権力を欲し、成り上がろうとする外科医と、医師として最善を尽くそうとする内科医の対立を描く。財前（唐沢寿明）は、大阪・浪速大学付属病院の外科助教授。次期教授への野心を抱くも、その確かな手術の腕前は、柳原（伊藤英明）ら医局員のあこがれの的となっていた。

みどり（河合美智子）のすい臓がん手術を断わった財前（唐沢寿明）。だが、東教授（石坂浩二）の出張時に“緊急オペ”として手術すれば、医学部長の鵜飼（伊武雅刀）の誤診を悟られずにすむとよみ、里見（江口洋介）に手術を引き受けると申し出る。

鵜飼（伊武雅刀）懐柔のために、又一（西田敏行）の提案で400万円の絵を贈った財前（唐沢寿明）。だが、預かっておくとだけ言われ、この行為がのちに問題になるのではと不安になる。

里見（江口洋介）は、加奈子（木村多江）をほかの病院へ移すようにと言う鵜飼（伊武雅刀）からの再三の要求をのめずにいた。悩んだ揚げ句、里見は病理学科教授・大河内（品川徹）に加奈子の延命法について指導を仰ごうと決意。

大河内（品川徹）が教授選考委員長に就任。財前が教授になれるよう、工作する鵜飼（伊武雅刀）は不安を覚える。一方、危機感を覚えた財前（唐沢寿明）は、大河内との仲をとりもつことを条件に、加奈子（木村多江）の延命手術を引き受けてもいいと里見（江口洋介）に提案する。

大河内（品川徹）の提案で、東（石坂浩二）の後任の教授は全国公募で選ぶことに。菊川（沢村一樹）を自分の後任に迎えたい東は、かえって菊川を表立って推薦しやすくなったとほくそ笑む。全国公募の知らせを受けた財前（唐沢寿明）は冷静を装うものの内心大慌て。

財前（唐沢寿明）は、自分を快く思っていない大河内（品川徹）に取り入ろうと研究室を訪問。教授をめざすのは、医者としての純粋な使命感からだと切に訴える。だが、話に聞く耳をもたない大河内に、財前は渋々引き下がる。

里見（江口洋介）は新しい患者・佐々木（田山涼成）にがんの可能性を見いだし、財前（唐沢寿明）に相談。財前は、食道がんとの診断を下してオペを受理し、柳原（伊藤英明）を担当医に任命する。

佃（片岡孝太郎）らが菊川（沢村一樹）に教授選辞退を迫った一件が教授選考委員の知るところに。大河内（品川徹）らの機嫌をますます損ねたと考えた鵜飼（伊武雅刀）は、「決選投票の負けは必然」と財前（唐沢寿明）に冷たくあたる。

年が明け、第一外科は新体制を迎えた。教授に就任した財前（唐沢寿明）は、国際学会の準備を進める。一方、里見（江口洋介）は、手術を終え回復するはずの佐々木（田山涼成）の咳に肺炎の疑いをもつ。だが財前は、手術前に見えた炎症反応のせいだとかたくなに否定。

財前（唐沢寿明）が、国際医学会から帰国。空港で財前を待っていた里見（江口洋介）は、解剖で佐々木（田山涼成）の肺にがんが見つかったと伝え、処置の誤りを指摘する。だが、財前は断固としてミスを否定。よし江（かたせ梨乃）への謝罪を申し出る柳原（伊藤英明）までもきつく叱咤する。

よし江（かたせ梨乃）の依頼を受けた弁護士・関口（上川隆也）が、証拠保全のため速浪大学病院を訪問。裁判に持ち込まれることを恐れた財前 （唐沢寿明）は、証拠になりうる書類を事前に隠す。

里見（江口洋介）は、患者の家族側に立ち証言する決意を。だが、弁護士の国平（及川光博）が里見を訪問し証人を降りるよう脅迫。三知代（水野真紀）は、里見に証人を辞退してほしいと懇願する。

第2回目の証人尋問が開廷した。柳原（伊藤英明）は、葛藤しながらも財前（唐沢寿明）に有利な証言を。よし江 （かたせ梨乃）も国平（及川光博）の巧みな質問に苦しみ、証人尋問は財前に有利な展開に。

財前（唐沢寿明）と里見（江口洋介）が証言台に立つ日が訪れた。里見は、よし江（かたせ梨乃）の亡き夫にがんの疑いがあったことを堂々と証言。関口（上川隆也）は、里見の勇気ある証言に感謝の意を示す。

職を失った里見（江口洋介）のもとを大河内（品川徹）が訪れ、知人の運営する民間病院を紹介。里見は、大河内に感謝し申し出を受ける。一方、財前（唐沢寿明）は、がんセンターの設立を控えて忙しい日々を送っていた。

財前（唐沢寿明）の診療に疑問をもった東（石坂浩二）は、関口（上川隆也）に知人の教授・正木（潮哲也）を紹介。それを察知した財前は、正木に鑑定させないよう手を回す。その後、関口は東の勧めで君子（西田尚美）に接近。

東（石坂浩二）が法廷に立ち、十分な検査を怠った財前（唐沢寿明）を批判した。だが、国平（及川光博）は、東と財前に確執があったと強調。東が教え子の財前に不利な証言をするのは、個人的な恨みからだと糾弾する。

柳原（伊藤英明）の突然の発言に、法廷は騒然。予期しえなかった事態に、財前（唐沢寿明）は激しい怒りに震える。一方、柳原の窮地を目の当たりにした君子（西田尚美）は、閉廷後、関口（上川隆也）に裁判への協力を申し出た。

東（石坂浩二）の執刀のもと、財前 （唐沢寿明）の手術が終わった。術後の療養に入った財前は、自分に投与されている点滴を疑問視。往診に訪れた東を問いただすが、投与剤は病状に適したものだとなだめられてしまう。