青いAT、スナッピングタートルに搭乗していたのがＰＳであることを看破したキリコは、その操縦者がフィアナだと信じ、操縦席から身を乗り出してアピールするも撃破されてしまう。AT隊の指揮官であるカン・ユーはそんなキリコに対してスパイの嫌疑を抱く。その翌日、キリコはAT運搬船の護衛に着くが……。

ゲリラの根拠地攻撃のため、カン・ユー率いる特別部隊はムナメラ河上流のゾンム村へ出撃する。そこでの戦闘中、ゲリラの中にスナッピングタートルを認めたキリコは、メルキアの軍用メッセージを送る。戦闘を中断し、スナッピングタートルのハッチ中から出現したのはフィアナではないもう一人のＰＳであった！

青いATを操るＰＳ、イプシロンは、猛攻撃を開始。カン・ユーはキリコを見捨て、基地へと帰投してしまう。キリコは、かつてのクメン王国第3王子カンジェルマンの宮殿へ潜入するが、そこでイプシロンとクメンに伝わる武術・バランシングでの決闘を行うことになってしまう。初めての体験にキリコは苦戦を強いられるが……。

満身創痍でEX-10に帰還したキリコ。カン・ユーはキリコを尋問にかけようとするが、ゴウトの機転によって追求を免れた。一方、クメン王国は冷戦状態にあったメルキア連邦との和平を成立させる。それを受けてビーラーゲリラの侵攻が始まった。基地防衛のためキリコたちは出撃するが、ゲリラの真の目的は別にあったのだ。

キリコの予想は的中した。ビーラーゲリラによって、ニイタンの街は大きな痛手を受けてしまう。カン・ユーに命令違反で告発されるものの、ゴン・ヌーにそれを退けられて、キリコはロッチナに引き合わされた。素体奪回のため手を組む２人。そしてカン・ユー率いる特殊部隊は神聖クメン王国の根拠地に出撃する。

ムナメラ河を遡行する特殊部隊の真の目的を知るキリコは、到着後の部隊の指揮を任されていた。神聖クメン王国側も大規模な攻撃を予測し、迎撃の準備を整えていた。上陸した特殊部隊を率いるカン・ユーがキリコの言葉を無視したことによって戦いの口火が切られてしまい、キリコたちの隠密作戦は水泡に帰してしまう。

ゴン・ヌーからの新たな指令により、特殊部隊はヘリによって移動することに。敵との小競り合いによって、位置を知られてしまったキリコたちの部隊は、輸送船に乗り換えて3日月湖を進軍する。秘密結社は、キリコの最期を見届けさせることで、フィアナの心からキリコを消し去ろうと企み、イプシロンを差し向ける

墜落したヘリから逃亡したフィアナを追い、イプシロンも行方不明となった。ビーラーゲリラからフィアナを守るイプシロン。そこへ到着したキリコは、ゲリラを撃退するものの、フィアナはカン・ユーに捕らえられてしまう。豪雨の中、フィアナ奪還のため、カン・ユーと戦うキリコだが、２人は濁流に落下してしまった。

フィアナとともに、キリコはカンジェルマンの宮殿をめざして進んでいた。途中、傭兵仲間も合流し、ポタリアとキデーラはそれぞれの理由からキリコと行動を共にする。キリコたちは、ビーラーゲリラが砦としている古城にたどりつき、この戦いでビーラーゲリラの戦力がカンジェルマンの城に集結していることが判明する。

シャッコによって救出されたカン・ユーから現状を報告されたゴン・ヌーは、宮殿を突破した混乱に乗じてのＰＳの奪取を企てる。一方、決戦を前にして士気があがらないビーラーゲリラたち。そして宮殿に潜入したキリコたちと守備隊間の戦闘が開始された。そんな中、ポタリアの幼なじみモニカが凶弾に倒れてしまう。

ゴン・ヌーたちの総攻撃が開始され、奥クメンは激戦に包まれる。本宮殿を捨てて離宮に逃亡したカンジェルマンを追うポタリア。また、新型ATのストライクドッグを駆るイプシロンにカン・ユー率いるAT部隊が挑むが、その圧倒的な戦闘力の前には歯が立たない。そしてキリコたちはボローを追って離宮へ向かう。

キリコとイプシロンの対決が始まった。ATでの戦闘に続き、生身での対決を挑もうとするイプシロン。ふたりの対決を阻止しようとするフィアナは、ＰＳの宿命に抗いイプシロンに銃口を向けて引き金を引く。そんな中、メルキア軍の無差別攻撃が奏でる炎の調べがクメンを焼き払い、戦乱に幕を下ろそうとしていた。