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Durante un verano caliente en un tranquilo pueblo llamado Sotoba, extrañas muertes de los ancianos en una parte aislada de la ciudad sorpresas hospital decano Toshio Ozaki y su mejor amigo, Seishin Muroi, un sacerdote local, quien descubrió los cuerpos.

Toshio se sorprende de que Megumi murió de anemia, y las solicitudes de sus padres para hacer una autopsia en ella, pero su padre se niega. Mientras se dirigían a Megumi del funeral, Natsuno cumple con Ritsuko Kunihiro, una enfermera que trabaja en el hospital.

Seishin trabaja en una novela llamada Shiki, que describe a los muertos vivientes. Natsuno va a la escuela y se encuentra con su mejor amigo, Mutou Toru, junto con Ritsuko.

Natsuno se va a la cama cada noche cuidadoso de una presencia asomándose a él a través de su ventana.

Natsuno se despierta por la mañana, pero descubre que Toru aparentemente está ileso. Seishin va a entrevistar a familiares y amigos de los fallecidos y se entera de que varios de ellos renunciaron a sus trabajos justo antes de morir. Intenta ponerse en contacto con el bibliotecario local, pero le dicen que también ha renunciado.

La revivida Megumi recoge las piezas rotas de su postal a Natsuno y está triste y enojada por el tratamiento de Natsuno hacia ella. Natsuno confirma que Megumi vino a su casa y jura que no morirá tan fácilmente.

Kaori y Akira son descubiertos por Natsuno, quien les dice que abandonen las inmediaciones de la mansión. Cuando Akira menciona ver a Yasuyuki, el dueño de la fábrica de madera que murió recientemente, vivo y entró en la mansión, Natsuno se da cuenta de que tanto él como los hermanos Tanaka saben que hay algo raro con la gente en la mansión.

atsuno, Kaori y Akira desenterrar Megumi del ataúd para encontrarlo vacío, confirmando sus sospechas. Kaori es repentinamente capturada por alguien, pero logra repelerlo usando el amuleto de buena suerte que le dio a Megumi. Natsuno llega y mata al hombre en defensa propia.

Seishin acompaña a Toshio en la clínica por la noche para detectar a cualquier vampiro que pueda atacar a Setsuko. Toshio le especula a Seishin sobre cómo los vampiros atacan y beben la sangre de la víctima, y cómo pueden usar un tipo de narcótico para evitar que hablen.

Un flashback muestra a Tatsumi, por órdenes de la familia Kirishiki, para resolver el asunto con Toshio y atacar su clínica. Sin embargo, Shisuka Matsuo también es una de las vampiras a las que se le ordenó atacar, y por lo tanto no estaba presente cuando Natsuno llegó a casa.

Mientras los aldeanos de Sotoba debaten la causa de las muertes frecuentes, el chamán del pueblo acusa a los residentes de la mansión Kanemasa de ser okiagari. Nadie en el pueblo, incluida su hija, le cree cuando les dice que sus seres queridos fueron asesinados por okiagari.

Kaori y Akira se encuentran con Natsuno, quien les muestra las marcas de mordeduras en su cuello y les dice que abandonen el pueblo, temiendo que sean atacados. Pero Akira y Kaori se niegan a hacerlo. Al darse cuenta de que no escucharán, Natsuno les dice que se mantengan alejados de él diciendo que la próxima vez que lo vean, ya no será él mismo.

Natsuno sueña con huir del pueblo, a pesar de que está demasiado débil para moverse de su cama. Toshio trata a su último paciente, Tokujiro, el padre de Mikiyasu, que ahora está enfermo. Tokujiro confirma que sueña con ver a Nao cuando Toshio le pregunta.

Megumi visita a Kaori por la noche y le dice que su padre está muerto. La madre de Kaori y Akira llama a la Clínica Ebuchi y el médico, que en realidad es un okiagari, llega y pide que lo inviten a entrar. Natsuno aparentemente no regresa como un okiagari, pero es cremado.

Seishin se horroriza por lo que Toshio le ha hecho a Kyoko, y lo abandona sin decir nada. Toru comienza a dejar una sola flor fuera de la ventana de Natsuno cada noche para conmemorar la muerte de Natsuno. Toshio se dirige a los clientes del bistro que frecuenta para pedirles ayuda, pero pronto se cierra.

El pasado de Sunako se recuerda brevemente, y la historia de cómo se convirtió en shiki se vuelve clara. Seishirou Kirishiki ve a Toru dejando flores y le dice que solo empeorará las cosas, y luego le dice que Sunako lo ha convocado. Nao, enojada porque ninguno de su familia se ha levantado, jura venganza para matar a otras familias felices a su alrededor.

Seishin sigue plagado de lo que debe hacer sobre el ataque de los shiki. El padre de Seishin ha desaparecido. Seishin se da cuenta de que su padre sabía de los shiki y los invitó a su habitación, con la condición de que dejaran solos la habitación de Seishin y la de su madre.

Tatsumi visita la casa de Natsuno, donde el padre medio loco de Natsuno corre y lo apuñala con un cuchillo después de abrir la puerta principal. Luego tiene una charla con Natsuno diciendo que Natsuno se ha convertido en un jinrou (hombre lobo), un tipo raro de shiki y que también lo es.

Chizuru es asesinada por el padre de Megumi cuando le mete una estaca en el corazón. Ozaki explica a los aldeanos sobre los shiki y sus debilidades.

Cuando la mañana llega a la aldea, los aldeanos hurgan en los edificios y cazan a shiki dormido. Los aldeanos se enteran de que un shiki había matado a la Sra. Ozaki. Siguen los pasos, solo para descubrir Atsushi, ahora un shiki.

Sunako teme por su vida; los aldeanos parecen estar cada vez más cerca de eliminar a todos los shiki. Tatsumi y Seishin ejecutan un plan para salvar a Sunako, pero esto no es muy confiable debido a la preparación de los habitantes, por lo que Seishin escapa al templo donde vivía y se esconde.

Megumi es descubierta y brutalmente asesinada, mientras que el incendio forestal comienza a consumir el pueblo. Toshio lidera un grupo para tratar de detener el fuego para que no atraiga la atención del mundo exterior, sin embargo, fallan.

In a flashback, Nao explains to Mr. and Mrs. Hasegawa about her joy of marrying into the Yasumori family. After mentioning her son Susumu, Nao asks the couple if they have any children; Mr. Hasegawa tells her that they lost their children* in an accident. Afterward, Mr. Hasegawa reminds his wife that they are not the only people who have suffered losses; and that he is glad that they moved to Sotoba.

In a flashback to right after the events of the first three deaths at Sotoba, a woman named Motoko is shown to be overly protective of her children, going as far as to take them to school everyday. Eventually, as the mysterious deaths start piling up, Motoko's father-in-law dies. Her mother-in-law refuses to let Toshio perform an autopsy on the body, claiming that doctors care about the money more than their patients. Eventually Motoko's husband dies; then, her daughter falls ill. Slowly losing her sanity, Motoko carries her daughter over to the Ozaki clinic; however when she arrives, the clinic is closed (because Toshio is conducting experiments on his risen shiki wife.) She then rushes over to the Kanemasa clinic, which is also closed during the daytime. Motoko's mother-in-law shows up and scolds her for shaming herself in public, and states that her daughter is fine.