Yoshika stattet Miyafuji, die in Lausanne an der Schule für Heilkunde Medizin studiert, einen Besuch ab. Als die beiden auf dem Weg zu einem fahrenden Zirkus sind, sehen sie wie Menschen panisch weglaufen.

Miyafuji hatte nicht damit gerechnet in einen Kampf mit einen Neuroi zu geraten und hatte daher keine Waffe bei sich. Als wäre der Kampf nicht schon hart genug, streikt auch noch ihr Fluggerät.

Voller Nervosität tritt die aufrichtige Hattori Shizuka als neuestes Mitglied dem 501. Vereinigten Jagdgeschwader bei! Gut, dass sie Yoshika an ihrer Seite hat, die ihr die nötige moralische Unterstützung gibt.

Shirley ist gar nicht glücklich, dass ihr Weltrekord gebrochen wurde. Zusammen mit Lucchin will sie sich den Rekord zurück holen. Derweil taucht ein Neuroi auf, der es auf das Hauptquartier abgesehen hat.

Die Königin der Nederlande bittet die Witches um höchst ungewöhnliche Hilfe. Sie sollen die blauen Tulpen wieder zum Blühen bringen. Aber wie bringt man eine Tulpe zum Blühen?

Die Zerstörung in Antwerpen verschiebt die Rückeroberung Berlins auf unbestimmte Zeit. Doch es gibt Hoffnung - der Hafen von Kiel ist nahezu unversehrt. Die Witches rücken zu einer neuen Mission aus.

Lynee findet im Wald ein mysteriöses Gefäß, das die Witches im Hauptquartier untersuchen. Als Lucchini es mit ihrer tollpatschigen Art öffnet, bekommen es die Witches mit üppigen Oberweiten zu tun.

Auf dem Weg nach Berlin gilt es erst einmal Kiel zurück zu erobern. Jedoch entdecken Sanya und Elia auf ihren Patrouillenflug einen dichten Nebel über Kiel, welcher scheinbar von einem Neuroi erzeugt wird.

Dem Vorstoß nach Berlin steht nichts mehr im Weg, daher geht das Neuroi-Nest über Berlin in die Offensive und greift mit Raketen an. Die Witches müssen die Angriffe aufhalten, ansonsten droht Kiel zu fallen.

Es ist so weit, die Operation „South Wind“, der Angriff auf das Neuroi Nest über Berlin wird endlich ausgeführt. An vorderster Front stehen die „Strike Witches“ des 501. Vereinigten Jagdgeschwaders.

Miyafuji ist aufgewacht und muss feststellen, dass ihre magischen Kräfte vollkommen aufgebraucht sind. Die Offensive gegen die Neuroi in Berlin kann nicht warten und muss ohne die magische Unterstützung Miyafuji's durchgeführt werden.

Die Lage ist kritisch. Miyafuji und die Panzereinheit der „Ratte“ sind unter der Neuroikuppel gefangen und von Vernichtung bedroht. Die 501. versucht alles, um in die Kuppel zu kommen ‒ aber kommen sie rechtzeitig?