我的名字叫尼基塔。标题人物在开场白中对观众说，六年前，我被政府的一个秘密机构带出监狱，他们将我训练成刺客。三年前，我逃走了。从那以后，他们一直在追杀我。我是第一个逃出来的人，但我敢保证，我绝不会是最后一个。Alex，一个来自底特律的年轻姑娘，将面临与尼基塔相同的命运。Alex参与了一起抢劫，但是行动出现了意外当Alex醒来时，发现身边站着一个头发乱蓬蓬但是穿着一身西装的年轻男人。他自称Michael，是联邦政府的秘密雇员。Michael告诉Alex他们伪造了死亡，以前的生活已经结束了。

Percy和Michael接受了他们最新的任务——对一位因为战争犯罪而被通缉的斯拉夫领导人进行保护。Nikita从他们的机密中心 得知这一消息，试图要破坏他们的计划。但是一个唯利是图的神秘组织为了寻求核原料，比她捷足先登了。Alex比预期的成长更快，她接受了一个特殊的任务，这使她要经历一场枪林弹雨。

自由记者Jill Morelli从一名大学生那里得到情报，称一家排名世界五百强的航空公司利用民航客机从哥伦比亚偷运毒品到美国。飞机不幸坠毁，他们派人迅速将毒品转移，然而这一切让一个躲在暗处的大学生摄录了下来。这名大学生愿意将手里的录像交给Jill，但Jill必须为此支付5万美元。航空公司得知此事后，立刻请求组织出面封口。组织派人暗杀了与Jill接头的杂志社总编，诬陷Jill为杀人凶手，并将其绑架。Alex发现这一情况后及时通报Nikita，Nikita出手解救了Jill。为了揭发这一阴谋，Nikita鼓励Jill继续与那名大学生接头，并将她得到的录像上传到互联网上。然而组织也找到了那名大学生的住处，派人上门暗杀。Jill主动向闻讯赶来的警察投降，组织的人眼睁睁看着Jill被警察带走却又无可奈何。另一方面，Michael与Nikita再次交手，但他们都不想置对方于死地。与此同时，Percy和Amanda发现了Nikita藏在Birkhoff牙齿内的微型窃听器。少了这道屏障，Alex今后向外发送情报更加困难了。但Alex也逐渐赢得了Michael的信任--她假意帮助Michael追查到了Jill和Nikita的下落。Jill向警方揭发了航空公司的秘密，警方逮捕了这家公司的CEO。组织见无力继续控制局势，只有承认任务失败。Nikita再次找到Jill，称今后如有需要可能会找她帮忙。

尼基塔开始深入调查过去某次她假扮为一个颇有影响力的政府官员的保姆事件，准备为他的死亡伸张正义。在这期间，迈克尔参与了尼基塔的救援行动，并开始怀疑珀西的的动机。而在基地里，基本训练期间亚历克斯的惊恐症发作，这提示了阿曼达使其帮助她战胜了幽闭恐惧症。

组织特工Owen在一起银行劫案中逃脱并成为通缉犯，组织的秘密面临全面曝光的危险。Percy决定亲自搜寻Owen的下落，但Michael怀疑他另有企图。Nikita和Owen发生激战，后来Percy亦加入战团。Alex偷偷溜进Percy的办公室给Nikita发警告信息，却被Thom逮了个正着。Thom并没有告发Alex，而是对她表达了爱意。

Nikita发现是谁杀了她的未婚夫， Division的新人们坐一辆巴士的时候被袭击，Alex和Thom被绑架，可是他们不知道这是Division给他们的测验。Percy，Michael、和Amanda看著Alex被虐待。Alex逃了出去然后联系Nikita。在这期间，Nikita赢得了Owen的信任，然后他告诉Nikita关於她的未婚夫的惊人消息。

Alex的战友sara平时表现垫底，却接受一项重要任务，即将执行，Nikita告诉Alex组织很有可能是让sara执行自杀的任务。可是，Alex试图帮助sara，但是她不听，sara穿着布满炸药的衣服开始执行任务，Nikita及时赶到，并成功救出来sara，但是sara突然逃走。

Thom完成了训练的最后任务，杀死Anna Harcount，并将现场伪装成入室抢劫。尼基塔在深入调查下，发现了组织的另一个阴谋……尼基塔希望利用Anna的父母对组织的这次行动造成影响，没想到Anna的背景远比她所想象的复杂。同时一个叫Gogol的俄国佣兵公司介入了这一事件，对尼基塔下了药，威逼她帮助Gogol除掉某参议员，尼基塔既要破坏组织的任务又要摆脱Gogol对她的控制，联系Alex帮她找解药，Alex在训练中假装被扭断手腕，进入医务室，拿到解药后在Kiss Thom的时候将解药装进Thom的口袋，尼基塔在宴会上开始了行动。

　迈克尔在柏西的默许下，解决自己私人的事情，尼基塔突然出现并表示要帮助迈克尔。剧中插入了许多迈克尔进入组织之前的回忆，他为什么加入组织，他经历了什么等等。Alex为了得到迈克尔的情况侵入医务室的电脑被发现，Alex略施小计度过难关。最后，尼基塔为了救迈克尔的性命阻止了他刺杀Kasim的行动，但迈克尔并不理解，他们好不容易建立起来的感情毁于一旦。

　　Owen用U盘上传了刺杀智利前总统候选人的消息， 因此引发了智利的政治动乱。Nikita决定帮助Owen前往智利但两人就是否为合作伙伴的问题产生了争执。一名CPI工程师因发现DIVISION的线索并前往智利调查，但CPI把他当作替罪羊。因为owen用U盘泄漏的信息，柏西决定更新系统。古怪工程师与birkhoff在更新系统以后被柏西杀害。Alex躲在暗处看到了一切。但jordan堵住了她的出口，并在她房内翻出了指纹。Owen即将前往伦敦寻找另一个黑盒。

Percy命Alex外出作一次任务，作为她的毕业测试。令她去刺杀卡迪尔佐曼，Nikita想要帮助她完成这项任务。但是Birkhoff发现了组织系统漏洞--可以与外界聊天的工具，知道Nikita有内部人员做内应，于是Percy决定在执行这次任务时一石二鸟将Nikita也抓住。由于Alex不敢开枪杀人，Nikita前去营救她。两人一起逃到一个屋里，Nikita让Alex将自己抓起来，以便完成这次任务。Nikita被抓，Alex在准备救她布置炸弹时被Thom发现，两人扭打起来。

Alex毕业后被植入新追踪器，Nikita发现新追踪器是装在大脑皮层之下并可以随时引爆。为解除追踪器，Nikita设计抓捕了Birkhoff，并逼他说出笔记本电脑密码，以便改变追踪器信号显示。柏西带走了Birkhoff，帮助Nikita的CPI工程师因此而被降职。

埃及王妃雇佣组织刺杀埃及王子，Nikita前往解救。期间Alex与Nikita联系的录像被迈克尔看到，他对Alex产生了怀疑。

Ryan将会招募尼基塔来完成一项的任务。尼基塔将会有机会与曾经在组织里就已熟知的人打交道。而Alex与Nathan的关系将会更进一步。

Alex外出执行任务时遇到以前认识的女人Irina。Alex试图帮助Irina摆脱控制她的人，但她的老朋友为了还债出卖了她，将她交给俄罗斯黑帮头目Vlad。Nikita联络不到Alex，知道她遇到了麻烦。在寻找Alex的过程中，Nikita与同样在寻找Alex的Michael不期而遇。Nikita不能把Alex的真实身份暴露给Michael，但是又想利用Michael救出Alex，这给她出了一道难题。

Amanda以加速Alex康复为由给她注射大量药剂，并乘她意识模糊之机审问她--Amanda坚信Alex隐瞒了许多秘密。Nikita意识到Alex有危险，想用特殊的方式来帮助她。但Nikita的联络人出卖了她，令她不得不面对一个她不想见的敌人。与此同时，Michael对Alex的疑心越来越重，密令Birkhoff暗中调查她。

　Michael终于发现了Alex是潜入组织的卧底这个真相。并且以此要挟Nikita帮他找到杀害自己家人的凶手。对家人的责任感和爱，这也算是Michael的魅力所在了。之前和Alex死掐的Jardon也顺利毕业，看来Alex以后的路真的不好走。

Owen再次找到Nikita，称他已经掌握了其中一个黑盒子的下落。Nikita决定和Owen一起前往伦敦，但却发现Owen的行为有些异常。Owen称他要将黑盒子里的内容公诸于众，但Nikita坚决反对，矛盾随即爆发。与此同时，Percy发现了Nikita的行踪，命令Michael赶到伦敦杀掉Nikita。Amanda偷听到Jaden和Alex的争吵，得知Alex隐藏了一条秘密的逃跑通道。Amanda再次将Alex抓到审讯室，试图用测谎仪探测Alex隐藏的所有秘密。

Nikita认为Alex继续待在组织里会有危险，决定安排她离开。还未等两人将计划付诸实施，Alex接到命令与Jaden去海外执行一项任务，阻止某国总统的儿子贩卖新研发的神经毒气。和以往一样，Alex再次陷入生死危机，她必须做出一个重要决定--挽救任务还是挽救她自己，最终她放弃了逃离计划，救出了jaden。

　Nikita继续拦截存有组织机密信息的黑盒子，令Percy又恼又气。Percy命令Michael去宾夕法尼亚州某小镇核查其中一个黑盒子的安全性及负责保护黑盒子的守护者是否对组织忠诚。Nikita抢先来到该小镇，却惊讶地发现守护者只是一个叫Dana的普通女人--她放弃了自己的职责，只想和丈夫孩子在一起过普通的生活。Michael受形势所迫不得不将Dana的情况汇报给Percy，Percy立刻调派大批杀手赶来清理Dana留下的一切痕迹。

Michael在得知Percy决定命令组织去杀死任何能破解黑盒的人之后，他派出Nikita去拯救名单上的最后一个人，一个来自CIA的分析师Malcolm.Nikita绑架了分析师，并把他带到了Ryan那里，而与此同时，Percy突然对Alex发动攻击。

　一场针对美国的袭击即将来临，Ryan不得不以失去在CIA工作的风险，把Nikita从CIA的监禁中拯救出来，与此同时，Birkhoff同学打算弃暗投明离开组织，但是却在离开前指出Micheal是Nikita那一伙的，而Micheal则会在大结局中，被困在组织，这个无比危险的地方。

在一个极其神秘的反恐怖组织的严格训练下，尼基塔在两年后已是一个身手不凡的特工人员。组织派她去暗杀一名恐怖分子，尼基塔却因没杀过人而下不了手。后来在又一次执行任务中，尼基塔为了救她的教官麦克尔打死了一名在暗处偷袭的恐怖分子，从而揭开了她一次次执行危险任务的序幕。她和麦克尔这一对师徒常常一道出生入死，默契配合，战胜一个又一个困难，从而完成了一次又一次的艰巨任务。

　在一个极其神秘的反恐怖组织的严格训练下，尼基塔在两年后已是一个身手不凡的特工人员。组织派她去暗杀一名恐怖分子，尼基塔却因没杀过人而下不了手。后来在又一次执行任务中，尼基塔为了救她的教官麦克尔打死了一名在暗处偷袭的恐怖分子，从而揭开了她一次次执行危险任务的序幕。她和麦克尔这一对师徒常常一道出生入死，默契配合，战胜一个又一个困难，从而完成了一次又一次的艰巨任务。

在一个极其神秘的反恐怖组织的严格训练下，尼基塔在两年后已是一个身手不凡的特工人员。组织派她去暗杀一名恐怖分子，尼基塔却因没杀过人而下不了手。后来在又一次执行任务中，尼基塔为了救她的教官麦克尔打死了一名在暗处偷袭的恐怖分子，从而揭开了她一次次执行危险任务的序幕。她和麦克尔这一对师徒常常一道出生入死，默契配合，战胜一个又一个困难，从而完成了一次又一次的艰巨任务。

在一个极其神秘的反恐怖组织的严格训练下，尼基塔在两年后已是一个身手不凡的特工人员。组织派她去暗杀一名恐怖分子，尼基塔却因没杀过人而下不了手。后来在又一次执行任务中，尼基塔为了救她的教官麦克尔打死了一名在暗处偷袭的恐怖分子，从而揭开了她一次次执行危险任务的序幕。她和麦克尔这一对师徒常常一道出生入死，默契配合，战胜一个又一个困难，从而完成了一次又一次的艰巨任务。

在一个极其神秘的反恐怖组织的严格训练下，尼基塔在两年后已是一个身手不凡的特工人员。组织派她去暗杀一名恐怖分子，尼基塔却因没杀过人而下不了手。后来在又一次执行任务中，尼基塔为了救她的教官麦克尔打死了一名在暗处偷袭的恐怖分子，从而揭开了她一次次执行危险任务的序幕。她和麦克尔这一对师徒常常一道出生入死，默契配合，战胜一个又一个困难，从而完成了一次又一次的艰巨任务。

在查阅黑盒子里的信息时，Birkhoff偶然发现了Nikita的出生证明。Nikita决定和Michael一起寻找自己的生父Richard，但父女团聚时的情形却和Nikita预想的不一样。与此同时，Percy告诉Alex--Nikita手中的黑盒子里储存着能够帮助Alex报杀父之仇的重要信息。

监狱中的Ryan偶然发现了监督部的资金来源方式。Ryan偷偷找来Nikita，将这一重要线索提供给她。Amanda截获了两人的加密信息，及时通知监督部做好防范。监督部派专人前来审讯Ryan，Nikita和Michael决定在监督部对Ryan动手之前将他从监狱里劫走。与此同时，Alex遭到Gogol特工的追踪，被迫面对过去的某个人。

Michael听说Cassandra有难，立刻赶过去帮助她。他发现Tupelov将军指控Cassandra偷了两百万美元，并威胁要杀死Cassandra。Nikita发现Cassandra的话漏洞百出，怀疑她可能隐藏了一些事情。与此同时，Percy向Alex提出一个诱人的条件：他可以帮她永远铲除Semak。

Nikita偷窃了监督部的资金，迫使监督部召开紧急会议。Nikita和Birkhoff决心用一切手段来监视此次会议，以便查清监督部其他高级成员的真实身份。但事情的进展并不顺利，Birkhoff落入Sean手中。Amanda要求Birkhoff说出Nikita的下落，但Birkhoff不肯开口，于是Amanda开始用酷刑折磨Birkhoff。与此同时，Alex继续推进重建父亲的帝国的计划。Alex明白Gogol在悬赏捉拿她，但她也明白了另一件事：要想神不知鬼不觉地返回俄罗斯，就必须采用她离开时所用过的方法--非法性奴偷运。

Michael不在身边，Nikita只好求助于Owen来帮她追踪另一名守护者并盗取其手中的黑盒子。她很快发现Owen在为危险的Gogol组织卖命，很有可能破坏她的行动计划。与此同时，Amanda意识到Alex已经掌握了Semak的秘密情报，而那些情报只可能来源于Percy。怒火中烧的Amanda决定给Percy一个教训--剥夺他所有的特权和娱乐设施。逗留在俄罗斯的Alex终于开始对Semak采取行动。

Alex想要彻底终结Gogol组织，但当她潜回儿时的家并见到来自她过去的鬼魂时，她的任务到了危急关头。Nikita为了盗取Semak手中的黑盒子也来到这栋公寓楼，与Alex不期而遇。两人商量后决定共同行动，但一个巨大的障碍阻住了她们的去路。与此同时，Michael和Owen正在调查Percy与守护者的秘密计划。

Sean对Nikita发动攻击，而Michael竭力保护自己的母亲。与此同时，Percy掐住Amanda的要害，威胁要毁掉组织--除非她放了他。

Percy命令他的守护者们将监督部成员当作人质，要求Amanda按照他的要求去做。如果Amanda不答应，他就会杀死所有监督部成员，并在组织的基地释放致命毒气，杀死里面的每一个人--包括Amanda自己。Nikita当然希望自己的敌人垮掉，但又不愿意看到组织里的无辜者白白送命，她究竟该怎么做呢？与此同时，Sean决定孤注一掷，求Nikita、Michael和Alex帮他救出他的母亲。

　Percy继续实施夺回组织的计划，并威胁称要杀死Nikita的导师Carla。当年Nikita还是个颓废的瘾君子时，正是这个女人从街上救下Nikita并把她带入组织。Nikita决心抢在Percy之前找到Carla，于是派Madeline给她送去消息。Percy截获了Nikita的消息，与Nikita展开一场你死我活的竞争。与此同时，Amanda告诉Alex--亮明Alexandra Udinov身份并夺回Zetrov工业集团的时机已经到来。

Nikita和Michael试图唤醒Carla的记忆--那些记忆中隐藏着铲除组织的关键信息。Carla想起了Nikita遭逮捕的那个晚上，而Nikita对于她所说的情况颇感惊讶。与此同时，Semak正在一场Zetrov新闻发布会上发表演说，Alex突然出现并宣布她就是Alexandra Udinov。Alex提出用母亲来交换Zetrov帝国。

组织特工一个接一个地被暗杀，令组织上下人心惶惶。Amanda意识到Percy在背后策划了一切，目的是为了破坏Amanda在组织中的威信，从而令Amanda彻底失去人心。Amanda无计可施，只好很不情愿地求助于Nikita。Amanda提出了一个Nikita无法拒绝的条件：只要Nikita能够阻止Percy继续大开杀戒，她就将Ryan交还给Nikita。

Michael终于发现了前女友Cassandra向他隐瞒多年的秘密，立刻和Nikita千里迢迢跑到莫斯科去质问她。与此同时，Alex为寻找母亲而采取怪异的方法：通过电视访谈节目传递密码信息。

Amanda和Ari准备召开Zetrov公司的董事会议，正式接管这家公司。Nikita再次与Amanda激烈对峙，并回忆起自己第一次来到组织时Amanda的言行举止。与此同时，Alex在董事会议上突然出现，还带来一个非常强势的老朋友，令Ari猝不及防。

Nikita过去为组织卖命时曾奉命接近一个叫Nicholas Brant的男人并渗透进他的核心圈子。她最终抓住了他，将他送进大牢。Percy设法释放了Brant，Brant出狱后的第一件事就是找Nikita报仇。Nikita很快落入他的魔掌并受到他的残酷折磨，Nikita自认为早已掩埋的个性的另一面逐渐显现出来。与此同时，Percy继续与Michael、Alex和Sean玩心理游戏，将他们当中的一个推到死亡的边缘。

Nikita劝说Birkhoff动用他自己账户上的2000万美元设下圈套，引诱Percy上钩--让Percy和组织都破产。Birkhoff很不情愿地照做了，他毕生的积蓄被Percy轻而易举地偷走。Birkhoff迁怒于Nikita，要求她尽快弥补自己的损失。Nikita意识到他们只有一个机会来挫败Percy的阴谋，但就在这个时候，急于捞回损失的Birkhoff侵入一个旧网络，被守候多时的联邦调查局探员一举擒获。组织很快发现了这件事，Percy派出一支战术小队来劫持Birkhoff。Nikita决定抓住机会实施自己的另一个计划并抢在组织到来之前救出Birkhoff。与此同时，Michael、Alex和Sean开始调查Birkhoff那笔钱的去向，Alex在Birkhoff不在的时候临时客串他的技术专家角色。

Percy的核武器计划可能已经失控，Ryan提议他们直接去找中情局局长Morgan Kendrick求助。Nikita坚决反对Ryan的计划，令她吃惊的是，这一次Michael竟然站在Ryan那一边。事实证明Nikita的怀疑是正确的--Kendrick的确和Percy有联系。情况越来越紧张，他们现在要怎么办？与此同时，Sean被Percy的手下人击中，令Alex又惊又怕又担心。

Percy直接威胁美国总统--如果不满足他的要求，他就会在美国的国土上引爆核弹。Birkhoff找到两名科学家，希望他们有办法破坏Percy用来控制核弹的两颗卫星。Nikita、Michael、Sean和Alex兵分两路，各自寻找一个卫星控制站。糟糕的是，Alex和Sean在行动中失手被擒，Percy炸掉了他们被俘虏的地点，以显示他的力量。与此同时，Nikita意识到要想阻止Percy就只能直捣黄龙--重回组织的总部。

　Nikita和Michael潜入组织总部，希望能抓住Percy并彻底解决他制造的麻烦。Alex和Sean与美国海军陆战队爆发激烈枪战，最终因寡不敌众而被俘。Ryan劝说美国总统暂缓毁灭组织总部--直到Nikita和Michael安全撤离大楼。但美国总统希望尽早铲除Percy，而不是考虑Nikita和Michael的生死。与此同时，Birkhoff要求Sonya提供帮助，Nikita把Percy堵在办公室里，但Percy却亮出了自己的最后一张王牌。或许最后的输家不是Percy，而是Nikita。

　Madeline评估任务后告诉头，Birkoff能生存下来的机会几乎为零。Birkoff叫Nikita看着他因为他怀疑头打算处理了他，然后他顺利地在网上留下了踪迹，引起了Crusoe的注意，很快就被绑架到了Crusoe这里。原来，Crusoe的网络有问题，急需这方面的专家，Birkoff很快下载了所需的资料并回传处里，告知处里Crusoe和红桥组织有联系并询问头他何时可以回去，头命令他原地待命。Nikita通过各种手段知道Birkoff处境危险，她告诉Michael头打算把Birkoff留在那个组织N年。Birkoff在组织中逐渐得到信任，并且获得了单独的房间。Crusoe询问Birkoff，他在处里干了几年，Birkoff撒谎说是4年，又问他为什么要跳槽，又为什么要跳到他这里，Birkoff让Crusoe相信是为了私人原因。Birkoff和Nikita在一栋废弃的地点见面，告诉了她自己和Crusoe的会谈，Nikita差点赶不上处里的会议。头让Michael保护Birkoff的安全，Nikita指责头假惺惺，认为他要置Birkoff于死地。Birkoff知道Nikita有后路，因此他侵入一处的系统，获得了头和Madeline约会的证据，顺利地返回一处。Birkoff和Hilling仍旧关系紧张。

Nikita、Michael和他们的团队从叛逃组织特工Wade手中解救出少女Liza，但Liza已经被Wade洗脑，并被他训练成可怕的杀手，随时为满足他的个人目的而卖命。Nikita竭尽全力让Liza摆脱Wade的控制，但在一场混乱之中，Liza从组织总部逃走了。Wade已经指示Liza前往联合国大楼，在一个特别活动上释放致命的化学武器。现在Nikita和她的团队必须尽快找到她，否则一切就完了。与此同时，Liza遭绑架的事实触动了Alex的痛苦回忆。

　Ryan告诉Nikita一名卧底特工被逮捕了，他们必须救他出狱。Nikita对此提出质疑：为什么现在的组织还要去执行Percy时代的任务？与此同时，Nikita、Michael和Sean试图阻止一起恐怖袭击，但是Alex在行动中中弹负伤。Birkhoff和Sonia持续发生争吵。

　　Amanda派遣前组织特工Anne前往一家俄罗斯监狱解救被囚禁的Owen，但Owen设法逃离了Amanda的魔掌，并将自己已获自由的消息传递给Nikita。Nikita迅速找到Owen，Owen怎么也不敢相信Nikita已经重回组织。无论如何，他还是跟随Nikita返回了组织总部。Michael和Ryan都不信任Owen，但Nikita坚决维护Owen的立场。另一方面，Alex与Owen重逢后，两人的心情都很复杂。

　　组织发现潜伏了六年的叛逃特工Markov竟然被选为乌兹别克斯坦总统，而且正计划杀害美国总统。众人要求Ryan立刻通知总统加强安全保卫，Ryan这才说出实情：这位女总统对组织早已深恶痛绝，要不是Ryan竭力阻止，只怕她早就下令铲除组织了。Nikita和Michael对Ryan长期隐瞒这个重要秘密颇为愤怒，现在他们只能想办法暗中保护总统的安全，同时又不惊动她。另一方面，Alex和Owen遭遇一次爆炸事故但侥幸逃生。他们怀疑这是组织的内鬼所为，决定联手展开调查。

　　Nikita和Michael抓住了一个名叫Cyrus的军火贩子，发现他正为Ari购买一种能够干扰武器信号的装置。Nikita劝说Ryan同意他们拿Cyrus做诱饵，将Amanda及其党羽一网打尽。Cyrus设法摆脱了Nikita等人的控制，溜回Amanda身边。Amanda出卖了Cyrus，他唯有倚仗Nikita才能活下去。与此同时，Birkhoff积极寻找Amanda安插的间谍。

　　Birkhoff告诉Nikita，Sonya就是Amanda安插在组织内部的间谍。Amanda不仅激活了Sonya的自毁芯片，还在组织内部安插了另一名间谍，随时监视Sonya的一举一动。Nikita、Michael和Ryan决定将计就计，利用Sonya来引诱Amanda现身。与此同时，Birkhoff设下一个陷阱，希望第二个间谍自投罗网。另一方面，Michael质问Alex为什么又开始嗑药，Alex恳求Michael不要把真相告诉Nikita。第三季后半段要比前半段更黑暗，其中最重要的一条就是：Michael会遭遇可怕的情形。

　　Nikita和Owen与叛逃的Cleaner Liam展开对攻；Michael接受了组织里的新职位；Michael看到Nikita和Owen在一起亲密工作的样子，不禁心生醋意，他和Nikita的关系变得非常紧张。

　　叛逃特工Ray绑架了自己的女友Kate，于是Ryan派遣Nikita带领一支行动组前去施救。Michael自己没有来，而是把Owen派来了，这让Nikita颇为疑惑。与此同时，Sean做出一个与Alex有关的决定。

　　Michael开始经历角色转变：他停止执行外勤任务，回归以前的任务管理员身份，坐在组织总部里发号施令。根据Birkhoff提供的关键信息，Nikita准备实施一项秘密任务并因此进入危险的领域。当Michael、Alex和Ryan发现真相后，立刻跟随她来到科索沃。他们谁也没有料到，这件事将给组织带来影响深远的后果。

　　中情局特工Naomi偶然发现了一份记录Madeline Pierce与组织的关系的绝密文件，立即将它呈交给中情局局长Morgan Kendrick。Kendrick不久后遭到暗杀，Amanda陷害Sean是杀人凶手，中情局立刻派人将他羁押。Nikita向心急如焚的Alex保证，他们一定能把Sean就出来。但是Nikita的计划风险极大——Sean要么获救，要么命丧当场。

　　Birkhoff得到Shadowbot提供的情报，称Ari出现在纽约城。Nikita和Owen立刻赶往纽约，试图在FBI带走Ari之前将他接回组织总部。然而Ari告诉Nikita，他精心策划了这一切就是为了与Nikita见一面。Ari称Amanda已经彻底失控——她正与一个恐怖分子合作，准备对美国本土发动袭击。Ari愿意提供情报帮助Nikita抓住这个恐怖分子，但是索要5000万美元的情报费。Ryan竟然考虑支付这笔钱，Nikita和Michael都很震惊。与此同时，Alex和Owen变得很亲密，Sean不禁醋意大发。

　　Nikita和Michael得知一种新型假手可以帮助Michael摆脱残疾的尴尬，恢复往日的活力——但他们必须付出高昂的代价。Nikita一开始以为这只是一次卧底任务，但她的身份很快曝光了……偷变成了抢！与此同时，组织内部有人组织哗变，结果造成一起流血事件，Alex和Sean奉命调查事件的真相并抓住这个叛徒。

　　Amanda将Alex当作人质，迫使Nikita答应她的条件：用Ari来交换Alex。Michael指派Nikita和Sean执行人质交换任务，但Ryan在最后一刻将Owen也派来了，引发了Michael的不满和怀疑。被俘期间，Alex向另一名囚犯Larissa表示了友好，发誓要带她一起逃出去。Alex的决定最终影响到Nikita的营救计划，她不得不再做一个选择：顺从Nikita的安排，还是遵守自己对Larissa的承诺。

　　Nikita认为组织应该承接一个官方任务，除掉对美国有威胁的乍得总统他人在巴黎，安全保卫不严，正是他们动手的好机会。Alex拒绝参与这种有悖常理的行动。Alex对Nikita十分失望——因为Nikita和Percy一样向大家隐瞒真相——于是拉Birkhoff和她一起调查Danforth的秘密。如果和政府的合作出现问题，他们可以用相关情报来作为谈判筹码。Alex和Birkhoff很快有了一个足够炸掉整个组织的惊人发现……这个炸掉不仅仅是象征意义。

　　Nikita和Michael得知一种新型假手可以帮助Michael摆脱残疾的尴尬，恢复往日的活力——但他们必须付出高昂的代价。Nikita一开始以为这只是一次卧底任务，但她的身份很快曝光了……偷变成了抢！与此同时，组织内部有人组织哗变，结果造成一起流血事件，Alex和Sean奉命调查事件的真相并抓住这个叛徒。

　　Alex将自己渴望离开组织的想法偷偷告诉了Birkhoff。Amanda向Owen提供他自己永远找不到的东西——他过去的真实记忆。尽管Nikita尝试帮助Owen，但Owen还是被迫面对自己过去发生过的事情并做出令人意想不到的事情。

　　Nikita被Amanda抓住并注射了致幻药物，Amanda将她最可怕的精神刺激法用在Nikita身上，Nikita在恍惚间回忆起自己过去的经历。在这个过程中，Nikita发现了Amanda隐藏最深、最不愿意让人知道秘密。Alex带头发动叛乱的事情已经曝光，但是被接下来的暴力事件超出了Alex的控制范围，迫使她竭尽全力拯救每个人的性命。Michael被组织内的阴谋者关了起来，Birkhoff和Sean必须依靠自己的力量来营救他们心爱的女人。与此同时，Owen接受了自己的新记忆，在组织全面封锁的过程中做出可怕的行为。

　　对Amanda洗脑的惧怕、对无力拯救每一个人的负罪感和对上集发生的悲剧事件的责任感让Alex彻底崩溃，她又走上了老路，并且以极其暴力的方式来发泄。组织里许多人要么死了，要么受伤了，要么失散了，要么心灵遭受了严重创伤，Nikita和Michael必须评估损失并竭尽全力从废墟上重建家园。但是他们的行动必须迅速——如果总统知道了这里发生的事情，或许组织就彻底完了。当Nikita和Michael坐下来唏嘘往事，回忆组织最辉煌的过去时，Birkhoff也在为自己的损失而伤感。

　　听命于Amanda的一个叛变特工从组织的废墟中找到了黑盒子，将其交给了主人。不久之后，黑盒子里的部分信息遭到泄露，显然Amanda在向潜在的国际买家投石问路，希望能借此提高黑盒子的卖价。在没有支援团队，没有任何线索，时间又非常紧迫的情况下，剩余的组织成员必须拼尽全力来阻止Amanda的邪恶计划。幸运的是，改过自新的叛徒、军火贩子Cyrus在关键时刻出现，承诺给予他们一切帮助。有了Cyrus的帮助，Nikita、Michael和Alex策划了一个大胆的行动——他们要利用戒备森严的二十国集团竞技峰会夺回黑盒子，同时修正已经被Amanda改写的人生命运。

　　终于……在订婚之前，Nikita曾说总是会有另一项任务。从最近的一系列事件中侥幸逃生后，Michael不禁开始怀疑Nikita对婚姻的忠诚——脱离了组织，脱离了无休无止的欺骗、背叛和谋杀，他们会有美好的未来吗？Nikita愿意和他一起过平静的生活吗？显然Michael不是唯一持怀疑态度的人。不过来自Amanda的威胁仍然没有解除——尤其是她现在有了神秘的新盟友，他们向她提供了一件可怕的新武器。与此同时，Alex奉命保护一名诺贝尔奖获得者，他提出一个让Alex心动的提议。

　　在季终集里，Amanda将Nikita逼入绝境，迫使她在救Michael和救自己之间做出选择。众人争分夺秒阻止Amanda的邪恶计划，但在缺少组织资源的情况下，他们无论人手、装备还是技术都占下风。

　　Nikita被Amanda诬陷为刺杀美国总统的凶手，不得不踏上亡命天涯的道路。来自新闻频道ENN的记者Dale对当晚所发生的事情产生质疑，发誓要查清真相。Nikita将Dale当作自己洗刷罪名的救命稻草，于是跨越边境重返美国，希望和Dale好好谈一次。怎料她竟一头撞进了Amanda精心设下的陷阱！Michael等人收到了警告，Michael决定立即找到Nikita，避免她落入Amanda之手。Michael等人的临时总部设在一架自由飞行的高科技飞机上（和《神盾局特工》类似），Birkhoff和Ryan都用各自的方式向Michael伸出了援手。与此同时，Alex密切监视一个人口贩卖集团，她发现「The Shop」组织与之有关。当Owen/Sam出现在现场后，情况迅速向坏的方向发展。

　　Nikita与Michael、Birkhoff和Ryan团聚，并且登上了他们作为临时指挥中心的飞机。Michael拒绝与Nikita讨论他们之间的关系，但要求Nikita留在这个团队中，让他们帮助她洗清罪名。Ryan发现Amanda在「The Shop」组织的帮助下用替身来替换一些重要人物，而Nikita发现其中一名替身就是中情局局长（Alex Carter）。在不暴露自己的情况下，Nikita很难杀死他。与此同时，Alex用枪逼Sam交还偷走的东西。然而当一群暴徒对两人发动袭击的时候，他们为逃命被迫共同御敌。

　　Amanda提供的假情报显示巴基斯坦雇佣Nikita来刺杀美国总统，美国和巴基斯坦的关系持续紧张。Ryan对Birkhoff越来越古怪的行为产生怀疑，他向Nikita和Michael表示Amanda有可能绑架了Birkhoff并将他转变为双重间谍。与此同时，中情局抓住了Alex，逼她说出她与Nikita的关系。

　　Jones排挤了Amanda，重新在组织内取得统治权。他随后与Nikita取得联系，向她和她的团队提出一个条件：如果他们从此不再插手他的任务，他承诺帮助他们伪造死亡，改换身份，从此获得自由。Nikita和她的团队将飞机停在一处与世隔绝的巴基斯坦简易跑道上，但当地的缉毒官员带着他的人包围了飞机，要求他们支付千万美元的「过路费」，Nikita只好求Alex提供这比钱。Alex从一个保险箱内提取出一批钻石来帮助Nikita解困，Sam意识到这是一个弥补自己损失的好机会……他计划抢走这批钻石！与此同时，Michael再次面对老对手Ramon（Simon Kassianides），但Ramon说出了令Michael难以接受的黑暗真相。

　　在全剧倒数第二集中，Nikita与「The Shop」组织的战争临近结束，Nikita终于看到了胜利的曙光。然而Ryan坦白了一个秘密，可能彻底改变一切。与此同时，Michael试图让Nikita接受新的环境和新的现实，但他自己也必须认真思考他们两人今后的生活。Alex意识到Sam想要偷她的钻石，于是给了他一个装满假钻石的箱子，让他转交给位于法国的联络人。Alex惊讶地发现Sam没有在途中逃跑，也没有私自拿走钻石。Sam的债主很快找上门来，眼看他劫数难逃，Alex必须出手救他一命。

　　Nikita对MDK组织仍然活跃的事实感到不满，发誓要用自己的方式来彻底终结它。Nikita再次离开Michael及她的团队，带Alex一起踏上复仇之路。Nikita和Alex抓住了Jones，强迫他提供其余MDK组织成员的名单。在掌握充分的信息之后，Nikita决定向一条黑暗的道路前进——即便她要彻底丧失自己的灵魂。Michael找到Nikita，但他能在军方将她击毙之前劝说她投降吗？无论如何，Nikita绝不会坐以待毙，她固执地做出一个令人震惊的决定。