Po walce z Rodziną Czarnego Księżyca, wojowniczki cieszą się pokojem. Wkrótce potem, pojawia się nowe zagrożenie ze strony Bractwa Śmierci, które pragnie pozyskiwać od ludzi kryształy czystych serc, aby znaleźć trzy talizmany. Ich pierwszym celem jest Rei.

Po zniszczeniu przez dajmona broszki przemiany, Usagi martwi się czy nadal będzie mogła być czarodziejką. Pozostałe wojowniczki obiecują bronić swoją liderkę, dopóki nie rozwiążą tego problemu. Podczas kolejnej potyczki z przeciwnikiem główna bohaterka otrzymuje nową moc.

Siedząc w salonie gier Crown, Usagi oraz Minako poznają przystojnego mężczyznę, imieniem Haruka. Obie są nim zafascynowane więc postanawiają go śledzić. Wkrótce potem Bractwo Śmierci przeprowadza kolejny atak i pojawiają się nowe wojowniczki: Czarodziejka z Urana i Czarodziejka z Neptuna. Po walce okazuje się, że Haruka jest w rzeczywistości kobietą.

Usagi stwierdza, że nie nadaje się na dziewczynę i przyszłą żonę dla Mamoru, dlatego prosi swoje przyjaciółki o pomoc. Tymczasem Kaolinite z Bractwa Śmierci przeprowadza atak na uczestników opery.

Profesor Tomoe i Kaolinite stwierdzają, że najczystsze serce mają osoby pragnące pierwszego pocałunku. Dlatego obierają sobie za cel Unazuki, siostrę Motokiego i odbierają jej kryształ serca. Wojowniczki usiłują go jak najprędzej odzyskać.

Umino i Naru chcą wziąć razem udział w konkursie na najpiękniejszą parę. W tym samym konkursie startują także Haruka i Michiru. W pewnym momencie zostaje on przerwany przez atak Kaolinite.

Makoto i Usagi przechodząc przez ulicę o mały włos nie zostają przejechane, przez rozpędzoną Harukę. Zafascynowana Haruką Mako, chce umówić się z nią na spotkanie, co jest odbierane przez pozostałe wojowniczki, jako chęć pójścia na randkę. Podczas spotkania dziewczyn, Mako zostaje zaatakowana przez dajmona.

Ami martwi się, że nauka zajmuje jej cały czas i nie interesuje się innymi rzeczami, tak jak jej przyjaciółki. Relaksując się na basenie, podejmuje wyzwanie Michiru, by ścigać się w pływaniu. Wkrótce potem, Ami zostaje zaatakowana przez dajmona.

Yuuichirou widzi jak Rei flirtuje z Haruką. Wieczorem tego dnia, chłopak udaje się na jogging, gdzie widzi Harukę razem z Michiru. Złości się z tego powodu i wyzywa Harukę na pojedynek. Po przegranej walce, postanawia opuścić świątynię Hikawa, jednak wsiadając do pociągu atakuje go Dajmon.

Minako ma wątpliwości co do swojego dotychczasowego życia. Spotyka także swojego dawnego przyjaciela z drużyny siatkówki – Asai. Wkrótce potem, chłopak staje się celem ataku Kaolinite.

Zbliża się 30 czerwca, czyli dzień urodzin Usagi. Tego dnia dziewczyna kłóci się z Mamoru, sądząc że zapomniał on o jej święcie. Kiedy udaje im się już pogodzić, Chiba kupuje głównej bohaterce pantofelki o których marzyła. W tym momencie atakuje ich dajmon i zabiera Usagi broszkę przemiany.

Aby uratować uwięzionego Tuxedo, nie mając broszki przemiany, Usagi decyduje się dobrowolnie oddać w ręce Kaolinite. Z pomocą przychodzą jej pozostałe Czarodziejki, za to Sailor Uranus i Sailor Neptune walczą bezpośrednią z Kaolinite. Po pojedynku wysłanniczka Bractwa Śmierci ginie.

Usagi wraz z przyjaciółkami udaje się na festiwal, którego współorganizatorką jest Rei. Na festiwalu zjawiają się także Haruka i Michiru. Tymczasem, obowiązki zmarłej Kaolinite, przejmuje Eudial z Domku Pięciu Wiedźm. Pod koniec walki, niespodziewanie pojawia się Chibiusa.

Jak się okazało Chibiusa przybyła z przyszłości, na prośbę swojej matki – Królowej Serenity. Dziewczynka ma nawiązać przyjaźnie w XX wieku. Tymczasem Eudial planuje zaatakować mistrza parzenia herbaty, Tamasaburo.

Makoto, po kilku przegranych starciach, zaczyna powątpiewać w swoje umiejętności bitewne. Z tego powodu wyjeżdża w góry by trenować. Poznaje tam trenującego od pięciu lat mnicha, Kakusui, który staje się jednocześnie następnym celem ataku Bractwa Śmierci.

Usagi, wraz z przyjaciółkami, zastanawia się do której szkoły udać się po skończeniu gimnazjum. Zwiedzając placówki edukacyjne poznają Elzę Grey – wybitną sprinterkę. W międzyczasie obserwuje ją Haruka, gdyż przypomina jej to o czasach, kiedy poznała Michiru.

Chibiusa poznaje na zajęciach dodatkowych chłopaka – Masanori, w którym jest zauroczona. Na te same zajęcia uczęszcza także Michiru, którą zainteresowany jest Masanori. W czasie zajęć zostaje zaatakowany przez Eudial.

Mamoru dostaje zaproszenie na bankiet od swojego znajomego brytyjskiego arystokraty, Edwarda. Na tenże bankiet udają się także Usagi i jej przyjaciółki. Podczas uroczystości Edwarda atakuje Eudial.

Minako zastanawia się, dlaczego dajmon nigdy jej nie zaatakował i zaczyna podejrzewać, że nie ma ona czystego serca. Dlatego postanawia ona poświęcić się bezinteresownej pracy dla innych. Wkrótce potem Eudial ją atakuje, jednocześnie zamykając wraz z nią w pomieszczeniu Usagi, Harukę i Michiru. Nie mając innego wyjścia wojowniczki ujawniają swoją prawdziwą tożsamość.

Eudial odkrywa kto jest właścicielem talizmanu. Ponieważ poznała także tożsamości Czarodziejek z Neptuna i Urana, postanawia sprowokować je do walki i talizmany. Kiedy stawiają się na miejscu Eudial wyjawia, że to właśnie one mają w sercach talizmany.

Eudial odbiera talizmany Haruce i Michiru. Na ratunek wojowniczkom przybyła Usagi, a wraz z nią pozostałe czarodziejki, Tuxedo, a także Setsuna Meio, która okazuje się być Czarodziejką z Plutona i właścicielką trzeciego talizmanu. Po połączeniu trzech talizmanów, powstaje, poszukiwany przez Bractwo Śmierci, Święty Graal.

Po śmierci Eudial, w wypadku samochodowym, jej obowiązki przejmuje Mimete. Jednak jej nowe zadanie jest teraz nieco inne – ma ona znaleźć kryształ czystego serca dla przebudzenia Mesjasza Ciszy. Tymczasem Chibiusa poznaje w parku tajemniczą Hotaru.

Chibiusa wraz z Usagi postanawiają odwiedzić nową przyjaciółkę dziewczynki – Hotaru Tomoe. W domku spotykają także przywróconą do życia Kaolinite. Tymczasem Mimete atakuje znanego mangakę, by zdobyć jego czyste serce.

Minako i Mimete biorą udział w castingu do serialu w którym ma wziąć udział znany aktor młodego pokolenia. Mimete zaczyna mieć wątpliwości czy chce kontynuować karierę w Bractwie Śmierci, czy poświęcić się sztuce estradowej.

Setsuna, Haruka i Michiru zaczynają podejrzewać, że w Hotaru drzemie podejrzana moc. Aby się upewnić, Haruka zabiera Hotaru i Chibiusę na przejażdżkę. W międzyczasie Mimete atakuje kolejnego znanego aktora.

Chibiusa zaprasza Hotaru na piknik, na który idzie z Usagi i Mamoru. Piknik ma się odbywać u znajomego Mamoru, który jest biologiem i hoduje różne gatunki róż. Staje się on także następnym celem Mimete.

Hotaru jest zafascynowana wybitnym skoczkiem wzwyż, który właśnie pobił kolejny rekord Japonii. Pisze także do niego list, którego jednak nie ma odwagi wysłać. Usagi i Chibiusa starają się ją do tego zachęcić i idą razem z nią na stadiom lekkoatletyczny.

Profesor Tomoe, przygotowując dajmona, wychodzi do sklepu. W tym czasie Mimete postanawia zmodyfikować dajmona, jednak kończy się to niepowodzeniem i w efekcie zamyka domowników w innym wymiarze (w tym przebywające tam, Chibiusę i Hotaru). Czarodziejki, udają się na ratunek.

Rei ma wizję "ciszy", która ma nastąpić po przebudzeniu Mesjasza Ciszy. Setsuna postanawia wyjawić czarodziejkom nad czym pracują Haruka i Michiru, śledząc Bractwo Śmierci. Tymczasem Chibiusa i Hotaru, pod opieką przyjaciółek idą razem do planetarium.

Po tajemniczym zniknięciu Hotaru, Chibiusa jest tym faktem zasmucona. Tymczasem Mamoru, Usagi i reszta wojowniczek szukają informacji o Akademii Mugen, do której chodzą Haruka i Michiru. Postanawiają przeprowadzić tam śledztwo. Po walce z wojowniczkami, Mimete postanawia użyć specjalnej broni, jednak zostaje zabita przez Tellu.

Tellu postanawia zdobyć większą ilość czystych serc za pomocą atakujących kwiatów. Zakłada więc kwiaciarnię, z której korzysta także Hotaru, chcąca dać kwiat Chibiusie. Dziewczynkę udaje się obronić, jednak Hotaru zostaje porwana przez Kaolinite.

Po śmierci Tellu (z rąk jej własnych kwiatów), jej miejsce zajmuje Villuy. Jej planem jest zebranie czystych serc od uczniów szkoły Mugen, gdzie ma się odbyć kolejny egzamin. Po walce Villuy ginie z rąk własnych nanorobotów, natomiast profesor Tomoe poznaje prawdziwą tożsamość wojowniczek.

Większość uczniów Akademii Mugen zostaje zahipnotyzowana tak, by dobrowolnie oddać kryształy swych serc dla Mesjasza Ciszy. Drużyna Czarodziejek wyrusza, by walczyć z ostatnimi członkiniami Domku Pięciu Wiedźm – Cyprine i Ptilol. Tymczasem Tuxedo i Czarodziejka z Plutona walczą przeciwko Kaolinite, która porywa Chibiusę.

Dzięki czystemu sercu Chibiusy, Hotaru przebudziła się jako Mistress 9 czyli Mesjasz Ciszy. Czarodziejki postanawiają wyruszyć na pomoc dziewczynkom. Tymczasem Haruka i Michiru, po śmierci Setsuny, walczą z profesorem Tomoe, opętanym przez specjalnego dajmona – germatoida.

Aby ocalić Hotaru, Czarodziejka z Księżyca decyduje się oddać Świętego Graala w ręce Mistress 9. Mesjasz Ciszy natychmiast podejmuje próbę przywołania Pharaoh 90, który ma zaprowadzić na Ziemi "świat wielkiej ciszy". Tymczasem prawdziwa Czarodziejka z Saturna zostaje przebudzona i niszczy Pharaoh 90, poświęcając własne życie.

Po pokonaniu Bractwa Śmierci, profesor Tomoe, doznał rozległej amnezji, natomiast Hotaru odrodziła się jako niemowlę. Tymczasem zmęczone walkami, Haruka i Michiru postanawiają opuścić miasto, lecz najpierw chcą ukarać Usagi, za jej nierozważne zachowanie.

Chibiusa dostaje list od swojej mamy z przyszłości, która prosi dziewczynkę, by powróciła do domu. Chibiusa ostatecznie postanawia wrócić do rodziców, tymczasem ostatni ocalały dajmon atakuje Tokio.