L'équipe de Yamato part à la recherche de Kakashi, Kiba, Hinata et Shino. Mais ces derniers ont été emprisonnés par un jutsu de Guren. Naruto invoque Gamakichi et Gamatatsu et tente de briser le dôme de cristal.

Sasuke déclare à Naruto qu’il n’a que deux choix : le tuer et devenir un héros ou se faire tuer et devenir un perdant, mais aucune de ces deux options ne convient à Naruto. Zetsu blanc et Madara interviennent et interrompent le combat. Naruto réalise enfin qu'il est le seul à devoir éliminer Sasuke, quitte à mourir avec lui, s'il veut sauver Konoha. Sasuke accepte de prendre Naruto pour cible principale. Sakura, surprise par la détermination de Naruto, se reproche d'être la même personne que trois ans auparavant, et ne peut faire qu'une seule chose : croire en ses compagnons. Sasuke part alors avec Madara et souhaite se faire greffer les yeux d'Itachi afin d'augmenter sa puissance pour « écraser » Naruto. Après le départ de Sasuke, Naruto s'évanouit soudainement à cause du kunaï empoisonné par Sakura récupéré par Sasuke puis Kakashi décide d'emmener Karin au village.

Naruto ne parvient qu’à fêler légèrement le masque de Tobi. Alors qu’il subit avec Bee les attaques des hôtes réincarnés, Naruto reconnaît celles d’Utakata, et entre en contact avec le jeune homme dans son subconscient. Ce dernier lui explique les événements qui se sont déroulés après le départ de Naruto du village de Hotaru, ayant abouti à sa capture par l’Akatsuki, et sa mort. Les attaques reprennent et Naruto confronte Tobi avec le fait que le véritable Madara a fait son apparition. Ce dernier déclare ne plus se préoccuper de ce nom et que son seul but est de mener à bien le plan de l’« Œil de la Lune », puisque le monde ninja n’a plus d’espoir de rédemption et qu’on n’y trouve que le malheur. Il essaie de convaincre Bee et Naruto en leur parlant de leur enfance, mais ce dernier rejette ses conclusions, estimant avoir connu le bonheur. Le combat pour démasquer Tobi reprend, et celui-ci fait entrer toutes ses invocations dans le mode « démon à queues » avec une queue, et déclare aux deux ninjas qu’il les capturera pour finaliser son plan.

Face à Obito qui semble devenu invulnérable, les forces de Konoha s’arment de courage et redoublent d’ingéniosité. Mais voici qu’elles réalisent avec effroi que le Réceptacle de Jûbi est désormais capable d’annuler les effets d’Edotensei...