Polat, Elif'in başına gelenlerden dolayı suçluluk duyacak mı? Çakır, 32 kişinin öldüğü, onlarca insanın yaralandığı baskının intikamını alabilecek mi? Memati ve Derya ne durumda? Her ölümün şüphe yarattığı 'Kurtlar Vadisi'nde bu defa zanlı yok, Tombalacı kaçacak mı yoksa yeni eylemlere mi kalkışacak? Baron ve Aslan cephesinin olaylara bakış açısı nasıl? Laz Ziya'nın kafasındaki müzik susacak mı? Deli Hikmet kahpeliğin cezasını kime kesecek? Erdal kabusu ne zaman hortlayacak? KGT, ülkeyi ele geçirmek isteyen konseyi çökertmek için hangi adımları atacak? Yeniden şekillenen Ortadoğu ve Kafkasya'daki dış politikamız, ülkemiz üzerine oynanan yeni oyunlar...

Elif kumarhane baskınında aldığı kurşunla sakat kalma riski taşır. Baron Çakır'ın hapiste kalmasını sağlayarak Tombalacı'dan uzak tutar. Tombalacı yaptığı her hamlede daha da içinden çıkılmaz bir duruma girer. Polat, Memati ve Seyfo tüm dengeleri bozan Tombalacı'nın hamlesine cevap vermekte geç kalmazlar. Kurtlar Vadisi'nde her hamlenin bir karşılığı vardır.

Dört duvar arasına sıkıştırılan Çakır üzerinde büyük oyunlar oynanır. Tombalacı'nın 50 milyon dolarına çöken Polat, Seyfo, Memati üçlüsü emniyet ve Tombalacı tarafından kıskaca alınır. Fakat bir özel Savcı, Kurtlar Vadisi'ndeki bütün oyunları altüst edecek bir plan hazırlar. Savcı'nın karşısında Elif yer alacaktır. İki hukukçu kendilerine has yöntemlerle toplumu mafyadan kurtarmak için mücadele verecektir. Kurtlar Vadisi'nde beyaz'ın kaderi kirlenmek, siyahın kaderi suçlanmaktır.

2. Susurluk dosyasını üstlenen "Süper" Savcı, Çakır, Polat ve ekibini aldığı sorguda alışılmamış bir şekilde zorlar. Bütün ekip sorguda bir kelime etmemiş ancak, kafalarında büyük soru işaretleriyle çaresiz kalmıştır. Soru işaretlerinin en büyüğü Çakır'dadır. Cezaevinde kapana kısıldığını hisseden Çakır'a bir darbe de daha mezara yeni girmiş Derya'dan gelir. Polat ise davaya kendini iyice kaptıran Elif'i vazgeçirmek için riskli bir yol seçecektir. Kurtlar Vadisi'nde ölüm ölmeden önce ölmektir.

Süper Savcının alışılmamış sorgusu "Kurtlar Vadisi" nde tozu dumana karıştırır. Polat bir yandan yüreğindeki yaraları tamire uğraş verirken bir yandan da etrafındakilerin dertlerine derman olmaya çalışır. Çakır ise, Derya'nın hamile olduğunu kimseye söyleyemediği gibi kendisini yiyip bitirmektedir. Kafasındaki "Acaba Polat mı?" şüphesi, tutsak olduğu dört duvar arasını daha da daraltır. Artık Çakır için yegane özgürlük, kafasındaki şüpheyle yüzleşmesidir. Bunun için hapishaneden kaçmayı göze alır. Kurtlar Vadisi'nde özgürlük, sonu meçhul bir firardır.

Çakır artık firaridir. Gecenin karanlığında İstanbul'da hesaplaşacağı diri ve ölü çok sayıda insan vardır. Bu listenin en başında Polat gelir. Polat ise başka bir muhasebenin içinde bulur kendini. Önce Hikmet, sonra Elif, daha sonra Aslan. Ve en nihayetinde Çakır ile Polat karşı karşıyadır. Yaşayacakları gece 19. yüzyıl düellolarının kılıçsız yada silahsız olanıdır. Polat ile Çakır'ın sadece yumrukları konuşacaktır. Çakır ile Polat büyük hesaplaşmalarını yaşarken, Tombalacı'nın harekete geçirdiği cezaevi savcısı Çakır'ın koğuşuna girmek üzeredir. Kurtlar Vadisi'nde düello, akreple yelkovanın buluştukları andır.

Çakır için zaman daralmıştır. Kumarhane müdürü mahkemede bildiği herşeyi anlatacak ve 2. Susurluk davasını bir daha açılmamak üzere kapatacaktır. Polat kumarhane müdürünü ortadan kaldırmayı planlar. Ancak Elif hukuken bunun bir işe yaramayacağını söyler. Tek çıkar yol kumarhane müdürünün duruşma salonunda savcılığa verdiği ifadeyi reddetmesidir. Ama bu nasıl gerçekleşecektir. Üstelik savcı, itirafçının yerini bulunmamak üzere değiştirmiştir. Polat bir kez daha bir imkansızı mümkün kılmak durumundadır. Kurtlar Vadisi'nde her mahkemede bir darağacı kuruludur.

Çakır kumarhane müdürünü ortadan kaldırtır. Fakat Çakır'la Polat arasında kumarhane müdürü cinayeti ile ilgili ihtilaf çıkınca ortam iyice gerginleşir. Konsey acil olarak toplanır. Konseyin geleceğinin tehlikeye girmesi söz konusudur. Konsey kendini sağlama almak için birkaç kişinin ortadan kaldırılmasına karar verir. Bu arada Çakır hapishanede hiç beklemediği bir olayla karşılaşır.

Polat, aşkına direnmeyi sürdürürken, büyük hainin kimliğini deşifre eder ve ona karşı büyük bir plan yapar. Çakır, kalemini kıranlarla hesaplaşırken, Hikmet’ten yediği dayağın intikamını almak için Polat harekete geçer. Polat ve Baron'dan gelen şok edici kararlar, güç dengelerini değiştirirken, Aslan çaresiz bir duruma düşer. Polat, bu durumda, zekasıyla düşmanlarına karşı stratejik hamleler yapar ve ekibini korumak için savaşır...

Savcı'nın öldürülmesinin ardındaki sırları çözmeye çalışan Polat, farkında olmadan bir tuzağa düşer. Türkiye'deki kaos derinleşirken, Çakır cezaevinde ki gücünü korur. Elif, kendisinden habersiz dönen oyunları fark eder ve Polat’tan acısını çıkartmak ister. Baron’un şaşkınlığı, Aslan’ın tavırları ve uzun zamandan beri beklenen duygusal sürpriz...

Polat, hayat öpücüğü aldıktan sonra, Elif'ten nasıl bir karşılık alacağını merak eder. Aslan'ın çevirdiği büyük dolap, Polat'ı zor durumda bırakırken, Baron cephesi suikastin ardından gelişmeleri kendi çıkarlarına göre yorumlar. Çakır cezaevinde zor bir gece geçirirken, bir kamyon kazası sonrası ülkeyi sarsacak yeni bir gündem ortaya çıkar. Savcı cinayetinin perde arkası ve Türkiye üzerinde oynanan oyunlar, Polat'ı büyük bir yüzleşmeye doğru sürükler...

Polat, kaçak günleriyle yüzleşirken, Çakır cezaevinde ezilmeye karşı direnişini sürdürür. Elif, hukuk mücadelesine devam ederken, Aslan manipülasyonlarına hızla devam eder. Baron, büyük bir hamle yaparak "fil" stratejisini devreye sokar. Tombalacı, Laz Ziya, Çakır ve Polat arasında hastanede gerçekleşen sürpriz düello, tansiyonu artıran önemli bir anı oluşturur. Güç ve strateji dolu olaylar hızla gelişirken, her biri kendi yolunda önemli adımlar atar.

Polat yakalanışı, büyük bir şok etkisi yaratır. Çakır, hastaneden firar girişimi sırasında büyük bir tehlike atlatır, bu da onu daha da tecrübeli bir hale getirir. Elif, zorlu koşullara rağmen sorumlu davranarak sürecin kontrolünü elinde tutmaya çalışır. Özgürlüğe uzanan çileli yollar her geçen gün daha zorlu hale gelir. Tombalacı, kendisini aşan işlere kalkışırken, Baron ise dengeleri değiştirecek büyük bir hamle yapar. Uyuşturucu piyasasında ise önemli bir büyük ortaklık kurulur, bu gelişme tüm dengeleri altüst eder. Ve sonunda, intikam zamanı gelir...

Laz Ziya'nın ikazına rağmen hapishaneden çıkar çıkmaz Tombalacı'nın peşine düşen Çakır ve onu yalnız bırakmak istemeyen Polat malikaneye girer. Ancak Tombalacı hiç de kolay lokma değildir. Hazırladığı tuzaktan kurtulmaları, Polat'ın özel eğitiminde edindiği yeteneklere bağlıdır. Elif ise mesleğinin elinden alınmasından dolayı moralsizdir. Bu arada Aslan, mafya dünyasının büyük bir vurgun hazırlığında olduğunu hisseder.

Yurt dışından gelen bir ekip ve Ester tarafından kaçırılan Polat kaçma hesapları yaparken, bir taraftan Çakır ve Elif, diğer taraftan Aslan onu aramaktadır. Baron ise yeni planlarını hayata geçirmek için duruma el koyar. Polat'ın hayatı, Çakır'ın vereceği zor karara bağlıdır. Sadakat, Kurtlar Vadisi'nin en güçlü panzehiridir...

Tombalacı'nın lehine akan bir zaman. Yelkovanla akrebin her hareketi Çakır'ı inciten bir zaman. Polat'ın geçmişinden an an götüren zaman. Ve kumarhane... Son bir kumar oynamak için Çakır, Polat ve Tombalacı'nın bir araya geldiği ölüm ve intikam çatısı. Çakır ve Polat için daha dün gibidir, Derya'dan akan kan, Elif'e saplanan kurşun. Gök kurşun rengi, kumarhane kan rengidir... Artık vakit intikam vaktidir! Gözden akan bir damla yaş, kimsenin susuzluğuna yetmez bu vakit! Kurtlar Vadisi'nde intikam, gözden akan bir damla kandır.

Artık İstanbul Sefiri olan Çakır, bu şehre hükmedebilmek için bütün babaları bir masanın etrafında toplamak zorundadır. Bu babalar, İstanbul'un çeşitli bölgelerinde kap-kaç, çek-senet, fuhuş, uyuşturucu, haraç, otogar, ihaleler ve şantaj işlerini yürütmektedirler. Çakır ya bütün İstanbul'a elini öptürecektir ya da kendine biçilen büyüklük payesi altında ezilecektir. Her zamanki gibi yanında sadece Seyfo'nun tecrübesi, Memati'nin sadakati, Polat'ın aklı ve cesareti vardır. Kurtlar Vadisi'nde gövdeden kopan başlar üzerinde ilerlenir.

Polat, Meto'yu öldürerek bütün "babaları" Çakır'a biat ettirir. Çakır'a boyun eğmemekte kararlı olan Cerrahpaşalılar grubunun lideri Halit, kardeşinin intikamını almak için yemin eder. Ancak töreleri gereği kan dökmeden 40 gün beklemek zorundadır. Kardeşi öldürülürken sessiz kalan ve Çakır'ın elini öperek ona biat eden bütün babalar hasmıdır onun artık. Polat'la Çakır ise Halit'e gelir getiren bütün kaynakları kurutmak için harekete geçer. Polis teşkilatı, gelişmelerden rahatsızdır ve emniyet müdürü mafya içindeki hesaplaşmaya el koyar.

Nezaretteki hamlesi boşa çıkan Halit, hırsından kudurur. Çakır'ın en yakınına kadar girecektir. Hedef ise kızı Selvi'dir. Kızının çantasından ecstasy paketi çıkmasıyla Çakır, uyuşturucu ve hapa karşı topyekün savaş başlatır. Çakır bütün ecstasy satıcılarını ve üreticilerini ortadan kaldırmaya başlar. Halit de bunun karşılığında Çakır ve Polat'ın dostlarını ve onlara boyun eğenleri sindirmek için harekete geçer. İlk hedefi Kürt Bedo ve Elif'tir. Testere Necmi ise kendi mülkü olan ecstasy üzerine kopan savaşa el koyar. Çakır, Polat ve Halit artık Testere'yle muhatap olacaktır.

Testere'nin kestiği cezayla moralleri bozulan Polat ve Çakır, Hüsrev Ağa'nın ortaklık teklifiyle sevinir. Polat'ın getirdiği bilgiler, Aslan'ın Kurtlar Vadisi'ndeki yeni kozları olacaktır. Elif ise kardeşine mahkemeden tahliye kararı çıkacağını ummaktadır. Bu arada Çakır Bedo'yu vurduran Halit'e, ikili oynayan Freud Feti'ye kestiği korkunç cezayla cevap verir. Bunu hazmedemeyen Halit'in tepkisi kalleşçedir. Öte yandan kızının Testere'yle ilişkisini öğrenen Laz Ziya, beyninden vurulmuşa döner. Kader Meral'e Asiye'ninki gibi bir son hazırlar. Laz Ziya, yeni bir darağacı kurar.

Eren'in başına gelenlerden sonra Elif'i teselli etmek Polat'ın işidir. Hastanede ölüm kalım savaşı verilmektedir. Eren'i yaşatmak için bütün imkanlar seferber edilir. Halit'e gereken cevabı vermek için plan yapılırken gelen bir telefon bütün planı değiştirir. Hüsrev'in, Rus Baron'a verdiği cevaptan sonra savaş çıkacağı kesindir. Aslan hayatının en zor görevine hazırlanırken, Baron, Amerika'nın "Büyük Ortadoğu Projesi" ni anlatacağı konferansa hazırlanmaktadır.

Yeğeninin ölümüyle çılgına dönen Halit, 'Gemi azıya almıştır' artık. Çakır'a ve ona bağlı olanlara rahat yüzü göstermeyecektir. Halit'in yaptıklarını hastanedeyken öğrenen Polat, Abdülhey'i de alarak Cerrahpaşa'nın ortasına bomba gibi düşer. Çakır ise bütün olanlardan sonra kendi evinin de güvende olmadığını düşünür ve Memati'yle harekete geçer. Bu arada Baron, "Büyük Ortadoğu Projesi" üzerine görüşlerini açıklayacağı konferansa başlamıştır. Düzenleme komitesinin belirlediği davetliler konuşmayı dinlerken, birileri de dengeleri değiştirmek için çoktan harekete geçmiştir. Cerrahpaşa'da Polat, evinde Çakır, konferansta Baron, Kurtlar Vadisi'nin en zorlu geçitinde ölümle yaşam arasında bir seçim yapacaklardır. Kurtlar Vadisi'nde şans doğru zamanda doğru yerde olmaktır...

Çakır inanılmaz bir tabloyla karşılaşır evine girdiğinde. Bunun altından kalkabilmesi zordur. Polat eğer kahvede bir an için gözünü kırpsa belki hayatı son bulacaktır ama kahramanlık korkusuzların tercih edeceği yaşamdır! Baron şansın doğru zamanda doğru yerde bulunmak olduğuna inanır. Onun tarifine göre görmediği tanımadığı düşmanı Arslan Bey şanslıdır. Elif kahve fallarında görür karanlık noktayı. Artık, Polat, Çakır, Elif, Aslan, Baron, Halit ve Testere için Kurtlar Vadisi kör bir karanlıkta kırılan bir kalemdir! Ölüm bu vadide kulaktan kulağa yayılan bir fısıltıdır!

Halit, ortağını vurduğunu söyleyerek, Polat'a adresi verir. Polat, Kurtlar Vadisi'ndeki can dostunun başına gelenleri duyunca, tuzağa düşürülme endişesi bile duymadan, yıldırım gibi olay yerine gider. Tek düşüncesi Çakır'ı sağ bulmak ve onu hastaneye yetiştirmektir. Meral, bağlı olduğu iplerden kurtulup eniştesine ulaşmaya çalışır. Çakır'ın vurulduğu haberi eve de ulaşınca başta Nesrin olmak üzere herkes şok olur. Memati ise onbeş yıl sonra ilk defa gözyaşı dökecektir. Testere ise Halit'e, Çakır ölünce sıranın Polat'ta olduğunu söyler...

Ameliyat sırasında gelişen bir komplikasyon neticesinde Çakır’ın kalbi durunca, doktorlar onu yeniden hayata döndürmek için ellerinden geleni yapar. Aynı zamanda kalp doktoru olan başhekim, acilen ameliyathaneye girer ve müdahalede bulunur. Çakır’ın ailesi ve sevenleri, hastanede, içerden gelecek iyi haberi beklerken, Polat, Memati ve Abdülhey’i yanına alarak çıkar. Polat’ın arabası son sürat menziline ilerlerken peşinde polis ve KGT elemanları vardır. Takip raporları geldikçe, Aslan Bey dahi büyük bir şaşkınlık ve merakla Polat’ın nereye varmak istediğini anlamaya çalışır...

Artık Testere’nin kaderi Polat’ın elindedir. Testere ölümün soğuk nefesiyle yüz yüzeyken, Polat, kendini konseye taşıyacak bir hamle yapma niyetindedir. Laz Ziya, damadının ölüm haberi geldikten sonra adamlarıyla hastaneden ayrılır. Hedefi bellidir. Cenaze merasiminin ardından hem Aslan cephesinde hem de Baron cephesinde Polat’ın geleceği tartışılır. Polat’la Aslan arasında gerilim tırmanırken, konseyde Polat’ın kalemi kırılmak üzeredir...

Can dostundan sonra Memati’yi de kaybetmek istemeyen Polat, gelen telefon üzerine Elif’i bırakarak can havliyle koşmaya başlar. Bir yanda Elif, öbür yanda özel görevi ve mafya dengeleri arasında bunalan Polat, çareyi Ömer Efendi’ye gitmekte bulur. Bu arada başladığı hiçbir işi yarım bırakmayan Polat, konseyi sarsacak planını hayata geçirir: Eroin yüklü ‘Nasibim-1’ gemisi Mersin’e yarım saatlik mesafededir. Gemiyi Aslan beyin zodyak botları kadar başka takip edenler de vardır. Sehemin başı Testere, şimdiye kadar hiç gemisi batmayan Laz Ziya, uyuşturucu patronu Hüsrev Ağa ve Kılıç, Baron’un vereceği kararı beklemektedir...

'Nasibim-1' gemisinin batmasıyla hem Baron konseyi hem Devlet konseyi karışır. İlk defa başarısızlıkla karşılaşan Hüsrev Ağa ve gemisi batan Laz Ziya, Baron'dan Testere'nin kellesini isterler. Konsey üyelerinin kafasında tek bir soru vardır: 'Polat operasyon yapılacağını nerden biliyordu?'. Diğer tarafta ise gemi operasyonu başarısız bulunan Aslan sorguya alınır. Sorgucular bir köstebek olduğuna kanaat getirirler. Polat ise bir yanda konseyi karıştırmanın verdiği hazzı yaşarken diğer yanda Elif'in ne tepki vereceğini merak etmektedir. Buluştuklarında, Elif Polat'ın bile tahmin edemeyeceği bir şey yapar....

Polat'ın "Sürüye kurt getiren kötü köpek" diye tanımladığı, çuvalın içine koyarak Aslan'a getirdiği kişi kim? Bundan sonra Polat'la Aslan'ın ilişkileri nasıl bir seyir izleyecek? Polat, süre dolunca Elif'in evlilik teklifine ne cevap verecek? Testere Necmi, 'büyük adamsın' diyerek neden Tuncay'ın alnından öptü? Testere, Baron'a ne söyledi de 24 saatlik bir süre kazandı? Baron, süre dolunca kimden yana tavır alacak? Laz Ziya ve Hüsrev Ağa yeni durumda ne gibi bir yol izleyecekler? Baron, Kılıç hariç herkesten gizlediği kızının ortaya çıkmasından sonra neler yapacak?...

Laz Ziya'nın Baron ve Testere'ye verdiği süre dolunca ne olacak? Baron Testere'nin arkasında duracak mı? Yoksa, Laz Ziya ve Hüsrev Ağa'yı kaybetmemek için Testere'yi yem olarak mı verecek? Testere'nin hamlesi acaba ne? Şanslı-S gemisi yakalandıktan sonra Tuncay ne yapacak? Çakır'ın ihanet ettiğine dair Testere'nin sunduğu belge gerçek mi? Polat Kirkor'dan başka ne öğrenecek? Polat Çakır'ı temize çıkarabilecek mi? Elif Polat'ı daha yakından tanıyabilmek için hangi planları yapacak? Meral'in hedefi ne?...

Elif'in mesajını aldıktan sonra Polat ne yapacak? Polat sevgilisini kurtarabilecek mi? Yoksa Polat, zayıf noktası olan Elif yüzünden Testere'ye boyun eğmek zorunda mı kalacak? Testere, Baron'un kendisi hakkında verdiği kararı nasıl karşılayacak? Laz Ziya ve Hüsrev Ağa, bu karardan tatmin olacak mı? Meral, babası Laz Ziya'yı öldürebilecek mi? Erdal karakolda komisere neler anlatacak? Nazlı'ya Erdal tarafından eroin verildiğini söyleyen Şehmus, kızının tecavüze de uğradığını Hüsrev Ağa'ya söyleyebilecek mi? Aslan beyin varlığına tahammül edemeyen diğer birimler hangi planlarını devreye sokacaklar?

Elif'in gazetede gördüğü fotoğraf gerçekten Ali'ye mi ait? Polat'ın fotoğrafa tepkisi ne olacak? Canan'ın hatta Deli Hikmet'in bile inanmadığı fotoğraf, ilerde Elif'in herşeyi öğrenmesini sağlayabilecek mi? Baron, Testere'yi İvanov'a gönderirken gerçekte neyi amaçlıyor? Testere'nin Rus baron İvanov'a sığınma teşebbüsüne Aslan'ın ve Polat'ın bakış açısı ne? Erdal'ın karakoldaki itirafları nelere yol açacak? Pala ve ekibi kim ve amaçları ne? Kim ölecek, Meral mi, Laz Ziya mı?

Adamlarını Rus Baron İvanov'un korkunç tuzağından kurtarmak için herşeyi yapan Polat'ı tuzak içerisinde tuzak beklemektedir; hepsi bir keskin nişancının hedefidir... Bu arada, Testere Necmi, Meral'in vurulduğundan habersiz, Mehmet Karahanlı'nın planlarını gerçekleştirmek için Ruslarla işbirliğindedir... Hüsrev Ağa'yı ise kötü bir sürpriz beklemektedir; çiftliği, Erdal'ın itirafları sonucunda basılır... Elif ise, gazetede gördüğü fotoğrafın "Ali" olduğunu ispatlamaya çalışmaktadır...

Kurtlar Vadisi'nde dengeler değişiyor. Polat Testere'nin peşinde. Testere Ivanov'u yok etme derdinde. Ivanov da Baron Karahanlı'yı ortadan kaldırma düşüncesinde. Bütün bunlar yaşanırken Aslan Bey de hem kendisinin, hem de KGT'nin geleceği ile ilgili planlar yapmaktadır. Aslan Bey, Polat'la beraber tüm oyunları bozacak bir plan geliştirir. Ancak, Pala ve ekibinin de Aslan'a kötü bir sürprizi vardır. Meral'in öldürüldüğünü duyan Testere'nin intikamı ne olacak? Baron Karahanlı kızı Safiye'yi yurtdışına göndermek ister. Ancak Safiye'nin hamlesi şaşırtıcıdır. Erdal, Tuncay ve Abidin'den sonra Canan'ı da rehin alır. İşler artık içinden çıkılmaz bir hal almıştır. Elif ise Ali Candan'la ilgili yazdığı resmi yazıya nihayet cevap alır...

Testere Necmi, Aslan Bey'in elinde; Aslan Bey, Pala ve ekibinin doğrulttuğu namlunun ucunda; Elif, Ali'yle ilgili büyük sırrı çözmek için mezarın başında; Nesrin, annesiyle aynı kaderi yaşamak üzere darağacının üstünde; Safiye, 30 yıldır ilk defa babasının evinde; Polat'ın kalemi kırılmak üzere Baron'un elinde ve Polat, en nihayetinde Mehmet Karahanlı'nın karşısında!...