十尾の人柱力となったオビトから尾獣を引き抜く事に成功したナルトたち忍連合軍。残る敵はマダラ一人となり、決着をつけるためナルトはマダラに戦いを挑む。一方、尾獣を抜かれ動けなくなってしまったオビトは、マダラと戦うナルトの姿を見て希望の光を見出す。そして自分の今まで犯した罪を認め、その罪を償うためにオビトは動かない体で力を振り絞り、ある術の印を組む。しかしその時、突如黒ゼツが姿を現してオビトの体を押さえつける！

ついに二次試験が始まる！試験の内容は、広大な魔の砂漠での“天の書”と“地の書”の巻物争奪戦。この二つの巻物を持って魔の砂漠の中央にある拠点まで届けられれば合格。制限時間は７２時間。スタートの合図が鳴り、ネジ、リー、テンテンの三人は灼熱の砂漠を走り出す。この試験の前夜に敵の分析を終えているネジは、リーの蹴りを受け止めたシラの班とフウの班との戦闘は避けるべきだと提案する。しかしリーはそんなシラと戦ってみたいと闘志を燃やす!!

同じ体術使いとしてシラに戦いを挑むリー。体術を極めた者同士、剛拳と剛拳の闘いが始まる！お互い本気の体術と体術のぶつかり合い。技のスピード、手数の多さは互角――と思われたが、体格の差で押され始めるリーにダメージが蓄積されていく。その状況を破るためリーは、八門遁甲（はちもんとんこう）を解放する！が、しかし第一門すら開くことができない。それはシラの攻撃によるものなのか？そしてシラの攻撃は容赦なくリーの体に叩き込まれる!!

オアシスを目指すいのたちの前に砂の忍のアメノ、シシオ、コウジの三人が襲いかかる！アメノはサクラの腕を凌ぐほどの医療忍術の使い手。治療だけではなく、攻撃にも特化した術でサクラたちを苦しめる。そしてコウジはチョウジと似たパワータイプでその力はほぼ互角。更にシシオは姿を消す術で翻弄し、いのたちを追い詰める。強敵の出現に苦戦を強いられるいのたち。しかし、山中一族の修業から逃げていたはずのいのは何故か感知の術を発動し、逆に敵を翻弄し始める！