ナルトの力を借りつつ、我愛羅に転生忍術を施すチヨバア。術の代償を知るサクラは涙をにじませるが、チヨバアはしっかりとした言葉で若き忍達に未来を託す。やがて目覚めた我愛羅が目にしたのはナルト達の他、我愛羅を慕い駆けつけた多くの砂忍たちの姿だった。我愛羅復活の賑わいの中、ひっそりとその命を終えるチヨバア。転生忍術の真実を知ったナルト達は偉大なくノ一チヨバアのために深く黙祷を捧げるのだった。

サスケ奪還失敗より数日後、奇妙な悪夢がナルトを襲う。目覚めた後も忘れがたい不思議な余韻に捕らわれ、しばし呆然とするナルト。次の日、医療関係の資料を探しに図書館を訪れたサクラは、人間関係についての本を真剣に読み漁るサイに遭遇。そこに一日も早くカカシ班に馴染もうとする努力を見て取り、微笑ましい気分になるサクラは、ナルトと計画していたカカシの見舞いにサイを誘う。早速病院を訪れた一行だが、そこでカカシはナルトにある提案をする。

三尾を封印したい木ノ葉側と、何としても阻止したい紅蓮側。それぞれの思惑を抱き、作戦を開始する両陣営。三尾捕獲の為の結界四方封陣を発動し、三尾の探索を開始するシズネ達封印班と、それを護衛するヤマト班とカカシ班。それぞれの元にリンジ班、紅蓮班が現われた時、ついに再戦の幕が上がる。ヤマト班として再びキギリ、ヌラリ、キホウと対峙するキバは以前戦ったときの事を思い出し、リーとテンテンに忠告をするが――。

次なる面子、香燐を連れに行く為、南アジトを訪れるサスケと水月。アジトの警備の手薄さに驚く水月だが、それでも囚人たちが逃げられないのは香燐の能力ゆえだという。鉄壁の守りと秩序を保つ香燐の能力とは･･･。同行を渋る香燐を「牢番」という役割から解放するため、水月に捕らわれた囚人達を解放させてしまうサスケ。取り残された密室でサスケを見つめる香燐の脳裏には、数年前の出会いの光景がよみがえっていた。