Le vol de l'œil gauche d'Astaroth, le Roi immonde, interrompt la formation d'exorciste de Rin. Pour protéger l'œil droit des prédateurs, le groupe se rend à Kyoto.

Une fois à Kyoto, le groupe se rend à la pension de famille de Suguro. Mais c'est un champ de bataille et les soupçons planent sur tous. De douloureux souvenirs émergent.

Yaozo convoque une réunion pour tenter de trouver le traître qui sévit au sein de la secte Myoda et l'éliminer. Tatsuma, le père de Suguro, devient le principal suspect.

En menant sa propre enquête, Suguro va de surprise en surprise lorsque, sans être remarqué, il repère et entend deux de ses camarades. Il se méfie toujours de son père.

Comme Rin est derrière les barreaux, Yukio lui lit une lettre que Tatsuma lui a adressée. Les deux yeux immondes ayant disparu, Yaozo tient conseil.

La lettre de Tatsuma raconte comment Fujimoto, le père de Rin et Yukio, a obtenu l'épée Koma il y a bien des années. La chapelle de Goma reçoit de curieux visiteurs.

Le Roi immonde revient à la vie, mais la peine de mort plane sur Rin, le seul à pouvoir le contrer. Que vont décider ses camarades de classe ? Et que fait Shiemi ?

Alors que l'infection se propage à travers Kyoto, tous partent vers Rakuhoku. Rin et ses camarades de classe recherchent Tatsuma. Yukio rencontre Todo, qui a changé...

Todo provoque Yukio sur le terrain miné de ses sentiments pour son frère. Après avoir accepté un contrat, Suguro se lance avec Rin dans la traque du Roi immonde.

Le Roi immonde émerge alors que des renforts volent au secours de Yukio, aux prises avec Todo. Suguro, Rin et Kuro se retrouvent piégés. Rin pourra-t-il utiliser l’épée ?

Todo résiste à Yukio. Rin réussit à brandir le Komaken, sans impressionner le Roi immonde. Les miasmes se répandent. Quand tout espoir semble perdu, Ucchusma apparaît.

Les flammes bleues de Rin ont désinfecté la région. Pourquoi ne pas en profiter pour faire un peu de tourisme, discuter à cœur ouvert et envisager l'avenir de Rin ?

Après avoir terrassé le Roi immonde, Rin passe des jours paisibles avec ses camarades. Mais un lycéen lambda semble voir les démons. Comment peut-il l'aider à se débarrasser de cette vision qui le traumatise ?

Yukio est convoqué par la légion angélique pour être interrogé et signer un pacte. En parallèle, Rin et ses amis poursuivent les exorcismes, avec notamment Kamiki et Shiemi qui n'ont pas été en binôme depuis longtemps.

Le festival de l'Académie de la Croix-Vraie approche, et tous les élèves s'empressent d'inviter leur cavalière. Difficile pour Rin qui ne sait pas qui ignore si Shiemi acceptera d'accompagner lui ou son frère.

Durant le festival de l'Académie, Lightning et Arthur A. Angel obtiennent l'information que la société Illuminati va chercher à capturer Izumo. L'ensemble des exorcistes présents au festival s'empressent de la trouver, mais voilà que l'espion japonais risque de compliquer le sauvetage.

Izumo Kamiki enlevée par Shima, l'Ordre décide d'envoyer Yukio et ses élèves à la poursuite des membres d'Illuminati. La jeune fille, de son côté, découvre la raison de son enlèvement et est encore abasourdie par le revirement de Shima.

Arrivés au sanctuaire Inari, Nemu invoque des familiers en capacité de livrer le récit liant Izumo au lieu où tous les jeunes exorcistes se trouvent.

Maintenant qu'ils savent le passé qui rattache Izumo à cette ville où tout le monde semble heureux, Rin et ses amis sont bien décidés à la sauver. Et la concernée est bien décidée à ne pas servir de cobaye, mais Shima semble veiller à ce qu'elle poursuive l'expérience.

En entrant au sein d'un bâtiment qui donnerait accès au QG d'Illuminati, Rin, Yukio et leurs amis se retrouvent confrontés à des sortes de zombies très coriaces. Quelle sera la détermination de ces exorcistes en herbe pour les mettre hors d'état de nuire, sachant qu'il s'agit a priori d'humains encore en vie ?

Le groupe de Rin et Yukio arrive tant bien que mal à se débarrasser des humains ayant ingéré l'élixir d'immortalité, jusqu'au moment où ils se font interpeller directement par le professeur Gedôin, à l'origine de l'expérience qu'Illuminati souhaite mener sur Izumo. Cette dernière va-t-elle se soumettre au transfert de Kyûbi ?

Suite aux manigances de Gedôin, Izumo a été envoûtée par Kyûbi et a bien du mal à lui résister. Comment ses camarades exorcistes vont-ils la sortir de cette situation tragique ?

La bataille contre Gedôin d'Illuminati achevée, Rin, Yukio et leurs amis reviennent à l'Académie un peu déçus de ne pas avoir ramené leur ami Shima. Notamment, Ryûji est très affecté par sa traîtrise, des explications en plus haut lieu s'imposent.

Shima, double agent de l'Ordre et d'Illuminati, poursuit sa réintégration au sein de son groupe d'apprentis exorcistes. Yukio, tiraillé par ses propres doutes, ne sait plus s'il doit se fier à cet élève revenu de chez l'ennemi.