Deux groupes sont formés pour chercher Sasuke : Naruto avec Saï et Sakura avec Yamato. Épuisé de son combat précédent avec Orochimaru et de ses recherches en utilisant le multi-clonage, Naruto s'effondre. Lorsqu'il se réveille, Saï se souvient de ce qu'il voulait dessiner dans les pages blanches au centre de son livre d'images : son frère et lui se tenant la main ; il parle alors de ses liens avec ce dernier. Tout à coup, Orochimaru surgit et les attaque. Sakura et Yamato viennent en aide à Naruto, tandis que Saï continue seul les recherches ; il trouve alors Sasuke, grâce à sa technique de souris d'encre. Yamato trouve le bingo-book de Saï où Sasuke est répertorié : il se rend compte que sa mission secrète est de le supprimer.

L'équipe Kakashi part en mission au Temple du Feu afin de trouver qui sont les pilleurs de tombe. Naruto rencontre un garçon nommé Sora, au passé apparemment sombre, qui manipule très bien le fūton.

Konoha se voit en état d'alerte niveau 1 : 4 des 12 protecteurs du seigneur féodal du Pays du Feu sont ressuscités et menacent d'utiliser une technique de foudre très puissante pouvant détruire le village.

Pendant ce temps, les 20 nouvelles sections formées par le 5e Hokage sont envoyées pour attraper les dangereux membres de l'Akatsuki.

Shikamaru explique ses plans d'attaques à l'équipe.

Naruto poursuit son entraînement tandis qu'Orochimaru met Sasuke à l'épreuve. Kabuto est allé chercher Guren, une ancienne disciple d'Orochimaru éconduite, pour une mission spéciale. Celle-ci sélectionne quelques hommes pour l'accompagner.

Naruto raconte ce qu'il a vu. Le Hokage ordonne la capture de Sanbi. Une brume créée par Sanbi provoque des hallucinations.