Edward y Alphonse deben detener a un extraño alquimista, denominado el Alquimista de hielo, quien está decidido a terminar con el reinado del Fuhrer Bradley.

La ciencia y la fe colisionan cuando los Elrics confrontan al Padre Cornello. Él clama realizar milagros, pero los hermanos sospechan que abusa de una piedra filosofal para manipular su rebaño.

Edward y Alphonse son atacados por Scar, un misterioso asesino buscado por una serie de sangrientos asesinatos. Sus poderes son increíbles - y su obsesión por acabar con los alquimistas podría estar justificada.

Antes de llegar a la casa de los Rockbell por reparaciones, los Elrics conocen al Dr. Marcoh, un Alquimista Estatal huyendo de sus antiguos pecados. La información que les da a Ed y Al podría poner a la Piedra Filosofal al alcance.

Los Elrics descubren el terrible ingrediente que se necesita para crear una piedra filosofal. Cuando la noche cae, merodean los terrenos de un laboratorio secreto en búsqueda de más información - pero los hermanos sólo encontrarán peligro.

Ed y Al luchan ferozmente contra los psicóticos guardias del laboratorio número 5. En el caos, la verdad sobre la piedra filosofal se derrumba entre los escombros - y nuevas preguntas salen a la luz.

Cuando la conspiración al rededor de la piedra filosofal vislumbra responsabilidad sobre el más alto mando militar, los más cercanos aliados de Mustang corren peligro.

En una violenta pelea contra Greed, King Bradley prueba ser un brutal oponente.

Tras enterarse del destino de Hughes, Ed y al son devastados por la tristeza y la culpa. Envy se esconde a plena vista entre los Alquimistas Estatales y otro homúnculo entrará en sus rangos también.

Liberada por un aliado inesperado, el escape de Ross es interrumpido por Mustang. Incluso aquellos más leales al Alquimista de Fuego se ven sacudidos por las controvertidas acciones tomadas contra el asesino de Maes Hughes.

Mustang Alphonse, Havoc y Hawkeye se separan para inspeccionar un laboratorio militar. Si Lust se sale con la suya, ninguno saldrá con vida.