Par le passé, Nagato a perdu ses parents, tués par erreur par des ninjas de Konoha, alors qu'il n'était encore qu'un enfant, lors de la 3e guerre ninja. Orphelin, il rencontre un chien qu’il adopte, Chibi. Alors qu’il s’apprête à mourir de faim, il fait la rencontre de Konan et de Yahiko. Tous les trois survivent en volant de la nourriture. Un jour, ils se retrouvent au milieu du combat entre Hanzô et les trois sannin ; Chibi meurt dans une explosion, et Yahiko décide de devenir fort pour changer l’avenir de leur pays ; ils décident d'apprendre le ninjutsu, et abordent les Sannin…