Durant une chasse aux sangliers avec l’équipe 10, Shikamaru se remémore une mission menée avec les équipes 7 et 10 pour stopper des bandits volant les récoltes d’un village chaque année, et libérer la petite-fille du chef de ce village prise en otage par Baji, le chef des bandits, dont l’intelligence est le principal obstacle à la réussite de la mission. Les bandits ont leur repère dans une cavité naturelle le long de laquelle il y a trois forts. Les deux équipes partent avec Tofu, un bandit soi-disant repenti. Shikamaru explique sa stratégie : les deux jōnin, Kakashi et Asuma vont partir en reconnaissance pour analyser les pièges pendant que les genin et Tofu attendent. Ce dernier ne tarde pas à se faire prendre par des bandits et se fait ramener pour faire son rapport, non sans que Shikamaru méfiant ait déposé un micro sur le col de sa veste. Ayant entendu les mots de passe, les genin parviennent rapidement à passer les forteresses. Baji décide alors un faux échange d’otages entre Tofu et Shikamaru ; Ino utilise « La possession » sur Shikamaru pour découvrir le lieu où sont maintenus les otages et les genin parviennent à libérer la petite fille et à faire prisonnier les bandits, avant que les jōnin n’arrivent.

Shikamaru est angoissé à l’idée de devoir commander des troupes durant la guerre, un mauvais jugement de sa part pouvant mettre ses amis en danger. Son père le fait envoyer en mission avec Tenten sur une île où Naruto et ses amis vont passer. Ils embarquent avec eux, mais soudain, des pièges se déclenchent : un brouillard se répand, la boussole se dérègle et des rochers apparaissent hors de l'eau. Gaï parvient à les briser, mais surgit un rocher plus gros, dont ils se détournent grâce à Yamato ; ils arrivent enfin sur un tourbillon, neutralisé par un « Orbe tourbillonnant géant » de Naruto. Lorsque les événements se répètent deux fois, et qu’ils arrivent une quatrième fois sur les rochers, tous ont épuisé leur chakra ; Shikamaru analyse la situation et comprend que ces événements ne sont pas naturels : quelqu’un cherche à les faire tourner en rond et couler. À l’arrivée sur le tourbillon, il fait cacher par Tenten le bateau dans un parchemin et ils restent à la surface de la mer. Les habitants de l’île arrêtent alors les pièges et viennent chercher leur butin, mais Tenten, faisant reparaître le bateau, les fait chavirer, et ils reprennent leur route. Lorsque Naruto dit à Shikamaru que son intelligence a été utile pour les sauver, ce dernier voit fondre ses angoisses.

Tandis que les examinateurs de Suna partent à la rescousse des candidats pris dans la tempête, Gaara est attaqué par une entité inconnue qui semble cibler son Bijû...

À cause du démon à neuf queues scellées à l'intérieur de lui, Naruto est craint et détesté par tous les villageois. Il s'entraîne tout seul dans les bois mais un jour, un certain homme apparaît et entame une conversation avec Naruto. Ailleurs, dans le village de Konoha, une célébration est organisée pour marquer le troisième anniversaire de Hinata, où elle rencontre Neji pour la première fois.