夢原のぞみはサンクルミエール学園の２年生。無邪気で明るいけれど、夢中になれることを見つけられずにいる女の子だ。ある日、彼女は学園の図書館で、ココという不思議な生き物と出会う。ココはドリームコレットというアイテムを探して、別の世界からやってきたらしい。ところがコレットは、謎の組織に狙われていて…。

のぞみはプリキュアに変身し、ドリームコレットを狙う謎の組織・ナイトメアの刺客を倒した。コレットを完全な形にして、滅ぼされた故郷をよみがえらせたい…ココの願いをかなえてあげるため、のぞみはプリキュアとして、ナイトメアと戦う決意を固める。そして、親友の夏木りんに、仲間になってくれるよう頼むが…。

１年生の春日野うららは人気アイドル。女優になるという夢をかなえるため、いつも学園の片隅で台本に目を通している。彼女がのぞみとりんに、「プリキュアって何ですか？」と声をかけてくる。この前の戦いを、偶然にも目撃してしまったらしい。りんは逃げ出そうとするが、のぞみはうららの話し相手になろうとする。

最近はサンクルミエール学園は、悪霊や怪物の噂で持ちきり。噂の正体は、明らかにプリキュアとナイトメアとの戦いだ。生徒会長の水無月かれんと図書委員の秋元こまちは、のぞみたちを疑って問い詰める。すると、のぞみが何を思ったのか、突然自分からプリキュアのことを打ち明け、仲間になってほしいとお願いし始める。

頭脳明晰な水無月かれんは、誰からも頼りにされる生徒会長だ。残る“知性のプリキュア”には彼女こそふさわしいと、のぞみたちは仲間になってくれるよう、水無月邸までお願いしに訪れる。そこにナイトメアのブンビーが現れ、かれんも覚悟を決めてプリキュアに加わろうとするが、なぜか変身することができない…。

プリキュアに変身することに失敗した負い目から、かれんはひどく落ち込んでいた。のぞみたちと接していることすら、つらそうな様子だ。かれんの両親は、世界各地を演奏に飛び回る音楽家。幼い頃から寂しさを堪えて生きてきた彼女に、のぞみは暖かく声をかけ続ける。そして再びブンビーが現れた時、奇跡が起きる！

プリキュアも５人が揃い、のぞみたちがピンキーキャッチュをドリームコレットに近づけてみると、ココの親友・ナッツが姿を現した。ところが、ナッツはひどく腹を立てている様子。信用できない人間の前で、ドリームコレットを開くのは許せないというのだ。ナッツが他人を信用しなくなったのには、哀しい理由があった。

りんとかれんは、どうもそりが合わない。お互いに気が強い者同士、ことあるごとに譲らずに意地を張り合ってしまうのだ。学園でもふたりの仲は最悪。仲間たちの説得に耳を傾けようともせず、せっかくのランチタイムに大食い競争を始めてしまう。プリキュアのチームワークが乱れているとみた刺客・アラクネアまで姿を現し…。

“サンクルミエール通信”の編集長・増子美香が、のぞみたち５人の関係に興味を持った。プリキュアの秘密基地であるナッツショップにまで取材に来たのを、かれんが何とかごまかそうとするが、美香の好奇心は増すばかり。さらに取材を進めようとしたところ、アラクネアが現れ、彼女を人質に取ってしまう！

ナッツが空腹のあまり倒れてしまった。ナッツショップの商品のアクセサリーが全く売れず、食べ物を買おうにもお金がないらしい。そこで、のぞみたちはナッツショップの知名度アップ作戦に乗り出す。サンクルミエール通信を使って宣伝してほしいと美香に頼むが拒否され、仕方なく手製のチラシ作りを始めるが…。

数学の小テストの結果は、あまりにも悲惨すぎた。成績の悪いのぞみを心配した仲間たちは、ナッツハウスで勉強会を開催。しかしのぞみは、どこが分からないのかすら分からない様子。一同は何とかやる気を出させようと「プリキュアをやっている場合じゃない」と励ますが、のぞみはその言葉にショックを受け…。

近頃のうららは、何だか嬉しそう。次の日曜日、遊園地のショーで初めての司会を務めることが決まったのだ。ところが、当日になって思わぬアクシデントに見舞われる。主役のウサ子を演じるはずだった役者さんが、急病で来られなくなってしまったのだ。代役に名乗り出たのは、ステージを中止にさせたくないのぞみだった。

運動神経抜群のりんには、大会が近づくと、学園中のあらゆる運動部から助っ人を頼む声がかかる。今年も片っ端から大会に参加するつもりだったが、全ての大会が同じ日に開かれると聞いて肩を落とす。ひとつの部活に打ち込むべきか、忙しい家庭の事情を考えて今のままでいるべきか、りんは頭を悩ませる。

サンクルミエール学園のあらゆる部活が、割り当てられた部費ではとても足りないと、増額を求めてかれんのもとにやってきた。だが、簡単にYESと言うわけにはいかない。それぞれの部費を増額すれば、学校行事などの予算を削らなければならないのだ。かれんと一同は、アイデアを出し合って解決しようとするが…。

のぞみとりんの母親は、学生時代からの親友同士。ある日、のぞみの母親の恵美が、熱を出して寝込んでしまう。のぞみは、母親をゆっくり休ませてあげようと大張り切り。家事を買って出るが、何をやっても不器用で失敗ばかり。自分の不甲斐なさを嘆くのぞみを、助っ人にやってきたりんの母親・和代が元気づける。

こまちの夢は、人を感動させられる作家になること。ようやく書き上げた作品『海賊ハリケーン』を、仲間たちに読んでもらって絶賛を浴びる。ところが、ナッツ一人は厳しい意見を口にする。自信作を酷評され、落ち込むこまち。夢をあきらめようかとまで考えていた時、姉のまどかがナッツハウスに姿を現す。

りんがナッツハウスで、一心不乱にアクセサリーを作っている。今までスポーツ以外のことには興味を示してこなかったのに、急におしゃれに目覚めたのだろうか？ どうやら彼女、家の花屋によく来るお客さんの青年に、恋をしているらしい。のぞみたちはりんの恋を応援しようと、青年の家に花の配達に行かせる。

生徒会長のかれんがどんな人なのか知りたいと、新聞部にたくさんのリクエストが届いた。そこで、たった一人の記者である増子美香は、かれんのプライベートを密着取材することにした。興味津々ののぞみたちは、お手伝いさんに化けてお屋敷に潜入。かれんはのぞみたちが来ていることを、美香に悟られまいとするが…。

怪しげな二人組の男が、ナッツハウスの前をうろついていた。不審に思ったナッツが問い質すと、驚きの正体が明らかになる。何とこのふたり、うららのパパとおじいちゃんだったのだ。うららが何だかおかしいと聞いて、こっそり様子を見に来たらしい。そのうららは、ソワソワしたりクスクス笑ったり、本当にどこか変で…。

うららの夢は、女優になること。そんな彼女に、歌手デビューのチャンスが訪れる。だが、うららは何だか浮かない顔。生真面目な彼女は、歌手デビューは女優を目指すうえで遠回りになるかもしれないと、迷っているのだった。のぞみの励ましでステージに立つ決心をするものの、ガマオが邪魔をしに現れ…。

登校途中にヌイグルミを拾ってからというもの、のぞみはどうも災難続き。お弁当箱がいつの間にか空になっていたり、ナッツからもらった豆大福まで消え失せたり…。実はそのヌイグルミ、パルミエ王国からやってきたココとナッツのお世話役見習い・ミルクだった。やたらと生意気なミルクに、のぞみたちは振り回される。

今日はナッツハウスのバーゲンセール。のぞみたちに対抗意識を燃やすミルクは、張り切ってお手伝いをするが失敗ばかり。そこで自分に値札をつけて商品のヌイグルミのふりをすると、お客さんとして来た美香に買われようとする。ココが慌てて止めるものの、こっぴどく叱られて落ち込んだミルクは家出をしてしまう。

のぞみがナッツハウスの飾りを壊してしまったことをきっかけに、５人の仲間たちは大ゲンカ。のぞみはココに励まされて立ち直るものの、他の４人は微妙なわだかまりを残していた。ナイトメアの大幹部・カワリーノは、プリキュア５のチームワークの乱れを見逃さず、策略を駆使して５人を悪夢の世界に引きずり込む。

ナイトメアの本部に乗り込んだのぞみの前に現れたのは、永遠に外れることのない絶望の仮面を着けた、変わり果てた４人の仲間だった。キュアドリームに変身しても、仮面の仲間たちに押さえつけられて動くことさえままならない。勝利を確信したカワリーノは、５人を奈落の底にある異次元空間に突き落とす…。

夏休みに入り、のぞみはプリキュア合宿をしようと、計画ノートまで作って張り切っていた。ところが、のぞみの頭にあるのはおやつのことばかり。そこで一同は、行く先をかれんの家が持っている別荘に決定、近所のスーパーに買い出しに出かける。そこでのぞみが、ラジカセだけは絶対に必要だと不思議なことを言い始める。

のぞみたちは、南の島にあるかれんの別荘にやってきた。のぞみとりんとうららは釣り竿を持って、晩ご飯のおかずを釣り上げようと大張り切り。かれんはさっそうと水上スキーを楽しんでいる。小説のアイデアを探そうと森へ入っていったこまちは、ナッツが人間の姿になって、一人でピンキーを遊ばせているのを見つける。

サンクルミエール学園の使われていない旧校舎。そこには昔、ローゼット伯爵という人物が住んでいたお屋敷があったらしい。恋人を不慮の事故で亡くし、後を追うようにこの世を去ったローゼット伯爵。恋人の命日の夜になると、旧校舎に伯爵の幽霊が現れるらしい。こまちの発案で、一同は肝試しを敢行するが…。

和菓子屋を営むこまちの家は、夏祭りに出店を出すことになった。のぞみたちのお手伝いの甲斐もあって、こまちの考えたスペシャルかき氷が完成する。そして祭の当日。準備は万端かに思えたが、こまちが目を離した隙に、店で使うはずだった氷がなくなってしまう。落胆して諦めかけるこまちを、親友のかれんが励ます。

夏休みも終わりに近付き、のぞみは宿題の自由研究のテーマが決まらずに弱りきっていた。テーマを見つけるヒントになるかもしれないと、うららはのぞみを自分の仕事先に誘う。マネージャーに間違えられたのぞみは、意外にも大活躍。トラブルを次々と解決してゆく。ところが、時代劇の撮影所にブンビーが潜んでいて…。

のぞみはいつものように、ミルクとささいなことで大ゲンカ。むきになった二人は、「お世話役にふさわしくない」「プリキュア失格だ」と、プライドを傷つける言葉を互いに投げつけ合ってしまう。ショックを受け、部屋に引きこもってしまうミルク。のぞみも深く落ち込み、ピンキーキャッチュを自ら外してしまう…。

のぞみとりんは、人間の姿で先生をしているココが、女子生徒からラブレターをもらっているところを目撃する。しかも、一人一人にきちんと返事まで書いているらしい。ココに淡い想いを抱いているのぞみは、その日から彼を避けるようになる。りんに忠告され、自分の気持ちを整理するためにも話し合おうと考えるのだが…。

ナッツハウスに未来という女性がやってきた。未来はこまちの姉・まどかの友人で、もうじき結婚式を行う予定なのだ。商品のブレスレットを気に入った未来は、それを作ったのがりんだと知って、結婚式で使う予定のティアラのデザインを依頼する。結婚式に特別な憧れを抱くりんは、なかなか良いアイデアが浮かばずに苦しむ。

サンクルミエール通信の最新号が発行された。トップニュースは、りんの所属するフットサル部が試合で大敗した記事。キャプテンの練習不足を鋭く指摘していたが、実はキャプテンの動きが悪かったのは、メンバーが足りないためにケガを押して出場していたからだった。美香は真実を知って、深い自己嫌悪に陥る。

お嬢さまらしく乗馬をたしなむかれんに、のぞみたち一同は憧れのまなざし。白馬の王子さまを空想したりして楽しんでいると、ミルクが高熱を出して倒れてしまった。どうやら特別なピンキーの力がなければ治らないらしい。皆は探しに出るが、ハデーニャがその隙をつき、病気のミルクと一人で看病するかれんに襲いかかる！

『海賊ハリケーン』の書き直しも、数えること７回目。厳しいナッツにもようやく立派な作品だと認められ、こまちはのぞみたちと共に喜んでいた。だが、ナッツの表情は晴れなかった。小説を読むことで、自らの暗い過去を思い出していたのだ。心から笑うことを忘れてしまった彼の前に、因縁の敵・ブラッディが姿を現す。

もうすぐ校内マラソン大会。２連覇を目指すりんと、走るのが苦手なのぞみは、二人で一緒に特訓に励んでいる。本番と同じコースを試走することになるが、ゴール直前になって、マラソンに部活に家の手伝いにと無理をしすぎたりんが、疲れから倒れてしまう。りんがのぞみのためにそこまで頑張るのには、ある理由があった。

最近のココは、大好物のシュークリームを食べ過ぎるせいで太り気味。しかも偏食なので、このままでは身体を壊してしまうのは確実だ。お世話役のミルクは厳しい食事制限を始め、ナッツに至ってはハムスターが遊ぶような回し車を用意する始末。大好物を全く口にできなくなったココは、次第に元気をなくしてゆく…。

小説を書こうと思いついたミルクは、こまちからシンデレラの絵本を借りた。まずは書き写すことから初めて、物語の作り方を勉強しようと考えたのだ。夢中になるミルクは、やがて登場人物をのぞみたちに置き換えて、自分なりのお話を空想し始める。かくして、世にもおかしなプリキュア５のシンデレラ物語が始まった。

のぞみがピンキーを見つけたと言って、ナッツハウスに飛び込んできた。ココやナッツも連れ立ってピンキーを追いかけるものの、途中で見失ってしまう。帰り道、パルミエ王国での想い出話を語るココとナッツ。ナッツが先に帰り、ココと二人っきりになったのぞみの前に、ナイトメアの首領・デスパライアが姿を現す。

サンクルミエール通信最新号のトップニュースは、学園理事長の正体を探る記事。理事長はなぜか生徒たちの前に姿を現さず、誰も素顔を見たことがないのだ。生徒会長のかれんは、そのことが残念でならない。理事長は一体どんな人なのか、のぞみたちも興味津々だ。ある日、運動部の部室で持ち物がなくなる事件が起こり…。

新作を書き始めたこまちだが、ある場面での台詞が浮かばずに思い悩んでいた。うららがドラマの役作りに苦しんでいるのも、同じようなシーンだった。ずっと好きだった男の子と離ればなれになる時、女の子はいったい何と言って想いを伝えるのだろう？ うららはナッツを男の子役にして、みんなの前でお芝居を始めるのだが…。

クリスマスセールの準備で、ナッツハウスは大忙し。のぞみたちは、それぞれの得意分野を駆使して店の飾りつけを進めるものの、彩りを添える花が足りない。そこでのぞみは、家が花屋のりんとかれんの二人をお花係に任命。相変わらずウマの合わない二人だが、一緒に花屋の店番をするうちに打ち解け合い、ある約束を交わす。

こまちは悩んでいた。新しく恋愛小説を書き始めたものの、ラストシーンにどうしても納得がいかないのだ。実はこの小説、自分とナッツをモデルにしたもの。誰かに相談しようにも、内容を話せば自分の気持ちを知られてしまうかもしれないのだ。ひとりで考え込むこまちのことは、のぞみたちだけでなくナッツも心配なようで…。

ある朝、寝坊をしてしまったミルク。慌ててココとナッツのお世話を始めようとするが、二人は既に自分たちで１日の準備を全て終えていた。お世話役の自分は、本当は必要とされていないのではないか？ 落ち込むミルクはうららに励まされ、お世話役としての理想の人を一同に尋ねて回り、それがのぞみだと知って驚く。

明日のクリスマスイブには雪が積もるらしい。しかも、集めなければならないピンキーも残るは１つ。何もかも順調に思えて、のぞみたちの気分は最高潮だった。だが、ココはひとり浮かない顔をしていた。パルミエ王国が復活すれば、離ればなれになって二度と会えなくなることに気付いていたのだ。そのことを知ったのぞみは…。

新年を迎え、初詣に出かけたのぞみたち。お願いごとはパルミエ王国の復活だ。そのために必要なピンキーを見つけるのは、さぞかし大変だろうと思いきや、いつの間にかのぞみの頭の上に！ だが、キャッチした途端、ブラッディが最後の戦いを挑んできた。何とか退ける一同に、カワリーノが恐ろしい罠を仕掛けていた。

ようやく全てのピンキーを集めた途端、カワリーノにドリームコレットを奪われてしまった。愕然とする一同のなかで、のぞみだけは希望を失わず、ドリームコレットを取り戻す方法を考えていた。諦めずに探し続けていると、コロッセオへの道が開ける。そこには巨大化したカワリーノと、デスパライアが待ち構えていた。

ドリームコレットの力を使ったデスパライアが、永遠の若さと命を手に入れてしまった。パルミエ王国復活の夢は泡と消えてしまったのだろうか？ 勝ち誇るカワリーノは、絶望の闇を解き放ち、プリキュア５を暗黒世界へと引きずり込もうとする。だが、希望は消えてはいなかった。一同がそれぞれの夢を語り始めると…。

絶望の闇を打ち砕き、カワリーノを倒したプリキュア５に、デスパライアが襲いかかってきた！ デスパライアはドリームに近づくと、幻の世界に引きずり込んでしまう。希望の力で幻を打ち破り、現実世界に戻ってきたドリーム。何を思ったのか、プリキュアの変身を解いて、動揺するデスパライアに近づいてゆく…。