El pasado de Kabuto es revelado pasado algún tiempo desde que llegó al orfanato este se convierte en un ninja medico donde gana dinero para ayudar con el orfanato y es allí donde conoce a Orochimaru, poco después Danzō se reúne con Nono donde le piden reunir información especial de la Aldea Oculta de la Roca, ésta se niega pero tras una acalorada charla acepta pero Danzō además quiere llevarse a uno de los niños donde Kabuto se ofrece para mejorar su ninjutsu médico y se marcha. Este se infiltra en las otras grandes naciones; es el país de la roca donde este tiene un combate con un shinobi que tras herir gravemente se da de cuanta que es Nono pero esta no lo reconoce y los esfuerzos por salvarla son inútiles a lo que Kabuto confundido se pregunta que fue todo lo que ella le dio. Orochimaru se le aparece y le ofrece contarle todo lo que el quiera saber acerca de Nono, ya en el laboratorio este le explica que ambos sabían demasiado y eran muy buenos espías y el objetivo de Danzō es que ambos terminaran acabándose, para ello le "lavan el cerebro" a Nono con impostores de Kabuto durante los últimos años, a lo que este en un ataque de furia lo ataca, pero Orochimaru le dice que para llenar algo que no lo satisface solo debe buscar algo que lo reemplace una cosa tras otra, y le pide unirse a él y formar la aldea del sonido.