ de Jiraya, Yahiko et ses deux amis acquièrent une certaine réputation dans le monde ninja en montant une association pour promouvoir la paix entre les principaux pays constamment en guerre. Hanzô, craignant pour sa suprématie sur Ame et voulant se débarrasser de ce nouveau leader gênant, s’associe à Danzô qui lui voulait de l’aide pour devenir Hokage pour leur tendre une embuscade. Prenant Konan en otage, ils forcent Nagato à tuer Yahiko, qui se précipite de lui-même sur le kunaï tenu par Nagato afin de sauver Konan. Devenant fou de rage, Nagato invoque le démon hérétique et tue un grand nombre de ninjas. Après avoir perdu la plupart des amis de son groupe, Nagato considère la vision de Jiraya comme une utopie et décide d’imposer sa propre vision de la paix en prenant le contrôle du monde via Akatsuki.

Naruto et Iruka sont poursuivis par les ennemis qui sont finalement neutralisés par Kakashi. Iruka se rend compte que Naruto est tel qu’il était après être lui-même devenu orphelin ; il remercie alors le 3e Hokage d'être le professeur de Naruto et de pouvoir lui transmettre la « Volonté du Feu » ; fin des souvenirs d’Iruka. Tandis que Madara apprend la défaite de Pain et la trahison de Konan, Pendant ce temps, Sasuke décide de marcher sur Konoha avec son équipe Taka. Alors que Yamato constate la destruction de Konoha, Madara envoie Kisame à la recherche de Killer Bee…

Pendant que le village se reconstruit, Naruto et Sakura reçoivent la visite de Tazuna et d'Inari, devenu charpentier. Naruto se remémore alors son retour au Pays des Vagues ; ayant oublié chez Tazuna un ticket gratuit pour manger chez Ichiraku, il retourne le chercher sur un coup de tête, poursuivi par Sasuke qui a pour mission de le ramener. Inari ayant trouvé le ticket part de son côté à la recherche de Naruto mais se fait agresser par d’autres enfants dont Akane jaloux de son succès ; ils se font alors enlever par les anciens hommes de main de Gâto, menés par Zôri et Waraji qui veulent reprendre le contrôle du Pays des Vagues. Naruto et Sasuke partent à la recherche d’Inari qui parvient à s’évader poursuivi par les bandits. Inari fait diversion pour permettre à ses camarades de s’enfuir. Acculé à une falaise, il saute dans l’eau et se remémore quand son père adoptif lui a appris à nager. Naruto sort Inari de l’eau et engage le combat contre les bandits, rejoint par Sasuke, puis par les villageois qui les livrent aux autorités. Akane et ses amis sont devenus charpentiers comme Inari et sont tous venus aider à Konoha.

Tenten et Neji se trouvent devant le laboratoire de recherche d'outils de ninjas pour procurer des outils de ninjas nécessaires pour reconstruire le village. Ils se remémorent alors une mission avec Naruto au même endroit, pendant que Rock Lee était à l’hôpital… Venus chercher des kunai, shurikens et nouvelles armes, Tenten, nommée capitaine pour sa capacité à invoquer les armes, s’intéresse particulièrement à ces dernières ; malheureusement, les nouveautés présentées sont inutilisables. Le lendemain, ils retrouvent le créateur et son assistant dans un laboratoire souterrain secret, Tenten devant montrer son habileté au lancer d’armes pour désactiver les pièges gardant l’entrée ; ils y trouvent de nombreuses armes originales de grande qualité, mais le créateur souhaite tester Tenten avec sa dernière création. Ils sont attaqués par des collectionneurs d’arme ayant acheté des prototypes vendus par l’apprenti et qui mettent Neji et Naruto à terre. Tenten les vainc avec la dernière création, une gigantesque masse d’arme mue par des parchemins explosifs, mais ne peut cependant l’emporter car le créateur souhaite encore travailler dessus.

Lee donne un remède à Sakura afin de guérir Tsunade. Lee se remémore alors son hospitalisation après sa défaite contre Gaara. Pour préparer à son élève un remède, Gaï Maito avait besoin d’une fleur médicinale très rare, la fleur de Jokufu ; Naruto, Ino et Sakura partent alors au Mont Jokufu à sa recherche en profitant d’une mission… En chemin, une vieille femme dans une auberge les avertit que le lieu est hanté ; en arrivant dans la forêt, ils trouvent les fleurs, mais sont attaqués par du pollen copiant les techniques de Gaara lorsque Naruto en cueille. Après avoir vaincu le faux Gaara, ils rencontrent Furofuki, une médecin de Konoha étudiant la fleur et vivant dans la forêt, destinataire du message qu’ils devaient porter pour leur mission ; celle-ci leur explique que la fleur se défend en prenant la forme d’un ennemi auquel on pense. Leur mission est ensuite de ramener un grand nombre de fleurs de Jukufu à Konoha, qui servent à Gaï à préparer des boulettes de médicament.

Après le départ de Sasuke, Naruto part en voyage avec Jiraya afin de devenir plus fort que son ami. Sasuke possédant le sharingan, Jiraya lui propose alors un entraînement pour contrer le genjutsu. Pour ce faire, il invoque Gamariki qui place Naruto sous le contrôle d’un genjutsu ; en essayant de perturber le chakra dans son corps, Naruto expulse du chakra et projette Gamariki au loin. Naruto s’entraîne alors à contrôler son chakra sur l’eau et finit par parvenir à l’équilibre. Pour compléter son entraînement, Jiraya l’emmène alors dans une zone près d’un village où des champs d’énergie environnants simulent le genjutsu et font se perdre les voyageurs, mais ils retrouvent le village sous le joug d’une bande de bandits spécialistes en genjustu venus s’approprier la puissance énergétique du lieu pour améliorer leurs techniques en maintenant les femmes et les enfants en otage. Naruto prend l’apparence d’un jeune garçon du village et fait mine d’amener Jiraya prisonnier au chef de la bande…

Hanare, une espionne du village caché de la Clé est capturée par les ANBU de Konoha. Elle est interrogée par Ibiki Morino, puis par Inoichi Yamanaka qui découvre qu’elle ne sait rien sur son village, mais qu’elle a rencontré Kakashi dans sa jeunesse. Kakashi reçoit pour mission de percer son secret et ses souvenirs. Hanare lui fait confiance, car elle se souvient l’avoir rencontré dans sa jeunesse ; c’est lui qui lui a appris à regarder les nuages et lui a donné espoir alors qu’elle vivait en dehors du village loin de ses parents et des autres pour n’avoir aucune information à révéler. Le reste de l’équipe 7, pensant que Kakashi a une relation avec elle les espionnent et tombent par accident d’un arbre au-dessus d’eux, provoquant un regard du Sharingan de Kakashi dans les yeux de la jeune femme. Celui-ci détecte qu’elle possède une technique permettant de récupérer des informations par le regard et qu’elle a donc dû soutirer des informations sur Konoha à ses interrogateurs. Le 3e Hokage décide de procéder à un échange entre Hanare et un jōnin capturé par le village de la Clé ; ils conviennent cependant de capturer la jeune femme à nouveau juste après. Acculée à une falaise, celle-ci révèle à Kakashi qu’elle a effacé ses informations pris dans l’esprit de Inoichi après avoir découvert à Konoha le village dont elle rêvait ; Kakashi la laisse partir et raconte qu’elle s’est jetée de la falaise.

Naruto et Sakura voient Kiba, qui s'est porté volontaire en tant que messager du village. Voir le jeune ninja et son chien toujours ensembles rappelle à Sakura une mission de l'équipe 7 pour retrouver une statuette en or dérobée par des bandits à la sœur du seigneur féodal. Sachant que ceux-ci peuvent passer à deux endroits, Kakashi part surveiller un côté et les trois genin l’autre ; en embuscades, ils voient les voleurs passer et Naruto et Sasuke tombent dans une ravine avec le trésor tandis que Sakura est capturée par le chef des bandits qui a la faculté de faire sortir du chakra caoutchouteux de son poignet. Lorsqu’ils reprennent conscience, Naruto et Sasuke s’aperçoivent que leurs mains sont liées par du chakra solide et indestructible. Après s’être chamaillés, ils décident de faire équipe et parviennent en coopérant à vaincre leurs adversaires et à sauver Sakura.

Tandis que Sasuke décide d’aller avec Taka au « Conseil des cinq kage » pour tuer Danzô, escortés par la partie blanche de Zetsu. Naruto se laisse battre sans se défendre plutôt que de livrer des informations sur Sasuke aux ninjas de Kumo. Saï intervient pour calmer Karui, puis soigne les blessures de Naruto qui décide de partir rencontrer le Raikage avec Kakashi et Yamato pour demander la grâce de Sasuke. Pendant ce temps, Danzô se prépare à partir au conseil et intrigue pour récupérer, avant Anko, les données d’Orochimaru avec qui il a frayé par le passé, possédées maintenant par Kabuto. Naruto raconte à Kakashi et Yamato ce que son père lui a révélé.

Killer Bee désire s'initier à l'enka avec Sabu, un chanteur d'enka, laissant croire à son frère qu'il a été capturé, pour s'enfuir du village en toute tranquillité. Pendant ce temps, Sasuke parvient à leur échapper grâce au Susanô en faisant effondrer la salle, et suit Karin qui a repéré Danzô dans la salle du conseil. Ce dernier profite de la confusion pour s’échapper, poursuivi de Ao, tandis que Sasuke doit affronter la Mizukage. Affaibli par son combat précédent, il ne peut résister à ses techniques de corrosion qui érodent son Susanô, mais Zetsu vient à son secours en neutralisant son adversaire et en lui fournissant du chakra. Sasuke se heurte alors au Tsuchikage et est sauvé par Madara.

Naruto se réveille et repense à Sasuke, il parvient ensuite à déjouer la surveillance de Yamato et à fuir la chambre où il était confiné pour partir aussi en direction de la zone du combat, utilisant ses sens en mode ermite. Il repense à toutes ses discussions concernant Sasuke et saura maintenant quoi faire quand il se trouvera face à lui.

Sasuke déclare à Naruto qu’il n’a que deux choix : le tuer et devenir un héros ou se faire tuer et devenir un perdant, mais aucune de ces deux options ne convient à Naruto. Zetsu blanc et Madara interviennent et interrompent le combat. Naruto réalise enfin qu'il est le seul à devoir éliminer Sasuke, quitte à mourir avec lui, s'il veut sauver Konoha. Sasuke accepte de prendre Naruto pour cible principale. Sakura, surprise par la détermination de Naruto, se reproche d'être la même personne que trois ans auparavant, et ne peut faire qu'une seule chose : croire en ses compagnons. Sasuke part alors avec Madara et souhaite se faire greffer les yeux d'Itachi afin d'augmenter sa puissance pour « écraser » Naruto. Après le départ de Sasuke, Naruto s'évanouit soudainement à cause du kunaï empoisonné par Sakura récupéré par Sasuke puis Kakashi décide d'emmener Karin au village.

Naruto explique aux autres jeunes ninjas de Konoha sa décision de combattre Sasuke. Neji, Kiba et Shikamaru lui reprochent de couvrir ce dernier et de ne pas avoir profité de l'occasion de son état de faiblesse pour le tuer, mais Naruto déclare que son niveau actuel ne lui permettait pas de battre Sasuke : qu'il doit encore s'entraîner pour y arriver. Alors que Kakashi allait être nommé Hokage, Tsunade se réveille de son coma.

Naruto, Yamato, Gaï Maito et Aoba s'apprêtent à partir pour Kumo… Ils atteignent l’unique port du Pays du Feu, mais les marins refusent de prendre la mer car un monstre attaque les bateaux qui s’éloignent de la côte. Aoba et Gaï partent pour le vaincre et sont attaqués par un makaire géant qui semble être une invocation « sauvage », laissée là à l’abandon à la fin de la dernière guerre ninja quinze ans auparavant. Naruto et son groupe donnent un coup de main à un pêcheur nommé Yusuke qui a perdu son père tué par le poisson et veut le venger en l’attrapant. Avec l’aide de Yamato, les ninjas de Konoha offrent à Yusuke un bateau et une canne à pêche suffisamment solide, et Gaï s’occupe de la propulsion, ouvrant l’une après l’autre les cinq premières portes célestes. Après une longue lutte, Yusuke attrape finalement sa proie ; Naruto délivre celle-ci d’un grand shuriken à quatre lames planté dans son front, et le poisson peut retourner dans son monde. Le lendemain, les ninjas peuvent finalement partir vers le Pays de la Foudre…

Shikamaru est angoissé à l’idée de devoir commander des troupes durant la guerre, un mauvais jugement de sa part pouvant mettre ses amis en danger. Son père le fait envoyer en mission avec Tenten sur une île où Naruto et ses amis vont passer. Ils embarquent avec eux, mais soudain, des pièges se déclenchent : un brouillard se répand, la boussole se dérègle et des rochers apparaissent hors de l'eau. Gaï parvient à les briser, mais surgit un rocher plus gros, dont ils se détournent grâce à Yamato ; ils arrivent enfin sur un tourbillon, neutralisé par un « Orbe tourbillonnant géant » de Naruto. Lorsque les événements se répètent deux fois, et qu’ils arrivent une quatrième fois sur les rochers, tous ont épuisé leur chakra ; Shikamaru analyse la situation et comprend que ces événements ne sont pas naturels : quelqu’un cherche à les faire tourner en rond et couler. À l’arrivée sur le tourbillon, il fait cacher par Tenten le bateau dans un parchemin et ils restent à la surface de la mer. Les habitants de l’île arrêtent alors les pièges et viennent chercher leur butin, mais Tenten, faisant reparaître le bateau, les fait chavirer, et ils reprennent leur route. Lorsque Naruto dit à Shikamaru que son intelligence a été utile pour les sauver, ce dernier voit fondre ses angoisses.

Pendant que Naruto et ses compagnons s’ennuie sur le bateau qui le mène au Pays de la Foudre, à Konoha, tout le monde se prépare pour la grande guerre. Hinata s'entraîne avec Tenten, avant de partir à une assemblée du clan Hyûga. Hiashi annonce que Neji est choisi pour mener le clan au front ; il considère Hinata comme trop douce pour ce rôle. Plus tard, Hinata parle avec Kurenaï ; elles sont rejointes par Shikamaru dit que Tsunade cherche la jeune Hyûga. Hinata cherche alors Tsunade d’unité en unité ; quand elle la trouve, la Hokage lui dit que le choix de Hiashi ne remet pas en cause ses capacités. Tenten propose une soirée entre filles avec Sakura, Ino, Hinata et Shiho dans un restaurant de viandes grillées ; sur une table non loin, les garçons sont entre eux également ; tous parlent de leurs souvenirs. Après une réunion portant sur la guerre, Tsunade part voir le Daimyo qui l’agace en ne pensant qu’à sa propre sécurité ; elle décide d’aller boire un coup, et arrive bien éméchée au restaurant où elle rejoint les jeunes filles.

Saï profite d’un jour de congé pour se promener dans le chantier de reconstruction de Konoha et dessiner. En voyant une dispute entre deux enfants qui lui font penser à Naruto et Sakura, il se remémore son intégration à l’équipe 7 et ses relations tendues du début avec Naruto. Une nuit, lors de leur voyage pour chercher Sasuke chez Orochimaru, Naruto l’avait provoqué en combat avant de lui expliquer qu’ils devaient travailler comme coéquipiers pour avoir une chance de retrouver le jeune renégat. Il se souvient alors de ce lien fort entre Naruto et Sasuke qui a fait basculer sa propre vie, lui faisant établir des liens avec les autres. Arrivé à l’écart du village, il dessine sur les futurs panneaux d’une maison en passe d’être reconstruite l’équipe 7 avec Sakura, Sasuke, Naruto et lui se tenant la main.

Kiba rêve de son enfance, losqu’avec Shikamaru, Chôji et deux autres élèves de leur classe, ils pariaient des bonbons à la course et qu’il gagnait toujours. Pour une des courses, Naruto les rejoint et arrive bon dernier ; Kiba lui dit qu’il pourra le défier à nouveau quand il aura battu son record. Lorsque Kiba se réveille, sa mère lui rappelle qu'il doit se préparer à la guerre et lui fait comprendre qu'il ne progresse pas comparé à Naruto ; il décide donc de s'entraîner avec Akamaru. Kakashi le surprends lors de son entraînement, et Kiba le supplie de l’entraîner ; Kakashi laisse l'escouade des « crocs traqueurs » se charger de son entraînement. Kiba tente à plusieurs reprises de dérober un parchemin au chien sans succès, car il fonce tête baissé et tombe systématiquement dans les pièges de la meute de Kakashi. Kiba renonce et s’en va. Akamaru l’entraîne à l’arbre où étaient gravés ses records à la course et il remarque que Naruto y a marqué son nom ; il voit alors Hinata qui s’entraîne non loin ; elle lui explique qu’à force de persévérance et d’entraînement, Naruto a fini par réussir à battre son record. Kiba change alors d’état d’esprit et décide de retourner affronter Pakkun et sa meute, et de ne plus jamais abandonner. Il parvient finalement à lui dérober le parchemin, et établit un nouveau record de course pour montrer qu’il ne se laissera plus distancer par Naruto.

La narration du récit des événements s’étant produits le jour de la naissance de Naruto se poursuit. L’homme masqué enlève le nourrisson qui vient de naître et force Minato à s’éloigner avec lui, puis emmène Kushina au loin pour extraire et assujettir Kyûbi. Minato met Naruto à l’abris et revient pour sauver la jeune femme au moment où le démon va la tuer, l’emmenant près du bébé. Pendant ce temps, à Konoha, le 3e Hokage et quelques ninjas ressentent une perturbation ; soudainement, le démon renard surgit dans l’enceinte du village, invoqué par l’homme au masque, semant la panique. Alors qu’il commence à dévaster le village, les ANBU évacuent la population et les jeunes ninjas, pendant que les parents de ces derniers affrontent Kyûbi. Minato arrive et déplace une attaque de chakra du démon avec une technique d’espace-temps, mais il est attaqué par l’homme au masque, manquant de se faire aspirer par lui ; il doit s’éloigner du village pour l’affronter. Au cours du combat, il analyse que son adversaire se rend immatériel pour parer ses coups, mais doit se matérialiser pour porter une attaque ; il le piège donc en lui envoyant un kunaï à travers la tête, puis en faisant un saut d’espace-temps sur le kunaï au moment où l’homme s’apprête à le saisir, le terrassant d’un « Orbe tourbillonnant » et lui apposant un sceau. Il surgit ensuite devant lui et lui appose un autre sceau lui enlevant le contrôle de Kyûbi.

Naruto, Killer Bee, Yamato, Aoba et Motoï subissent l’onde de choc de la technique de Gaï. Ce dernier a terrassé Kisame et lui explique que sa technique est du taijutsu pur, avant de l’assommer. De retour sur l’île, Yamato coince Kisame dans un carcan et Aoba explore ses souvenirs pour tenter d’obtenir des informations sur Akatsuki. Il voit comment le ninja de Kiri a dû tuer des camarades par ordre de son supérieur Fuguki Suikazan, afin de ne pas laisser des renseignements tomber aux mains de l’ennemi, puis comment Kisame a assassiné Fuguki sur ordre du 4e Mizukage Yagura, récupérant ainsi son épée Samehada. Alors que Aoba s’apprête à voir le visage de Madara Uchiwa quand ce dernier se révèle à Kisame, manipulant Yagura, pour lui proposer de travailler pour lui, Kisame se mord la langue pour reprendre conscience, se libère du carcan, s’entoure d’une bulle d’eau et y invoque des requins qui le dévorent. Avant de mourir, Kisame repense aux paroles d’Itachi, son camarade au sein d’Akatsuki, à propos de ceux qui ont dû tuer leurs camarades, ne sachant plus quelle est leur identité. En voulant voir le contenu du parchemin que Kisame s’apprêtait à transmettre, Gaï déclenche un piège qui bloque tous les ninjas présents dans des bulles d’eau avec des requins, pendant qu’un autre requin s’enfuit avec les informations.

Rétrospective de l’enfance de Naruto et ses débuts en tant que genin avec Sasuke et Sakura sous la férule de Kakashi, jusqu’à leur départ pour le Pays des Vagues. Centré sur la rencontre de Naruto et Sasuke et le début de leur relation houleuse.

Suite de la rétrospective, combat contre Gaara et le Shukaku contre lesquels Sasuke échoue, tandis que Naruto réussit ; puis le face à face avec Itachi et Kisame durant le voyage de Naruto et Jiraya pour retrouver Tsunade. Cassé physiquement et psychologiquement par son grand frère, Sasuke se retrouve à l’hôpital et doit être soigné par Tsunade ; lors de sa convalescence, il provoque Naruto en duel, jaloux des progrès de son camarade, et remarque au moment où Kakashi interrompt le duel la puissance de la nouvelle technique de Naruto, l’« Orbe Tourbillonnant ». Abordé par le Quartet du Son, Sasuke se voit proposer de rejoindre Orochimaru pour gagner plus de puissance.

L’unité d’embuscade de l’Alliance Ninja, dirigée par Kankurô se dirige vers le territoire ennemi sur les oiseaux d’encre de Saï. Pendant ce temps, l’évacuation des territoires à risques s’organise, et les différentes unités partent vers leur destination. Poursuivis par L’unité d'embuscade d’Akatsuki, Tokuma, Ranka et Muta finissent par tomber aux mains de l’ennemi, non sans être parvenus à envoyer les informations au quartier général. Kankurô, Omoï, Saï et leurs compagnons arrivent en territoire hostile et installent leur camp ; soudain, Muta apparaît devant eux contrôlé par Sasori qui tente de faire exploser le groupe avec une bombe insérée dans sa jarre d’insectes. Manipulés également par Sasori, Tokuma et Ranka attaquent le groupe qui a pu se protéger de la déflagration. Dans les invocations de Kabuto qui leurs sont opposés, Saï reconnaît son grand frère, Shin. Furieux de voir qu’on utilise contre eux des connaissances, Omoï passe à l’offensive et libère Tokuma et Ranka en coupant les fils de Sasori. Kankurô saisit l’occasion pour se relier à ce dernier et le faire tomber ; il dévoile alors sa nouvelle marionnette, l’ancien corps de Sasori.

Au Pays du Fer, Jûgo et Suigetsu s’évadent ; ce dernier explique à son compagnon son rêve de recréer et de diriger la légendaire escouade des « Sept épéistes de Kiri ». Sur le champ de bataille, la 3e division de l'Alliance Ninja doit justement faire face aux derniers et plus puissants de leurs représentants invoqués par Kabuto, cinq d’entre eux ayant leur épée. Kakashi met en place une stratégie combinant les techniques des clans Nara et Yamanaka pour piéger Zabuza. Alors que Suigetsu explique à Jûgo les capacités de chacune des épées légendaires de Kiri, l’Alliance Ninja subit de lourdes pertes dans la brume créée par Zabuza. Kakashi est sur le point de toucher sa cible lorsqu’il voit Haku s’interposer ; le leitmotiv lui rappelle le Pays des Vagues. Bien que blessé, Kakashi parvient à maîtriser son adversaire ; Zabuza et Haku sont scellés et la brume se dissipe. Ailleurs, la division de Kitsuchi combat une partie de l’armée des Zetsu, tandis que celle de Gaara se prépare affronter les anciens Kage.

Loin du champ de bataille, Naruto en plein entraînement perçoit la perturbation provoquée par la transformation de Kinkaku. Ce dernier, revêtu du manteau de Kyûbi fait des ravages, poussant le Raikage à faire envoyer à la 1re division le « pot de purification ambré », par le biais de Mabui, afin de le sceller. Darui, rejoint par Kitsuchi et leurs compagnies tentent de gagner du temps en attendant Shikamaru, Ino et Chôji, chargés de combiner leurs compétences pour forcer Kinkaku à répondre à son nom pour le sceller dans le pot. Ces derniers arrivent sur le champ de bataille, et combinent les techniques du « Boulet humain », de la « Manipulation des ombres » et de la « Transposition » pour parvenir à leurs fins. Continuant le combat, ils se retrouvent face à Kakuzu qui leur dit que Kinkaku et Ginkaku on beau avoir été vaincus, leurs propres généraux d’or et d’argent ont déjà été capturés et retournés contre eux, invoqués par Kabuto : Dan et Asuma, leur ancien sensei. Celui-ci vient à leur rencontre…

Izumo, Kotetsu et Darui engagent le combat contre Kakuzu, dont les « masques » attaquent l’alliance ; Tenten a récupéré l’éventail de feuilles de palme et s’en sert pour détruire le masque raiton. Shikamaru, Ino et Chôji reçoivent pour mission de combattre Asuma, leur ancien maître ; ils engagent le combat, mais au dernier moment, Chôji ne peut se résoudre à le frapper et Ino est obligée de le sauver d’une attaque d’Asuma. Ce dernier et ses camarades essaient de le remotiver pour poursuivre le combat ; Chôji se souvient alors de quand à l’entraînement, Asuma lui avait dit que sa gentillesse deviendrait sa force pour protéger ses amis. Asuma lui dit que ce moment est venu ; il lui supplie de l’arrêter et le traite de « gros » pour le mettre en colère.

Naruto et Killer Bee continuent à se diriger vers le champ de bataille en s’éclairant grâce au chakra Kyûbi. Pendant le trajet, celui-ci prend Naruto à partie et tente de lui faire comprendre qu’il ne pourra pas tout résoudre tout seul et mettre un terme à la haine engendrée par la guerre, et lui rappelle qu’il n’a rien pu faire pour celle qui consume Sasuke. Naruto se souvient alors de son premier combat contre Sasuke, à l’académie ninja lors d’un entraînement, et où battu, il avait vu dans les yeux de son adversaire sa haine du monde, avant de refuser de faire le symbole traditionnel de la réconciliation marquant traditionnellement la fin du combat. Alors que Kyûbi fait remarquer à Naruto que la haine de Sasuke n’a fait que devenir de plus en plus vive malgré ses efforts, Naruto lui dit qu’il ne perdra jamais ses convictions, qu’il aidera Sasuke coûte que coûte, mettra fin à la guerre, et lui annonce qu’il s’occupera aussi un jour de la haine que le démon renard garde en lui. En lui-même, Naruto remercie Kyûbi d’avoir malgré tout veillé sur lui depuis son enfance comme l’auraient fait des parents, et espère qu’il continuera à veiller sur lui pour qu’il puisse continuer à suivre son nindō.

Kakashi reçoit du quartier général le parchemin et le pinceau géants, pour exécuter le sceau de l’ANBU Racine. Il les apporte à Saï, et confie à Rock Lee la tâche de le protéger pendant qu’il s’en servira. Kakashi explique à Lee qu'après l’attaque d’Orochimaru sur Konoha, Danzô avait demandé à Saï d’apprendre à contrôler un sceau capable d’emprisonner les invocations de la « Réincarnation des âmes ». Repensant aux paroles de Danzô et à la dangerosité du sceau, basé sur la puissance des émotions refoulées, et rendant vulnérable aux pensées négatives, Saï ne parvient pas à dormir. Au matin, les épéistes légendaires de Kiri, Pakura et Gari attaquent. Alors que Jinin Akebino attaque un groupe de ninjas avec son épée légendaire Kabutowari, Kakashi, Saï et Lee arrivent. Saï se prépare à utiliser son sceau, se demandant s’il va parvenir à le maîtriser sans se laisser entraîner par la peur qu’il éprouve en libérant ses émotions et se souvient de son entraînement avec Danzô durant lequel il avait échoué. De son côté, Kakashi combat Jinin Akebino et parvient à le couper en deux ; il demande à Ensui Nara de l’immobiliser le temps que le sceau ne soit prêt et s’en va avec le reste du groupe. Saï repense à Shin, utilisé par Akatsuki, et se laisse envahir par ses émotions négatives. Alors que Gari attaque Ensui, Lee doit intervenir pour le protéger et engage un combat de taijutsu avec Gari. En voyant qu’il n’y a pas de sentiments négatifs dans la colère de Lee, Saï commence à comprendre comment maîtriser son sceau, mais une explosion de Gari étourdit Ensui, et Jinin Akebino est libéré. En voyant Lee combattre, Saï comprend que la source de sa colère vient de ses sentiments pour ses amis. Se souvenant qu’il a également des amis maintenant, il commence à dessiner, exécute son sceau de l’« Œil tapi du tigre » au moment où Akebino Jinin finit de se reconstituer, et le scelle. Voyant qu’il est seul contre trois, Gari s’enfuit.

Maki se souvient de sa jeunesse, lorsqu’elle était apprentie de l’héroïne du village de Suna, Pakura, s’entraînant pour venger la mort de son père, de la main d’un ninja du village de Kiri. Elle se rappelle ensuite la mort de Pakura, soi disant lors d’une mission contre le village d’Iwa.

Sur le champ de bataille, Maki travaille avec des ninjas d’Iwa pour combattre Gari qu’ils parviennent à mettre hors d’état. Au moment où Maki s’apprête à le sceller, Pakura apparaît ; alors que Maki lui demande pourquoi elle combat, Parkura lui explique qu’elle veut évacuer sa frustration d’avoir été utilisée comme un pion par Suna, et se venger de Kiri où elle avait été envoyée pour y être tuée comme monnaie d’échange pour la paix entre les deux villages, pensant n’être qu’une émissaire. Sous le choc de cette révélation, Maki tente de défendre Ruka, une jeune coéquipière de Kiri, en demandant à Pakura d’oublier le passé et de ne pas impliquer la jeune génération dans sa vengeance. Prétendant qu’elle veut tout de même épancher sa haine et sa douleur et ne peut désobéir aux ordres de son invocateur, Pakura les attaque, forçant Maki à utiliser une technique de dissimulation pour se cacher avec ses compagnons. Pakura les met à découvert en brûlant une large zone de forêt ; Maki tente encore de la convaincre d’oublier le passé, et protéger l’avenir en restant un héros de Suna, sans résultat. Omoï et Saji surviennent et engagent le combat contre Pakura, couverts par Maki et Ruka ; au moment où ils parviennent à piéger Pakura, Gari qui a été régénéré rejoint le combat. Reprenant ses esprits, Pakura reconnaît comme son ancienne élève est devenue forte, et décide de la protéger en bloquant Gari qui voulait s’en prendre à elle ; elle dit à ce dernier qu’elle veut donner une chance à la nouvelle génération, et laisse les quatre ninjas de l’Alliance s’enfuir, avant que sa conscience ne soit submergée par Kabuto.