Killer Bee accepte d’aider Naruto à maîtriser Kyûbi, mais avant cela, le jeune ninja doit vaincre son double maléfique. Utiliser la force étant inutile, il parvient à le faire disparaître en le remerciant de l’avoir rendu plus fort et en abandonnant sa rancœur contre les villageois. Bee l’accompagne alors, avec Yamato, derrière la cascade où se trouve un gigantesque temple dédié à la maîtrise des bijū. Après avoir récupéré la clé de son sceau, Naruto se renferme en lui-même tout en restant en contact avec Bee et Hachibi, pour libérer et combattre le démon renard.

L’action se passe entre l’attaque de Pain et le contrôle de Kyûbi par Naruto. Alors que le cimetière de Konoha a été profané, et la faux de Hidan volée dans la forêt des Nara, Tsunade envoie Yamato, Saï, Naruto et Sakura au village de Tonika placé au centre d’un lieu sacré appelé « The Hole », et dont tous les habitants ont été massacrés. Quand ils arrivent sur place, le groupe rencontre la milice d'un village allié voisin, Hachô, qui mène l'enquête sur le drame. Peu après, ils rencontrent Kabuto en train de faire des expériences ; utilisant l’eau autour du village comme catalyseur, il développe des serpents conçus avec les cellules d’Orochimaru pour créer des formes de vie ; il est ainsi parvenu à recréer Hidan qui attaque Yamato. Kabuto invoque avec la « Réincarnation des âmes » Deidara, Hayate et quelques autres ninjas qui engagent le combat avec respectivement Saï, Sakura et la milice de Hachô, tandis que Naruto est entraîné au fond de l’eau par les serpents de Kabuto.

Flashback d’avant la destruction du village ; deux enfants, Mina et Leo parlent de leur sensei Dokku avant d’aller dormir. Au cours de la nuit, ils sont réveillés par des explosions : Deidara et les autres invocations de Kabuto attaquent le village, tuant les habitants et mettant le feu aux maisons. Coincés dans leur maison par un incendie, ils sont sauvés par Dokku qui les entraine loin du village ; avant de repartir sauver d’autres enfants, Dokku laisse sa veste à Mina transie, et leur dit de rejoindre le village de Hachô ; dans la veste, ils trouvent deux étranges barres de métal. Au matin, les enfants parcourent le village carbonisé, sans trouver Dokku ; ils se mettent en route vers Hachô, traversant une étendue aride en suivant un pipeline. Vers la fin de la journée, Mina n’en peut plus et s’effondre. Alors que le soleil se couche, ils voient arriver derrière eux Dokku s’appuyant sur une béquille, avec trois autres enfants.