Sur tous les fronts, les ninjas de l’Alliance sont en mauvaise posture face aux Zetsu blancs qui ont pris l’apparence de certains des leurs. Pendant ce temps, l’équipe de protection des daimyō continue d’affronter le Zetsu noir. Les clones de Naruto arrivent aux différents points stratégiques du chap de bataille, et commence à détruire tous les Zetsu blancs infiltrés, ce qui permet aux ninjas de reprendre l’avantage. L’équipe des ninjas sensoriels vérifie la position de Tobi, qui a commencé à se diriger vers le champ de bataille avec une équipe composée d’anciens hôtes réincarnés. Pendant ce temps, sur le lieu où la 4e division a combattu les anciens kage, Kabuto utilise Mû pour invoquer une nouvelle réincarnation. Oonoki réalise trop tard que ce dernier a utilisé une technique lui permettant de se séparer en deux corps avant d’être scellé. Lorsque leur nouvel adversaire apparaît, tout le monde est sous le choc : il s’agit de Madara Uchiwa. Les ninjas se demandent alors qui se cache sous le masque de Tobi.

Suigetsu et Jugo sont toujours à la recherche de Sasuke.Les pistes les mènent jusqu'à l'ancien repaire d'Orochimaru. Ils vont mettre la main sur des documents qui pourraient changer l'issue de la guerre ... Pendant ce temps, Sasuke décide de régler ses comptes avec Naruto ...

Alors que l'Edo Tensei est levé, Madara reste intact sur le champ de bataille... Sasuke a pour idée de demander de l'aide à un homme de savoir et décide de ressusciter Orochimaru.

Alors que la guerre touche à sa fin et qu'il est question de signer un accord de paix, le 3e Hokage annonce qu'il compte laisser sa place. Son successeur décide de confier une mission importante à Kakashi, toujours meurtri par la disparition de Lin.