元国家錬金術師でありながら、イシュヴァール殲滅戦後、反体制派に寝返った男「氷結の錬金術師」アイザック・マクドゥーガル。そのアイザックがセントラルに姿を現した。彼を捕縛するため大総統キング・ブラッドレイの命により「焰 の錬金術師」ロイ・マスタング、そして機械鎧の手足を持つ少年「鋼の錬金術師」エドワード・エルリックとその弟アルフォンス・エルリックらが動き出した。多くの人を殺めながらも、何かを企みセントラルで暗躍するアイザック。その狙いとは…？

金歯医者とロイの対決の場所へ、一瞬の隙を突きメイやザンパノたちが襲来。一挙にその場の形勢を逆転させるが、そこへなんとプライドと、死んだと思われていたブラッドレイが姿を現す。剣を取りロイに襲い掛かったブラッドレイは、そのまま彼の手のひらを突き刺し床に縫いとめる。そのロイを使ってプライドは金歯医者を犠牲に、強制的な人体錬成を行い始めた。