Ölümün soğuk nefesi Aslan Bey'in ensesinde. Elif ise Ali'nin mezarı başında, kendisine doğrultulan silahtan habersiz, sır perdesini aralamak üzere. Safiye, 30 yıl sonra geldiği baba evinde, esrarengiz kişiye ulaşma çabasında. Kapana kısılan Testere Necmi, ölüme daha fazla direnebilecek mi? Nesrin, annesiyle aynı kaderi yaşamaktan kurtulabilecek mi? Baron Polat'ın kalemini kırarken neden durdu? Çatıdan gelen çığlık kime ait? Konseydeki yeni yapılanma nasıl olacak? Vadi'de dengeler alt üst ve Polat yol ayrımında... Ve Polat'ı şok eden karşılaşma...

30 yıllık sır... Kafalarda namlular, öldürücü sorular... Polat Aslan’ın evinde “vasiyet” ararken, Abdülhey yetimhaneden kendisini çıkarıp yetiştiren gücün, “devlet”in başka bir yüzüyle karşı karşıya... Baron Kılıç’a soruyor, “Benim gördüğümü sen de gördün mü?” Kılıç yüzündeki kesikte arıyor cevabı, 30 yıl gözünün önünden kanlı, canlı geçiveriyor... Baron Polat’ı, Safiye Nergiz’i, Elif Ali’yi, Hikmet Aslan’ı soruyor. Polat ise kendini, “Ben kimim?” Kurtlar Vadisi’nde kim olduğun kimliğinde yazmaz!

Kara kaplı defterdeki 30 yıllık sır... Polat, Aslan Amca’nın bıraktığı vasiyet karşısında şaşkın ve geçmişini sayfalar arasında arıyor. Elif hayatındaki herkesi sorguluyor. “Hayatımdaki herkesin hayatı yalan!” Hikmet’in kafasında cevabını bekleyen sorular yanıtlarını arıyor. Baron’un yeni konseyinde dengeler nasıl olacak? Baron’un konseyine karşı kurulan Rus Konsey’de kimler yer alacak? Polat'da polisler de Aslan Akbey’in ardında bıraktığı zarfın peşinde... Acaba, Ömer Efendi’ye teslim edilen emanetin asıl sahibi kim? Safiye uzun yıllar sonra annesiyle birlikte... Elif ve Canan yol ayrımında... Hüsrev Ağa’nın zor günü... Elif’in gergin bekleyişi... Adli Tıp’tan gelecek sonuç Elif’in hayatını nasıl etkileyecek? Vadideki sır perdesi aralanmayı bekliyor...

Polat, Aslan Amca’nın bıraktığı zarfı Doğu Bey’den almayı başarabilecek mi? Mehmet Karahanlı savcılıkta... Abbas Ustaoğlu’yla ilgili ifade veriyor. Ali’nin ölmediğini öğrenen herkes şaşkın... Ve Ali’nin varlığına dair kafalarındaki sorulara cevap arıyor... Doğu Bey, Aslan Akbey cinayetini çözmek için geri sayımda... Polat ise devletin yeni bir yüzüyle karşı karşıya... Pala kim? Abdülhey, Pala’yı nereden tanıyor? Hüsrev Ağa, Rus Baron İbrahim ile karşı karşıya... Doğu Bey, KGT’yi hayata döndürmek için harekete geçiyor. Kılıç, Nergiz’in karşısında, geçmişini ve bugününü sorguluyor... Safiye, annesini hayat döndürmek için çare arıyor. Yeni gelen doktor Nergiz’i hayata döndürmeyi başarabilecek mi? Elif Ali’ye olan kızgınlığının acısını Polat’tan çıkarıyor. Hüsrev Ağa ve Baron, konseydeki gerginlikten sonra yeniden karşı karşıya... Kurtlar Vadisi’nde kılıcın kını yoktur.

Hüsrev Ağa’nın ölümün ardından Konsey’de dengeler değişiyor. Acaba Hüsrev Ağa’nın yerini kim alacak? Doğu Bey ve Polat karşı karşıya... Polat, Doğu Bey’e gerçekleri anlatacak mı ve Doğu’nun verdiği emri yerine getirecek mi? Baron, Polat’tan kimi istiyor? Elif Ali’nin akıbetini öğrenmek için yeni bir çareye başvuruyor, acaba bu sefer Ali’ye ulaşabilecek mi? Karahanlı medya önünde, kendisine yöneltilen suçlamalara cevap veriyor. Nergiz, rüyasında hayatıyla yüzleşiyor... Ömer Baba oğlu Ali’nin mezarı başında ve Nazife Anne Polat’tan yardım istiyor. Nesrin, çocuklarıyla vedalaşıyor. Laz Ziya’nın Polat’a vasiyeti ve bunun karşılığındaki isteği... Ve Polat ile ekibi operasyonda...

Pala sorguda, elleri gözleri bağlı, karşısında Doğu ile Polat. Polat, Aslan’ın katiline duyduğu öfkeyi içine gömmüş, emri veren gücün adını duymak derdinde! Bedir Mito’nun karşısında. İstanbul’un dört bir yanına bomba yerleştirdiklerini söyleyip Pala’nın serbest bırakılmasını istiyor. Polat, cezaevinde hükümlü uyuşturucu kaçakçısı Halil İbrahim Kapar’ı kaçırmak üzere harekete geçmiş! Polat “Halo”yu fiziki imkansızlıklara rağmen kaçırabilecek mi? Karşısına “derin” engel kim çıkacak? Kurtlar Vadisi’nde macera hiç bitmez!

Akıllardan silinmeyecek kaçış! Halo helikopterde, nefes nefese bir takip başlıyor... Pala elinden kaçan Halo’nun peşini bırakmıyor. Akıllardan silinmeyecek bir kaçış yaşanıyor! Polat imkansızı başarabilecek mi? Halo kendisini satan kişinin kimliğini öğrenince yıkılıyor... Rus Baron İbrahim Polat’ı kendi saflarında istiyor. Doğu Bey, Pala olayının ardından Mito’ya son sözünü söylüyor... Pala, Polat’ın ve adamlarının kimliğini çözmeye çalışıyor. Elif inadından vazgeçmiyor ve Ali’yi yetimhane yıllarından bulmaya çalışıyor. Kurtlar Vadisi’nde nefes nefese bir takip yaşanıyor!

Seyfo Dayı, Pala’nın doğrulttuğu soğuk namlunun ucunda... Mito, Bedir’den Faruk ve Pala’nın kellesini istiyor. Bedir Ağasına ihanet edecek mi? Elif ve Canan’ın beklenmedik ziyaretinden rahatsız olan Sabahat Hanım Doğu Bey’i ziyarete gider. Doğu Bey, Sabahat’ın anlattıklarından sonra yeniden eski dosyaları araştırır ve geçmişle yüz yüze gelir. Canan, Eren ve Deli Hikmet gizlice Sabahat Hanım’ın evine girerler ve buldukları fotoğraftaki üçüncü şahsın kimliğini öğrenmeye çalışırlar. Mito, Samuel’e Abbas Ustaoğlu cinayetinin failini açıklar. Safiye’nin mutlu anı; otuz yıldan sonra Nergiz ilk defa tek başına ayakta. Nesrin, Polat’a Rus Baron İbrahim’in kendisine yaptığı teklifi anlatır. Halo ve Akrep Bekir yedi yıl aradan sonra karşı karşıya gelir... Polat ve ekibi Pala’ya ulaşmak için yeni bir plan yaparlar ve silahlar çekilir...

Pala, Polat’ın ayaklarının altında, ölümle yaşam arasındaki çizgide... Polat, Pala’dan istediklerini öğrenebilecek mi? Seyfo Dayı’nın kahvesinde matem var; son kabadayı'da tarih oluyor. Mito, Elif’in getirdiği resimdeki üçüncü şahsı araştırıyor. Doğu Bey, Ali Candan hakkındaki gerçeği istiyor. Vadideki herkes, fotoğraftaki üçüncü şahsın kimliğini merak ediyor. Safiye, Kılıç’a yüzündeki izi soruyor. Sabahat Hanım yaşananlardan sonra soluğu Ömer Baba’nın evinde alıyor ve Nazife Anne’nin hiç beklenmedik tepkisiyle karşılaşıyor. Polat, Kirve’nin kim olduğunu soruyor... Sorular en beklenmeyen anlarda cevap bulunuyor! Kurtlar Vadisi’nde geçmiş konuşulmaz.

Kirve’nin gelişi, vadiyi karıştırıyor. Kirve, görüşmelerine başlıyor... Polat, Pala’dan öğrendiklerini Kılıç’a anlatıyor. Erhan, Polat’ın kendisiyle ilgili vereceği kararı bekliyor. Polat, ondan en zor şeyi istiyor. Halo, yepyeni bir kimliğe kavuşuyor. Elif’in çaldığı bütün kapılar yüzüne kapanıyor. Fotoğrafla ilgili hiçbir bilgiye ulaşamıyor. Ama fotoğraf, ortalığı karıştırıyor. Nizamettin, Baron’a fotoğrafı gösteriyor. Baron, tesadüfleri çözmeye karar veriyor. Ve Nergiz, bir kez daha tek başına ayağa kalkıyor...

Feraye, yerde can çekişiyor... Baron şaşkın... Kılıç’ı arıyor; onun, Sabahat’ın evinden çıkarken gördüğü esrarengiz gölgenin peşinde olduğunu bilmeden... Daha sonra, aklına bir isim daha geliyor: Polat! Elif Sabahat’ın öldüğüne inanamıyor. Ali uğruna diğer sevdiği insanların hayatını nasıl da tehlikeye attığını görüyor ve kendine soruyor, “Devam etmeli miyim?” Memati, Polat ve sokaklar arasında seçimini yapıyor... Baron, Polat’ı arıyor, Polat’ın beklediği fırsat eline geçiyor; Baron evde ve çaresiz... Polat, Feraye’nin geçmişini araştırıyor ve Baron’un karşısına bir sürprizle çıkıyor...

Polat, Karahanlı’nın güvenliği için tüm yetkilerini kendisine vermesini ister. Kirve, Akrep Bekir ve Laz Ziya’yı kendi saflarına çekmeye çalışır. Nergiz, Baron’a Polat’ın kim olduğunu sorar ve onu tanımak istediğini söyler. Karahanlı’nın yemek davetinde, Polat, Kılıç, Nergiz ve Safiye bir araya gelir. Elif, Nesrin’e neden avukat olarak kendisini seçtiğini sorar. Nesrin, Memati’ye en büyük olmayı vaat eder ve ondan yanında olmasını ister. Memati, Armatör’ün peşindedir, tam bu sırada karşısına beklenmedik bir isim çıkar...

Baron, Samuel’le görüşür ve Polat’ın karşısına yeni bir planla çıkar. Elif, dava dilekçesini verir, ve kendisini Nizamettin’in karşısında bulur... Nesrin ise, Laz Ziya için daha büyük bir sürpriz hazırlamıştır. Halo, Kirve’nin planından habersiz, piyasadaki uyuşturucuları toplamaya devam etmektedir. Kirve, mermiyi Memati’nin bıraktığını öğrenir ve Laz Ziya’nın karşısına dikilir. Memati ise, Nesrin’in karşısında hayatının en zor kararını verir...

Memati’nin kellesini isteyen Laz Ziya ile Polat arasındaki gerginlik tırmanır. Polat, kafasında yeni planlar yaparken, Memati’den gelen telefonla planları alt üst olur. Kızının kendisine açtığı vesayet davasını öğrenen Laz Ziya, Yahya’dan Nesrin’i ve çocukları bulmasını ister. Elif’in, Nesrin adına dava açtığını öğrenen Polat ise deliye döner ve bu duruma el koyar. Artık namlunun ucunda sadece Memati değil, Nesrin'de vardır. Polat, Elif’i engellemek için iyi bir yöntem bulmuştur. Nesrin’in babasına açtığı dava iki yakın arkadaşı karşı karşıya getirecektir, çünkü Nizamettin vesayet davasını Canan’ın yürütmesini ister. Polat, Laz Ziya konusunda, Karahanlı’nın fikrini almadan hareket etmek istemez, bu yüzden Karahanlı ile görüşmek ister...

Dışarıdan mermi yağarken, Abdülhey ve Memati panik içinde ama Polat sakinliğini korumaktadır. Ama bu kez Yahya’nın adamlarından kurtulmak Polat için hiç de kolay olmaz. Polat’ın ofisinde ise, Erhan beklemekten sıkılır ve kendince bir yöntemle dışarıda bekleyen adamları etkisiz hale getirmeye karar verir. Kurşunların yağmur gibi yağdığı gecede, tüm bu olanların sebebi Nesrin ise, kendine göre en güvenli yere sığınmıştır. Nergiz, Safiye’yi evde bulamayınca deliye döner. Safiye ise, evden çıkmayı başarmış, mutluluğu sorgulamak için soluğu Ömer Efendi’nin karşısında almıştır. Memati, Nesrin’in yaptığını kendine yediremez ve intikamını tek başına almaya karar verir. Ama onu büyük bir sürpriz beklemektedir...

Memati Rus kapanında, ölümle burun buruna yaşamda kalmaya çalışıyor. Nesrin, Memati’yi kurtarabilmek için Selim’le pazarlık yapıyor. Doğu Bey, Çeçenler’i kontrol altında tutabilmek için Polat’la görüşür, Polat, Doğu Bey’in istediği bu yardımı geri çevirmez, ancak bu konuda Çeçenler’e bir şart koşar. Babasıyla uzlaşamayan Safiye bu defa çareyi annesinde arar. Laz Ziya ve İbrahim Ahıskalı karşı karşıya gelirler; Selim’in Nesrin’e, Laz Ziya’nın ise her ikisine bir sürprizi vardır. Memati’ye ulaşamayan Adnan ve Erdoğan çareyi, Polat’a durumu anlatmakta bulur. Polat, sokaklar uğruna, sokaklarda ölüme terk edilen Memati’yi kurtarabilecek mi?

Memati, yoğun bakımda ölüm kalım savaşı vermektedir. Polat ise Memati’nin intikamını almaya yemin eder. Laz Ziya, kendisinden habersiz parasının Çeçenlere verildiğini öğrenince, soluğu İplikçi Nedim’in yanında alır. Çeçenler, 680 bin doları İplikçi Nedim’den almıştır ama Polat verdiği sözü çiğneyip başka planlar yaptığı sırada, beklenmedik biri hesaplarını bozar. Açtığı davadan azledildiğini öğrenen Elif, Polat’la konuşmaya gider ve Memati’nin başına gelenleri öğrenir. Safiye’ye verilen Meçhul kartpostal Baron’un evini karıştırır. Nesrin’in Selim’le evlendirileceğini öğrenen Polat, Selim’in evine bir operasyon düzenler. Doğu Bey, Ali Candan ile ilgili gerçeğe ulaşmak için Karahanlı ile görüşür ve Karahanlı, 30 yıldır yanıtını beklediği sorunun cevabını alır...

Doğu Bey, KKTC Cumhurbaşkanı Rauf Denktaş’la Kıbrıs’ın geçmişi ve geleceğini konuşmak için Kıbrıs’a gider. Rauf Denktaş’la Kıbrıs’ın gizli kalmış gerçeklerini konuşan Doğu Bey’i dönüşte bir sürpriz beklemektedir. Baron, Ali Candan hakkında her şeyi öğrenmek için Candan ailesine gider. Baron’un anlattıkları, Nazife Hanım ve Ömer Efendi için büyük şok olur. Elif'de Karahanlı ailesini ziyaret ederek Nergiz ve Safiye’yle Ali hakkında konuşur. Olanları Nizamettin ve Samuel’e de anlatan Baron, onlardan oğlunu bulmaları için ellerinden geleni yapmalarını ister. Polat, Laz Ziya ve Nesrin’e diyetini açıklar. Artık en büyük koz Polat’ın elindedir. Baron, Polat’tan her şeyi bırakıp Doğu Bey’i öldürmesini ister. Polat kendini var eden devlete kurşun sıkmak yerine yeni bir plan yapar. Ancak planları öğrendikleri karşısında alt üst olur...

Polat, deşifre edildiğini düşünerek Doğu’yu öldürmek ister. Vereceği karar kendisi ve görevi için yol ayrımı demektir. Mehmet Karahanlı’yı gerçek babası olarak kabullenemez Polat. Elif’le yüzleşme isteği bile sancılıdır. Baron, mabette hesap verirken, Polat Ali Candan’ın Efe Karahanlı olmadığını ispata çalışır. Kılıç, tüm gelişmelerden habersiz, Baron’un toplantısının bitmesini bekler. Nergiz, rüyasında gördüklerinden ötürü fenalaşır. Safiye, annesinin eski haline geri dönmesinden korkar. “Mabed’in ev sahipleri” Türkiye Baronunun beceriksizliklerine tahammül edemez. Kurtlar Vadisi’ndeki pusların üzerine, ölümün soğuk nefesi düşmektedir.

Baron’un ölümüyle beraber farklı senaryolar ortaya çıkar. Safiye, babasından sonra annesini de yitirmekten korkar. Safiye için katil Kılıç’tan başkası değildir. Nergiz, umulmadık şekilde dingin karşılar ölümü. Onun önceliği, geleceği Efe adına şekillendirmektir. Abdülhey, Polat’tan haber alamayınca infaz planlarına ulaşır ve listedeki herkesi ortadan kaldırmak ister. Polat’ın olağandışı tepkileri Elif’in dikkatini çeker. Oysa Polat’ın zihninde resimler yerine oturmaya başlamıştır. Polat, son bir yüzleşme için Baron’la karşı karşıya gelecektir...

Konsey, yeni baronu seçmek için bir araya gelmiştir. Baron olmak isteyenler kartlarını açar. Baron adayları arasında soğuk savaş başlamıştır. Üç adayın varlığı konseyi parçalamak üzeredir. Mehmet Karahanlı’nın mirası açılır. Mirasçılar arasında Efe Karahanlı'da vardır ve babası oğluna bir milyar dolar nakit para bırakmıştır. Doğu, Polat’ı sürpriz şekilde ziyaret eder. Dengeler içersinde dikkat etmesi gerektiğini söyler. Oysa Polat, Elif’e gerçekleri söyleyip söylememe tereddütünde randevu saatlerini beklemektedir... Polat’ın bu bekleyişi belki sonsuza kadar sürecektir...

Konsey, ‘Yeni Baron’u seçmek için yeniden toplanacaktır. Toplantı öncesi son kozlar oynanır. Laz Ziya’nın şantajı, Samuel’i adaylıktan vazgeçirtir. Kirve’nin isteği, Halo’yu oylamadan uzak tutmaktır. Kılıç, kilit adam Nizamettin’i ikna etmeye çalışır. Ancak konsey beklenmedik gelişmelere gebedir. Laz Ziya, kendisini dışlanmış bulur. Safiye, babasının ölümündeki sırları çözmek ister. İpuçları bulma derdindedir. Polat, Elif’i kimlerin kaçırdığını öğrenmeye çalışır. Ruslardan, Samuel’den, Kirve ve Laz Ziya’dan şüphelenir. Hepsi için hamleleri vardır. Ama bir türlü Elif’in izine ulaşamaz. Umutların tükendiği anda karşılaşacağı sürpriz Polat’ı şok edecektir...

Elif kendisini kimlerin kaçırdığını ve ne yaptıklarını hatırlayamaz. Polat, Elif ile yollanan mesajı çözmek ister. Doğu ile görüşür. Ne yapacağına karar vermiştir artık. Laz Ziya, kendisine oyun oynayanlardan intikam almak niyetindedir. Rus Baron, Polat’ın öldürülmesi emrini verir. Kirve’nin planı, Kılıç ve Karahanlı ailesini yok etmektir. Safiye’ye göre babasını öldürenler ile Elif’i kaçıranlar aynı kişilerdir. Polat, Elif’e yirmi dört saat boyunca her istediğini yapacağı sözünü vermiştir. Oysa Nina’nın namlusu birbirlerine bir türlü kavuşamayan aşıkları baş başayken yakalayacaktır...

Nina’nın suikast girişimi başarısız olur. Çünkü Erhan onu deşifre etmiştir. Polat, Elif ile baş başa romantik dakikalar geçirirken planlarını da bir bir uygulatır. Abdülhey, Kirve’yi alıp Halo’ya teslim eder. Tüm yakınları gözlerinin önünde öldürülen deli, Kirve’den intikamını alacaktır. Nergiz, kendisinin ve kızının hayatını kurtaran Polat’a şükran ziyaretinde bulunur. Efe için sakladığı yüzük Polat’tadır artık. Polat, ofisindeki dördüncü resmin sırrını çözer. Tuncay, Halo ve Kılıç’ın konsey toplantısına gelebilmesi Samuel’i şaşırtır. Toplantı sonunda yeni baron seçilir. En çok hayal kırıklığına uğrayan kişi ise Samuel’dir.

Laz Ziya’nın ziyaretçileri vardır. İşlerden çekilmesini istemezler. Memati, Abdülhey’den devlet bağlantıları hakkında bilgi almaya çalışır. Nina, bir hücrede tutulmaktadır. Hayatının affedilmesine karşılık bilgi vermesi istenir. Ancak plan dahilinde olmayan bir gelişme yaşanır. Safiye, Samuel’den randevu alır. Polat, bunu da planlarına dahil eder. Niyeti Samuel’i hataya sevk etmektir. Baron olduktan sonra ilk kez Doğu ile görüşürler. Yeni dengelerde Rusların yeni ve büyük bir hamlesi olacağı açıktır. Polat’a göre Samuel, Ruslarla da işbirliği içerisindedir. Doğu’nun ikazlarına rağmen Mito yeniden Samuel’le bağlantı kurar. Son kozlarını oynamak istemektedirler. Fakat, Doğu Bey bu kozu ele geçirir. Polat’ın ofisine bir paket gelmiştir...

Mito, intihar edemez. Samuel ile görüşmek ister. Ancak esrarengiz şekilde ortadan yok olur. Safiye’ye internet üzerinden şaşırtıcı mesajlar gelir. Mesajlar Karahanlı’nın ölümü ve Dikilitaş hakkındadır. Elif, Polat’ın istediği gibi bir şato bulur. Eleştirilere rağmen oraya taşınmaya karar verir. Polat’ın ekibi yapacakları işleri belirlemiştir. Yasal işlerle büyümek isterler. Polat, Kılıç ve Nizamettin’den konseyin işleyişi hakkında brifingler alır. Bu brifinglerde aslında Türkiye’nin nasıl yönetildiği anlatılmaktadır. Bu arada Polat, Elif ile birlikteyken Nina, Erhan’ın silahını ele geçirir. Onu ve Abdülhey’i vurur. Amacı bir an önce Polat’ın elinden kaçmaktır...

Polat, Nina sayesinde Ruslara ulaşmak ister. Bağlantılarını görmek için onu takip ettirir. Safiye’ye yeni mesajlar gelir. Nergiz’e göre “fox” kendilerini tanıyan biridir. Laz Ziya, Akrep Bekir’in geri dön çağrılarına itibar etmez. Fırtınanın kopmakta olduğunu anlamıştır. Konseyin kara paralarını aklayan İplikçi Nedim, dosyasını Polat’a sunar. Ekonomi yoluyla iktidarların nasıl değiştirildiğini, hangi oyunlarla yabancı sermayenin ülkeye girdiğini anlatır. Tuncay’ın sunduğu dosya nakit para ve insan kaçakçılıkları hakkındadır. Yeni AB anayasasının ülkemizin siyasi yapısını nasıl bozacağını anlatır. Nina sayesinde ulaşılan son kişi Rusların en tehlikeli silahıdır...

Esad, Tilki Andrei’yi sağ ele geçirmek için komando birlikleri ile baskın yapar. Oysa Tilki, Nina’yı öldürür, Polat’a bir mesaj bırakır ve sırra kadem basar. Safiye’ye gelen mesajlar, onun vakıf işleriyle uğraşmasını tavsiye eder. Nergiz, “Fox”un Samuel olduğuna emindir artık. Laz Ziya, kendisini sağlama almak için harekete geçer. Nizamettin, yeni T.C.K.’daki ilkesel devrimler hakkında basına röportaj verir. Halo, Polat’a brifingini sunar. Afganistan’daki afyon üretiminin ABD müdahalesinden sonra nasıl kat be kat arttığını konuşurlar. Samuel’in dosyasında dünyayı yöneten vakıflar hakkında detaylı bilgiler vardır. Onların yapıları ve çalışma şekillerini anlatır. Sürekli gerileyen ABD ekonomisinin Almanya, Japonya ve Çin karşısındaki son kozunu konuşurlar. Rus İbrahim, Tilki ile görüştükten sonra kendi konseyini toplar. Rus İbrahim’in kaçamayacağı son başlamıştır artık...

Akrep Bekir, Halo vasıtasıyla Polat’ın planlarına dahil olmuştur. Bu sayede Memati, İbrahim Ahıskalı ve konseyini yok eder. Fakat Halo, Akrep Bekir’e güvenmez. Çünkü ona göre bir kere ihanet eden bunu yine tekrarlayacaktır. Laz Ziya, emeklilik sigortam diyerek çantasındaki dosyaları Doğu Bey’le paylaşır. Safiye, babasının vakıf işlerini devam ettirmek için Samuel’le çalışmaya başlayacaktır. Niyeti, oyuna gelmiş gibi görünüp, Samuel hakkında bilgi edinmektir. Elif, eski işine dönmek ister. Yapamayacağını öğrenince soluğu Polat’ın yanında alır. Laz Ziya’yı tutuklatan Polat, Akrep Bekir’i de Tilki Andrei’nin kucağına atmıştır. Akrep Bekir’i ismine layık bir son beklemektedir...

Elif, Polat ile tartışırken tercihini yapar ve uzun bir aradan sonra Ali’yi istediğini söyler. Laz Ziya, kendisine iletilen ikazı kabullenmiştir. İçerideyken konsey aleyhine bilgi vermez. Nesrin, babasının işlerini devralmaya razı olur. Tilki Andrei, Polat’ı ziyarete gelir. Ahıskalı’ya karşılık Samuel’i ister. Pazarlık gücünü artırmak içinse Polat’ın adamlarını kaçırmıştır. Esrarengiz bir güç her şeyin ötesinde kendi planlarını uygulamaya başlar. Bir yandan “fox“ adına Safiye ile mesajlaşırken, bir yandan Polat’ın ve Ali’nin seslerini dijital ortamda taklit etmeye başlar. Samuel ise Polat’ın Efe Karahanlı olduğunu öğrenir...

Fox, Tilki Andrei mi? Tilki Andrei, Polat'a verdiği sözü tutmaz. Vakit dolmadan Polat'ın adamlarını öldürmeye başlar. Samuel'in başına gelenler herkesi şok eder. Polat, konsey üyelerinin bir an önce Türkiye'den kaçmasını ister. Nizamettin, bu ölümü kendi lehlerine çevirmenin yolunu bulmuştur. Polat'ın izniyle "Temiz Toplum" kampanyasının sözcülüğüne soyunur. Doğu, son gelişmelerin Ankara'dan planlandığını düşünür. Duruma müdahale etmek için Ankara'ya gitmelidir. Samuel'in ölümünün şaşkınlığı geçmeden Safiye'nin kaçırıldığı öğrenilir. Kılıç'a göre "fox" Tilki Andrei'dir. Ona ulaşır ama kötü bir sürprizle karşılaşır. Gizli güç, planlarını uygulamaya devam etmektedir.

Polat, gözlerini Suriye'de açıyor. Tabut içinde, canlı canlı gömülen Polat Alemdar, Suriye'de bir otelde gözlerini açar. Kendisine bir not bırakılmıştır, bir isim! Notta yazılan isme ulaşması gereken Polat, bir taraftan da İstanbul ile bağlantı kurmaya çalışır. İstanbul'da da işler yolunda gitmemektedir. Elif kaza yapmış, Safiye birileri tarafından kaçırılmıştır. Nergiz'in eski rahatsızlıkları yenilenmiştir. Tuncay ve Türkiye'den kaçmaya çalışan İplikçi Nedim polis tarafından alıkonulmuştur. Tilki Andrei'yi bulacağını zanneden Kılıç tuzağa düşürülmüştür. Nizamettin tüm bu sorunlara karşı kayıtsız görünmektedir. Halo'nun kaçış planında sorun görünmemektedir. Fakat Polat her şeyden habersizdir, çünkü İstanbul'a ulaşmasına bir şeyler engel olmaktadır. Polat, nottaki şahısa ulaştığında, kendisi için bırakılan bir çantayla karşılaşır. Bütünün parçalarını bir araya getirmeye çalışan Polat'ın peşinde, Suriye Gizli Servisi El-Muhaberat vardır...

Polat cehennemin içinde. Polat, tabut içindeki son anlarını ve ölümü kabullendiği noktada hayata nasıl döndürüldüğünü hatırlar. Verilen yeni yaşam karşılığında Polat'tan Lübnan Başbakanı'nı öldürmesi istenmiştir. Sürekli takip edilen Polat, istenen şeyin nedenlerini araştırırken anlar ki; kendisini kullanmak isteyenler hem Ortadoğu dengelerini iyice bozacak, hem de Türkiye'yi zor durumda bırakacaktır. Polat'a yeniden hayat verenler; Nergiz, Doğu ve Esat için hazırladıkları sonu birer birer gerçekleştirmiştir. Elif, ameliyat masasında ölümle pençeleşmektedir. Kapısı dahi olmayan bir odada gözlerini açan Safiye, öldürüleceğinden emindir. Kılıç, tuzaktan kurtulup sırlara karışmıştır. Polat'ın İstanbul'a ulaşma çabaları hala engellenirken, Nizamettin mafya ve teröre karşı başlattığı savaşın ilk adımını basına açıklar...

Polat namlunun ucunda, Elif ölüm kalım savaşı veriyor. Polat, Lübnan Başbakanı'na yapılacak suikasti engellemeye çalışırken bir keskin nişancı ile karşı karşıya kalıyor. Elif ise ameliyat masasında ölüm kalım savaşı veriyor. Polat Alemdar'ın İstanbul'a ulaşma çabaları hala engellenmektedir. Yeni iddialara göre Polat, milyarlarca dolarlık cinayetlerden sonra yurt dışına kaçmıştır. Konsey üyelerinden Tuncay tutuklanmış, İplikçi Nedim serbest bırakılmıştır. Halo, izini kimseye belli etmeden saklanmayı başarmıştır. Memati, polislerden kurtulmuş, Erhan ve Abdülhey ile buluşmaya çalışmaktadır. Nizamettin'e göreyse Polat diye biri artık yoktur. Onunla teması olan herkesten uzak durulmalıdır. Oysa; öldürülmeyi bekleyen Safiye'nin ilk göreceği insan Nizamettin olacaktır. Elif, her şeyden habersiz ameliyat masasında ölüm kalım savaşındadır. Yakınlarından haber alamayan Polat'ın önceliği, Lübnan Başbakanı'na düzenlenecek suikastı engellemektir...

Polat ateş çemberinde. Polat, Lübnan Başbakanı'na yapılacak suikasti engellemeye çalışıyor. İki keskin nişancının çatışmasından galip çıkan Polat, suikast için başka planlar da yapıldığını anlar. Şimdi yeni bir sorunu daha vardır. Polat, elindeki cesedi yok etmeye çalışırken, Elif'in yakınları çaresizlik içerisindedir. Onlar için bütün kapılar birer birer kapanmaktadır. Nizamettin, Elif dahil adı Polat'la birlikte geçen herkesle ilişkisini keser. Memati, Abdülhey ve Erhan bir an önce saklanabilecekleri bir yer bulmaya çalışır. Tuncay, Abidin'e güvenmenin bedeli olarak kendisini cezaevinde bulmuştur. Halo, Polat'a can borcunu ödeme derdindedir. Son yaşananlar Laz Ziya'ya şunu öğretmiştir ki; Nizamettin uzak durulması gereken biridir. İstanbul'dakilerle irtibat kurması hala engellenen Polat'ın aklına bir fikir gelir. Anlık da olsa İstanbul ile temas kurar sonunda. Suikast günü geldiğinde Polat'ın tek bir hedefi vardır. Başbakan'a yapılacak suikastı engellemek...

Ve Polat İstanbul'da... Polat Alemdar, Halep cehenneminden çıkmayı başarmıştır. Yanında Nevzat, İstanbul'a geldiğinde, onun ve herkesin kafasında binlerce soru işareti vardır. Polat, özel olarak sakladığı Halo'nun yanına gitmekten başka yol bulamaz. Ancak Halo'nun yerini bilen başkaları da vardır. Polat, Halo'nun hayatını kurtarırken, sevdiği, tanıdığı herkesin, bütün yakınlarının Halo'dan daha büyük tehlike altında olduklarını çok iyi bilmektedir. Halo'ya; Elif, Safiye, Memati, Abdülhey, Erhan, Nizamettin, Kılıç, Tuncay ve Laz Ziya'nın ne durumda olduklarını sorar. Polat, hastanede umutsuz bir şekilde yatan Elif'in durumundan haber alamazken, ilk kurtaracağı kişiyi kız kardeşi Safiye olarak seçer. Gizli güçler de kalanlardan ilk olarak Safiye'yi seçmiştir!

Polat, Elif'e ulaşmaya çalışıyor. Polat, Elif'in durumunu öğrenince tüm planlarını değiştirip ona ulaşmanın yollarını arıyor. Safiye için karşısındaki kişi, ya kardeşi Efe Karahanlı ya da kendisini öldürmeye gelen Polat Alemdar'dır. Şok halindeki Safiye, tetiğe tekrar dokunduğunda kardeş katili olabileceğine inanmamaktadır. Memati, Polat ve Abdülhey'in KGT ajanı olmasını kabullenemez. Aldatıldığını düşünür ve ekipten ayrılır. Elif için kaçınılmaz olanın vakti gelmiştir. Kangren olan bacağı kesilecektir. Oysa, onun tek isteği bir an önce ölerek acılarının son bulmasıdır. Polat, Elif'in durumunu öğrenince tüm planlarını değiştirir. Bir şekilde sevgilisine ulaşmalıdır. Nizamettin, "Küresel Konsey" ile irtibata geçer. Kendisine söylenen; Karahanlı'nın evinde bulunamayan "Türkiye'nin Kara Kutusu"nu ele geçirip herkesi öldürmesidir. Kılıç, saklanabilmenin yolunu kendince bulmuştur. Sorularına yanıt bulmadan ortaya çıkmamak niyetindedir. Polat için sondan önce tek bir amaç kalmıştır...

Polat Alemdar için yerinin belli olması, yaralı olmasından daha tehlikelidir. Hastanenin her köşesi polisler tarafından kuşatılmıştır. Onu kurtarmak isteyenler kendi usulleriyle bir şeyler yapmak zorundadır. Hikmet, bu çabada tutuklanmaktan kurtulamaz. Safiye, Halo'nun bahsettiği emaneti gördüğünde bunun sıradan bir şey olmadığını anlar. Gördüğünün kripteks olduğunu ve tüm sırların "Kara Kutusu" olduğunu öğrendiğinde, kendisini bir çatışma beklemektedir. Kılıç, kafasındaki sorulara birer birer cevap bulmuştur. Artık nereden başlayacağını bildiği için, saklandığı hapishaneden çıkmaya karar verir. Polat için zaman, gerçekleri ve planlarını sevdikleriyle paylaşma zamanıdır. Aslında bu; herkes için bir yol ayrımıdır...

Polat, tüm sevdiklerine kendisiyle ilgili gerçekleri anlatmaya başlar. Aslında bu hem bir helalleşme, hem de bir yol ayrımıdır. Polat'ın açıklamalarını yeterli bulmayan Safiye, Halo ve Memati'nin hala öğrenmek istediği bir şeyler daha vardır. Polat için iki önemli şey kalmıştır. Birincisi kripteksi açmak için gerekli olan şifre ve anahtarı bulmak, ikincisi Nizamettin'in bağlantılarını belirlemek. Elif'in durumuysa gittikçe ağırlaşmaktadır. Onun tek isteği bir an önce ölmektir. Gizlice İstanbul'a dönen Kılıç, Nizamettin'e ulaşmaya çalışır. Bu sürpriz buluşma gerçekleştiğinde kripteks, şifre ve anahtarı bir araya getirmeye çalışan herkes, neye, ne kadar sahip olduğunu öğrenecektir artık...

Kılıç'ın Nizamettin ile sürpriz buluşması sonunda, kripteks için mücadele eden herkes, düşmanının neye sahip olduğunu anlamıştır. Şifre Polat'ta, anahtarsa Nizamettin'in elindedir. Memati, Abdülhey'i koruyamamanın pişmanlığını yaşarken, Nesrin'in hatası Laz Ziya'ya bedel ödetecektir. Polat'ın harekete geçebilmesi, Nizamettin'in bağlantılarına ulaşmasına bağlıdır. Elif, cihazlara bağlı şekilde yaşamak zorundayken kendisine gelen dünürcüyle şok olur. Nizamettin bir yandan Abdülhey'in hayatı pahasına pazarlık yaparken, bir yandan da Polat ve adamlarının saklanmış oldukları yeri öğrenir. Polat, Nizamettin'in isteğine uyacaktır...

Polat Alemdar, Los Angeles'ta güçlü bir suç baronu olan Amon ve onunla birlikte Lisa ile karşı karşıya gelir. Polat, hem Amon'un karanlık işlerini ortaya çıkarmaya çalışır, hem de geçmişteki gizemli olaylarla yüzleşir. Turgut Özal’ın ölümüne dair şüpheler ve Saddam’ın Halepçe Katliamı’na dair ilişkiler sorgulanırken, 11 Eylül saldırılarıyla Türkiye’nin olası bağlantıları da irdelenir. Polat, küresel bir güç mücadelesine girerken, kişisel hesaplaşmalarla da yüzleşir...

Efe Yakup Karahanlı olarak doğan, Ali Candan olarak büyüyen, daha sonra yüzünü ve tüm hayatını değiştiren Polat Alemdar, mafyayı çökertmek amacıyla girdiği bu yolda dünya baronlarının karşısına çıkar. Sevdiklerini korumak için her şeyi göze alan Polat, bunu Lisa ve Amon'un karşısında da yapabilecek mi? Diğer taraftaysa sevdiği, Polat Alemdar olduktan sonra bile vazgeçemediği Elif'i ölümle pençeleşmektedir. Polat, sevdiğini ölmeden son bir kez görebilecek mi? Kurtlar Vadisi Operasyonu sona ererken Polat, sevdiklerinin, hayatının hesabını mahkemede vermektedir. Polat mahkemeye nasıl çıkacak? Mahkemede onu neler bekliyor?...