Le vrai visage de Sasori, étonnamment juvénile, est découvert. Sasori invoque la marionnette du 3e Kazekage. Deidara tente d'amener Naruto au loin et de le séparer de Kakashi. L'équipe Gaï poursuit son combat difficile.

Sakura révèle qu'elle a pris une dose d'antidote. Durant ce temps, Deidara tente toujours de séparer sans succès ses deux poursuivants. Sasori révèle qu'il s'est lui-même transformé en marionnette.

Kakashi étant à l'hôpital après avoir utilisé le « Kaléidoscope hypnotique du Sharingan », Naruto et Sakura cherchent de nouveaux compagnons d'équipe. En discutant avec des amis, Naruto se fait attaquer par un mystérieux ninja.

Naruto sous le coup de la colère détruit le pont et laisse derrière lui Sakura, Saï et Yamato pour aller se battre avec Orochimaru. Fou de rage, il finit par faire apparaître une 4e queue et perd le contrôle.

Naruto est dépassé par la maîtrise des 5 éléments et se fait prendre au piège. Pendant ce temps Sora se bat avec un homme et dévoile ses pouvoirs.

Lorsque Fuen et Fudo se font tuer, les mort-vivants et le bouclier disparaissent.

Kakashi et l'équipe 8 découvrent la cachette d'Orochimaru pendant que Naruto commence son entraînement avec Jiraya qui consistera à combiner son affinité fūton avec l'affinité suiton des crapauds.

Alors qu’il est en grand danger de se laisser submerger par la haine de Kyûbi, Naruto voit apparaître sa mère, Kushina ; elle interrompt le processus, et immobilise le démon renard avec son chakra particulier, lui révélant qu’en scellant Kyûbi en lui, son père, Minato, a introduit un peu de ce dernier dans le sceau pour aider leur fils à prendre le contrôle de Kyûbi au moment venu. Naruto en profite pour lui demander de quelle manière elle est tombée amoureuse de son père. Kushina lui raconte son arrivée à Konoha, sa première rencontre avec Minato, et combien les autres enfants de l’académie lui faisaient des misères à cause de ses cheveux, et de son origine étrangère. Elle lui explique que Minato a été le premier à la complimenter sur ses cheveux, lorsqu’il l'a sauvée d'un enlèvement orchestré par Kumo, faisant de lui l’homme de ses rêves.

Naruto, Killer Bee, Yamato, Aoba et Motoï subissent l’onde de choc de la technique de Gaï. Ce dernier a terrassé Kisame et lui explique que sa technique est du taijutsu pur, avant de l’assommer. De retour sur l’île, Yamato coince Kisame dans un carcan et Aoba explore ses souvenirs pour tenter d’obtenir des informations sur Akatsuki. Il voit comment le ninja de Kiri a dû tuer des camarades par ordre de son supérieur Fuguki Suikazan, afin de ne pas laisser des renseignements tomber aux mains de l’ennemi, puis comment Kisame a assassiné Fuguki sur ordre du 4e Mizukage Yagura, récupérant ainsi son épée Samehada. Alors que Aoba s’apprête à voir le visage de Madara Uchiwa quand ce dernier se révèle à Kisame, manipulant Yagura, pour lui proposer de travailler pour lui, Kisame se mord la langue pour reprendre conscience, se libère du carcan, s’entoure d’une bulle d’eau et y invoque des requins qui le dévorent. Avant de mourir, Kisame repense aux paroles d’Itachi, son camarade au sein d’Akatsuki, à propos de ceux qui ont dû tuer leurs camarades, ne sachant plus quelle est leur identité. En voulant voir le contenu du parchemin que Kisame s’apprêtait à transmettre, Gaï déclenche un piège qui bloque tous les ninjas présents dans des bulles d’eau avec des requins, pendant qu’un autre requin s’enfuit avec les informations.

Naruto et Killer Bee continuent à se diriger vers le champ de bataille en s’éclairant grâce au chakra Kyûbi. Pendant le trajet, celui-ci prend Naruto à partie et tente de lui faire comprendre qu’il ne pourra pas tout résoudre tout seul et mettre un terme à la haine engendrée par la guerre, et lui rappelle qu’il n’a rien pu faire pour celle qui consume Sasuke. Naruto se souvient alors de son premier combat contre Sasuke, à l’académie ninja lors d’un entraînement, et où battu, il avait vu dans les yeux de son adversaire sa haine du monde, avant de refuser de faire le symbole traditionnel de la réconciliation marquant traditionnellement la fin du combat. Alors que Kyûbi fait remarquer à Naruto que la haine de Sasuke n’a fait que devenir de plus en plus vive malgré ses efforts, Naruto lui dit qu’il ne perdra jamais ses convictions, qu’il aidera Sasuke coûte que coûte, mettra fin à la guerre, et lui annonce qu’il s’occupera aussi un jour de la haine que le démon renard garde en lui. En lui-même, Naruto remercie Kyûbi d’avoir malgré tout veillé sur lui depuis son enfance comme l’auraient fait des parents, et espère qu’il continuera à veiller sur lui pour qu’il puisse continuer à suivre son nindō.

Kakashi reçoit du quartier général le parchemin et le pinceau géants, pour exécuter le sceau de l’ANBU Racine. Il les apporte à Saï, et confie à Rock Lee la tâche de le protéger pendant qu’il s’en servira. Kakashi explique à Lee qu'après l’attaque d’Orochimaru sur Konoha, Danzô avait demandé à Saï d’apprendre à contrôler un sceau capable d’emprisonner les invocations de la « Réincarnation des âmes ». Repensant aux paroles de Danzô et à la dangerosité du sceau, basé sur la puissance des émotions refoulées, et rendant vulnérable aux pensées négatives, Saï ne parvient pas à dormir. Au matin, les épéistes légendaires de Kiri, Pakura et Gari attaquent. Alors que Jinin Akebino attaque un groupe de ninjas avec son épée légendaire Kabutowari, Kakashi, Saï et Lee arrivent. Saï se prépare à utiliser son sceau, se demandant s’il va parvenir à le maîtriser sans se laisser entraîner par la peur qu’il éprouve en libérant ses émotions et se souvient de son entraînement avec Danzô durant lequel il avait échoué. De son côté, Kakashi combat Jinin Akebino et parvient à le couper en deux ; il demande à Ensui Nara de l’immobiliser le temps que le sceau ne soit prêt et s’en va avec le reste du groupe. Saï repense à Shin, utilisé par Akatsuki, et se laisse envahir par ses émotions négatives. Alors que Gari attaque Ensui, Lee doit intervenir pour le protéger et engage un combat de taijutsu avec Gari. En voyant qu’il n’y a pas de sentiments négatifs dans la colère de Lee, Saï commence à comprendre comment maîtriser son sceau, mais une explosion de Gari étourdit Ensui, et Jinin Akebino est libéré. En voyant Lee combattre, Saï comprend que la source de sa colère vient de ses sentiments pour ses amis. Se souvenant qu’il a également des amis maintenant, il commence à dessiner, exécute son sceau de l’« Œil tapi du tigre » au moment où Akebino Jinin finit de se reconstituer, et le scelle. Voyant qu’il est seul contre trois, Gari s’enfuit.

Kakashi et Gaï arrivent en renfort ! Le combat s'intensifie quand trois des six hôtes réanimés passent en mode Bijû et laissent leurs démons exprimer toute leur puissance, poussant Naruto et Killer Bee dans leurs deniers retranchements ...

Les Cinq Kage sont dépassés par les attaques dévastatrices du vrai Madara Uchiwa. Mais le Tsuchikage Onoki puise dans ses souvenirs pour se relever !