Black Jack es un médico 'no registrado' con un pasado misterioso y nublado. Trabaja con su pequeña asistente Pinoko (que está enormemente enamorada del médico), ocupándose de casos médicos no muy conocidos, que pueden ser extraños, peligrosos o desconocidos en absoluto. Pero es un genio y puede salvar casi cualquier vida de sus pacientes (siempre que tengan el dinero para ello, claro está), y es conocido por muchos en todo el mundo, especialmente entre los de la medicina y la ciencia. Él mismo es un hombre de ciencia y no cree mucho hasta que lo ha visto, sin embargo, muchas veces se sorprende cuando el amor y la naturaleza a menudo dominan la ciencia en la que basa su vida.