嵐が去り、晴れた海に、魚だと思ってとルフィが腕を伸ばしてつかんだもの、それは見知らぬ少女だった。アピスという名のその少女は、嵐を利用して海軍の船から逃げ出していた。ルフィ達は進路を少し変えて少女の故郷の軍艦島へ送っていく事にするが…。

“凪の帯＜カームベルト＞”に入ったメリー号だが、海王類のくしゃみで無事脱出し、軍艦島へ到着。長老ボクデンの家で歓迎を受ける。軍艦島の民は大昔海底に沈んだロストアイランドの末裔で、海軍の狙いは“竜骨”という不老不死の妙薬だという。

海軍艦隊が軍艦島を封鎖した。リュウ爺をロストアイランドへ連れて行くと約束したルフィはリュウ爺を乗せる荷車を作り、“カマカマの実”の能力者だったエリックの攻撃をしのぎながら、ルフィ達はリュウ爺を乗せた荷車で一気に山を駆け降りる。

エリックはセンネンリュウを連れたメリー号を追うことで“竜骨”に辿り着こうと考える。エリックが信用出来ないネルソン提督も軍艦島へ向かう。ふとしたことからリュウ爺はロストアイランドの位置を思い出した。海に現れた鏡の壁を抜けると大嵐に遭うが…。

“竜の巣”ロストアイランドと思われたその島には廃墟しか無かった。山の頂上の遺跡に描かれた天井画を見て、“竜の巣”は軍艦島にあるとリュウ爺は思い出す。その時ゾロが殺気を感じ、鯉口を切る。リュウ爺を奪うつもりのエリックが現れたのだ！

船を鎖でつないで囲む“連環の陣”で、軍艦島へ戻るメリー号を包囲し、砲撃する海軍！ルフィたちが応戦する中エリックはリュウ爺とアピスをボートで奪い、ネルソン提督に反旗を翻す。アピス人質にとるエリックだが、起き上がったリュウ爺が翼を広げ…！

リュウ爺を引き上げようとネルソン提督が放った銛を、ルフィは受け取り投げ返す！突如、軍艦島の周囲の海が揺れる。リュウ爺の最期の呼び声に応えて、世界中に散らばっていたセンネンリュウが群れを成して飛来したのだ。だが、リュウ爺は、目を閉じ…。

あくまで不老不死のために“竜骨”を欲しを求めるエリック。“竜の巣”を守りたいというアピスの願いを叶え、彼女を守るというリュウ爺との約束を果たすためルフィはエリックと戦い勝利する！“偉大なる航路＜グランドライン＞”を目指してメリー号は進む！